Los seres humanos tenemos el mismo número de bacterias que células propias en nuestro organismo, y están presentes en todas las partes del cuerpo, aunque la mayoría se localiza en la piel y aquellas cavidades del organismo que se comunican con el exterior y que son, fundamentalmente, la vagina y el aparato digestivo, sobre todo en el intestino grueso. Es lo que llamamos microbiota autóctona. La relación que mantenemos con ella es habitualmente mutualista, ya que sus microorganismos nos proporcionan una serie de ventajas que van desde la protección frente a la invasión por agentes patógenos y el desarrollo del sistema inmunitario a la colaboración en la digestión de componentes de la dieta y la provisión de vitaminas y otros nutrientes esenciales. Las funciones que ejerce la microbiota son esenciales para nuestra vida. Aunque desde hace más de un siglo se conoce que la microbiota autóctona tiene efectos beneficiosos para el organismo, el interés por el microbioma humano y su relación con la salud ha aumentado notablemente en los últimos años. Las investigaciones del Proyecto Microbioma Humano estadounidense y del proyecto MetaHIT europeo han revolucionado el mundo de la ciencia y nos han confirmado que los humanos somos superorganismos, cuyo funcionamiento representa una amalgama de propiedades microbianas y humanas, y que muchas enfermedades son fruto de la pérdida de armonía entre nuestro genoma y el microbioma. Aunque todavía queda mucho camino por recorrer, el conocimiento y la modulación de la microbiota nos abren la puerta a un gran número de investigaciones para tratar y prevenir muchas enfermedades, lo que hace de ello una de las revoluciones científicas más importantes de la medicina 1. La dieta aparece como elemento clave para la relación simbiótica entre los microorganismos del intestino y del animal hospedador. El anfitrión, huésped o sujeto proporciona hábitat y nutrición a las comunidades del tracto intestinal, y estas contribuyen a la salud del anfitrión. Además, como los alimentos suministran sustratos diversos y variables para el metabolismo microbiano, la dieta puede influir y modular la estructura y la composición de las comunidades microbianas 2. Algunas palabras con prefijos o sufijos iguales pueden llegar a confundirse, tal es el caso de las palabras antibiótico, probiótico y prebiótico, que, aunque son muy similares hay gran diferencia en el significado de cada una. Un antibiótico es un compuesto cuya función es erradicar o limitar el crecimiento bacteriano, es por ello que son usados para tratar infecciones causadas por bacterias patógenas [1]. Por otro lado, un probiótico se puede definir como un microorganismo que al consumirse en una cantidad adecuada causa un efecto benéfico en el huésped [2], algunos de estos beneficios son: Inhibición de patógenos en tracto gastrointestinal, síntesis de vitaminas (K y del complejo B), mantenimiento de integridad del epitelio intestinal, ayuda al metabolismo de la lactosa, modulación el sistema inmunológico, entre otros [3, 4]. Finalmente, el término “prebiótico” se refiere a los compuestos alimentarios no digeribles necesarios para mantener una composición adecuada de la microbiota intestinal, esto se logra al promover el crecimiento de bacterias que son benéficas para el huésped [5]. Como se mencionó anteriormente los antibióticos son necesarios para erradicar infecciones causadas por bacterias patógenas, pero al ingerirlos también se eliminan bacterias que dan beneficios al huésped, por ello se ha demostrado que es necesario acompañar con probióticos los tratamientos a base de antibióticos, esto debido a que se ha comprobado que se reducen los efectos secundarios causados por este tipo de tratamientos como lo es la diarrea [6]. Mantener la integridad de la microbiota intestinal es necesario para una buena salud, ya que los 100 billones de microorganismos intestinales tienen influencia en tres principales funciones, las cuales son: mantenimiento del sistema nervioso entérico, estimulación del sistema inmunológico y modulación del sistema endocrino. Para preservar esta microbiota es necesario mantener una buena dieta, actividad física, evitar alimentos industrializados y consumir en cantidades adecuadas probióticos y prebióticos [7].