Proteomica 2014.pdf

Proteómica y sus aplicaciones
 Conceptos básicos en proteómica

aplicaciones

metodologías
Electroforésis en dos dimensiones
MALDI-TOF/ Esi LC-MS/MS
 Aplicaciones de la proteómica al estudio de la tuberculosis y la
paratuberculosis
Genómica Funcional:
Utilización de aproximaciones experimentales
globales para el entendimiento de las funciones de
genes y/o proteínas, que permiten establecer vías
genéticas integradas que gobiernan la fisiología de
un organismo
Ofrece una imagen completa de las interacciones
entre miles de genes o productos génicos
simultáneamente en función de una situación
particular
Transcriptómica
Variación del
genoma
Polimorfismos
SNPs
Salud y
Sanidad
Medio
Ambiente
Producción
Proteómica
Metabolómica
Bioinformática
Interacción de
proteínas
Sistemas de Doble hibrido
Organización en redes
interconectadas
Biología estructural
Expresión de proteínas
Cristalización, X-ray
Función de proteínas
Organismos modelo
Manipulación génica
Knockout, RNAi
Nuevos fenotipos
Porque estudiar las proteínas ?
El genoma y los transcriptomas no son suficientes para modelar
y predecir sistemas biológicos.
Las modificaciones postraduccionales tales como la
fosforilación y el clivaje proteolítico frecuentemente regulan la
actividad de las proteínas.
La cantidad de proteína en una célula no siempre es regulada
por la expresión del RNA mensajero. En vez, la traducción y la
degradación pueden determinar la abundancia de las proteínas.
Principales aplicaciones de la proteómica
Perfil de proteínas (identificación de proteínas a gran
escala)
Proteómica comparativa
Proteómica funcional (interacción proteína-proteína)
Proteómica
 Gran rango dinámico (posibilita identificar proteínas de abundancia
muy baja en presencia de proteínas de abundancia muy alta)
 Amplio rango de pesos moleculares (750 kDa to 350 Da)
•
de pI (3 to 12)
•
de hidrofobicidad
Algunas limitaciones en los estudios
proteómicos….
• Las tecnologías proteómicas no han sido tan desarrolladas
como las genómicas principalmente debido a la falta de
esquemas de amplificación como la PCR.
• Solo se pueden analizar proteínas de su fuente natural.
• La complejidad de los proteomas se debe a que muchas
proteínas son procesadas y modificadas de forma compleja y
pueden ser producto de splicing diferencial.
Perfiles proteómicos comparativos
Geles de 2D
LC2D
Muestra (células, tejidos, fluidos)
Shotgun Análisis
Electroforésis de proteínas
en dos dimensiones (2-DE)
Purificar las proteínas del
tejido o células
Separar las proteínas en 1
dimensión por su PI
Separar las proteínas en 2
dimensiones por su peso
molecular
Tinción de las proteínas, análisis
de los spots
Identificación de las proteínas por
MS
Métodos de separación
Electroforésis en una dimensión
Isoelectroenfoque de las proteínas
Solubilización de las proteínas para geles de 2D
Objetivos
 Romper las inteacciones
moleculares (puestes disulfuro).
 prevenir cualquier
modificación artificial de las
proteínas en el medio.
 Remover cualquier
sustancia que pueda interferir
con las 2D.
 Mantener las proteínas en
solución durante el proceso
de 2D.
 No hay un protocolo de solubilización
universal.
Las mezclas de urea-reductoresdetergentes generalmente logran
romper los puentes disulfuro y las
interacciones no-covalentes.
Solubilización de las proteínas para geles de 2D
Agentes caotrópicos (Estos agentes interfieren con los
enlaces no covalentes )
8-7M UREA
2M TIOUREA
Surfactantes (Bajan la tensión superficial)
4-2% CHAPS
Agentes Reductores (Reduce a un agente oxidante traspasándole
electrones a este último)
65 -100mM DDT
Anfolitos 2%
Isoelectroenfoque (1ª dimensión)
SDS PAGE (2ª dimensión)
Tiras para isoelectroenfoque
individuales comerciales
1.Re hidratación de la tiras (12hs)
2.Se aplica la muestra de proteínas
3.Se separan la proteínas en las tiras
por corrida electroforética a alto V
Separación de las proteínas por peso molecular
Procedimiento:
1.Preparado de los geles
(12%)
2. Equilibrado de las tiras de
la primera dimensión
3. Cargado de la tira en el SDS
PAGE
4. Sellado con agarosa
5. Separación de las proteínas
por electroforésis según su
peso molecular
6. Tinción de los geles
7. Toma de la imagen
8. Análisis de spots
(manualmente o con
programas informáticos)
Métodos Generales de Tinción
 Tinción con nitrato de plata
 Tinción con Coomassie blue (R and G)
 Métodos de marcado radioactivo
 Métodos fluorescentes
Expresión diferencial de proteínas
RESUMEN DEL ANALISIS DE EXPRESSION
DIFERENCIAL DE PROTEINAS
Para cuantificar cambios en los niveles de proteínas
se utiliza marcación fluorescente
Análisis de imágenes
Detección de spots
Condición control
Con tratamiento
Superposición de perfiles
http://expasy.org/melanie/
Aislado de las proteínas del gel 2D
Manual
Automático
Digestión en gel:
• Lavado
• Deshidratación y secado
• Digestión enzimática
• Extracción
• Desalado y concentración de los
péptidos
Identificación de proteínas por 2-DG
Digestión en gel
Espectrometría de masas
Base de datos de
secuencias de proteínas/ADN
www.us.expasy.org
Reactivos químicos y enzimas empleadas para el
mapeo de péptidos
Espectrometría de masas
Fuente de iones
+
Acelerador
Analizador de masas Detector
 Electron impact (EI)
 Chemical Ionization (CI)
 Fast Atom Bombardment (FAB)
 Matrix Assisted Laser Desorption/
Ionization (MALDI)
 Electropsray Ionization (ESI)
 Magnetic Sector
 Fourier Transform Ion Cyclotron
Resonance (FTICR)
Quadrupole
 Ion Trap
Time-of-Flight (TOF)
MALDI es uno de los métodos para
ionizar péptidos y otras moléculas
En MALDI las
muestras son
depositadas en una
matriz que absorbe
UV, la cual capta la
energía láser, ioniza y
protona las moléculas
de la muestra
Matrix Assisted Laser Desorption Time-of-Flight
Mass spectrometer (MALDI-TOF-MS)
Sample
probe
Relative Intensity
335 nm nitrogen
+
Field free drift region
Detector
+
+
MH+
MH+
MH+
m/z
MALDI generalmente se usa con
espectrómetros TOF (tiempo de vuelo)
1570.673
1571.673
1572.673
1573.673
1574.673
Espectro de masas TOF
Espectro de masas de una mezcla de 11 péptidos
Identificación de proteínas por el mapa peptídico (datos del
MALDI-TOF)
Gel 2DE
Proteína
intacta
Proteólisis
experimental
MS Experimental
Análisis informático
MS Teórico
Base de
datos de
ADN
Base de
datos de
proteínas
Proteólisis
teórica
SELDI – Surface-Enhanced Laser Desorption
and Ionization
Es una extensión de:
MALDI – Matrix-assisted laser desorption/ionization
Como en MALDT TOF, en SELDI TOF;
• Las proteínas son co cristalizadas con una matriz que
absorve UV
• Son vaporizadas por un pulso de UV laser
• Las proteína ionizadas son aceleradas en un campo
eléctrico
• Se mide la relación carga/masa de las proteínas
36
Que hacer cuando no la tecnología de geles de 2D no
es aplicable?
Proteínas de membrana
Baja abundancia de la proteína
Resolución de la proteína blanco poco satisfactoria
Baja homología con secuencias depositadas en
bases de datos
Metodología alternativa a 2D MALDI-TOF es Esi LC
MS/MS
Perfiles proteómicos comparativos
Geles de 2D
LC2D
Muestra (células, tejidos, fluidos)
Shotgun Análisis
IONIZACION POR ELECTRO ESPRAY
TANDEM MS/MS
Secuenciación de proteínas
 Usa Tandem MS: dos
analizadores de masa en series
con una celda de colisión entre
ellos
 Celdas de Colisión: región
donde los iones colisionan con
un gas (He, Ne, Ar) resultando
en la fragmentación del ion
 La fragmentación de los pétidos
ocurre de forma predecible,
principalmente en la unión
peptídica
 Los iones hijos resultante
poseen masas que son
consistentes con pesos
moleculares conocidos de
dipéptidos, tripéptidos, etc.
Ser-Glu-Leu-Ile-Arg-Trp
Celda de colisión
Ser-Glu-Leu-Ile-Arg
Ser-Glu-Leu-Ile
Ser-Glu-Leu
Etc…
Comparación entre MALDI-TOF y ESI-MSMS para la identificación de proteínas
MALDI-TOF MS
 Muestra en un soporte
(matriz cristalina).
 Los espectros indican masas
de los péptidos.
 La identificación de la
proteína es por MS es por
huella peptídica.
 Requiere la secuencia del
proteoma.
ESI-MS-MS
 Muestra en solución (HPLC).
 Los espectros MS-MS
revelan patrones de
fragmentación.
 Se identifica la proteína por
algoritmos de correlación
cruzada.
 Síntesis de novo.
Ejemplo de un reactivo ICAT
Biotin Affinity tag:
Se une a la resina
de estreptavidinaagarosa
Reactive group: Grupo tiol
reactivo que se une a la
cisteína
O
Linker: La versión pesada
tiene deuterio en*
La versión liviana tiene
hidrógeno en*
NH
NH
H
N
*
S
O
*
O
O
*
O
*
H
N
I
O
ComoAislamiento
funciona
ICAT?
por
afinidad a bolitas de
estreptavidina
Lisado y
marcado
Quantificación
MS
NH2-EACDPLRCOOH
100
liviano
100
MIX
Identificación
MS/MS
pesado
Proteolisis
(eg tripsina)
0
0
550
570
m/z
590
200
400
m/z
600
Ventajas vs. desventajas
 Estima los niveles
relativos de una
proteína entre
muestras con bastante
presición (10%)
 Se puede usar en
mezclas complejas de
proteínas
 Si se usa MS-MS los
péptidos se pueden
identificar directamente
• Caro
• Fragmentación de los Tag
• Solo para péptidos con
cisteína.
HERRAMIENTAS EXPASY
http://expasy.org/tools/#proteome
Similarity searches
ExPASy BLAST
Pattern and profile searches
translational modification prediction
Topology prediction
Primary structure analysis
Secondary structure prediction
Tertiary structure analysis and prediction
Molecular modeling and visualization
ExPASy Proteomics tools
Protein identification and characterization
Identification and characterization with peptide mass fingerprinting data
 Aldente - Identify proteins with peptide mass fingerprinting data.A new, fast
and powerful tool that takes advantage of Hough transformation for spectra
recalibration and outlier exclusion.Download the stand-alone version
 FindMod - Predict potential protein post-translational modifications and
potential single amino acid substitutions in peptides.Experimentally measured
peptide masses are compared with the theoretical pept
ides calculated from a
specified Swiss-Prot entry or from a user-entered sequence, and mass
differences are used to better characterize the protein of interest.
 FindPept - Identify peptides that result from unspecific cleavage of proteins
from their experimental masses, taking into account artefactual chemical
modifications, post-translational modifications (PTM) and protease autolytic
cleavage
 Mascot- Peptide mass fingerprint from Matrix Science Ltd., London
 PepMAPPER - Peptide mass fingerprinting tool from UMIST, UK
 ProFound - Search known protein sequences with peptide mass information
from Rockefeller and NY Universities [or fromGenomic Solutions]
 ProteinProspector - UCSF tools for peptide masses data (MS
-Fit, MS-Pattern,
MS-Digest, etc.)
Base de datos con proteomas de diferentes células y
organismos
http://expasy.org/swiss-2dpage/viewer&map=ecoli&ac=all
Proteómica funcional
Una proteína puede ser identificada pero aun así no
conocemos:
Detalles estructurales
Localización
Interacción- pequeñas moléculas
Interacción con otras proteínas
Modificaciones postraduccionales
Vida media
DETECCIÓN DE INTERACCIONES PROTEÍNA-PROTEÍNA
POR MICROARREGLOS
Microarreglo de proteínas
MAPAS DE INTERACCIÓN-BIOLOGÍA DE SISTEMAS
• Convergencia entre ciencia del
descubrimiento y ciencia conducida por
hipótesis.
• La biología de sistemas puede detectar
conexiones entre muchas funciones
celulares que no son aparentes ni
predecibles.
• Puede colectar datos más allá de
nuestras habilidades, validarlos,
integrarlos e interpretarlos.
Trabajos del grupo de tuberculosis y
paratuberculosis bovina en proteómica aplicada
Identificación de glicoproteínas de M.
tuberculosis
Caracterización de la unión del antígeno P27 de
M. bovis a receptor celular
Búsqueda de antígenos candidatos en
diferentes especies de bacterias
Identificación de las proteínas reguladas por el
represor Mce3R (un regulador transcripcional)
Biomarcadores de TB bovina
• La
tuberculosis
(TBC)
es
una
enfermedad
infectocontagiosa crónica causada por bacterias del
género Mycobacterium, que afecta tanto a hombres como
a animales desde tiempos remotos.
• En 1882, Robert Koch descubrió el agente causal de la
TBC, al encontrar un bacilo constantemente asociado
con la enfermedad clínica.
El agente etiológico de la
Mycobacterium tuberculosis.
tuberculosis
en
humanos
es
• Un tercio de la población mundial está infectada.
• Entre el 5 % y el 10 % de los infectados desarrollarán la
enfermedad en algún período de sus vidas.
• 9 millones de personas por año contraen la enfermedad activa,
mientras que otros 2 millones mueren por consecuencia de ello.
(WHO, 2007)
La tuberculosis bovina es causada por Mycobacterium bovis
ocasionando a nivel productivo:
• Disminución de hasta un 6% en la fertilidad.
• Disminución de un 10% en la producción láctea.
• Pérdida del 15% en promedio del peso del animal, disminuyendo la
producción de carne.
• Aumento de la susceptibilidad a otras enfermedades.
(SENASA, 2006).
1. Mycobacterium tuberculosis glycoproteomics
based on ConA-lectin affinity capture of
mannosylated proteins
Margarita González-Zamorano1, Guillermo Mendoza-Hernandez2, Wendy
Xolalpa1,Cristina Parada1, Antonio J Vallecillo1, Fabiana Bigi3, and Clara
Espitia
Instituto de Investigaciones
Biomédicas Nacional Autónoma de México,
Departamento de Bioquímica
Instituto de Investigaciones Biomédicas.,
Instituto de Biotecnología, CICVyA-INTA
Objetivo: Identificar las glicoproteínas de
Mycobacterium tuberculosis
Existen dos tipos de glicosilaciones: O-glicosilación y Ngliosilación
En micobacterias: O-glicosilación por residuos de
manosa (o-manosilación)
Las glicoproteínas juegan son importantes
inmunoduladores ya que muchas de ellas une
receptores Toll-like
Estrategia experimental:
1. Purificar las glicoproteínas presentes en el
sobrenadante de cultivo de M. tuberculosis mediante
pasaje por una columna de ConA
2. Separar las proteínas por electroforésis en dos
dimensiones
3. Identificar las proteínas presentes en el gel por
Tandem Mass spectrometry (LC/ESI-MS/MS)
4. Confirmar la identidad de las proteínas mediante
western blot con anticuerpos específicos
Cromatografía de afinidad por unión a ConA
Concanavalina A
1. Cargado
de las
muestras
Proteínas pegadas
específica e
inespecificamente
Proteínas
totales
libres
2. Unión de las
proteínas a la
matriz-ConA
Unión específica de
glicoproteínas
Proteínas inespecíficas
liberadas con los lavados
4. eluído
3. lavados
glicoproteínas
1. Proteínas de SC totales
2. Proteínas eluídas de
columna ConA
3. Western blot con ConA
4. WB con Con A en
presencia de metil-α-Dmannopiranosido
coomasie
ConA
ConA+ metil-α-Dmannopiranosido
Se identificaron 41
proteína, 34
posibles manosil
glicoproteínas
Anti- Pst1
y antiLpqH
Anti- LprG/P27
LprG/P27 es un importante factor de virulencia de las
micobacterias patógenas ya que la eliminación de su gen produce
una severa atenuación de la bacteria en el modelo de ratón
Se demostró que esta proteína forma junto con otra un sistema de
eflujo de compuesto
Ejerce un efecto inmunomodulador en ratones cuando es
administrada como proteína o como gen
Conclusión: El factor de virulencia P27/LprG de
las micobacterias patógenas es una manosil
glicolipoproteina capaz de unir el receptor DCSING en células dendríticas
Estos hallazgos pueden explicar porque esta
proteína es tan relevante para la virulencia de M.
tuberculosis y M. bovis
UNAM (O-manosilación)
University of Oxford, England (unión a DC-SING)
IB-INTA
2. Identificación de antígenos proteicos en
aislamientos clínicos de alta prevalencia de
Mycobacterium tuberculosis
 Dos cepas de brotes de TB en Argentina
 Inducen respuesta inmune diferencial en
pacientes tuberculosos
 Objetivo: Identificar las proteínas responsables
de esa respuesta diferencial
H: aquellas proteínas presentes en una cepa pero ausentes en la otra son las
responsables de inducir la respuesta inmune diferencial observada
IB-INTA
Academia Nacional de Medicina
Inst. Malbrán
Proteínas pared cepa 12
3
5
4
1
2
6
Proteínas pared cepa 10
7
2
1
8
4
3
5
6
PROTEINAS DIFERENCIALES
Nombre
Cepa
Fracción
Proteína
Comentario
10P 2
10
pared
hypothetical protein
MtubT1_15527
function unknown
10P 4
10
pared
orotate phosphoribosyltransferase
pyrE
involved in pyrimidine
biosynthesis
10P 5
10
pared
iron-regulated peptidyl-prolyl-cistrans-isomerase A ppiA
ppiases accelerate the
folding of proteins [
10P 7
10
pared
F420-dependent glucose-6phosphate dehydrogenase
catalyzes oxidation of
glucose-6-phosphate to 6phosphogluconolactone
using coenzyme f420
12P 6
12
pared
short-chain type
dehydrogenase/reductase
function unknown;
supposed involved in
cellular metabolism
10C 6
10
citoplasma
heat shock protein HtrA
possibly hydrolyzes
peptides and/or proteins
10SN
10
sobrenadant
e
pyruvate dehydrogenase subunit
E1 aceE
Involved in energy
metabolism; contributes
to acetyl-CoA production
as part of pyruvate
dehydrogenase complex
Validación de la expresión diferencial de proteínas
por qRT-PCR
1,0
0,8
0,6
0,4
0,2
Rv2241
Genes
Rv1223
Rv2624
Rv1144
Rv0407
Rv0382
0,0
Rv0009
Log 2 Ratio
1,2
3. Identificación de nuevos antígenos para el
diagnóstico serológico de M. paratuberculosis
Estrategia experimental:
1. Extracción de proteínas de pared de M.
paratuberculosis
2. Separación de las proteínas en geles de 2D
3. Transferencia de los geles a filtros de nitrocelulosa
4. Análisis por inmunoblot de los filtros con sueros negativos y
positivos (de bovinos con paraTB)
5. Identificación de los spots diferenciales (positivosnegativos)
6. Aislamiento del spot correspondiente e identificación por
MALDI-TOF y Mascot
Electroforésis en 2D de proteínas de pared
de micobacterias para la identificación de
antígenos humorales.
Objetivo:
Extraer y Resolver por medio de electroforesis en 2D las proteínas
de la pared de Mycobacterium spp.
Identificar las proteínas de la pared de M. avium y M. avium subsp.
paratuberculosis reconocidas por sueros provenientes de bovinos con
paratuberculosis.
Comparar el perfil de proteínas de pared de las dos especies,
reconocidas por los sueros de los bovinos.
Resultados
7
4
7
4
97
66
45
97
66
45
31
31
21
14
21
14
M. avium
M. paratuberculosis
7
4
7
4
97
66
45
97
66
45
31
31
21
21
14
M. tuberculosis
M. smegmatis
14
El procedimiento descrito permitió la extracción, resolución y separación de proteínas
de la pared de varias especies micobacterianas, inclusive M. tuberculosis
Reconocimiento de proteínas
(sueros de animales con paratuberculosis)
4
4
7
97
97
66
66
45
7
45
31
31
21
21
14
14
Western blot de proteínas de pared de Mycobacterium avium.
Western blot de proteínas de pared de Mycobacterium
avium subsp paratuberculosis.
(confirmados por ELISA y aislamiento del patógeno)
Análisis comparativo de proteínas Inmunoreactivas presentes en pared
micobacteriana de las especies M. avium subsp paratuberculosis y M. avium
7
4
4
7
4
97
66
97
66
45
45
31
31
21
21
14
14
M. avium subsp paratuberculosis
7
M. avium
Óvalos negros: proteínas reconocidas por animales con paratuberculosis luego de adsorción y no reconocidas por negativos.
Óvalos verdes: proteínas reconocidas por animales positivos y negativos.
Óvalos naranja: proteínas reconocidas solo por animales positivos, no se encuentran luego de la adsorción.
Rectangulos y cuadrados rosas: proteínas diferenciales reconocidas por animales positivos y / o reconocidas por animales positivos que
desaparecen luego de la adsorción.
* En esta diapositiva la membrana correspondiente a M. avium subsp paratuberculosis fue girada en sentido horizontal (espejo).
4. Identificación del regulón Mce3R de
Mycobacterium tuberculosis
INSTITUTO DE BIOTECNOLOGÍA CICVyA INTA.
Las proteínas Mce del género Mycobacterium se encuentran
codificadas en varios operones (cuatro en M. tuberculosis/bovis)
Son importantes para la replicación del bacilo en el hospedador
Se cree que constituyen sistemas de transporte, pero no se conoce
aún la función
Mutantes de los operones mce
yrbE1B::hyg
(mce1)
mce2A::km
(mce2)
mce3A::km
(mce3)
(mce4)
hyg
km
km
Sobrevida de ratones incoulados por via
intratraqueal
100
80
H37Rv
MCE1
60
MCE2
MCE3 D1
40
20
0
2
4
6
8
10
12
14
16
18
20
Weeks post infection
Trabajo realizado en colaboracion con el Dr. R Hernandez-Pando del Inst. Nac. de la
Nutricion Mexico DF
Posibles funciones de los operones mce
Transporte y Invasión
dominios de transportadores ABC
ABC transporter permeases and substrate-binding
proteins
Arruda S, Bonfim G, Knights R, Huima-Byron T, Riley L W: Cloning of an M.
tuberculosis DNA fragment associated with entry and survival inside cells.
Science 1993, 261:1454-1457.
Kumar A, et al.Comparison of mammalian cell entry operons of
mycobacteria: in silico analysis and expression profiling. FEMS Immunol
Med Microbiol 2005, 43: 185-195.
Knockout de Rv1963c en M. tuberculosis
Rv1963c
yrbEA
mceA
mceC
lprM
Rv1972 Rv1974
mce3
Rv1973 Rv1975
Hyg
Rv1963c codifica para un regulador transcripcional de la familia
Tet
Rv1963c (Mce3R) reprime completamente la expresión del operón
mce3 de M. tuberculosis
Objetivo general: descifrar la función de los genes mce
de M. tuberculosis
Basados en la premisa que todos los genes regulados por un mismo
regulador trascripcional cumplen funciones asociadas, se buscaron
todos aquellos genes cuya expresión este regulada por Mce3R con el
objeto de descifrar la función del operón mce3
Se comparó el proteoma de la cepa mutante (Dmce3R) con la cepa
salvaje (H37Rv)
Mediante búsqueda en bases de datos se investigó en la función de los
genes regulados por Mce3R
Comparación de los proteomas de la pared celular
de la cepa mutante Dmce3R y la salvaje H37RV
MONOXIGENASA
MUTANTE
SALVAJE
Probable metiltransferasa
Probable sintetasa de riboflavina subunidad β
Probable
metiltransferasa
Rv1498c
Proteína
conservada
hipotética
Rv2315c
Probable
succinato
semialdehido
deshidrogenasa
Rv0234c
(gabD1)
Probable
acetil-CoA
acetiltransferasa FadA4
Rv1323
(fadA4)
Myo-inositol-1fosfato-sintetasa
Ino1
Rv0046c
(ino1)
WT Mut
EphB
WT Mut
SDS-PAGE (1D), tinción con
nitrato de plata
Mono oxigenasa
EphB
Extracto Sobrenadante
Se identificaron posibles miembros del regulón Mce3R
Dos de las proteínas identificadas en pared y
sobrenadante de cultivo de la cepa mutante (Rv1936 y
EphB) también fueron detectadas como
sobreexpresadas en experimentos de microarreglos
Muchas de las proteínas sobreexpresadas en la cepa
mutante están involucradas en el metabolismo de
lípidos
Conclusión: El operón mce3 podría codificar para
un transportador cuyo sustratos son lípidos
5. PROTEINAS DIFERENCIALES DE Salmonella
gallinarum
CEPA VACUNAL-AISLAMIENTO DE CAMPO
OBJ: Identificar proteínas marcadoras de los aislamientos de campo para
determinar si los brotes son debidos a la cepa vacunal.
6. PROTEOMA DE CELULAS MONONUCLEARES DE SANGRE
PERIFERICA DE BOVINOS
1D
2D
Obj. Identificar proteínas biomarcadoras de tuberculosis bovina en sangre
periférica
Proteómica comparativa en muestras de animales infectados y controles sanos
Conclusiones
Aplicaciones de las tecnologías
proteomicas a:
1. Identificación de proteínas bacterianas con
expresión diferencial (Laura Klepp)
2. Identificación de proteínas con modificaciones
postraduccionales (Lab C. Espitia e IB-INTA)
3. Identificación de interacciones proteína-proteína
Unión a receptores celulares (María Carrol Univ of
Oxford e IB-INTA)
4 y 5 Estudios inmunológicos-Inmuno proteomica
para la identificación de antígenos candidatos
(Gabriela Echeverria y M Romano, L. Klepp)
6. Biomarcadore de TB bovina (F. Blanco)