GUÍA RÁPIDA PARA EL USO DE RASMOL RASMOL es un programa para visualizar la estructura tridimensional de las moléculas, desarrollado por Roger Sayle. Es un programa de libre distribución y además tiene el código abierto, de modo que cualquiera que tenga los conocimientos adecuados puede introducir mejoras o adaptar el programa a su uso particular. La dirección desde la que se puede descargar el programa en sus diferentes versiones (Para Linux, para Macintosh y para PC) es: http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ En esta página también se pueden descargar otros programas como el Protein Explorer o Chime, que es un plug-in para Internet que permite visualizar moléculas en tres dimensiones. La versión para Windows de RASMOL se llama RASWIN. CARACTERÍSTICAS GENERALES DEL PROGRAMA Cuando se abre el programa aparecen dos ventanas: la ventana gráfica (con el fondo negro) y la ventana de comandos (con el fondo blanco). Las moléculas aparecen representadas en la pantalla gráfica y se puede modificar su aspecto introduciendo diferentes órdenes en la ventana de comandos. La estructura de cada molécula está guardada en forma de un fichero informático con extensión PDB. En algunas moléculas no aparecen dibujados los dobles o triples enlaces, ya que depende de cómo se haya elaborado el fichero PDB. Las moléculas se pueden ver de una en una, es decir, para representar una nueva molécula hay que cerrar el fichero que se está viendo y abrir uno nuevo. Hay una variante de RASMOL, elaborada en la Universidad de Berkeley (California) que permite ver hasta cinco moléculas a la vez. El programa se llama RASWIN-UCB. La ventana gráfica tiene una barra de Menú con las siguientes opciones: FILE EDIT DISPLAY COLOURS OPTIONS EXPORT HELP USO DEL RATÓN Una vez representada la molécula, se puede manipular fácilmente con el ratón: PARA GIRAR LA MOLÉCULA: Mover el ratón apretando su botón izquierdo. PARA TRASLADAR LA MOLÉCULA: Mover el ratón apretando su botón derecho. ZOOM: Mover el ratón apretando su botón izquierdo mientras se aprieta la tecla SHIFT (mayúsculas). Además, hay una serie de comandos que determinan el funcionamiento del ratón cuando se “pincha” con él un determinado átomo o conjunto de átomos. Al escribir los comandos da igual hacerlo con mayúsculas que con minúsculas. Si se escriben mal el programa indicará que no reconoce el comando y hay que escribirlo de nuevo. SET PICKING IDENT: Este comando se activa por defecto. Gracias a él, cuando se pincha cualquier átomo de la molécula representada en la ventana gráfica aparece un texto en la ventana de comandos que indica de qué átomo se trata y el número ordinal que tiene asignado en el conjunto de la molécula (ojo, no tiene nada que ver con la numeración química de los átomos). En el caso de que la molécula sea una proteína también indica a qué aminoácido pertenece. En el caso de que la molécula sea un ácido nucleico, se indica también a qué base nitrogenada pertenece y en cuál de las dos hebras del DNA está ubicada. SET PICKING LABEL: Si se activa este comando, cada vez que pincho un átomo aparece una etiqueta que lo identifica sobre la misma ventana gráfica. Si pincho un átomo ya etiquetado, la etiqueta desaparece. Se puede cambiar el color del texto de la etiqueta mediante el comando COLOR LABEL RED (En este caso aparecerá en rojo, pero puedo indicar otros colores: white, green, yellow, purple, cyan, etc...). SET PICKING MONITOR: Es un comando que permite determinar (en Amstrongs) la distancia que separa dos átomos distintos de la misma molécula. Para ello se activa el comando y hay que pinchar en dos átomos. A continuación aparece un número en la ventana gráfica que indica la distancia que los separa. SET PICKING ANGLE: Es un comando que permite determinar el ángulo que forman tres átomos distintos de la misma molécula que estén conectados entre sí. Para ello se activa el comando y hay que pinchar en tres átomos que estén formando un ángulo entre sí. A continuación aparece un número en la ventana de comandos que indica el ángulo que forman. COMANDOS ÚTILES PARA UN ÁTOMO O GRUPO DE ÁTOMOS SELECT ATOMNO=1 Selecciona el átomo número 1 de la molécula. Este número no es el de la numeración química, sino el número que ese átomo tiene asignado de forma arbitraria dentro de esa molécula (el que aparece cuando utilizo el comando SET PICKING IDENT). Una vez seleccionado, los comandos que se introduzcan en la ventana de comandos actuarán únicamente sobre los átomos seleccionados. SELECT ATOMNO=1, ATOMNO=2, ATOMNO=3 He seleccionado los átomos con los números 1, 2 y 3. SELECT ATOMNO>=1 and ATOMNO<=6 He seleccionado los átomos con los números comprendidos entre 1 y 6. SELECT ALL He seleccionado todos los átomos de la molécula. COLOR GREEN Representa el átomo o grupo de átomos que haya seleccionado de color verde (o de otro color, si así lo indico). SPACEFILL 300 Este comando modifica el tamaño de la bola que representa al núcleo del átomo. Cuanto mayor sea el número que ponga en el comando, mayor será el tamaño. El número debe ser entero y estar comprendido entre 75 y 750. LABEL CARBONO Asigna al átomo seleccionado una etiqueta con el texto “carbono”. Puedo poner cualquier etiqueta cambiando el texto de la segunda palabra del comando. COLOR LABEL YELLOW Dibuja el texto de la etiqueta con el color indicado (en este caso, el amarillo). LABEL OFF Borra las etiquetas que pueda haber. COMANDOS ÚTILES PARA PROTEÍNAS Y ÁCIDOS NUCLEICOS STRUCTURE Indica los elementos de estructura secundaria que contiene la proteína (sólo funciona si esa información está contenida en el fichero PDB). SHOW INFO Representa en la ventana de comandos información sobre la molécula. SHOW SEQUENCE Representa en la ventana de comandos la secuencia de aminoácidos de la proteína o la secuencia de bases de un polinucleótido. SELECT RESNO=1 Selecciona todos los átomos que pertenecen al aminoácido (o nucleótido) en posición 1 de la molécula de proteína. Si hay varias cadenas (tanto de proteína como de ADN), selecciona los residuos en posición 1 de todas ellas. SELECT :a → Selecciona únicamente la cadena a SELECT 2:a → Selecciona el residuo en posición 2 de la cadena a SELECT :a, :b → Selecciona las cadenas a y b SELECT RESNO=1, RESNO=2, RESNO=3 He seleccionado los átomos que pertenecen a los aminoácidos (o nucleótidos) que ocupan las posiciones 1, 2 y 3 de la secuencia de la proteína. SELECT RESNO>=1 and RESNO<=6 He seleccionado los átomos que pertenecen a los aminoácidos (o nucleótidos) que ocupan las posiciones comprendidas entre 1 y 6. SELECT BACKBONE Selecciona el esqueleto de la cadena polipeptídica (que contiene los enlaces peptídicos) o el esqueleto azúcar-fosfato del polinucleótido. BACKBONE ON Representa el esqueleto de una cadena polipeptídica mediante una línea que une los carbonos alfa cada aminoácido de la proteína. COLOR BACKBONE GREEN Lo representa de color verde (o de otro color, si así lo indico). BACKBONE 60 Este comando permite variar el grosor del esqueleto para verlo mejor. El número debe ser igual o menor que 500. SELECT SIDECHAIN Selecciona las cadenas laterales de la cadena polipeptídica SELECT HYDROPHOBIC Selecciona todos los aminoácidos hidrofóbicos (apolares) de la proteína SELECT POLAR Selecciona todos los aminoácidos hidrofílicos (polares) de la proteína HBONDS ON Representa los puentes de hidrógeno de la molécula. Se borran con HBONDS OFF. SSBONDS ON Representa los puentes disulfuro de la proteína. Se borran con SSBONDS OFF.