modelo abi prism 310 por electroforesis capilar

MODELO APPLIED BIOSYSTEMS 3130 GENETIC ANALYZER
SISTEMA AUTOMÁTICO DE SECUENCIACIÓN, ANÁLISIS DE FRAGMENTOS Y
GENOTIPADO POR ELECTROFORESIS CAPILAR PARA 4 MUESTRAS SIMULTÁNEAS
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El Sistema Applied Biosystems 3130 es un Analizador Genético de ADN mediante
electroforesis capilar totalmente automático desde la carga de la muestra hasta su
análisis, que dispone de un sistema automático de llenado y alineamiento de los 4
capilares, de inyección automática y de software de análisis específico.
El equipo totalmente controlado por ordenador, utiliza la técnica de marcaje del DNA con
múltiples fluorocromos y es capaz de realizar Secuenciación de ADN, Análisis de
Fragmentos y Genotipado con los programas de Applied Biosystems: Sequencing
Analysis™ y GeneMapper™, e incorporar adicionalmente el programa SeqScape™ de
Identificación y Detecciópn de Mutaciones puntuales (SNPs) para hacer el procesamiento
automático completo de los datos analizados.
El Analizador Genético AB 3130 está diseñado con un array de 4 capilares no
recubiertos internamente y puede ampliar su capacidad a un array de 16 capilares
convirtiendo el equipo en un AB 3130xl de gran productividad.
El sistema consta de:
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Unidad de Electroforesis Capilar con placa de calentamiento capaz de controlar la
temperatura desde 18ºC hasta 65°C.
Fuente de alimentación que controla la tensión hasta 20.000 voltios.
Un detector simultáneo de distintas emisiones de fluorescencia con capacidad de
detección de hasta 5 fluorocromos.
Unidad óptica compuesta por un laser de argón iónico con potencia de 10mV y con
líneas espectrales de 488 nm y 514,5 nm.
Unidad de detección compuesta por cámara CCD que recoge en multi-frecuencia
todas las emisiones de fluorescencia de 514 a 680 nm. detectando todo el
espectro de emisión de cada uno de los marcadores fluorescentes.
Sistema de excitación de doble haz óptico, que compensa la diferencia de energía
a lo largo de los 4 capilares y proporciona así una mayor sensibilidad en la detección
de las distintas emisiones de fluorescencia en todas y cada una de las muestras.
Un Soporte electroforético de arrays de 4 capilares de 50 micras, disponible en 22
cm., 36 cm., 50 cm., y 80 cm. que se rellenan de forma automática con los mismos
polímeros tanto para secuenciación como para análisis de fragmentos. Puede utilizar
una completa gama de polímeros: POP-4, POP-6 y el nuevo POP-7.
Cargador automático de muestras compuesto por una bandeja de 96 ó 384 pocillos y
un sistema automático de inyección electrocinética de los fragmentos de ADN.
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Un sistema de control de temperatura de los capilares que asegura la máxima
reproducibilidad, esencial para muchas aplicaciones como en la técnica de AFLP’s.
Ordenador PC con procesador Pentium 4, 2GHz., sistema operativo Windows® XP,
1GB de RAM, dos discos duros de 36 GB, Monitor color de 17 pulgadas, unidad
lectora CD-ROM (40x), unidad grabadora de CD’s, tarjeta Ethernet e impresora color
El AB 3130 Genetic Analyzer incluye el control del sistema y el análisis de los datos que
se realiza mediante los programas cargados en una WorkStation en Windows® XP lo que
permite que el equipo funcione sin intervención del usuario de forma automática y
continuada durante las 24 horas alcanzando una capacidad de procesamiento de
muestras mayor de 144 secuencias ó 144 análisis de fragmentos diarios.
ESPECIFICACIONES TECNICAS:
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Programa Sequencing Analysis v5.2 para la secuenciación automática de las
muestras. Dispone de una gama de kits optimizados según dos estrategias de
marcaje: Cebadores marcados utilizando el marcaje fluorescente del cebador (Kits
Dye Primer 21M13 y M13 rev.) y Terminadores marcados utilizando el marcaje
fluorescente del dideoxinucleótido (kit Dye DichloroRhodamine Terminator y kit
BigDye™ Terminator v3.1). Gracias al sistema de control y su software el equipo
trabaja de forma automática y continua durante las 24 horas y puede realizar múltiples
módulos de carreras de secuenciación para cubrir todas y cada una de las
necesidades de los usuarios, entre las que se pueden destacar:
- Secuenciación Rápida: con capilares de 36 cm. y polímero POP-7™, el analizador
genético secuencia 500 bases en 35 minutos lo que permite realizar 41 carreras en 24
horas y conseguir una productividad de 164 muestras diarias.
- Secuenciación Estándar: con capilares de 50 cm., y polímero POP-7™, el analizador
genético secuencia 850 bases en 120 minutos lo que permite realizar 12 carreras en 24
horas y conseguir una productividad de 48 muestras diarias.
- Secuenciación de Larga Longitud: con capilares de 80 cm., y polímero POP-7™, el
analizador genético secuencia 950 bases en 170 minutos lo que permite realizar 8
carreras en 24 horas y conseguir una productividad de 32 muestras diarias.
Todas ellas con una exactitud del 98,5% y un nivel de error inferior al 2%.
Así, mediante Secuenciación Cíclica es posible abordar la secuenciación de todo tipo de
DNA molde desde el DNA monocatenario, el DNA bicatenario, plásmido, cósmido, fagos,
Bacs, Yacs, mitocondrial y productos de PCR de todo tamaño.
Lleva también incorporado el Sotware Factura para el control de calidad de las
secuencias.
* Programa SeqScape v2.5 que permite el uso de herramientas de comparación de
secuencias e identificación y descubrimiento de SNP’s.
SeqScapecontiene funciones de llamadas da base de datos, ensamblando las
secuencias y realizando el alineamiento de las mismas. Ofrece una solución integrada
con un sistema de medida de calidad y posibilidades de edición.
* Programa de Análisis de Fragmentos. Dispone de dos estrategias de marcaje
fluorescente de fragmentos de ADN:
Marcaje fluorescente del cebador con cuatro posibles fluorocromos diferentes y marcaje
fluorescente de los nucleótidos.
Determinación del Tamaño: Permite realizar la identificación de alelos según
nomenclatura determinada por el usuario o nomenclatura homologada, mediante
definición de hojas molde (templates) y manejo de mini programas internos (macros) y,
generar así el genotipo de cada individuo u organismo estudiado.
Cuantificación: Permite generar datos de comparación en áreas de pico, mediante
definición de hojas molde (templates) y manejo de mini programas internos (macros) y
facilitar así estudios de cuantificación relativa y determinación de estadísticas.
El manejo de los datos es sencillo ya que el programa permite exportarlo a bases de
datos y hojas de cálculo.
* Análisis de fragmentos para diferentes tipos de aplicaciones a seleccionar por el usuario
entre las que se pueden destacar:
- Microsatélites y Genotipado: con capilares de 36 cm. y polímero POP-7™, el
analizador genético analiza fragmentos de hasta 500 bases con resolución de 1 base y
una desviación estándar de 0,15 en 35 minutos, lo que permite realizar 41 carreras en
24 horas y conseguir una productividad de 164 análisis de fragmentos diarios
equivalentes a 3.280 genotipos al día (164 x 20 marcadores).
- Validación de Mutaciones / Screening:
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Identificación de polimorfismos de único nucleótido (SNP) utilizando fluorescencia
de 5 colores en fragmentos de hasta 120 bases, con capilares de 36 cm. y
polímero POP-4™ en 30 minutos lo que permite realizar 48 carreras en 24 horas y
conseguir una productividad de 1.920 genotipos diarios (48 x 4 x 10 plex).
Identificación de polimorfismos de único nucleótido (SNP) utilizando fluorescencia
de 5 colores en fragmentos de hasta 120 bases, con capilares de 22 cm. y
polímero POP-4™ en 15 minutos lo que permite realizar 96 carreras en 24 horas y
conseguir una productividad de 3.840 genotipos diarios (96 x 4 x 10 plex).
* Programa GeneMapper v3.7 de Análisis de Fragmentos y Genotipado Automático:
Este programa permite un rápido análisis de los resultados obtenidos con el Analizador
Genético Applied Biosystems 3130 referentes a análisis de fragmentos y genotipado
mediante microsatélites, polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) y polimorfismos de
fragmentos de restricción (AFLPs), entre otros.
GeneMapper v3.7 realiza la identificación de los fragmentos de DNA de interés y el
cálculo de su tamaño en nucleótidos, así como de la altura y área de los picos. Además,
identifica los alelos correspondientes a estos picos, mostrando la información de forma
gráfica y en tablas de resultados con el formato elegido por el usuario. Las plantilla de
marcadores y alelos contenidas en su base de datos pueden ser importadas desde un
documento de texto o generadas y actualizadas automáticamente a partir de los
resultados obtenidos.
GeneMapper está dotado de múltiples algoritmos de control de calidad específicos para
cada aplicación, gracias a los cuales informa de la fiabilidad de los genotipos obtenidos y
reduce el tiempo dedicado a la inspección de los resultados, siempre según los
parámatros seleccionados por el usuario. Cuenta así mismo con herramientas de edición
y de actualización de las plantillas de marcadores y alelos desde la ventana de
resultados.
Así mismo, permite compartir la información de forma sencilla, ya que toda las
herramientas (parámetros de análisis, formato de tablas, ...) y proyectos contenidos en su
base de datos son exportables.
Con la posibilidad de analizar más de 50.000 genotipos a la hora, GeneMapper™ es una
poderosa herramienta que da solución a los diferentes niveles de automatización que
conllevan las distintas aplicaciones del análisis genético (aplicaciones forenses,
identificación humana, tests de paternidad, pedigree, identificación de especies animales
y vegetales, estudios de genética molecular humana, mejora genética de especies
animales y vegetales,...).
La tecnología de los “5 colores” aplicada a un estándar interno de tamaño permite la
comparación con muestras de distintas carreras y de distintos días, la alineación de los
datos por tamaño en par de bases, obtención de una tabla con la representación de cada
uno de los picos de los capilares en tiempo de migración por minutos, tamaño del
fragmento en par de bases, altura de pico en unidades de fluorescencia, tipo de marcador
utilizado, número del pico identificado y nombre de la muestra.
Disponibles gran variedad de estándares de tamaño marcados con el 5º fluorocromo
como el GeneScan™-120 LIZ™ diseñado para utilizarse con el Kit SnaPshot Multiplex, y
el GeneScan-500 LIZ que con la tecnología de los 5 colores aumenta la productividad del
análisis, permitiendo utilizar 4 fluorocromos para marcar los fragmentos y un 5º
fluorocromo como estándar interno en el mismo capilar. Así mismo están disponibles
estándares de tamaño de 350, 400, 500, 1.000 y 2.500 pares de bases.
La amplia gama de kits desarrollados por Applied Biosystems para el análisis de las
distintas aplicaciones en el análisis genético que están disponibles a los usuarios, se
actualizan y mejoran constantemente, están probados y garantizados y tienen el respaldo
constante del departamento de Soporte de Aplicaciones.
Incluye los kits para puesta en marcha y estandarización, instalación, manuales de
usuario y curso de entrenamiento completo para dos personas durante tres días en
nuestro laboratorio de aplicaciones.