Introducción al Modelado de Nichos Ecológicos y Distribuciones de

Introducción al Modelado de Nichos
Ecológicos y Distribuciones de Especies
Enrique Martínez Meyer
emm@ib.unam.mx
Instituto de Biología
Universidad Nacional Autónoma de México
Saber con qué especies compartimos el planeta y en donde viven
han sido preguntas fundamentales desde siempre
COLECCIONES CIENTÍFICAS
BIBLIOTECAS DE LA BIODIVERSIDAD
300 años de colectas sistemáticas
Distintas colecciones científicas
alrededor del mundo
COLECCIONES CIENTÍFICAS
BIBLIOTECAS DE LA BIODIVERSIDAD
Fuente de información primaria
sobre biodiversidad
3 mil millones de ejemplares en el mundo
¿Qué es la distribución geográfica de una especie?
En la definición más simple, es su arreglo espacial en
el planeta. Es la descripción geográfica de donde vive.
¿Qué es la distribución geográfica de una especie?
Una cosa es qué es la distribución y otra es cómo la
representamos
Representación de la distribución de las especies
Tradicionalmente, la distribución de las especies se ha
representado de manera cartográfica a partir de los
puntos georreferenciados sobre mapas
Sin considerar los factores locales que la determinan
Las nuevas tecnologías y disciplinas emergentes, como la Informática de
la Biodiversidad, han impulsado el desarrollo de enfoques metodológicos
que permiten generar información útil a partir de datos incompletos; tal
es el caso del modelado de los nichos ecológicos de las especies y de
sus distribuciones geográficas
El modelado de nichos y distribuciones de especies
se ha vuelto un enfoque muy popular en los últimos
15 años
¿Qué es el nicho ecológico?
1. 
El área particular de un hábitat que ocupa un
organismo
2. 
La función o posición de un organismo o
población en una comunidad ecológica
Joseph Grinnell (1916-28)
“…the ultimate distributional unit, within which
each species is held by its structural and
instinctive limitations” (1924).
Every species has its own physiological, morphological, and
behavioral profile, which makes it suitable to occupy particular
spaces offered by nature.
Joseph Grinnell (1916-28)
La distribución de las especies tiene una organización escalar con
determinantes distintos en cada nivel
California Thrasher
(Toxostoma redivivum)
Alimento
Nicho
Ecológico o
Ambiental
Sitios de Anidamiento
Refugios contra depredadores
Charles Elton (1927)
“...[‘Niche’ describes] the status of an
animal in its community, to indicate what is
doing and not merely what it looks like...”
“…the ‘niche’ of an animal means its place
in the biotic environment, its relation to food
and enemies.”
El enfoque es con respecto al papel funcional de las especies
en las redes tróficas. Las condiciones abióticas no son
consideradas
Charles Elton (1927)
Comunidad de Mamíferos de África
Depredadores
tope
Mesocarnívoros
Hervíboros
grandes
Hervíboros
menores
G. Evelyn Hutchinson (1944-58)
Humedad
“The term niche... is here defined as the
sum of all the environmental factors acting
on the organism; the niche thus defined is a
region of an n-dimensional hyperspace...” (1944).
Espacio ecológico
Temperatura
“…if this procedure could be carried out [with] all Xn variables, both
physical and biological, the fundamental niche of species will completely
define its ecological properties. The fundamental niche defined in this way
is merely an abstract formalization of what is usually meant by an
ecological niche” (1957).
G. Evelyn Hutchinson (1944-58)
Las condiciones bajo las cuales las especies podrían vivir son
a menudo más amplias que las condiciones en donde en
realidad viven, y esto se debe frecuentemente a las
interacciones bióticas.
Nicho Fundamental: todo el espacio del hipervolumen n-dimensional en
la ausencia de otras especies.
Nicho efectivo, materializado, realizado (Realized niche): la parte del
nicho fundamental en la que las especies están restringidas por las
interacciones interespecíficas.
Humedad
G. Evelyn Hutchinson (1944-58)
Temperatura
“every point of which corresponds to a state of the
environment which would permit the species to exist
indefinitely” (1957).
Hay 3 preguntas que son importantes
considerar dentro de este concepto
1) ¿Qué es existir indefinidamente?
2) ¿Qué es el estado del ambiente? O dicho
de otra forma ¿qué variables constituyen el
hipervolumen?
3) ¿Cómo es la relación entre las variables y
las especies?
1) ¿Qué es la existencia de una especie?
Desde el punto de vista poblacional, es en donde
la tasa intrínseca de crecimiento poblacional (r) es
mayor a 0
Sin embargo….
Hay elementos ajenos al nicho que afectan r :
a)  Factores de denso-dependencia e interacciones
interespecíficas
b)  Procesos de migración que conforman sistemas
fuente-sumidero
2) ¿Qué variables constituyen el hipervolumen?
pH
Humedad
“the set, in a multidimensional space, of
environmental states within which a species is able to
survive” (Hutchinson 1957).
Temperatura
Variables no interactuantes
CO2
Variables interactuantes
3) ¿Qué relación existe entre las variables y las especies?
Escenopoéticas
Humedad
Variables no interactuantes = Independientes de la especie
Temperatura
pH
Variables interactuantes = Se ven modificadas por la especie
Ligadas dinámicamente
Bionómicas (sensu Hutchinson 1978)
Abundancia de alimento
3) ¿Qué relación existe entre las variables y
las especies?
Es dependiente de la escala
Escenopoéticas
Nichos
Grinnellianos
Ligadas
Dinámicamenete
Nichos Eltonianos
La Dualidad de Hutchinson
Espacio geográfico
2-dimensiones
Espacio ecológico
N-dimensiones
El espacio G se representa por
medio de celdas
Cada celda del espacio G tiene una
combinación de variables en el
espacio E
Así, un nicho es un subconjunto de E, y un área de distribución es un
subconjunto de G, definidos ambos en términos de propiedades biológicas y
ecológicas de una especie.
Diagrama BAM
(Soberón y Peterson 2005)
El diagrama BAM, ilustral los tres dominios determinan las áreas de distribución
de las especies: A, B y M.
Los círculos cerrados representan datos de presencias y los abiertos diferentes
clases de ausencias.
Formalización del BAM
rj
1 dxij
rj
j rj
j r
= ri (e ) − ϕi ( x ; Ri ) +ψ ( x; T)
j
x i dt
r
r
j
j
j
ϕi ( x ; Ri )
rj
ri (e )
Grinnell,
Variables
escenopoéticas
B
A
Elton,
Variables
interactuantes
r
ψ ( x; T)
j
M
G
Movimiento
- A: Región del planeta donde se encuentran las
condiciones escenopoéticas favorables para una sp.
- Área Ocupada (GO): La región del planeta donde
la probabilidad de encontrar a una especie sería alta.
Es también, por hipótesis, la región donde coinciden
los factores A, B y M.
- Área Invadible (GI): La región del planeta en
donde, además de condiciones escenopoéticas
favorables, existe un ambiente biótico adecuado
para la especie.
- Distribución Potencial (Gp): Es la suma de GO+GI
- G-espacio: Región del planeta, expresada como
una retícula en un SIG. Un espacio G tiene
una extensión (México, Norte América) y
una resolución (tamaño de las celdas en
la retícula).
- Región de Accesibilidad (M). Región del planeta
que la especie ha podido "muestrear", en el sentido
de haber sido accesible a propágulos, dispersores,
durante un cierto periodo.
E-espacio: Un espacio abstracto, compuesto por
las n variables escenopoéticas utilizadas para
representar las condiciones ambientales que una
especie tolera. Habitualmente compuestos
por variables bioclimáticas o topográficas o
ambas. Es frecuente utilizar también
transformaciones de éstas, como componentes
principales.
Nichos Grinnellianos: Un subconjunto del
espacio E compuesto por variables
escenopoéticas.
Nicho Fundamental (NF): El conjunto de condiciones escenopoeticas que permiten que una
especie sobreviva (que su tasa intrínseca de crecimiento sea positiva). Generalmente imposible
de medir, pero se puede aproximar mediante experimentos fisiológicos. Es la elipse de color rojo.
Nicho Fundamental Existente (N*F ): La intersección del nicho fundamental con el espacio de
variables ofrecidos por G. Son todos los puntos (rojos y azules) dentro de la elipse en
la ilustración.
Nicho Realizado (NR): Lo que queda del nicho fundamental existente en donde en realidad vive
la especie, considerando las interacciones con competidores, depredadores, etc. Son los puntos
azules del diagrama.
El Modelo BAM en los espacios geográfico y
ecológico
Geographic space
Environmental space
B
A
E
y
e2
D
C
x
e1
Known species occurrence record
Occupied distributional area, G-o (left panel)/
Occupied niche space, E-o (right panel)
Abiotically suitable area, G-a (left panel)/
Scenopoetic existing fundamental niche, E-a (right panel)
Mundo de Hutchinson
Se supone que la dispersión no es una limitante al área ocupada. Especies con
amplia capacidad de dispersión, o de distribuciones continentales pueden ser
buenos ejemplos.
1) Todas las ausencias tienen una sola causa
(medio ambiente inadecuado).
2) Las presencias se deben a un único factor,
por lo que todos los errores
de comisión se deberían a una
pobre estimación de un factor para el cual
existen datos (variables ambientales).
3) En este escenario Go = A y
los métodos basados en presencias
solas harán un buen o mal trabajo de estimar
ambas zonas por igual.
Un post-proceso
utilizando hipótesis biogeográficas para recortar
el área estimada puede ser innecesario.
Mundo de Wallace
El factor limitante para establecer el área ocupada Go es la capacidad
de dispersión. Especies limitadas a ambientes muy particulares
(cuevas, pequeños cuerpos de agua, etc.) pueden ser ejemplos de este escenario.
1) Todas las ausencias tienen una sola causa
(la incapacidad de dispersarse).
2) Las presencias se deben a un único factor,
por lo que todos los errores
de comisión se deberían a una
pobre estimación de un factor para el cual no
existe información (la dispersión).
3) En este escenario A contiene a Go
y los métodos basados en presencia solas, en
el mejor de los casos, proveerán de
una estimación mas o menos completa de A.
El proceso de modelado de nichos ecológicos y
distribuciones geográficas
Espacio Geográfico
Humedad
Espacio Ecológico
Modelo de Nicho Ecológico
Algoritmo de
Modelado
Regresión logística, Análisis
de Cluster, GARP, Redes
Neuronales, MaxEnt, etc.
Temperatura
Datos de entrada
Producto
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Información
Ambiental
Proyección de vuelta al
espacio geográfico
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Registros de presencia
de una especie
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Predicción de distribución
En un modelo de nicho ecológico ¿qué representan las áreas de
“sobrepredicción”?
Furcifer pardalis
Relación entre los espacios geográfico y ecológico: la
dualidad de Hutchinson
Espacio geográfico
2-dimensiones
Espacio ecológico
N-dimensiones
Para cada punto en el espacio
geográfico existe 1 y sólo 1 punto en
el espacio ecológico; en cambio, para
cada punto en el espacio ecológico
puede haber más de un punto en el
espacio geográfico
El proceso de modelado de nichos y
distribuciones
Geographic space
Geographic space
3
2
y
y
1
x
x
Environmental space
E2
E1
Distribución de Camaleones en Madagascar
Raxworthy et al. 2003. Nature
Áreas de distribución de especies conocidas y nuevas:
los camaleones en Madagascar
Furciferverrucosus
oustaleti
Furcifer
Furcifer
pardalis
Brookesia
stumpffi
C. nasuta
C. parsonii
F. lateralis
F. pardalis
F. oustaleti
F. verrucosus
B. nasus
B. stumpffi
B. superciliaris
NE Manongari
+
Bemanevika
+
Lohanandroranga +
Tampolo
Andranomay
+
Ambatovy
+
Ankazomivady
+
And./Rano. Corridor +
Ivohibe Corridor
+
Bemananteza
Berara
C. gastrotaenia
Sitios
C. brevicornis
Capacidad predictiva de los modelos
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-
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+
+
-
Áreas de distribución de especies conocidas y nuevas
Muestreos
recientes:
Furcifer oustaleti
Furcifer verrucosus
Furcifer pardalis
Brookesia stumpffi
7 especies
nuevas
localmente
endémicas
en sitios de
sobrepredicción de
los modelos
El conservadurismo de nicho es el marco conceptual y el supuesto de trabajo
para transferir modelos a escenarios alternativos en tiempo y espacio
El conservadurismo de nicho es la
tendencia de las especies a
mantener estables en el tiempo
caracteres de sus nichos ecológicos
cuando se enfrentan a condiciones
ambientales nuevas
En el contexto del MNE, estos
caracteres se refieren a las
toleracias fisiológicas a variables del
ambiente que determinan sus
distribuciones geográficas
Wiens, JJ & MJ Donoghue. 2004. TREE 19:639-644
El modelado de nichos ecológicos a través del espacio
Algoritmo de
Modelado
Regresión logística, Análisis
de Cluster, GARP, Redes
Neuronales, MaxEnt, etc.
Humedad
Espacio Ecológico
Modelo de nicho
Proyección al
Escenario geográfico
Temperatura
Espacio Geográfico
Datos de entrada
Región Nativa
Información
Ambiental
Productos
Otra Región
Localidades de registro
de la especie
Información
ambiental
Distribución nativa
predicha
Distribución
predicha en otra
región
Potencial de invasión de especies exóticas
Zambrano et al. 2006. Canadian J. Fisheries
Distribución nativa de la carpa
comun (Cyprinus carpio)
Potencial de invasión de especies exóticas
Zambrano et al. 2006. Canadian J. Fisheries
Distribución potencial en
América.
Los puntos representan
poblaciones establecidas
El modelado de nichos ecológicos en el tiempo
Humedad
Espacio Ecológico
Modelo de nicho
Algoritmo de
Modelaje
Regresión logística, Análisis
de Cluster, GARP, Redes
Neuronales, MaxEnt, etc.
Proyección al
escenario geográfico
Temperatura
Espacio Geográfico
Datos de entrada
Productos
Tiempo 2
Tiempo 1
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Localidades de registro
de la especie
Información
ambiental
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Información
Ambiental
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Distribución predicha
para el T1
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Distribución
predicha para el T2
¿Cómo han respondido las especies a cambios
climáticos anteriores?
Martínez-Meyer et al. 2004. Global Ecology & Biogeog.
Modelo de nicho
Localidades de
presencia
+
topo (Scalopus aquaticus)
P
GARP
T°
Proyección
Registros fósiles del
Pleistoceno
Sobreposición
topo (Scalopus aquaticus)
Condiciones ambientales en la
última glaciación (18k años)
Para 23 especies de mamíferos
(representando 6 órdenes y 15 familias)
N
PL a RE (P)
RE a PL (P)
9
< 0.05
< 0.05
80
3
6
< 0.05
< 0.05
< 0.1
> 0.1
60
5
> 0.1
> 0.1
Pleistocene predicts Present (% correct)
100
40
La mayoría de las
especies tienden a
seguir sus nichos a
través del espacio
20
0
0
20
40
60
80
Present predicts Pleistocene (% correct)
100
Efecto del cambio climático en la distribución de
2 salamandras en el centro de México
Parra et al. 2005. Biotropica 37: 202-208
Pseudoeurycea cephalica
Especie
P. leprosa
P. cephalica
Pseudoeurycea leprosa
Distribucion
Distribucion
Historica
predicah al 2050
27,025 km2
44,551 km2
7,204 km2
39,356 km2
Se mantiene
Se peirde
Se gana
6,861 km2
20,164 km2
343 km2
(25.38%)
(74.61%)
(1.26%)
37,794
6,757 km2
1,562 km2
(84.83%)
(15.16%)
(3.50%)
Recapitulando:
El proceso del modelado de nichos
Paso 1
Reunir y procesar datos biológicos:
1.  Georreferenciar y dar formato a datos de
presencia (y de ausencia cuando existen) de las
especies a analizar.
2.  Cuando es necesario, manipular los datos para
reducir el sesgo del muestreo
Reunir y procesar capas ambientales para generar
las variables predictoras:
1.  Dar formato adecuado
2.  Seleccionar el área de análisis
3.  Analizar las capas para identificar problemas de
colinealidad y, en su caso, reducir el número de
variables
Recapitulando:
El proceso del modelado de nichos
Paso 2
Decidir el tipo de algoritmo de modelación (e.g.,
GLM, GAM, GARP, MaxEnt, Bioclim, etc.) según el
tipo de datos biológicos con los que se cuenten
(e.g., sólo presencia, presencia-ausencia)
Calibrar y parametrizar el algoritmo de modelado:
1.  Establecer los datos de calibración/validación
2.  Establecer los parámetros de modelación
3.  Hacer pruebas para determinar la importancia
de las variables predictoras
Recapitulando:
El proceso del modelado de nichos
Paso 3
Validar los modelo resultantes mediante la colecta
de nuevos datos o mediante una partición a priori
usando métodos estadísticos (e.g., AUC, Kappa, X2,
etc.)
Proyección del modelo en espacio geográfico
Recapitulando:
El proceso del modelado de nichos
Paso 4
Proyección a otro escenario geográfico (espacial o
temporal) y evaluar estadísticamente (si es posible)
dicha predicción
Procesamiento post hoc para abordar la pregunta
inicial, e.g.:
1.  Recortar el mapa de distribución potencial para
aproximarlo a distribución histórica o actual.
2.  Análisis de distribución en espacio ecológico
En resumen
Los MNE son métodos de tipo correlativos, estáticos y no
mecanísticos, que funcionan identificando las relaciones que
existen entre las condiciones del ambiente y los sitios de
presencia de las especies.
Para hacer el mejor uso de los MNE es muy importante
conocer su funcionamiento, pero igualmente importante es
necesario conocer las limitaciones de las fuentes de datos,
algoritmos y del enfoque metodológico en general
A pesar de sus limitaciones, los modelos de nicho son una
herramienta útil para generar hipótesis geográficas sobre la
distribución presente, pasada y futura de las especies