ejemplos de estructuras terciarias de proteínas

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FACULTAD DE QUÍMICA
DEPARTAMENTO DE BIOQUÍMICA
CURSO DE BIOQUÍMICA
(CLAVE 1508)
Licenciaturas de QFB y QA
Prof. Laura Carmona Salazar
Grupos: 03
Semestre: 13-I
Este material es exclusivamente para uso educativo y no de lucro
IDENTIFICACIÓN DE MOTIVOS, ESTRUCTURA SECUNDARIA Y DOMINIOS EN UNA
ESTRUCTURA TERCIARIA
MOTIVO
DOMINIO
GIRO
ESTRUCTURA
SUPERSECUNDARIA
ESTRUCTURA SECUNDARIA
Arreglo (estructura
tridimensional) local
de los aminoácidos
ESTRUCTURA TERCIARIA (ESTRUCTURA NATIVA)
FUNCIÓN BIOLÓGICA
ESTRUCTURA TERCIARIA
1) Estructura tridimensional de la proteína.
2) Presenta actividad biológica (estructura nativa).
3) Está dada por la manifestación de las interacciones de
los grupos R de los aminoácidos:
a) Interacciones hidrofóbicas.
ENLACES
b) Interacciones electrostáticas.
NO-COVALENTES
c) Puentes de hidrógeno.
d) Puentes disulfuro.
4) Es una consecuencia de la estructura primaria y es por
tanto, específica.
5) Es estable.
6) Los grupos polares tienden a estar en la superficie
7) Los grupos hidrofóbicos tienden a mantenerse
internamente
Fuerzas que generan y estabilizan la
estructura terciaria de las cadenas polipeptídicas
ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS
PUENTES DE HIDRÓGENO
HIDROFÓBICAS
ELECTROSTÁTICAS
IÓNICAS/SALINAS
HIDROFÓBICAS
PUENTES DE
HIDRÓGENO
PUENTES
DISULFURO
Puentes de Hidrógeno
Coordinación con iones metálicos
M2+
70
+
NH3
RMET
RILE
103
RFEN
30
O
H
O-
RVAL
RLEN
97
CH2
COO-
COO-
85
O C
CH2
CH2
45
Interacciones hidrofóbicas
H3N+
CH2
H2C CH
2
H2C
CH2
S
S
CH2
Puente disulfuro
Interacciones
electrostáticas
ESTRUCTURA TERCIARIA
DEL CITOCROMO c
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
MIOGLOBINA
QUIMOTRIPSINA
CADENA β DE HEMOGLOBINA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(a) CADENAS BETA DE LA HEMOGLOBINA.
(b) PROTEINA DEL VIRUS DEL
MOSAICO DEL FRIJOL
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(c) ISOMERASA DE
TRIOSAS FOSFATO
(d) CARBOXIPEPTIDASA
EJEMPLOS DE ESTRUCTURAS TERCIARIAS DE PROTEÍNAS
(e) CITOCROMO c
(f) INSULINA
ESTRUCTURA CUATERNARIA (ESTRUCTURA NATIVA)
FUNCIÓN BIOLÓGICA
ESTRUCTURA CUATERNARIA
* Es la estructura que se forma cuando dos o más polipéptidos se unen entre sí
para formar una proteína con una función biológica.
* Los polipéptidos que forman una proteína se llaman subunidades u oligómeros.
Éstos pueden ser idénticos o diferentes.
* Las interacciones que unen a los oligómeros pueden ser hidrofóbicas o
puentes de Hidrógeno o iónicas o enlaces S – S.
* Si los monómeros que forman un dímero son iguales forman un homodímero,
por ejemplo y si son diferentes forman un heterodímero
* Puede haber proteínas diméricas, triméricas, tetraméricas, etc., que están
formadas por dímeros, trímeros, tetrámeros, etc.
* Las proteínas con estructura cuaternaria pueden ser:
GLOBULARES O FIBROSAS (aunque también las proteínas con sólo estructura
terciaria pueden ser globulares) .
EJEMPLOS DE PROTEÍNAS CON ESTRUCTURA CUATERNARIA
EL ARREGLO DE UNA PROTEÍNA PARTICULAR
ES EL RESULTADO DE
SU SECUENCIA ÚNICA Y ESPECÍFICA DE
AMINOÁCIDOS
Y
ES
INDISPENSABLE
PARA
SU
FUNCIONALIDAD
Ha y Loh, 2012
Chemistry 18 (26):7984
LAS PROTEÍNAS SON MOLÉCULAS FLEXIBLES
CAPACES DE ADOPTAR DIFERENTES CONFORMACIONES
Dominio amino carboxilo
Ha y Loh, 2012
Chemistry 18 (26):7984
UN ENTORNO CELULAR IMPLICA UNA ESTRUCTURA PROTEICA
ESPECÍFICA
DÍA SOLEADO
Entorno:
Temperatura
Humedad
Presión
NIÑOS CON
ROPA LIGERA
CAMBIOS EN EL
ENTORNO
PUEDEN PROVOCAR
CAMBIOS
EN LA ESTRUCTURA
LA FUNCIÓN DE UNA PROTEÍNA DEPENDE
DE SU ESTRUCTURACIÓN CORRECTA
LA PÉRDIDA DE LA ESTRUCTURA CONDUCE A LA
PÉRDIDA DE FUNCIÓN
ESTADO CONOCIDO COMO
DESNATURALIZACIÓN
Pérdida de la estructura terciaria de una proteína. Desnaturali_
zación.
Proteína en
estado
nativo
Actividad biológica
Proteína en estado
desnaturalizado
Sin actividad
Conformación termodinámicamente
más estable.
Pérdida de la estructura
terciaria, y en las que la tienen,
de la cuaternaria
AGENTES DESNATURALIZANTES:
pH extremos, temperaturas extremas, altas
Fuerzas iónicas, detergentes
Agentes reductores de puentes disulfuro
AGENTES DESNATURALIZANTES:
•pH (rompe puentes de H y salinos)
•TEMPERATURA (perturba puentes de H y salinos)
•SOLVENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•ALTAS FUERZAS IÓNICAS (perturba puentes salinos, y de H)
•DETERGENTES (perturba interacciones hidrofóbicas)
•AGENTES REDUCTORES DE GRUPOS S-S
(reducen puentes disulfuro)
β−mercaptoetanol
ditiotreitol
Todos ellos perturban las estructura secundaria, terciaria y cuaternaria
de las proteínas, pero nunca alteran la estructura primaria, ya que estos
agentes sólo rompen interacciones no covalentes (excepto los agentes
reductores de S-S)
Pérdida de la estructura terciaria de una proteína. Desnaturali_
zación.
El caso de la Ribonucleasa (proteína que degrada al RNA)
92
58
Puentes disulfuro
65
110
26
95
40
Estado
nativo
Urea + β-MSH
Conformación termodinámicamente
más estable.
Actividad biológica
Agentes reductores de S
S
2 SH
65
40
92
Estado
desnaturalizado
58
84
26
110
Sin actividad
95
Puentes
disulfuro reducidos
92
-Urea - βMSH
58
65
110
Estado Re-naturalizado
26
95
40
Pérdida de la estructura
terciaria, y en ciertos
casos, de la cuaternaria
PLEGAMIENTO DE PROTEÍNAS
LAS
PROTEÍNAS
ADOPTAN
DURANTE Y DESPUÉS DE SU
BIOSÍNTESIS EN LOS RIBOSOMAS,
LA ESTRUCTURA TRIDIMENSIONAL
QUE LES PERMITE LLEVAR A CABO
SU
FUNCIÓN
BIOLÓGICA
ESPECÍFICA
ALGUNAS PROTEÍNAS REQUIEREN DE UN PLEGAMIENTO
ASISTIDO (POR OTRAS PROTEÍNAS “CHAPERONAS”)
LAS PROTEÍNAS SE
PLIEGAN
RÁPIDAMENTE
(PARADOJA
DE
LEVINTHAL)
PROTEÍNA
(100 aa)
c/aa
10 conformaciones
10010
c/conformación = 1077 años
10-13 s
ALGUNAS PROTEÍNAS REQUIEREN DE UN PLEGAMIENTO
ASISTIDO (POR OTRAS PROTEÍNAS “CHAPERONAS”)
PROTEÍNAS.- FUNCIONES BIOLÓGICAS
a) Enzimas.- Actividad catalítica
b) Hormonas
c) Anticuerpos
d) Receptores en membranas
Reconocimiento específico
de ligandos, sin transformarlo
e) Unión de alguna especie
para transporte
f) Acarreadores en membranas:- reconocimiento, transporte y a
menudo, actividad catalítica
g) Estructurales.- Andamios moleculares
CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS DE ACUERDO A SU
NIVEL DE ESTRUCTURACIÓN:
PROTEÍNAS FIBROSAS.- Constan mayoritariamente de un único tipo de
estructura secundaria (α-QUERATINA, COLÁGENO)
DAN SOPORTE, FORMA Y PROTECCIÓN EXTERNA
PROTEÍNAS GLOBULARES.- Contienen varios tipos de estructura
secundaria (MIOGLOBINA)
SON ENZIMAS Y PROTEÍNAS REGULADORAS
QUE TIENEN PATRONES DE PLEGAMIENTO MUY COMPLEJOS
PROTEÍNAS FIBROSAS
♣ CONFIEREN FUERZA Y/O ELASTICIDAD
♣ SU UNIDAD ESTRUCTURAL FUNDAMENTAL ES LA REPETICIÓN DE UN
ELEMENTO SIMPLE DE ESTRUCTURA SECUNDARIA
♣ SON INSOLUBLES EN AGUA (ELEVADO CONTENIDO DE aa HIDROFÓBICOS)
ESTRUCTURA
CARACTERÍSTICAS
HÉLICE α
Estructuras protectoras
insolubles y resistentes,
de dureza y flexibilidad
variables
TRIPLE HÉLICE
Elevada resistencia a la
tensión, sin capacidad
de estiramiento
EJEMPLOS
α-QUERATINA (cabello,
plumas y uñas)
COLÁGENO (de los
tendones, matriz
ósea)
LA α-QUERATINA
=
ENROLLAMIENTO
EN SUPERHÉLICE
(LEVÓGIRO)
RESIDUOS HIDROFÓBICOS
INTERACCIONES:
Puentes de hidrógeno
Hidrofóbicas
Puentes disulfuro
Estructura
cuaternaria
Estructura
secundaria
EL PAPEL DE LOS AGENTES DESNATURALIZANTES
DURANTE LA ONDULACIÓN PERMANENTE
Temperatura
Ruptura de puentes de Hidrógeno
Agente
reductor
LAVADO
Agente
oxidante
EL COLÁGENO
Hélice α
LEVÓGIRA
(3 residuos por vuelta)
Gly-X-Pro
Gly-Pro-4-HyP
SUPERENROLLAMIENTO
DEXTRÓGIRO
(3 cadenas α)
GLICINA
ESCORBUTO (Deficiencia en Vitamina C) requerida para la
hidroxilación de PROLINA
IMPORTANCIA DE LA VITAMINA C PARA LA HIDROXILACIÓN
DE LA PROLINA, RESIDUO NECESARIO PARA LA
CORRECTA ESTRUCTURACIÓN DEL COLÁGENO
Prolil 4-hidroxilasa
Prolil 4hidroxilasa
ESCORBUTO
1 millón de marinos
murieron
entre 1600-1800
PROTEÍNAS GLOBULARES
♣ LOS DIFERENTES SEGMENTOS DE UNA CADENA POLIPEPTÍCA SE PLIEGAN
UNOS SOBRE OTROS (TIENEN UNA FORMA COMPACTA)
♣ DIVERSIDAD ESTRUCTURAL
♣ TIENEN AMPLIA VARIEDAD FUNCIONAL
LA MIOGLOBINA
CARACTERÍSTICAS:
Primer proteína cristalizada
Es fijadora de O2 de células musculares
16700 (153 residuos) una sola cadena polipeptídica
Un grupo hemo o ferroprotoporfirina
HEMO
Estructura terciaria
Leu, Ile, Val, Phe
Pro
EL GRUPO HEMO, UN GRUPO MUY VERSATIL
Protoporfirina
His 93
LA MIOGLOBINA
ACCESO RESTRINGIDO
Necesario para protección
del grupo HEMO
64
98
HEMOGLOBINA
Se localiza en los eritrocitos (glóbulos rojos sanguíneos)
Su función es transportar oxígeno
Une oxígeno
TIENE ESTRUCTURA CUATERNARIA
Es tetramérica (Mr 64 500) tiene 4 grupos
prostéticos (gpos HEMO) unidos a cada una
de las cadenas polipeptídicas
TIENE DOS CADENAS α Y DOS CADENAS β
Mioglobina
Subunidad β
de la Hemoglobina
LA HEMOGLOBINA CAMBIA SU ESTRUCTURA CUANDO UNE EL OXÍGENO
ES UNA PROTEÍNA ALOSTÉRICA (CAMBIA DE FORMA)
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