Tema 3. Proteínas: composición y estructura

Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura TEMA 3. Proteínas: composición y estructura. Enlace pep)dico. Pép0dos. Niveles de organización estructural de las proteínas. Estructura primaria. Proteínas homólogas. Estructura secundaria, terciaria y cuaternaria de las proteínas. Principales mo0vos de estructura secundaria: hélices alfa, láminas beta y giros beta. Fuerzas que estabilizan la estructura tridimensional. Desnaturalización de las proteínas. Principales agentes desnaturalizantes. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura OBJETIVOS •  Reconocer los niveles estructurales de las proteínas. •  Comprender el concepto de homología. •  Familias de proteínas. Ortólogos y parálogos. •  Diferenciar las dis0ntas estructuras secundarias. •  Comprender los factores que determinan su estructura tridimensional. •  Relacionar la estructura con la función de las proteínas. •  Comprender cómo la estructura y la función se alteran cuando cambia el entorno molecular. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura LOS AMINOÁCIDOS SE PUEDEN UNIR POR ENLACES PEPTÍDICOS Dos aminoácidos Eliminación de una molécula de agua Enlace pep)dico ... Formación del enlace CO-­‐NH Extremo amino Extremo carboxilo GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4ª ed. 2009. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PEPTIDOS Y PROTEINAS •  PépOdo: hasta 50 aminoácidos. •  OligopépOdo: pép0do pequeño. •  PolipépOdo: pép0do grande. •  Oligómero: proteína formada por subunidades idén0cas llamadas protómeros. •  Proteínas sencillas y conjugadas (poseen grupo prostéOco). Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura GLUTATIÓN Glu-­‐Cys-­‐Gly (L-­‐glutamil-­‐L-­‐cisteinil-­‐glicina) •  Principal pép0do de las células. •  Papeles biológicos: -­‐ Defensa celular contra compuestos oxidantes: H2O2 + 2GSH GSSG + 2 H2O. -­‐ Mantenimiento de las proteínas en estado reducido. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PÉPTIDOS PEQUEÑOS CON FUNCIONES BIOLÓGICAS IMPORTANTES •  Hormonas: oxitocina (9 aacs), factor liberador de 0rotropina (3 aacs). •  AnObióOcos. •  Venenos (amani0na). •  Edulcorante (aspartamo). Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PROTEÍNAS: PRINCIPALES POLÍMEROS ESTRUCTURALES Y FUNCIONALES DE LOS SERES VIVOS •  Catálisis de reacciones enzimá0cas, transporte de vitaminas, minerales, oxígeno y combus0bles. •  Estructura de tejidos, transmisión nerviosa, contracción muscular y mo0lidad celular. •  Coagulación sanguínea, defensas inmunológicas, hormonas y moléculas reguladoras. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura CLASIFICACIÓN DE PROTEÍNAS SEGÚN SU GRUPO PROSTÉTICO CLASE GRUPO PROSTÉTICO EJEMPLO Lipoproteínas Lípidos B-­‐Lipoproteína Glucoproteínas Carbohidratos Ig G Fosfoproteínas Fosfato Caseína leche Hemoproteínas Hemo Hemoglobina Flavoproteínas Nucleó0dos flavina Succinato DH Metaloproteínas Hierro Ferri0na Zinc Alcohol DH Calcio Calmodulina Molibdeno Dinitrogenasa Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura SECUENCIA DE LA INSULINA DE VACA La insulina 0ene dos cadenas unidas por dos puentes disulfuro. La cadena A 0ene 21 aa y la B 0ene 30 aa. GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4ª ed. 2009. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura NIVELES DE ORGANIZACIÓN DE LAS PROTEÍNAS Estruct. Primaria Estruct. secundaria Estruct. terciaria Estruct. Cuaternaria Aminoácidos Hélice alfa Cadena polipep)dica Subunidades ensambladas Lehninger Principles of Biochemistry. 5ª ed. Freeman, 2009. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura FACTORES QUE DETERMINAN LA CONFORMACIÓN PROTEICA •  Además de la estructura primaria, las condiciones csico-­‐químicas del entorno: el pH, concentración salina, temperatura y otros factores ambientales. •  Desnaturalización es la pérdida de la conformación de una proteína. •  Una proteína desnaturalizada pierde su ac0vidad biológica. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura CARACTERIZACIÓN DE UNA PROTEÍNA •  Composición de aminoácidos. •  Carga eléctrica (pI). •  Estructura primaria, secundaria, terciaria, y en las proteínas mul0méricas, su estructura cuaternaria. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ESTRUCTURA PRIMARIA •  Sirve para entender sus propiedades funcionales, iden0ficar la familia a la que pertenece y describir los polimorfismos y las proteínas mutantes que causan enfermedades moleculares. •  Se determina a par0r de la secuencia del gen o secuenciando la proteína. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura LA FUNCIÓN DE UNA PROTEÍNA DEPENDE DE SU SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS •  Cada proteína 0ene un número de residuos y secuencia carácterís0cos. •  Las proteínas con0enen regiones esenciales para su función, cuya secuencia se encuentra conservada. •  La estructura primaria de una proteína puede variar en diferentes especies y dentro de la misma especie entre individuos, tejidos del mismo individuo y fase del desarrollo (el 20-­‐30% de las proteínas humanas son polimórficas). •  Una mutación puntual puede producir un cambio en la secuencia de aacs que resulta en una proteína defectuosa, causando una patología. En otros casos se producen deleciones (distrofina en la enfermedad de Duchene). Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ¿QUÉ INFORMACIÓN PROPORCIONA LA SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS? •  Predicción de su estructura 3D, su función, localización celular y su evolución. •  Clasificación de las proteínas en familias (25% de iden0dad mínima para pertenecer a la misma familia). •  Detección de mo0vos relacionados con funciones importantes (localización celular, modificación química y vida media). Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PROTEÍNAS DE FUNCIÓN SIMILAR TIENEN FRAGMENTOS DE SECUENCIA SIMILARES Sabiendo la secuencia de una proteína, se puede predecir si su función se parece a la de proteínas de función ya conocida. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PROTEINAS HOMÓLOGAS •  Moléculas homólogas: derivan de un antecesor común. •  La homología se manifiesta por una similitud significa0va en la secuencia de nucleó0dos y aminoácidos, casi siempre proyectada en la estructura 3D y en la función. •  Proteínas homólogas: 0enen secuencias de aacs y funciones semejantes. •  Homólogos ortólogos: homólogos presentes en especies dis0ntas, con funciones idén0cas o similares. •  Homólogos parálogos: homólogos presentes en la misma especie. Se diferencian en sus funciones bioquímicas detalladas. Ejemplo: mioglobina y hemoglobina. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Gen ancestral Especiación Genes ortólogos Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Gen ancestral Duplicación génica Genes parálogos Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura SECUENCIAS DE LA MIOGLOBINA HUMANA Y DE CACHALOTE (ORTÓLOGOS) Mathews & Van Holde. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DE PROTEÍNAS CON EL USO DE HUECOS Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ESTRUCTURA SECUNDARIA •  Patrones repe00vos que se forman al plegarse los polipép0dos. •  Puede predecirse con bastante fiabilidad a par0r de la secuencia. •  Tipos de estructura secundaria más frecuentes: Hélice alfa, lámina plegada β y giro β. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura EL ENLACE PEPTÍDICO ES PLANO Y RÍGIDO Los seis átomos del grupo pep)dico están en el mismo plano debido al carácter de doble enlace parcial del enlace pep)dico. GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Un doble enlace puro C-­‐O permiOría la rotación alrededor del C-­‐N. LA RESONANCIA DE ELECTRONES CONFIERE AL ENLACE PEPTÍDICO CARÁCTER DE DOBLE ENLACE PARCIAL Un doble enlace C=N impediría la rotación pero en ese caso habría una carga neta negaOva en el O– La verdadera densidad electrónica es intermedia. La barrera para la rotación C-­‐N es de unos 88 kJ/mol, que es suficiente para mantener el grupo amido en un plano. GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura HAY LIBRE ROTACIÓN ALREDEDOR DE LOS ENLACES Cα-­‐CO y Cα-­‐N Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3ª ed. Worth Publishers, 2000. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Un pép0do puede tener varias conformaciones según los ángulos Phi y Psi (adopta la más favorable desde el punto de vista energé0co = menores impedimento estérico y repulsión electrostá0ca). Planos del enlace amida Cadena lateral Aminoácidos GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura HÉLICE ALFA: ESTRUCTURA RÍGIDA EN FORMA DE VARILLA QUE SE FORMA CUANDO UNA CADENA POLIPEPTÍDICA SE RETUERCE EN UNA CONFORMACIÓN HELICOIDAL A DERECHAS Se forma un puente de H entre el CO de un aminoácido y el NH del cuarto aminoácido por detrás. Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3ª ed. Worth Publishers, 2000. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura HÉLICE ALFA •  Un puente de H entre el CO de un aminoácido y el NH del cuarto por detrás. •  3,6 aacs por vuelta de hélice. •  5,4 Amstrong (0,15 nm) de distancia entre vuelta y vuelta. •  Dextrógira. GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Las cadenas laterales sobresalen de manera perpendicular al eje de la hélice. Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3ª ed. Worth Publishers, 2000. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura FACTORES QUE AFECTAN A LA ESTABILIDAD DE LA HÉLICE ALFA •  Repulsión o atracción electrostá0ca entre residuos. •  Impedimento estérico (entre residuos adyacentes y entre residuos separados por 3 ó 4 aminoácidos). •  La prolina y la glicina 0enen un efecto desestabilizador de la alfa hélice. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura DOS PROTEÍNAS FORMADAS MAYORITARIAMENTE POR HÉLICES ALFA Mioglobina Bacteriodopsina Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura CONFORMACIÓN EN LÁMINA BETA •  Se forman cuando se alinean de lado dos o más segmentos de cadenas polipep)dicas. •  Esqueleto de la cadena polipep)dica extendido en zig-­‐zag. •  Las cadenas polipep)dicas en zig-­‐zag se disponen de manera adyacente formando una lámina estabilizada por puentes de H. •  Láminas beta paralelas (cadenas orientadas en la misma dirección) y an0paralelas (orientadas en direcciones opuestas). Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Hoja beta paralela 3 2 1 Hoja beta an0paralela GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura HOJA BETA ANTIPARALELA C N C N C N Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3ª ed. Worth Publishers, 2000. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura HOJA BETA PARALELA N N N Nelson, DL and Cox, M.M. Lehninger Principles of Biochemistry. 3ª ed. Worth Publishers, 2000. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura GIROS BETA •  Son elementos de conexión entre hélices alfa y/o láminas beta. •  Determinan un cambio de dirección de las cadenas polipep)dicas. •  Se forma un puente de hidrógeno entre un residuo (n) y el situado tres aminoácidos después (n+3). •  La prolina y la glicina abundan en los giros beta. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura GIRO BETA An0paralela 2 3 Paralela 1 GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez 4 Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura LA PROBABILIDAD DE FORMAR HÉLICE ALFA O LÁMINA BETA ES, EN CIERTA MEDIDA, PREDECIBLE A PARTIR DE LA SECUENCIA DE AMINOÁCIDOS, SEGÚN LOS ÁNGULOS Φ Y Ψ GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura PUEDE HABER LARGOS FRAGMENTOS DE PROTEÍNA SIN ESTRUCTURA SECUNDARIA DEFINIDA Quimotripsina GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ESTRUCTURA TERCIARIA •  Estructura espacial de la proteína. •  Depende de la secuencia de aacs y puede predecirse. Se determina por difracción de RX. •  MoOvo: patrón de plegamiento caracterís0co que aparece en varias proteínas. •  Dominio: región de la cadena polipep)dica que puede plegarse de manera estable e independiente. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura Determinación de la estructura de una proteína por difracción de rayos X. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ESTRUCTURA TERCIARIA DE LAS PROTEÍNAS •  Cada proteína posee una única estructura 3D. •  La estructura 3D de una proteína depende de la secuencia de aacs. •  La función de una proteína depende de su estructura 3D. •  La estructura 3D se estabiliza mediante enlaces disulfuro y fuerzas no covalentes. •  Dentro de la gran variedad de las proteínas se reconocen algunos patrones estructurales comunes. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA ESTRUCTURA TERCIARIA Asp Cys S Cys 2 Tyr CO O-­‐ COO -­‐ S 1 Glu Val OH 3 + NH
3 Lys 4 CH3 CH3 CH3 H O Ser CH3 Phe 1. Puentes di-­‐sulfuro. 2. Atracción electrostá0ca. 3. Puentes de hidrógeno. 4. Interacción hidrofóbica. Jesús Navas Méndez Ile Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura •  Proteínas naOvas son las que se encuentran en su conformación funcional plegada (la más estable). •  Las interacciones que estabilizan la conformación na0va de una proteína son los puentes disulfuro y las interacciones no covalentes. •  La conformación más estable es la que permite la formación del máximo número de puentes de hidrógeno dentro de la proteína. •  En general los residuos hidrofóbicos quedan orientados hacia el interior de la proteína, lejos del contacto con el entorno acuoso. Los residuos hidroclicos quedan orientados hacia el exterior. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura La secuencia de aminoácidos permite predecir con cierta aproximación la estructura tridimensional de dominios no muy grandes de proteínas. GarreJ, R.H. and Grisham, C.M. Biochemistry. 2ª ed. Saunders College Publishing. 1999. Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura ORTÓLOGOS Y PARÁLOGOS TIENEN ESTRUCTURAS TERCIARIAS SEMEJANTES (Stryer, 2002) Jesús Navas Méndez Bioquímica Estructural y Metabólica Tema 3. Proteínas: composición y estructura BIBLIOGRAFÍA •  Lehninger Principles of Biochemistry. 5ª ed. Freeman, 2009. Caps 3, 4. •  Mark’s Basic Medical Biochemistry. A clinical approach. 3ª ed. LWW., 2008. Caps 6, 7. •  Devlin. Textbook of Biochemistry with Clinical correla>ons. 7ª ed. Wiley, 2010. Cap 9. •  Feduchi y cols. Bioquímica: conceptos esenciales. Panamericana, 2011. Cap 5. •  Berg, Tymoczko and Stryer. Biochemistry. 7ª ed. WH. Freeman, 2011. Caps 2, 3. •  Voet and Voet. Biochemistry. 4ª ed. Wiley, 2011. Caps 7, 8. •  Baynes and Dominiczak. Bioquímica Médica. 3ª ed. Elsevier, 2011. Cap 2. •  GarreJ and Grisham. Biochemistry. 4ª ed. 2009. Caps 5, 6. Jesús Navas Méndez