06/05/2013 GENÉTICA DE POBLACIONES Estudia la dotación genética de los grupos de individuos y los cambios que sufre ésta con el tiempo. Población mendeliana: grupo de individuos, de reproducción sexual, que se reproducen entre ellos y tienen un “conjunto común” de genes (ACERVO GÉNICO = POOL GÉNICO) Cálculo de frecuencias alélicas y genotípicas Frecuencia de una clase = nº que hay de esa clase / nº total GENOTÍPICAS: P = frec (AA) == nº individuos AA/ nº total de individuos = NAA/NT H = frec (AB) = nº individuos AB/ nº total de individuos = NAB/NT Q = frec (BB) = nº individuos BB/ nº total de individuos = NBB/NT Frecuencias genotípicas = P+H+Q = 1 Las especies son muy variables ALÉLICAS: p = frec (A) = nº alelos A/ nº total de alelos = NA/NT= (2NAA+NAB)/2NT q = frec (B) = nº alelos B/ nº total de alelos = NB/NT= (2NBB+NAB)/2NT Se utilizan las frecuencias génicas (alélicas) y genotípicas para describir el acervo génico de una población. p = frec (AA) + ½ frec (AB) = P + ½ H q = frec (BB) + ½ frec (AB) = Q + ½ H Utilizamos modelos matemáticos para conocer el modo por el cual un proceso es influenciado por variables fundamentales Frecuencias alélicas = p + q = 1 Cálculo de frecuencias alélicas y genotípicas EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Loci con alelos múltiples: p1 = (2NA1A1 + NA1A2 + NA1A3 + … )/2NT = (2NA1A1 + NA1 -)/ 2NT p1 = frec (A1A1) + ½ frec (A1 - ) 1908: Locus autosómico con 2 alelos - Población grande - que se aparea al azar - en ausencia de mutación, migración y selección, Loci ligados al X p = (2NAA + NA - + NAY)/(2N♀ + N♂) p = frec (AA) + ½ frec (A -) + frec (AY) Uniparentales: Ligados al cromosoma Y p = N♂A /NT♂ EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Las frecuencias de los alelos en los gametos = la frecuencia de los alelos en los individuos ♀\♂ A (p) a (q) A(p) AA pxp = p2 Aa pxq= pq a(q) Aa qxp = pq aa qxq = q2 f(A) = p Analiza el efecto de la reproducción sobre las frecuencias genotípicas y alélicas f(a) = q p2 (AA): 2pq (Aa) : q2 (aa) Generalizando: Homocigótico pi2 : Heterocigótico 2pipj Al haber panmixia, la frecuencia de un determinado apareamiento depende de la frecuencia de los individuos en la población ♀ (A) * ♂(B) = frec (♀A) * frec (♂B) (A) * (B) = frec (♀A) * frec (♂B) + frec (♂ A) * frec (♀B) = 2 * (frec (A) * frec (B) predice: 1) Las frecuencias alélicas no cambian. 2) Las frecuencias genotípicas, después de la 1ª generación, serán p2 : 2pq : q2 Cuando las frecuencias genotípicas de una población están en la proporción esperada de p2 : 2pq : q2, se dice que la población está en equilibrio de Hardy-Weinberg EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Las condiciones y el equilibrio SÓLO afectan al locus en cuestión Consecuencias: 1ª) La reproducción sola no produce evolución. 2ª) En eq. de HW, las frecuencias genotípicas vienen determinadas exclusivamente por las frecuencias alélicas 3ª) Tras una generación de apareamiento al azar, se alcanza el equilibrio (Si están en equilibrio = fuerzas evolutivas no han actuado desde que tuvo lugar el último apareamiento al azar) Ligados al sexo. En el equilibrio: Hembras = (1/2) * [p2 (AA): 2pq (AB) : q2 (BB)] Machos = (1/2) * [p (A) : q (B)] Fenotipos recesivos más frecuentes en varones Dominancia: permite calcular las frecuencias alélicas Q = frec. recesivos = q2 q = raiz (Q) = raiz (Naa/NT) p = 1-q 1 06/05/2013 EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Prueba para comprobar las proporciones de HW = 2 1.- Contabilizar el nº de individuos de cada clase (Nij) y su suma NT 2.- Calcular las frecuencias alélicas de la población (pi) 3.- Calcular las frecuencias genotípicas esperadas (pi2 : 2pipj) 4.- Multiplicarlas por NT para obtener los números esperados de cada clase TABLA DE 2 Probabilidad (p) _____________________________________ g.l. 0,05 0,01 0,001 _________________________________________________ 3,33 1 3,84 6,64 10,83 2 5,99 9,21 13,82 3 7,82 11,35 16,27 4 9,49 13,28 18,47 5 11,07 15,09 20,52 6 12,59 16,81 22,46 7 14,07 18,48 24,32 8 15,51 20,09 26,13 9 16,92 21,67 27,88 10 18,31 23,21 29,59 __________________________________________________ n.s. 5.- Calcular el valor de (clases – alelos) 2 ( y [(O-E)2/E]), grados de libertad probabilidad (ns, p<0,05, p<0,01, p<0,001) p<0,05 p<0,01 p<0,001 p = n. s. las diferencias no son significativas, luego consideramos que O y E son iguales, es decir, la descendencia está en la proporción 3:1 2 = 3,33 (gl = 1) n.s. El 2 apoya la hipótesis c) El alelo dumpy es recesivo respecto al alelo largas EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Prueba para comprobar las proporciones de HW = 2 En una población se detectaron 135 individuos AA, 44 AB y 11 BB, ¿Está la población en equilibrio de HW? AB BB Total Observados 135 AA 44 11 190 Esperados 129,63 54,62 5,75 190 p = (2*135+44)/(2*190) = 0,826 q = (2*11+44)/(2*190) = 0,174 Esperados AA = pA2*NT = 0,682 * 190 = 129,63 Esperados AB = 2 *pA* pB * NT = 0,287 * 190 = 54,62 Esperados BB = pB2*NT = 0,030 * 190 = 5,75 2 = 7,08 (g.l. = 3-2 = 1) En una población se detectaron 135 individuos AA, 44 AB y 11 BB, ¿Está la población en equilibrio de HW? AB BB Total 11 190 Observados 135 44 Esperados 129,63 54,62 n.s. p<0,05 5,75 190 p = (2*135+44)/(2*190) = 0,826 q = (2*11+44)/(2*190) = 0,174 pA2*NT Esperados AA = = 0,682 * 190 = 129,63 Esperados AB = 2*pA* pB * NT = 0,287 * 190 = 54,62 Esperados BB = pB2*NT = 0,030 * 190 = 5,75 p<0,01 p<0,001 p = n. s. las diferencias no son significativas, luego consideramos que O y E son iguales 2 = 7,08 (gl = 1) p< 0,01 EQUILIBRIO DE HARDY-WEINBERG Prueba para comprobar las proporciones de HW = 2 AA TABLA DE 2 Probabilidad (p) _____________________________________ g.l. 0,05 0,01 0,001 _________________________________________________ 1 3,84 6,64 10,83 7,08 2 5,99 9,21 13,82 3 7,82 11,35 16,27 4 9,49 13,28 18,47 5 11,07 15,09 20,52 6 12,59 16,81 22,46 7 14,07 18,48 24,32 8 15,51 20,09 26,13 9 16,92 21,67 27,88 10 18,31 23,21 29,59 __________________________________________________ El 2 no apoya la hipótesis PANMIXIA vs PREFERENCIAS DE APAREAMIENTOS Preferencias de apareamientos modifican las frecuencias genotípicas de la población - Positivos: semejantes se aparean preferencialmente. Aumentan las clases homocigóticas. - Negativos: se aparean los diferentes. Aumentan las heterocigóticas. Endogamia: apareamiento entre individuos emparentados (+) Exocruzamiento: aparean individuos no emparentados (+ ó -) Preferencias de apareamiento--- afecta al locus en cuestión. Excepción: Endogamia --- afecta a todo el genoma 2 = 7,08 (g.l. = 3-2 = 1) p< 0,01 no está en equilibrio de HW 2 06/05/2013 ENDOGAMIA PANMIXIA vs PREFERENCIAS DE APAREAMIENTOS 2 alelos de un individuo pueden: - iguales por estado (misma estructura y función) = homocigótico - iguales por ascendencia (copias del mismo gen presente en uno de sus ancestros) = autocigoto. Coeficiente de endogamia (f) = probabilidad de que dos alelos sean idénticos por ascendencia -1 0 1 (-) azar (+) Cálculo: pedigrí ó disminución de la heterocigosidad Frecuencias genotípicas Autofertilización disminuye la heterocigosidad a la mitad cada generación Generación AA Aa aa 1 1/4 1/2 1/4 ¼+1/8= 3/8 2 ¼+1/8= 3/8 1/4 3 3/8+1/16=7/16 1/8 7/16 4 7/16+1/32= 15/32 1/16 15/32 n (1-1/2n)/2 (½) n (1-1/2n)/2 ½ 0 ½ Frecuencias genotípicas: P = frec (AA) = + pqf H = frec (AB) = 2pq - 2pqf Q = frec (BB) = q2 + pqf p2 Homocigoto Homocigoto Autocigoto Alocigoto ENDOGAMIA -- Depresión por consanguinidad PREFERENCIAS DE APAREAMIENTOS (resumen) Al aumentar la homocigosis aumenta el efecto de los alelos deletéreos y letales Depresión por endogamia Supongamos un alelo recesivo, con frecuencia 0,01, que causa una enfermedad, - panmixia → Q = q2 = 0,012 = 0,0001= 1/10.000 - endogamia (f= 0,25) → Qf = 0,012 + 0,01*0,99*0,25 =0,0026 26 veces más individuos afectados que en la población panmítica Relación genética de los padres f Mortalidad de los niños (hasta los 12 años de edad) No relacionados 0 0,082 Primos segundos 0,016 (1/64) 0,108 Primos hermanos 0,0625 (1/16) 0,114 La depresión por consanguinidad aparece en aquellos organismos que no son endogámicos de forma natural Preferencias de apareamientos modifican las frecuencias genotípicas de la población Entre semejantes: aumenta la homocigosis Entre diferentes: aumenta la heterocigosis Endogamia: apareamiento entre individuos emparentados (+) Preferencias de apareamiento--- afecta al locus en cuestión. Excepción: Endogamia --- afecta a todo el genoma iguales por estado (homocigótico) - iguales por ascendencia(autocigoto) Frecuencias genotípicas: P = frec (AA) = p2 + pqf H = frec (AB) = 2pq - 2pqf Q = frec (BB) = q2 + pqf La depresión por consanguinidad = disminución en la eficacia del individuo a causa de la homocigosis MUTACIÓN FUERZAS EVOLUTIVAS Procesos que pueden ocasionar cambios en las frecuencias alélicas Mutación Migración (Flujo génico) Deriva genética Selección f coeficiente de endogamia Variabilidad es la base de la evolución. Mutación: origen de todas las variantes Efecto: pequeño, necesita tiempocambios lentos Debido a que la mayoría de los alelos son G1, hay más mutaciones directas que inversas (u) = tasa de mutación (directa) q q = p La mutación directa aumenta la frecuencia de G2 (v) = tasa de retromutación (inversa) q = p - q q1= q0 + p - q Equilibrio q = p - q = 0 Frec alélica del equilibrio : q = /(+) Lo que aumenta el nº de alelos que sufren mutación inversa. Por ello, se alcanza un equilibrio: nº de mutaciones directas = nº de mutaciones inversas Conclusión: en equilibrio las frecuencias alélicas no cambian, aún cuando la mutación en ambas direcciones continua. 3 06/05/2013 MIGRACIÓN = FLUJO GÉNICO (Gene flow) DERIVA GENÉTICA (Genetic drift) Ingreso de genes provenientes de otras poblaciones Modifica las frecuencias alélicas de forma aleatoria Causa: gametos = muestra del conjunto de alelos errores de muestreo N (tamaño) Deriva Efecto = homogeniza las poblaciones: a) previene la divergencia genética entre ellas b) aumenta la variación genética dentro de las poblaciones Una población, impredecible, pero podemos predecir la magnitud del cambio viendo las diferencias que se acumulan en el conjunto de poblaciones (varianza) Modelo isla-continente Pob I = dadora; Pob II = receptora Gen 0 qII,0=q0 qI,0= q Pob II = %(m) PI + %(1-m) PII qII,1= q1 = mq + (1-m)q0 q = m(qI –qII) = m(q-q0) m = tasa de migración diferencia en frecuencias alélicas Tiempo q Tiempo varianza (s2) s2 = p.q/(2N) s = raiz s2 p = q efecto grande N disminuye, efecto aumenta m 1-m equilibrio: (qII,t = qI) x del conjunto se mantiene Generación DERIVA GENÉTICA (Genetic drift) DERIVA GENÉTICA (Genetic drift) Buri lo comprobó con Drosophila Origen: a) poblaciones que siempre tienen N pequeños b) efecto fundador c) cuello de botella (bottleneck) Usó 8♂ y 8♀ (N=16) como parentales cada generación Resultados N = 9 Tamaño efectivo (Ne) Relación sexual, fluctuaciones generacionales, éxito reproductor, panmixia Efectos de la deriva: a) dentro de poblaciones: - Cambios aleatorios en las frecuencias alélicas - Disminución de la variación Fijación (p para el alelo A1 y q para el alelo A2 b) entre poblaciones: - aumenta la divergencia entre ellas Modelo general de SELECCIÓN SELECCIÓN No todos los gametos participan en formar la siguiente generación. Unos individuos dejan más descendientes que otros, por lo que sus genes aumentarán de frecuencia en las siguientes generaciones Selección natural: reproducción diferencial de los genotipos Normalmente promueve la adaptación, pero no siempre. Selección artificial: el hombre selecciona a los progenitores Eficacia biológica (w) = Aptitud = Fitness Éxito reproductivo de un genotipo (wij), en un determinado ambiente, en relación con otros genotipos w (0 a 1) = nº descendientes / máximo de descendientes Coeficiente de selección (s) Intensidad de la selección contra el genotipo s = 1-w A1A1 A1A2 A2A2 Total Frecuencias genotípicas iniciales p2 2pq q2 1 Eficacias biológicas W11 W12 W22 Contribución proporcional de los genotipos a la población p2w11 2pqw12 q2w22 Frecuencia genotípica relativa después de la selección w p2w11/w 2pqw12/w q2w22/w 1 Frecuencias alélicas tras la selección: q1 = Q + ½ H = (q2w22 + pqw12)/w p1 = 1-q1 Tipo de selección Contra un rasgo recesivo Valores de aptitud resultado A1A1 A1A2 A2A2 1 1 1-s A1 aumenta A1 aumenta Contra un rasgo dominante 1 1-s 1-s Contra un rasgo indominante 1 1-s/2 1-s A1 aumenta Contra ambos homocigóticos (sobredominancia) 1-s11 1 1-s22 Equilibrio, q = s11/(s11+s22) 4 06/05/2013 SELECCIÓN SELECCIÓN en caracteres cuantitativos Efecto “relativamente lento”, depende: - frecuencia alélica: mayor frecuencia, mayor efecto - dominante el alelo contra el que actúa: más rápida - recesivo: mas lenta (sólo se eliminan los homocigóticos = q2) y al final, ineficaz (la mayoría en heterocigosis) Selección normalizadora o estabilizadora: se favorecen los fenotipos centrales Selección direccional: se favorece uno de los fenotipos extremos. Cambio paulatino de la media MUTACIÓN - SELECCIÓN Alelos perjudiciales : Mutación recurrente contra selección equilibrio Recesivo q = raiz (u/s) Selección diversificadora ó disruptiva: se favorecen ambos fenotipos extremos. Distribución bimodal Dominante q = u/s Lastre genético --- adaptación RESUMEN Efecto de las diferentes fuerzas evolutivas en las frecuencias alélicas dentro de las poblaciones Fuerza Efecto a corto plazo Efecto a largo plazo Mutación Cambio en la frec. alélica Equilibrio entre mut. directa e inversa Migración Cambio en la frec. alélica Equilibrio cuando qreceptora = qdadora Deriva genética Cambio en la frec. alélica Fijación de un alelo Selección Cambio en la frec. alélica S. direccional: fijación de un alelo S. sobredominante: equilibrio estable Cálculo de la eficacia biológica En dos ambientes diferentes se colocan 1000 huevos procedentes de un cruce entre individuos heterocigóticos y se recuenta el nº de adultos emergidos 1º.- Eficacia = obs/esp Cruce entre heterocigóticos ¼:½:¼ Ambiente II 224 400 76 250 : 500 : 250 Ambiente I: 240+480+240 = 960 Observados = esperados ¼ * 960 = 240 ½ * 960 = 480 NO HAY SELECCIÓN Ambiente I AA Aa aa 240 480 240 Ambiente II: Normalizamos: 224 + 400 + 76 = 700 wAA = 1,28/1,28 = 1 ¼ * 700 = 175 ; ½ * 700 = 350 wAa = 1,14/1,28 = 0,89 wAA = obs/esp = 224/175 = 1,28 waa = 0,43/1,28 = 0,336 wAa = 400/350 = 1,14 Selección contra el alelo a Waa = 76 / 175 = 0,43 A es parcialmente dominante sobre a Cálculo de la eficacia media poblacional A1A1 Cálculo de la frecuencia alélica (q1 y qeq) A1A1 A1A2 A2A2 Total 1 Frecuencias genotípicas iniciales 0,25 0,5 0,25 1 Eficacias biológicas 1 0,89 0,336 w Contribución proporcional de los genotipos a la población 0,25 0,445 0,084 0,779 1 Frecuencia genotípica relativa después de la selección 0,321 0,571 0,108 1 A1A2 A2A2 Total Frecuencias genotípicas iniciales p2 2pq q2 Eficacias biológicas w11 w12 w22 Contribución proporcional de los genotipos a la población p2w11 2pqw12 q2w22 Frecuencia genotípica relativa después de la selección wAA = 1 wAa = 0,89 p2w11/w 2pqw12/w q2w22/w waa = 0,336 Heterocigóticos p = q = 0,5 A1A1 A1A2 A2A2 Total Frecuencias genotípicas iniciales 0,25 0,5 0,25 1 Eficacias biológicas 1 0,89 0,336 Contribución proporcional de los genotipos a la población 0,25 Frecuencia genotípica relativa después de la selección 0,321 0,445 0,571 q1 = Q1 + ½ H1 = 0,108 + ½ 0,571 = 0,3935 wAA = 1 0,084 0,779 0,108 1 wAa = 0,89 waa = 0,336 Selección contra el alelo a El alelo a terminará perdiéndose qeq = 0 5 06/05/2013 Cálculo de la frecuencia alélica (qeq) en sobredominancia A1A1 A1A2 A2A2 Total Frecuencias genotípicas iniciales 0,25 0,5 0,25 1 Eficacias biológicas 0,8 1 0,4 Contribución proporcional de los genotipos a la población 0,2 0,5 0,1 0,8 Frecuencia genotípica relativa después de la selección 0,25 0,625 0,125 1 Coeficiente de selección s11 = 0,2 s22 = 0,6 q1 = Q + ½ H = 0,125+ 0,625/2 = 0,4375 qeq = s11/(s11+s22) = 0,2/(0,2+0,6) = 0,25 No se pierde ninguno de los alelos, la población mantendrá unas frecuencias alélicas estables de p = 0,75 y q = 0,25 6