ARN ARN2009 2009 Procesamiento del ARN Elba Vazquez Departamento de Química Biológica Email: elba@qb.fcrn.ub.ar Poliadenilación hnARN precursor de ARNm extremos 3’ con cadena de residuos AMP Cola de poli(A) Medida de la cola de Poli(A) Corte de ARN con RNasa A y T1 preserva A’s hnARN núcleo ARNm cit Poli (A) 150-200 nt Sheiness y Darnell, 1973 Poliadenilación (a) Poli(A) interior (b) Poli(A) 3’ terminal ARN…ApApApAp…ApXpYpz ARN…ApApApAp…A-OH RNasa A & T1 ApApApA..Ap ApApApA..A-OH HO- nAp nAp + A-OH AMP/A = 200 Poliadenilación • poli(A) no se forma por transcripción del ADN • Enzima en núcleo: poli(A) polimerasa (PAP) • poli(A) es agregada a precursores del ARNm • poli(A) en citoplasma sufre turn over Poli(A) puede ser agregada post-transcripcionalmente Función del Poli(A) • Protege al ARNm de la degradación • Estimula la traducción del ARNm. Protección del ARNm RNAm polyA+/en oocitos de X [3H] histidina sínt de globina Seph G100 ARNm poli(A) más estable que ARN sin poli(A) Revel y col,1974 Protección del ARNm Traducción de ARNm poli(A)+ y poli(A)– de globina en función del tiempo poli(A) protege ARN de degradación Revel y col,1974 Transducibilidad y estabilidad del ARNm Poli(A) aumenta transducibilidad de todos los ARNm sin afectar la estabilidad Munroe y Jacobson, 1990 ¿Qué paso de la traducción es aumentado por poli(A)? - Asociación entre el ARNm y los ribosomas Poli(A)+ ARNm forman polisomas más eficientemente [32P]Poli(A) ARNm + [3H]Poli(A)- ARNm pico de monosomas Izq: picos de polisomas Eficiencia de la formación de polisomas en función de la long de la cola Munroe y Jacobson, 1990 Poliadenilación La poliadenilación y la terminación de la transcripción no están necesariamente ligadas Poliadenilación La transcripción ocurre más allá del sitio de poliadenilación Clivaje y poliadenilacion requiere Señales que actúan en Cis Factores que actúan en Trans Señales en Cis • Cuales son los sitios de poli(A)? • Que pasa si estos sitios son mutados? Señales de poliadenilación ¾Secuencia AAUAAA 20nt upstream sitio poli(A) Deleción de AATAAA previene la poliadenilación en ese sitio ¿Es AATAAA invariable? Wickens, 1990 Señales de poliadenilación ¿Es AATAAA por si misma suficiente para poliadenilación? • Inhibición por deleción de secuencias próximas downstream del sitio de poliadenilación • Región rica en GT o T 20nt (GT/T) AATAAA-------------------• Posición de GT/T respecto de AATAAA y distancia entre GT y T AATAAA 23-24pb GTGTGTGTGTTTTTTTT Elementos en Cis de la region 3’ poly(A) AAUAAA G/U AAUAAA Elemento altamente conservado localizado 10-30 nts upstream del sitio de poli(A) Esencial para el clivaje y poliadenilación Región G/U-rich (G/U Box) Elemento downstream menos conservado Requerido para la reacción de clivaje Mutaciones de AAUAAA ¾ Deleción o mutación de AAUAAA resulta en fallas de clivaje y poli(A) in vivo o in vitro. ¾ RNAs largos, heterogéneos se detectan in vivo usando genes reporteros con mutaciones en AAUAAA. ¾ Estos ARNs se extienden varios cientos de nts del sitio mutado (análisis de protección de la RNasa) ¾ No se unen a columnas de celulosa oligo-dT No hibridan con primers oligo-dT no tienen cola de poli(A) GU-rich ¾ El elemento GU-rich es importante para la reacción de clivaje ¾ No se requiere para la reacción de poliadenilación porque no está en el pre-mRNA después del clivaje 5’ AAUAAA 5’ AAUAAA GU-rich A AA GU-rich Señales de poliadenilación • Sitio de poliadenilación sintético (SPA) Secuencia no relacionada = eficiencia Proudfoot y col., 1989 Señales de poliadenilación ¾ Competencia entre la señal natural y SPA SPA compite porque tiene motivos GT Y T (señal natural tiene solo sitios GT) ¾ SPA insertado en intrones y exones La señal de poliadenilación funciona si está localizada en exones Proudfoot y col., 1989 Poliadenilación • Ocurre 10-30 nt río abajo del sitio de la secuencia consenso AAUAAA • Catalizado por la Poli (A) polimerasa • Se agregan entre 80-250 residuos A Poliadenilación y clivaje AAUAAA / U-rich ¾ Las secuencias de los dos elementos y sus distancias especifican el sitio de clivaje y poli(A) ¾ También especifican la fuerza de la señal de poli(A) ¾ El sitio de clivaje generalmente ocurre inmediatamente 3’ al dinucleótido CA que está posicionado a la distancia correcta de cada elemento core. CA 5’ AAUAAA GU-rich AAUAAA / GU-rich ¾ Distancia entre los dos elementos > 50 nts eficiencia de clivaje y poliadenilacion más del 90%. ¾ Distancias mayores resultan en la pérdida del reconocimiento del sitio de poli(A) ¾ Porque la distancia es tan importante? Factores en Trans reconocen y se unen a las señales en cis de clivaje y poli(A) Factores en Trans Requeridos para clivaje y poliadenilación • CPSF-Cleavage and Polyadenylation Specificity Factor • CstF- Cleavage Stimulation Factor • PAP- Poly (A) Polymerase • PAB II- Poly(A) Binding Protein II • Otras proteínas: CFI y CFII Reconocimiento de los sitios de poli(A) • CPSF- reconoce AAUAAA • CstF- reconoce al elemento GU-rich CPSF CstF AAUAAA G/U Interacciones de los factores • CstF-77 interacciona con CPSF-160 puente de complejos unidos a AAUAAA y GU-rich distancia es importante interacciones proteína-proteína entre los complejos CPSF y CstF Los dos factores actúan en forma cooperativa y aumentan estabilidad de la unión Maquinaria de Poliadenilación Shatkin & Manley. Nature Struc. Biol. (2000) 7:838 Clivaje del Pre-ARNm • Requiere RNA polimerasa II Pre-ARNm 32P + Factores + PAP RNA polimerasa II A y O estimulan el clivaje Hirose y Manley, 1998 Clivaje del Pre-ARNm Requiere RNA polimerasa II: ¿Cuál dominio? CTD-GST cromatog afinidad ensayo de clivaje fosforilación o no IIB: sin CTD CTDP estimula el clivaje Hirose y Manley, 1998 Analysis of the requirement for RNA polymerase II CTD heptapeptide repeats in pre-mRNA splicing and 3’-end cleavage RNA (2004) 10: 581-589 Pol II con CTD de 22 heptadas puede transcribir y procesar un preARNm conteniendo intrones constitutivos y ESE dependientes RNA (2004) 10: 581-589 La deleción de CTD a 22 repeticiones reduce la inclusión de un exón alternativo RNA (2004) 10: 581-589 CTD es necesario para contrarrestar los efectos negativos de ESS sobre la inclusión de v5 Conclusión: longitud de CTD es el principal determinante del procesamiento eficiente RNA (2004) 10: 581-589 CstF • CstF-50 se une al CTD de RNA Pol II ligando el complejo CstF a la trascripción PAP- Poly (A) Polymerase • Agrega residuos A al extremo 3’ clivado • No tiene especificidad de secuencia y tiene baja velocidad de polimerización por si solo • Interacciona con CPSF-160 y permanece unido al RNA vía CPSF durante las reacciones de clivaje y poli(A) • PAP polimeriza en etapas Iniciación de la Poliadenilación Pre-ARNm clivado Fase I: agregado de las primeras 10 A’s Lenta y dependiente de AAUAAA Fase II: elongación Rápido y dependiente del oligo ¿Cuál es la señal que causa Poliadenilación? AAUAAA + 8nt Sustrato: ARN* cortos con secuencia AAUAAA + 8nt ext 3’ CPSF Wickens y col, 1990 Las dos fases de la Poliadenilación Sustratos: 58nt terminales de ARNm* con secuencia AAUAAA o aberrante A40: con poly(A) X40: sin poly(A) Sheets y Wickens, 1989 CPSF se une a AAUAAA Primera fase: depende de la señal AAUAAA y CPSF hasta que poly(A) llega a 10nt. Segunda fase: Depende de poly(A) en el ext 3’ Keller y col. 1991 PAB II- Poly A Binding Protein II • PAB II se une a la cola de poli(A) naciente (10 a 20 residuos) y forma un complejo cuaternario con CPSF, PAP y el ARN sustrato • El complejo estabiliza la unión de PAP al extremo 3’ del ARN • La síntesis procesiva ocurre en un solo paso rápido con el agregado de 200-300 residuos A Elongación del Poly(A) Seph G100 PAGE Act estimulatoria de la poliad = PABPII Wahle, 1991 CPSF y PABII en Poliadenilación Elongación requiere PABII Indep de AAUAAA, depende de poly(A) Act por CPSF Wahle, 1991 PAB II- Poly A Binding Protein II ¾ El control de la longitud resulta de la interrupción de las interacciones entre RNA, CPSF y PAP ¾ PAB II trabaja cooperativamente con CPSF para mantener a PAP sobre el ARN primer ¾ Estas interacciones se interrumpen cuando la cola alcanza una determinada longitud Como se recluta el complejo de poliadenilación en los sitios de reconocimiento de poli(A)? Componentes de CPSF y CstF interaccionan con RNAP II CTD Modelo de Poliadenilación CPSF CFI y CFII PAP PABII CStF Wahle, 1991 Poli(A) Polimerasa RBD: RNA binding domain PM: Polymerase module NLS: nuclear localization signal S/T: serine/threonine rich regions Manley y col. 1991 Extremo C-terminal de Poli(A) Polimerasa Mut: AAAAAA Expresión de full length o 3’ deleted PAP I cDNA por transcripción in vitro con SP6 RNA polimerasa Requiere ARN wt y SF (CPSF) para operar PAP Solo la full length y la versión de 538 aa de PAP causan poli(A) Manley y col. 1991 Factores involucrados en el procesamiento del extremo 3’ en mamíferos The EMBO J (2008) 27: 482498 Network del procesamiento co-transcripcional para regular al expresión génica y mantener la estabilidad genómica Turn over del Poli(A) ARN poli(A)+ Nuclear ARN poli(A)+ citoplasmático En citoplasma Poli(A) es intecambiado (turns over) Tendencia al acortamiento Sheiness y Damell, 1973 Poliadenilación citoplasmática ARNs maternos: deadenilados Maduración: adenilación parcial D7: ARNm de Xenopus maduración poliadenilación específica P: progesterona D7 ARN tiene una secuencia requerida para la poliadenilación maduración específica UUUUUAU upstream Wickens y col. 1989 Poliadenilación maduración específica SV40 con UUUUUAU upstream AAAUAA Elemento citoplasmático de poliadenilación: UUUUUAU Wickens y col. 1989 Poliadenilación maduración específica ¿AAUAAA también es necesario? AAUAAA es requerido para poliadenilación nuclear y citoplasmática Wickens y col. 1989 Efectos del Cap y Poli(A) en el splicing ¾Los procesos de capping, poliadenilación y splicing están relacionados ¾El cap es esencial para el splicing OUT del primer intrón ¾La Poli(A) es esencial para el splicing OUT del último intrón mRNA capping, splicing, 3’ end formation, and transcription all closely linked and functionally interconnected: Efecto del cap sobre el splicing a: primer intrón lazo La ausencia del cap inhibe el splicing del primer intrón Shimura y col. 1987 Complejo de unión al CAP (CBC) El reconocimiento del cap está en un paso temprano en la formación del spliceosoma. CBC está involucrado Mattaj y col. 1994 Efecto del poli(A) sobre el splicing Los sustratos poliadenilados son spl más rápido y eficientemente Niwa y Berget, 1991 Efecto del poli(A) sobre el splicing de un sustrato con dos intrones Poli(A) es requerido para la remoción del último intrón, el más cercano a la colita de poli(A) Niwa y Berget, 1991 Regulación del procesamiento en 3’ en el desarrollo y enfermedades The EMBO J (2008) 27: 482-498 Procesamiento del ARNm Procesamiento diferencial del ARNm Múltiples productos son derivados de un gen por procesamiento diferencial Transcripto primario 1 ARNm maduro 1 polipéptido Transcripto primario = ARNms maduros = polipéptidos procesado en más de 1 forma contiene señales moleculares para todas las formas de procesamiento alternativo ¾Poliadenilación alternativa variedad de transcriptos de un solo gen ¾Más de la mitad de los genes humanos tienen sitios múltiples de poli(A) ¾Puede ocurrir de manera tejido específica ¾Factores en trans y elementos en cis regulan la poliadenilación alternativa en diferentes tejidos Procesamiento alternativo Procesamiento alternativo Procesamiento de ARNr y ARNt Pre-ARNr clivaje enzimático ARNr maduro clivaje enzimático transcripto primario ARNt adición de CCA modificación de bases ARNt maduro bacterias vertebrados Procesamiento de pre-ARNr Procesamiento de ARNt Bacterias y eucariotas