Unanimity reformatted and annotated Mexican HIV-1 Vif amino acid sequence alignments (June 22, 2015, version 4) HXB2 MX033 MX050 MX066 MX071 MX071_2 MX077 MX078 MX081 MX086 MX089 MX091 MX101 MX109 MX110 MX110_2 MX111 MX112 MX118 MX119 MX122 MX123 MX125 MX131 MX133 MX158 MX160 MX166 MX168 MX172 MX176 MX186 MX190 MX196 MX207 MX207_2 MX230 MX313 MX324 MX327 MX350 MX350_2 MX350_3 MX351 MX354 MX355 MX370 MX375 MX376 MX381 MX381_2 MX385 MX385_2 MX390 MX399 MX399_2 MX401 MX403 MX409 MX450 MX463 MX464 MX469 MX470 MX473 MX474 MX540 MX542 MX546 MX554 Cons_D MX141 MX210 MX352 MX395 MX396 Cons_A Cons_G MX384 MX384_2 MX384_3 1 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 | 110 120 130 140 150 160 170 180 190 192 | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | MENRWQVMIV WQVDRMRIRT WKSLVKHHMY VSGKARGWFY RHHYESPHPR ISSEVHIPLG D...ARLVITTYW GLHTGERDWH LGQGVSIEWR KKRYSTQVDP ELADQLIHLY YFDCFSDSAI RKALLGHIVS PRCEYQAGHN KVGSLQYLAL AALITPK..KIK PPLPSVTKLT EDRWNKPQKT KGHRGSHTMN GHX ---------- ---------- -N--G-D--- R-R--K---- ------M--K ---------- -.NT---IVK--- -----D---- --H------- -RK-N--I-- D---K----- ------E--- -Q----R--R -S-------S ---------- T------..-T- -----IK--- --------V- --R--N---- ---------.-- --------K- -N------I- I-K--K--V- K-----INT- ---------- -...-K--V---- -------E-- ---------K NRK----I-- NM-------- ------E--- -N----R--- -S--H----S ---------- T------..RR- ------A--- ---------- ---------- -P---------- ---------- -N----Y--- C-K-----V- ------TN-- V--------- -...-K---K--- -------E-- ----A----- D-S----IL- D--------- ------E--- -NTI--NR-R ---------- ---------- T--KA--..Q-- ------Q--- -----R---- --R------- ------------ ---------- ---------- I-K--K--I- K---DC-N-K ---------- -...-----K--- ---------- ---------K -E-------- S----I--G- ------E--- -D----RV-R T--------- ---------- ----K-R..-R- ---------- --------R- ----E----- ------------ R--------- --------IH --K--K--I- K---DCTN-K ---------- -...-----K--- ---------- ---------K TE-------- S-------G- ------E--- -D----RV-R -S-------- ---------I ---TK-R..--- ---------- --------R- ----E----- CP---------- --------N- ------Y-IH I-K--K--I- K-----TN-- ---------- E...----VK--- ---------- ----A----- -N------A- D---R----- ---------- ---I--K--- ---------- ---------- V--T---..-T- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N------IH I-K--K--V- K-----IN-- ---------- -...-K-L-K--- -------E-- ----A----K --G------- G-------G- ---R--E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- ---R--R..-T- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- ------D--- --K--K--Y- --R---T--- ---------- -...-K------- ---------- ----A----- ----N----- N--------- --N---E--- ---I------ ---------- -----H---- -------..--- ------K--- ---------P -D-Q-..--- ------------ --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- --F---R--- ---------- ---------- ------------ ------K--- -N-------- --K-TEK-V- ------NN-- T--------- -...G-------- ------K--Q --H------- QR--K----- D--------- ------E--- -NTI---R-- ---------- ---------- -------..-T- ---------- ---------- -------S-- -Q---------- ---------A -N-------- --K------- ------H--K V--------- E...-----I--- --N------- ---------- -R-------- DI-------H ------E--- -N-I---R-- -S---P---- ---------- ----K--..RR- ------K--- -----N---- ----EI--L- -Q--------V- ---------- ---------- I-K--K--S- K-----TN-- ---------- -...-E---I--- ---S------ ---------- -RX ---------- --I------- ---------- I-K--K--D- ----D-TN-K ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- --K---H--- D--------- H----AE--- -N-I--YRIR -S-------- -I-------- T-IV---..RAR ---------- ------S--- ---------- ------------ --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- ------R--- --------E- ---------- ---------L-- --------SK --------IH I-K--KK-S- ------N--- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- -ES------- GI-------- ------E--- -N-I--R--R ---------- ---------- T------..--- ------R--- --K-----E- ---------- ------------ ---------A -H-------- R-K--KE-S- ----A-S--K V----C---- -...-I-AV---- -------E-- --S------- -EK------- DT-------H ------E--- -N-----R-- ------T--- ---------- ------R..QR- ------R--- ---------- ---------- ------------ ---------- ---------- I-K--K--S- ------TN-- ---------R -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-H---T- D--------- ------E--- ---------- -S-------- ------S--- ---RN--..--- ------V--- -----E---- --R------- ------------ -----I---- ---------- N-K--K---- ----D----- ---------- -...-K------- ---P------ ----A----- -R------S- D--------- -L-------- ------QR-- ---------S ---------- ---T---..-V- ------V--- --------R- -----N---- ------------ --------S- ---------- I-R--K--V- ------TN-- ---------- -...---A----- ---------- ---------- -G--N----- N--------- ------E--- ---------- ---------- ---------- -------..RR- ------A--- ---------- ----E----- ------------ ---------- -N----Y--H I-R-PKK--- --P---T--- ---------- E...NI--V---- ---------- ---------- -G-------- D---H----H ------E--- -N-I--QR-- -S---R---- ------S--- T---K--..GR- -----I---- ----IQ---- ---------- ------------ ---------- ------Y--- I----K--L- --P---I--- ---------- E...----V---- ---------- ---------- -------I-- D--------- ------E--- ---I------ -S-------- ---------- TT--K--..--- ------A--- ---------- R--------- ------------ ---------A -H-------- R-K--KE-S- ----A-S--K V----C---- -...-I-AV---- -------E-- --S------- -EK------- DT-------H ------E--- -N-----R-- ------T--- ---------- ------R..QR- -----IR--- ---------- ---------- ------------ ---------A -N-------- --K--K--L- ------A--- V--------- E...-T--VK--- ---------- ---------- -G--N----- D--------- ------E--- -H-I--YR-- ---------S ---------- V------..-S- ------K--- ----H----- ---K------ ------------ --------N- ------Y-IH M-K-TKK-V- ------T--- ---------E -...-E--V---- ---------- ---------- -G--N----- G--------- --E---E--- --PI--YR-- --------D- -----P---R T--VA--..-P- ------K--- ---------I ------Q--- ------------ ---------- -N-------- --K--KR-V- ------HN-- ---------- -...DK------- ------K--Q --H------- -GS-I----- D--------- ------E--- -N-I--NR-- ----F----S ------P--- S--V---..RR- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- --------IH I-K--KR-S- -----NN--Q -----C---- -...-----K--- ---------- ---------- E-K------- AT-------H ------E--- -N-I--R--R -K-------- ---------- T------..-T- ---------- ---------- -------S-- ------------ ---------A ---------- M-K--KK-V- -----NT--K ---------- -...-T-GV---- ---------- ---------- Q---R---T- D--------H ------E--- -N-I-RRR-- ----E-T-Q- ---------- -------..--- ---------- ---------A -----N---- ------------ ---------- -N-------- --K--Q---- ------T--K ---------- E...D-M------ -R----EH-- ---------- ---------- D--------- ------EA-- -Q-I--YR-- ----NPT-LS ---------- -------..--T ------R--- --S-----EA RV-------- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- -----NI--- ---------- -...GK--VI--- ---------- -----A---- --N------- N--------H ------E--- ---I--R--- -Q---P---S ---------- -------..--- ------K--- -----L---- ---------- ------------ --A------- ---------H K----KK--- Q----NI--- K-----M--- G...-S------- -V-------- ---------- -T-------- GT-------- ------A--- -N-I------ -S-------- ---------- ---V---..-R- ---------- ---------P ---K------ ------------ --------N- C---I---I- I-K--K---- ---HQ-H--- M---G----- -...-K-GV---- -V-------- ---------- -R--R----- NI-------- ------E--- G--V----G- -SGK-----K Q--------- T---K--..RR- ------A--P -----N---- -------R-- -L---------- ---------- -N-------- I-K--K---- -----TI--K ---------- -...-T--V---- ---------- ---------- -R--T----- D-------R- ------E--- -N-I--RL-- --------D- ---------- ---VK--..-R- ------K--- ---------- -D-------D ------------ ---------- ---------H -----KR-I- K-----TN-- ---------- -...-K------- ---------- ---------- -R-------- -S-------- ------E--V ---I--Q--R -K-------- ---------- ---L--N..-T- ------A--- ---------- --------V- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-G------- ---------- ---------- R---N----- N--------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--N ------V--- ---S----G- --R------- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-G------- ---------- ---------- R-G-N----- NI-------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--- ------V--- ------H-G- --R------- ------------ ---------K -N-------- ITK---N-V- ----Q-TN-- ---------- -...-K--VA--- --Q------- ---------- -E-----I-- D---H----- ------E--- -N-I--RL-T ----C----R ---------- T---A--..-T- ------R--- ---------- ---------- ------------ ---------- ------Y--H I-K--K---- ----Q-T--K ---------- -GKADK--V---- ---------- ---------- QRK----I-- D--------- ------E--- -N-I-----G -K-------- --E------- T------..-T- ------K--- ---------- -D-----*** *** ---------- ---------- ---------- I-------I- ------TN-- --------I- E...D-------- ---------- ---------- -R--R----- G-------M- -----T---- -N-I--R--- -I-------- ---------- ----K--..-R- ------K--- --------R- ---------- -C---------- ---------- -N-------- N-K--K---- -----TI--K ---------- E...-K--VI--- ---------- ---------- -R--T----- D--------- ------E--- -N-I---L-- ---------S ---------- ----K--..-R- ------K--- ---------- -D-------S ------------ ---------- ---------- T-K--K--S- -----NT--- ---------- E...-K------- ---------- ---------- -R--R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- ---------- ---------- -------..--- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- ---------- N-K--K--S- ------T--- ---------- E...-T-AV---- ---------- ---------- -R--R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- S------..-R- ------R--- ---------- T--K-N---- ------------ ---------- ---------- T-K--K--S- -----NT--- ---------E E...-K------- ---------- ---------- ----R---T- D---H----- ------E--- -N-I------ -S-------- ---------- S--L--T..-R- ------R--- ---------- T--K-N---- -----------A --------KA -NR------- I-K-TK--V- K----NAN-- V--------- -...-A--V---- ---------- ---------- -RS-R---T- D---H----- ------E--- -N-I--R--- -S-------- ---------- S------..-R- ------R--- ----H----- T--K-N---- ------------ ---------- ---------- --K--KR-C- K-----TN-- ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- ------E--- ---I------ -S-------- ---------- ---RK--..-L- -----IV--- ----KE---- ---------- ------------ ---------- ---------- I-K-GKR-S- K-----TN-- ---------- -...-K---R--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- ------E--- -N-I---R-- -S-------- ---------- -T--K--..RR- ------K--- ---------- ----E----- -Q---------- ---------- --------I- I-K--K--V- ------TN-- ---------- -...DK--V---- ---------- ---------- -S--N----- D--------- ------EA-- -Q-II--R-- ---------S ---------- -------..-T- ------K--- --------RI ---------H ------------ ---------- ---------D I-K--K--C- ------TN-- ---------- -...-K---I--- ---------D ---------- ERS-N---T- D--------- ---------- --T---QR-- -S-------S ---------- ---H---..-V- ---------- ---------- -----N---- ------------ ---------- -H------K- I---TK--V- K-----SN-- ---------E E...----V---- ------K--Q --H------- -RT-I----- DQ--R----H ------E--- -N-I--QR-- ---------S ---------- SV-V---..-R- ------K--- ---------- T---R--SII ------------ ---------- ---------- I-K--K---- ------T--- ---------- -...--------- -------E-- ---------- -G--N----- G--------- ------E--- -N-I--YR-- -S-A------ ---------- -------..-R- ------A--- ---------P ----E----- ------------ --------N- ------Y--- I-K--K---- ------TN-- ---------- -...-E------- ---------- ---------- R-G-N----- NI-------- -----AE--- -S-I--IR-- ---------- ---------- -------..--- ------V--- ------H-G- --R------- ------------ ---------- ------Y--- C-R-TKK--- ------T--K ---------- E...-E--V---- -------E-- ---------- -R--N----- D--------- ------E--- -S-I---R-- -S---R---- --E------- --F----..R-- -----IK--- --------R- ---------- ------------ ---------- ------Y--- C-R--KK--- ------T--K ---------- E...-E--V---- -------E-- ---------- ----N----- D--------- ------E--- -S-I---R-- -----R---- --E------- -------..R-- -----IK--- --------R- ---------- ------------ ---------- ---------- --K-VKE-V- ------T--- ---------- E...----V---- ---------- ---------- -R--N----- D--------- ------E--- -Q----YR-- ---------- ---------- V-V----..-R- ------K--- ---------- -----NR--- ------------ ---------- -N-------- --E--KK-V- ------HN-- T--------- E...EK------- ------K--Q --H------- -G--N----- D--------- ------G--- -N-----RI- ---------R ---------- S--V-T-..-R- ------K--- ---------- -------S-- ------------ ---------- -N-------- --K--KK-V- ------HN-- T--------- E...EE------- ------K--Q --H------- -G--N----- D---H----- ------G--- -D-----RI- ---------R ---------- S--V-T-..-R- ------K--- ---------- -------S-- ------------ ---------- -N-------- R----KK-C- K-----TN-- --------IE K...-K------- ---------- ---------- REG----I-- G-T-R----- ------E--- -N-I--R--- -S---R---- ---------- ---T---..QR- ---------- ---------- ---------- ---A-------- ---------- ---------- I----KR-C- K-----TN-- --------IE K...-K------- ---------- ---------- REG-N--I-- G---R----- ------E--- -N-I--R--- -S---R---- ---------- ---T---..QR- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K--K--C- K-----TN-- ---------- -...-K---K--- ---------- ---------- ERS-D---T- D--------- --N------- -------R-- ---------R ---------- T--H---..-V- ------V--- -----E---- -----N---- ------------ ------K--- ---------- I-K--K--S- ------TN-- ---------- -...-K-I-R--- ---------- ---------- ERS-I---A- D--------- ------E--- -------R-- -S-------- ---------- I--RK--..-T- ------V--- -----E---- --R------- ------------ --------K- -I-------- I-K--K--L- -----YH--- ---------- -D..SK------- S--------- ------V--- -R-------- N--------- ---------- -N-IV-RL-R ----CPT--K ---------- T---K--..R-- ---------- ---------- -----N---- ------------ --------K- --------IH I-K--K-X ---K------ --------K- ---------- I-K--K--V- K----TAN-- V--------- -...-T--V---- -------E-- ----A----- --G-N----- N--------- ------ET-- -NTT------ HK---R---- ---------- T------..-GR ------A--- ---------- -----N-I-- -L---------- ---------A -H-------- -----KK-S- -----NT--- ----T----- -...-K------- ---------- --N------- R-S-N----- D--------- ---------- -A----YR-N ---------- ---------- ----K--..QR- ------K--- ---------- -------*** *** ---------- ---------- ---------- --K--K---- K---D-I--K ---------R G...-V------- ---------- ---------- -G-------- N---H----- ------E--- -N-I---RIR -S-------S ---------- T--V---..-R- ------A--- ---------- E------I-- ------------ ---------R -H-I--Y--- I----KK-S- -----NNN-- V--------- E...-T--V---- ---------- --N-A----- -D-------- DS-------H --E---A--A -N----YK-- -----P---K ---------- V-I-A-R..QR- ------K--- -----N-R-- M--------S --------A--- ---------- -N-------- -----K--S- K-----I--- --------I- -...-----I--- ---P------ ---------- -E-----I-- N--------H ------E--- -N-IV--R-- ---------K ---------- ----A--..-R- ---------- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K-----I- K--------- V--------- -...-K--VK--- ------K--- --H------- -RE-N----- D---H----- ------E--- -N-I-EQR-- ---------- Q-----H--- V------RKRR- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- I-K--K--I- K----HAN-- V--------- -...-T--V---- -------E-- ----A----- T-G------- N--------- ------E--- ---I--Q--- HK-------- --R------- TT--A--..-R- ------A--- ---------- --N-E--I-- ------------ ---------- ---------- I-K--K--C- ------TN-- ---------- -...-K---I--- ---------- ----A----- ERS-N---T- D--------- ---------- --T---QR-- ---------S ---------- ---H---..RV- ------G--- -------R-- -----N---- ------------ ---------- ---------- --K--K--L- ----DC---K ---------- E...----VK--- -------E-- ---------- -R-------- G-------M- -----AE--- ---I------ ---N------ ---------- T------..--- ------R--- --------R- ---------- ----------V- ---------- -N-------- --K--KR-A- K--------- ---------- E...-K---K--- ---------- ---------- -RS-N----- D--------- ------E--- -N-I--NL-- ---------- ------S--- T--RK-P..--- ------R--- ---------- ----E----- ------------ ---------- ---------H --K--K---- ------T--- ---------- E...-K--V---- ---------- ---------- -R-----I-- N--------- -----TA--- ---I---R-- ---------- ---------- T------..-T- ------A--- ---------- ---------- ------------ ------K--- -H-------- I-K--KK-V- -----N---- -G-------- -...-K---K--- --L----E-Q --H------K E-S-T----- N--------- ------E--- -N----RL-- ---------- ---------- ---RK-Q..-R- ------R--- ---------- R--------- ------------ ---------- -N--G----- I-K--K--V- ---------- ---------- E...-T---K--- --L----E-- ---------K E-S-N----- D--------- ------E--- -N-I--KL-- -------A-- ---------- ---RK-Q..-R- ------R--- ---------- ---------- -R---------- ---------- -N-------- I-K--K--V- ---------- ---------- E...----VK--- -------E-- ---------K E-S-N--I-- D--------- ------E--- -N-I--KL-- ---------- ---------- ---RK-Q..-R- ------K--- ---------- ---------- ------------ ---------- -N-------- --K--KD--- ------R--K V--------- -...----VR--- ------K--- --H------- L------I-- D--------H --N------- ---I--QV-- ---------- ---------- K--V--T..--- ------R--A ---------- R--------- ------------ ---------- -N-------- --K--K---- ------R--K V--------- -...-T--VR--- ------K--Q --H------- QR-----I-- D--------H ---------- ---I--Q--- ---------- ---------- K--V--T..RTR ------R--- ---------- R---ENP--- ------------ ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...----V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I--YR-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- --R-E--S-- -Q---------- ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...----V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I---R-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- ----EN-S-- -Q---------- ---------- -N-------- --K--Q---- ------R--K V--------- -...--I-V---- ---------- ---------- LR--R----- D--------H ---------- ---I--YR-- ---------- --------S- V--V---..-T- ------R--- ---------- ----EN-S-- -Q- Generated at the Viral & Human Genomics Lab, Facultad de Medicina UASLP using the RAR tool kindly provided by James Robinson of the Anthony Nolan Research Institute’s HLA Informatics Group. Key to annotations The following Vif protein motifs descriptions are based on criteria established by Bell et al, 2007. 5 11 21 38 79 • Tryptophans (W , W , W ,W • APOBEC3 binding motifs are shown in dark blue highlight; the C-terminal APOBEC3F-binding motif ( • The EW font. • The nuclear localization inhibitory signal ( RLRR ) is shown in red highlight. Sequences not having the consensus RLRR motif but having residues with conservative physicochemical properties are also shown in highlight. • The ST CKII and p44/42 Mitogen-Activated Protein Kinase (MAPK) phosphorylation sites are shown in magenta highlighting. Residues other than ST that can also be phosphorylated are aslo shown in highlight. • In any case, clinical isolate or subtype consensus sequences not having the aforementioned functional sites or motifs are shown without highlight in 11 11 the corresponding region (i.e. W which in MX071_2 is represented by an R ). • The zinc-binding motif (H • Viral BC Box ( • The protease processing site (L • Threonine phosphorylation sites (T • The Cullin-binding box ( 88 89 & W ) involved in APOBEC3G recognition and suppression are shown in cyan highlight). EDRWN 175 ) is not highlighted for simplicity. motif located in central hydrophilic region known to be involved in enhancing steady state expression is shown in yellow highlight and red 90 95 171 93 96 144 108 C 114 C 133 H 139 SLQYLALAALITPK..K 159 150 ) is shown in black highlight and white font. 158 ) is shown in green highlight and based on the criteria suggested by Bizinoto et al, 2013. ) is also shown in black highlight. 155 and T 170 ) are shown in yellow highlight. KPPLPSVTKLTEDR 173 ) is shown in grey highlight. References Molecular characterization of the HIV type 1 subtype C accessory genes vif, vpr, and vpu. Bell CM, Connell BJ, Capovilla A, Venter WD, Stevens WS, Papathanasopoulos MA. AIDS Res Hum Retroviruses. 2007 Feb;23(2):322-30. Codon pairs of the HIV-1 vif gene correlate with CD4+ T cell count. Bizinoto MC, Yabe S, Leal É, Kishino H, Martins Lde O, de Lima ML, Morais ER, Diaz RS, Janini LM. BMC Infect Dis. 2013 Apr 11;13:173.