SECUENCIACION MASIVA La plataforma GA IIx de Illumina La plataforma Genome Analyzer IIx de Illumina permite secuenciar clusters de secuencias clonalmente amplificados sobre un Flow Cell con 8 líneas independientes utilizando el equipo cBot. La química SBS (Sequencing by Synthesis) basada en la incorporación reversible de terminadores marcados fluorescentemente permite detectar la secuencia en cada molécula tras la incorporación de dNTPs fluorescentes en cada ciclo de síntesis. El equipo permite la secuenciación de librerias tanto SR (single‐read) como PE (paired‐end) o MP (mate‐paired) para aplicaciones tan diversas como: secuenciación completa de genomas o de regiones candidatas, resecuenciación, análisis transcriptómico, análisis de small RNAs, estudios de perfiles de metilación, estudios de interacciones DNA‐ proteína... Las siguientes tablas muestran algunos datos de interés para los usuarios interesados en esta plataforma CANTIDAD MUESTRA TIPO DE MUESTRA CANTIDAD NECESARIA VOLUMEN MÍNIMO DNA GENÓMICO 5 µg 50 µl ChIP‐enriched DNA 10 ng 30 µl RNA 1‐10 µg 50 µl mRNA purificado 100 ng 16 µl small RNA 1‐10 µg 5 µl Mate‐paired (2‐5 kb) 10 µg 70 µl Cuantificación Por método fluorimétrico Ratio260/280 1,8 ‐ 2,0 RIN (RNA) ≥ 8 Integridad máxima posible OTROS REQUISITOS PROFUNDIDAD DE LECTURA SUGERIDA Secuenciación DE NOVO 30x Detección de heterozigotos 40x Variantes minoritarias al 5 % 1000x Variantes minoritarias al 1 % 5000x Transcriptoma 40‐50 millones de lecturas Perfil de expresión 6 millones de lecturas miRNAs 3 millones de lecturas ChIP 15‐20 millones de lecturas CAPACIDAD DE LECTURA ILLUMINA‐GA‐IIx 6 RUN TIME (Days) READS/LANE (10 ) Gb /Flow Cell 1x35 aprox. 2 aprox. 20 10‐12 2x50 aprox. 5 aprox. 40 25‐30 2x75 aprox. 7 aprox. 40 37,5‐45 2x100 aprox. 9,5 aprox. 40 54‐60 2x150 aprox. 14 aprox. 40 85‐95 SERVICIO DE GENOMICA DEL IIBm (SQP) ELABORADO POR: Gemma Rodríguez‐Tarduchy. Responsable del SQP. Fecha: 05.10.11. Rev 00 Para más información consultar: http://www.illumina.com/systems/genome_analyzer_iix.ilmn SERVICIO DE GENOMICA DEL IIBm (SQP) ELABORADO POR: Gemma Rodríguez‐Tarduchy. Responsable del SQP. Fecha: 05.10.11. Rev 00