Escribir fórmulas químicas con LYX 1. Introducción

Escribir fórmulas químicas con LYX
Francesc Carmona
fcarmona@ub.edu
17 de noviembre de 2010
1. Introducción
LYX es un procesador de documentos orientado a la escritura con un enfoque
basado en la estructura del documento (WYSIWYM) y no simplemente en su
AT X con la facilidad
aspecto (WYSIWYG). LYX combina la potencia de TEX/L
E
de uso de una interfaz gráca. Esto resulta muy interesante en la creación de documentos con contenido matemático (dispone de un editor de ecuaciones totalmente integrado) y documentos estructurados como artículos académicos, tesis
o libros. Además, permite la integración normalizada de elementos esenciales en
escritos cientícos como los índices de referencias o de materias. Pero también
se puede usar LYX para escribir una carta, una novela, una obra de teatro o un
guión de película. Incorpora una amplia colección de diseños de documentos listos para su uso. LYX se publica bajo una licencia Free Software / Open Source,
funciona en Linux/Unix, MS-Windows y Mac OS X, y está disponible en varios
idiomas. Su página principal es
http://www.lyx.org/WebEs.Home.
En este artículo vamos a explicar cómo incorporar fórmulas químicas senci-
AT X. Precisamente,
llas y también complejas en un documento utilizando LYX/L
E
AT X existen varias extensiones que podemos
para escribir fórmulas químicas en L
E
hallar en el TEXCatalog
http://texcatalogue.sarovar.org/bytopic.html#chem
1
Vamos a presentar aquí algunas de estas soluciones, desde la más sencilla
con macros propias
ad hoc, hasta
Chemtool.
paquetes como
mhchem,
pasando por alguna
solución gráca como
2. Una primera propuesta
Como sabemos, para escribir una fórmula podemos utilizar el editor de ecua-
AT X con
y su extensión
o directamente código L
. Depende
ciones de LYX
E
A
de nuestro nivel de conocimiento de L TEX. Seguramente cuantas más instruccioAT X conozcamos, más fácil será escribir, incluso en el editor de ecuaciones.
nes L
E
Para escribir las fórmulas químicas se puede utilizar simplemente el modo matemático, con cualquiera de las dos opciones, pero el resultado no es plenamente
satisfactorio.
AT X (que también se puede lograr con el
Por ejemplo, el siguiente código L
E
editor de ecuaciones
)
\[ CH_4 + 2O_2 \longrightarrow CO_2 + 2H_2 O \]
proporciona la fórmula
CH4 + 2O2 −→ CO2 + 2H2 O
Observemos que las letras están en cursiva (italic ), cuando deberían estar
en roman upright. Para corregir este problema podemos modicar el tipo de
letra, una a una, con el icono
\mathrm{...}. Otra opción es
\mathrm{...}, pero esto implicará
y la instrucción
englobar toda la fórmula con la instrucción
a todas las letras de la fórmula, lo que puede ser inconveniente en algunos casos.
La fórmula anterior se corrige con el código
\[ \mathrm{ CH_4 + 2O_2 \longrightarrow CO_2 + 2H_2 O }\]
que proporciona la misma fórmula pero en roman upright
CH4 + 2O2 −→ CO2 + 2H2 O
Podemos incluso crear
1 dos nuevas macros de LAT X e incluirlas en
E
mento . Conguración . Preámbulo LaTeX
Docu-
del documento. Para ello copiaremos
las instrucciones
\newcommand{\quim}[1]{$\mathrm{#1}$}
\newcommand{\quimecu}[1]{\[\mathrm{#1}\]}
AT X y las utilizaremos en el texto como código LAT X con el
en el preámbulo L
E
E
icono
1 Algo
así
similar se puede tener con el paquete
2
chemist.sty
ahora obsoleto.
\quim{ CH_4 + 2O_2 \longrightarrow CO_2 + 2H_2 O }
para insertar la fórmula en línea o así
\quimecu{ CH_4 + 2O_2 \longrightarrow CO_2 + 2H_2 O }
para tener la misma fórmula en modo presentación.
Sin embargo, si la fórmula contiene una variable como
n
que debe ir en
cursiva, la solución anterior se tiene que modicar. Por ejemplo si la fórmula es
\quimecu{ C_n H_{2n+2} + \frac{3n + 1}{2}O_2
\longrightarrow n CO_2 + (n+1)H_2 O }
el resultado no es el deseado
Cn H2n+2 +
La variable
3n + 1
O2 −→ nCO2 + (n + 1)H2 O
2
n aparece también en roman upright. Para arreglarlo deberemos
\mathit{...}. Entonces, la fórmula
cambiar sus apariciones con el formato
anterior quedaría así
\quimecu{ C_\mathit{n} H_{2\mathit{n}+2}
+ \frac{3\mathit{n} + 1}{2}O_2
\longrightarrow
\mathit{n} CO_2 + (\mathit{n}+1)H_2 O }
El resultado, ahora sí, es el correcto
Cn H2n+2 +
3n + 1
O2 −→ nCO2 + (n + 1)H2 O
2
Ligaduras y echas
Para las fórmulas semidesarrolladas en línea, se puede utilizar
ligaduras simples,
=
para las ligaduras dobles y
\equiv
−
para las
para las triples.
.
.
o con las instrucciones del tipo \rightarrow, \longrightarrow y
\rightleftarrows (o \rightleftharpoons). En el modo matemático también
Las echas de reacción se obtienen desde el editor de ecuaciones
disponemos de echas con escritura encima o debajo, pero hay que escribir la
instrucción directamente. Las instrucciones
2 son
\xrightarrow{texto encima },
\xrightarrow[texto debajo ]{}
\xrightarrow[texte debajo ]{texto encima }
Para utilizarlas basta con estar en el modo matemático y empezar a escribir
la instrucción. Entonces LYX nos ofrecerá acabar de escribirla y abrirá dos cajas
para escribir encima y debajo. Dejaremos en blanco la que no nos interese. La
longitud de la echa se ajustará al texto.
2 Estas
instrucciones pertenecen al paquete
amsmath
3
que en LYX está siempre disponible.
\overset{texto
\underset{texto debajo }{texto principal }.
También podemos pensar en las instrucciones de posición como
encima }{texto principal }
y
Un ejemplo. Si abrimos el modo matemático y vamos tecleando la siguiente
instrucción
Ag^+ + Cl^- \rightarrow \underset{\searrow}{AgCl}
nos muestra como resultado
Ag+ + Cl− → AgCl
&
sólo hay que corregir el tipo de letra de cursiva a upright con el icono
3. El paquete
.
mhchem
mhchem
AT X contiene un conjunto de macros especícas para
El paquete
de L
E
escribir estructuras químicas que permiten un mayor nivel de sosticación. Está
en el paquete llamado
texlive-science
de la distribución TEXlive y en Ubuntu,
por ejemplo, hay que instalarlo expresamente:
sudo apt-get install texlive-science
También está disponible en los repositorios de MiKTEX para MS-Windows.
4. La utilidad gráca
Chemtool
Chemtool
ChemDraw,
una popular aplicación de código cerrado (no libre) para MS-Windows. Chemtool
Para el diseño de moléculas utilizaremos un entorno gráco como
e insertaremos la imagen producida.
Chemtool
es una alternativa a
es capaz de exportar las estructuras químicas en docenas de diferentes formatos
para permitir su fácil inserción en otras aplicaciones como LYX. Dispone de una
interfaz muy sencilla para dibujar y de multitud de plantillas con moléculas
prediseñadas para simplicar el proceso. Toda la información y manuales se
hallan en la página ocial del proyecto
de/~martin/chemtool/.
http://ruby.chemie.uni-freiburg.
La instalación de esta aplicación es simple. Se halla disponible en el Ubuntu
Software Center y en los repositorios. También se puede instalar desde la consola
con la instrucción
sudo apt-get install chemtool
La aplicación la encontraremos en
Aplicaciones . Educación . Chemtool.
4
5. Otras opciones
El paquete PPCHTEX
El paquete
PPCHTEX
es un conjunto coherente de macros que se pueden
utilizar para escribir o, mejor, para dibujar fórmulas de estructuras químicas.
Las macros se basan en
PICTEX,
un paquete de dibujo de dominio público es-
crito por Michael Wichura. Aunque originalmente estaban escritas únicamente
en
PICTEX,
la segunda edición puede cooperar con el
PSTRICKS
de Timothy
Van Zandt, eso sí, con algunas limitaciones. En todo caso, la dicultad de componer las fórmulas con estas macros se compensa con la calidad del resultado
al utilizar la salida
PICTEX. Las macros se pueden usar desde otros paquetes
ConTEXt genéricos. Dichas macros están escritas de forma
en forma de módulos
que se pueden ampliar con extensiones compatibles con relativa facilidad (pa-
ConTEXt.
PPCHTEX se pensó originalmente para escribir fórmulas de estructuras químicas
como sixrings. Ahora también se da soporte a los mecanismos de reacción. Las
ra los que dominen el tema). La interfície se ajusta a la interfície de
fórmulas se pueden escribir en diferentes tamaños. Los elementos más comunes
o las fórmulas utilizadas con más frecuencia se pueden reutilizar. Se ha primado
la exibilidad y la calidad frente a la velocidad y los grácos se toman su tiempo.
La opción de
PICTEX de guardar las imágenes no sirve para ganar tiempo y, por
tanto, no vale la pena utilizarla.
La plantilla Chemstyle
La plantilla o paquete
Chemstyle
desarrollado por Joseph Wright, propor-
ciona un sistema extensible para dar formato a documentos de química según
las convenciones de un buen número de revistas punteras. Por supuesto que
también contiene un conjunto de prácticas macros relacionadas con la química.
5
Figura 1: Estructura de la nicotina creada con
Chemstyle
PPCHTEX.
es una mejora de un paquete anterior llamado
macros de este último se han incorporado.
El paquete
chemscheme
se distribuye conjuntamente con
rsc
y todas las
Chemstyle.
El paquete ChemTEX
Este paquete fué uno de los primeros en demostrar las posibilidades de TEX
para obtener grácos de calidad. Ahora ya prácticamente no se utiliza, pero es
un símbolo del esfuerzo innovador de las primeras épocas.
La moderna alternativa es el conjunto de paquetes
amplia variedad de fórmulas químicas estructurales.
6
XyMTEX para dibujar una