# Guía para ejecutar un ejemplo de Trinity: # Crear directorios que se van a utilizar. $ mkdir /media/libre/Ejercicios/Trinity $ mkdir /media/libre/Ejercicios/Trinity/output # Acceder al directorio donde se encuentran las secuencias de ejemplo. Explorar las secuencias (para salir de less apretar la tecla q). $ $ $ $ $ cd /opt/rnaseq/trinityrnaseq_r20131110/sample_data/test_Trinity_Assembly/ gzip -d reads.left.fq.gz; gzip -d reads.right.fq.gz less reads.left.fq head reads.left.fq head reads.right.fq # Acceder al directorio dónde se encuentra el programa Trinity.pl $ cd /opt/rnaseq/trinityrnaseq_r20131110 # Crear las variables que identifican cada secuencia y el output. $ left=/opt/rnaseq/trinityrnaseq_r20131110/sample_data/test_Trinity_Assembly/reads.left.fq $ right=/opt/rnaseq/trinityrnaseq_r20131110/sample_data/test_Trinity_Assembly/ reads.right.fq $ outdir=/media/libre/Ejercicios/Trinity/output # Ejecutar el programa. $ perl Trinity.pl --seqType fq --JM 4G --left $left --right $right --output $outdir --CPU 2 --full_cleanup # Opciones y parámetros utilizados: # --seqType fq # --JM 4G # --left $left # --right $right 2 # --output $outdir intermedios) # --CPU 2 # --full_cleanup multifasta ## ## ## ## el tipo de lectura es FASTQ le otorgamos 4GB de memoria indicamos cuál es el archivo con las lecturas foward o left o 1 indicamos cuál es el archivo con las lecturas reverseo right o ## dónde queremos que guarde todo el output (muchísimos archivos ## cantidad de cores que le otorgamos ## que borre todos los archivos intermedios, va a generar solo el # Explorar el archivo multifasta obtenido como resultado (para salir de less apretar la tecla q) $ less /media/libre/Ejercicios/Trinity/output.Trinity.fasta # Sobre el header que genera Trinity: # Primero hay un código identificador # comp<NÚMERO> es el identificador numérico del grafo contruido por Chrysalis. # _c<NÚMERO> es el identificador numérico del componente dentro del grafo. # seq<NÚMERO> es el identificador numérico de la secuencia extraida del componente determinado. O sea, la variante de splicing o el parálogo derivado del mismo componente del grafo. # Luego len=<NÚMERO> indica el tamaño de la secuencia construida. # Y path informa sobre la identidad de las lecturas y su posición en la secuencia reconstruida. # Acceder al directorio donde se encuentra el programa para obtener estadísticas básicas que viene incorporado en Trinity. $ cd util/ # Ejecutar el programa. $ perl TrinityStats.pl /media/libre/Ejercicios/Trinity/output.Trinity.fasta # Y listo, ahora lo complicado! (que no lo vamos a ver :/) # Se pueden alinear las lecturas contra el transcritoma generado por Trinity y visualizarse con IGV... # Hacer estimaciones de abundancia (con RSEM)... # Expresión diferencial con R... # Blastear... # Anotación funcional de lo obtenido... # y MUCHÍSIMAS cosas más... # ;)