Plegamientos anómalos de proteínas Proteínas entrecruzadas por intercambio de dominios El grupo de investigación BIO328 "Estructura de proteínas" está especializado en la determinación estructural de proteínas mediante la técnica de difracción de Rayos X. Entre las líneas de investigación del grupo se encuentra aquella dedicada a la determinación de estructuras con plegamientos anómalos que rompen la regla de Anfinsen de un único plegamiento por proteína. Este fenómeno conocido como 3D domain-swapping (3DS ) aparece en más de un centenar de proteínas. El papel de estas proteínas se desconoce pero desde su descubrimiento se han relacionado con el desarrollo de fibras amiloides. Estas son las responsables de numerosas enfermedades degenerativas: enfermedad de Alzheimer, Huntington, etc... Nuestro grupo descubrió la formación de estas estructuras entrecruzadas en el dominio SH3 de la Src tirosina quinasa 1, una proteína citosólica cuyas mutaciones se han relacionado con el desarrollo de algunos tipos de cáncer. El comportamiento de esta proteína se ha estudiado en el proyecto de investigación de la Junta de Andalucía "Estudios termodinámico-estructurales de proteínas diméricas entrecruzadas: implicaciones biológicas del desplazamiento de dominios" (P09-CVI-5063, 2010-2014), cuyos resultados se encuentran plasmados en varias publicaciones. Hemos descrito la formación de fibras amiloides en el dominio SH3 de la Src tirosina quinasa y nuestros resultados muestran nuevos aspectos de los primeros pasos de la formación de fibras amiloides y el potencial papel desempeñado por el fenómeno de entrecruzamiento entre dominios. Propuesta de TFG Dentro del interés que tiene nuestro grupo en el estudio de estructuras entrecruzadas, este TFG que se propone tiene como objetivo la búsqueda y Cámara-Artigas A, Martín-García JM, Morel B, Ruiz-Sanz J, Luque I. "Intertwined dimeric structure for the SH3 domain of the c-Src tyrosine kinase induced by polyethylene glycol binding". FEBS Lett. 2009 Feb 18;583(4):749-53. http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2009.01.036 1 análisis de las estructuras de proteínas entrecruzadas disponible en el Protein Data Bank (PDB). Para ello se llevará a cabo el siguiente plan de trabajo: 1. Búsqueda bibliográfica utilizando las bases de datos habituales (Scopus, Web of Science, Pubmed, etc...). Para ello se seleccionara un conjunto de palabras claves que nos permita identificar las publicaciones que se refieran al fenómeno del 3DS en estructuras cristalográficas. 2. Búsqueda de las estructuras disponibles en el PDB, igualmente se hará uso de las palabras claves adecuadas. 3. Análisis de estructuras usando visualizadores de proteínas como por ejemplo Pymol 2 o Coot. Se determinara que partes de la proteína se ven modificadas durante el proceso de entrecruzamiento y el cambio de interacciones intra e intermoleculares entre las cadenas del oligómero (enlaces de hidrogeno, puentes salinos, etc... 4. Análisis crítico de las bases de datos existentes de 3DS. Actualmente existen dos bases de datos de 3DS (3DSwap, ProSwap) pero no están actualizadas desde el año 2010 y presentan ciertas deficiencias. 5. Propuesta de un método, si procede, para poder mejorar estas bases de datos. Durante el desarrollo de este TFG el alumno aprenderá a: 1. Usar de bases de datos para búsquedas bibliográficas y otras bases de datos especializadas 2. Usar de programas de visualización de proteínas para el análisis de la estructura 4. Redactar un trabajo científico 5. Exponer un trabajo Para descargar Pymol de forma gratuita utilizar legacy-builds para cada sistema operativo de la página de Sourceforge. 2