Unix para Bioinformática - BEM

Departamento de Física
Facultad de Ciencias
Universidad de Chile
Unix para Bioinformática
José Rogan
Viernes 11 de noviembre del 2011
Primera clase
Un computador
Unidades de información digital
0
byte = 8 bits
bit
0−255
1
Kilo
Mega
Giga
Tera
Peta
0
1 1
1 0 0 1 0
bytes
1 Kilobyte = 1024 bytes
1 Megabyte = 1024 Kilobytes
Imagen B/W
ASCII
int
r
114
Tabla ASCII
Colores RGB
El sistema operativo unix
El sistema operativo unix es el más usado en investigación científica, tiene una
larga historia y muchas de sus ideas se encuentran en otros sistemas operativos.
Algunas de las características relevantes del unix moderno son:
Multitareas
Multiusuario
Los dispositivos pueden ser accesados como archivos
Muchas de las aplicaciones pueden trabajar desde la línea de comandos
Muchos sabores de unix
Linux : fue originalmente desarrollado para computadores personales
PCs basados en x86 de 32 bits (386 o superiores).
Hoy Linux corre sobre Intel x86/IA64, Sun SPARC, Alpha, PowerPC
Arm, MISP (big endian), MIPS (little endian), HP PA−RISC, IBM S/390,
AMD64, eabi Arm.
SunOS : disponible para la familia 68K así como para la familia sparc
de estaciones de trabajo sun
Solaris : disponible para la familia sparc de Sun así como para la
familia x86.
OSF1 : disponible para Alpha.
Ultrix : disponible para vax de Digital
SYSVR4 : conocido como Unixware y Novell−Unix: disponible para x86, vax.
IRIX
: disponible para mips.
AIX
: disponible para RS6000 de IBM y PowerPC.
Historia de unix
Linux
Tux
El génesis
Hola a todos aquellos que usan Minix Estoy haciendo un sistema operativo (gratuito)
(solamente una afición, no será grande ni profesional
como el GNU) para clones 386(486) AT. Este ha
estado gestándose desde abril, y está comenzando a
estar listo. Me gustaría recibir cualquier comentario
sobre las cosas que gustan/disgustan en minix, ya
que mi SO (Sistema Operativo) se le parece un poco
(la misma disposición física del sistema de archivos,
debido a motivos prácticos, entre otras cosas).
Actualmente he portado bash(1.08) y gcc(1.40), y las
cosas parecen funcionar. Esto implica que
conseguiré algo práctico dentro de unos meses, y me
gustaría saber qué características quiere la mayoría
de la gente. Cualquier sugerencia es bienvenida,
pero no prometeré que las pondré en práctica :-)
Linus Benedict Torvalds (torvalds@kruuna.helsinki.fi)
PD. Sí – es libre de cualquier código de minix, y tiene
un sistema de archivos multi-hilo. NO es portable
(usa 386 una conmutación de tarea etc.), y
probablemente nunca será soportada por nada más
que los discos duros AT, porque es todo lo que
tengo :-(.
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Diferentes opciones
Debian
¿Qué es Debian?
Debian es un sistema operativo (S.O.) libre, para su computadora.
El sistema operativo es el conjunto de programas básicos y utilidades
que hacen que funcione su computadora. Debian utiliza el núcleo Linux
(el corazón del sistema operativo), pero la mayor parte de las herramientas
básicas vienen del Proyecto GNU; de ahí el nombre GNU/Linux.
Debian GNU/Linux ofrece más que un S.O. puro; viene con
30448 paquetes, programas precompilados distribuidos en un
formato que hace más fácil la instalación en su computadora.
Debian, las distribuciones actuales
ESTABLE
Debian 6.0 Squezze (6 de febrero 2011)
TESTING
Debian Wheezy
INESTABLE
Debian Sid