Proteinas en 3D

PROTEÍNAS EN 3D
Requisitos
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REQUERIMIENTOS DE “HARDWARE Y “SOFTWARE” Y
PROCEDIMIENTO DE EJECUCIÓN DE LA APLICACIÓN.
1. Requisitos de Hardware y Software
Para poder utilizar “PROTEÍNAS EN 3D” el equipo informático deberá reunir
los siguientes requisitos mínimos:
PC Hardware (requisitos mínimos):
Ordenador Pentium o similar
64 MB de RAM
tarjeta gráfica con color de 16 bits.
PC Software:
Microsoft Windows 95, 98 o superior.
Acrobat Reader (programa lector de archivos pdf)
Navegadores Internet Explorer y/o Netscape Communicator de versiones
compatibles con el plug-in Chime instalado en el navegador en el que va a
visualizar las páginas web (ver tabla).
Plug-in Chemscape Chime (Chime) de versión compatible con el navegador que
se use para visualizar la aplicación (ver tabla).
Personalmente hemos comprobado que "PROTEÍNAS EN 3D" se visualiza
correctamente en Windows 98 con:
-
Netscape® Communicator 4.5 básica (recomendado) e Internet Explorer 5.0 con
Chemscape Chime 2.0.3.
y con:
-
Netscape Communicator 4.75 complete (recomendado) e Internet Explorer 5.5 SP1
con Chemscape Chime 2.6 SP3.
Se recomienda el navegador Netscape Communicator porque, aunque la versiones
actuales de Chime funcionan con ambos navegadores, se han detectado algunos fallos
esporádicos en el Internet Explorer (sobre todo si la memoria RAM del equipo está en el
límite mínimo). Estos problemas y sus posible soluciones están contemplados en la web
oficial de este plug-in.
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Con el Netscape Communicator nunca aparecen estos errores, aunque en muchos
equipos el Internet Explorer no va a dar problemas. Instalar Netscape Communicator no
interfiere con la posibilidad de usar Internet Explorer. De hecho, se pueden usar ambos
al mismo tiempo.
En la siguiente tabla se muestran las compatibilidades de los navegadores Internet
Explorer y Netscape Communicator que los creadores de Chime proponen para las dos
últimas versiones del plug-in.
Chemscape Chime
(versiones)
Chemscape Chime 2.0.3.
Navegadores
(entorno Windows )
Windows 95, Windows NT 4.0 con:
Microsoft Internet Explorer 4.01 y 5.0
Netscape Navigator 3.04 y Netscape Communicator 4.05 y
4.5. (recomendado)
Windows NT con:
Microsoft Internet Explorer 5.5 SP1, 5.5 SP2
Netscape Communicator 4.75
Windows 2000 con:
Microsoft Internet Explorer 5.5 SP1, 5.5 SP2
Chemscape Chime 2.6 (SP3) Netscape Communicator 4.75
(ultima versión disponible,
agosto 2002)
Windows 98 con:
Microsoft Internet Explorer 5.5 SP1, 5.5 SP2
Netscape Communicator 4.75 (recomendado)
Windows 95 con:
Microsoft Internet Explorer 4.0,
Netscape Communicator 4.75
En la carpeta “utilidades” del CD-ROM se han incluido dos versiones de Chime
y de Netscape Communicator. Aunque estos programas se pueden conseguir de modo
gratuito en la Web se han adjuntado para facilitar al usuario de “PROTEINAS EN
3D” una rápida instalación de la aplicación. Los archivos son:
-
Netscape Communicator 4.5 básica, castellano (cb32d45.exe 12,9 KB)
Netscape Communicator 4.75 Complete, castellano (cc32d478.exe
23229 Kb KB)
Chemscape Chime 2.0.3 (ch203w32.exe 2 KB)
Chemscape Chime 2.6 SP3 (Chime26SP3.exe 2,092 KB)
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Las páginas web han sido optimizadas para visualizarse con una resolución de
pantalla de 800x600.
Para la visualización completa de la páginas web es conveniente ocultar las
barras de Navegación y de Dirección del navegador. Internet Explorer: Menú/Ver/Barra
de Herramientas/ Estándar y Barra de direcciones (inactivadas), Netscape
Communicator: Menú/Ver/ Mostrar Barra de Navegación y barra de Dirección
(inactivadas).
Hay versiones de Chemscape Chime para otras plataformas distintas de
Windows como MacOS de Macintosh y UNIX. Para consultar los requisitos en estas
plataformas y conseguir el plug-in acceder a http://www.mdlchime.com/chime/. En este
manual nos vamos a referir solamente a cuestiones relacionadas con el entorno
Windows.
2. Algunas cuestiones relacionadas con el plug-in Chemscape Chime y los
navegadores Netscape Communicator e Internet Explorer.
“PROTEÍNAS EN 3D” está basada en la visualización y manipulación por
parte del usuario de modelos moleculares en páginas web con Chemscape Chime
(Chime), un complemento, conector o plug-in de los navegadores Internet Explorer y
Netscape Communicator. Su distribución es gratuita y es muy conocido y utilizado en
el campo de la Informática aplicada a la Química. Ha sido creado por MDL Information
System, Inc. (http://www.mdlchime.com/chime/ ).
Para acceder al sitio oficial de Chemscape Chime hay que inscribirse
previamente rellenando on line una serie de datos en un formulario (la inscripción es
gratuita).
Los modelos que se visualizan en la pantalla mediante Chime no son simples
imágenes estáticas, son modelos virtuales o activos. Sobre ellos se pueden realizar
distintas manipulaciones. En el apartado “Guía Chime” de la aplicación se pueden ver
cómo realizar los distintos tipos de manipulaciones.
A continuación se exponen algunas cuestiones técnicas relacionadas con este
plug-in y los navegadores Internet Explorer y Netscape Communicator:
•
Existen varias versiones de Chime tanto para Windows 95, 98 y posteriores y
para las distintas versiones de los navegadores Internet Explorer y Netscape
Communicator. Para poder visualizar los modelos virtuales o activos en una
versión determinada de uno de estos dos navegadores es necesario tener
instalada la versión adecuada de Chime compatible con esa versión concreta del
navegador; de lo contrario pueden presentarse errores en la visualización. En el
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apartado “PC Software” hemos indicado las compatibilidades que los fabricantes
de Chime proponen para las dos últimas versiones en entorno Windows.
•
Hay que advertir que el Netscape Navigator v.6 no es compatible con Chime y
con otros conectores; la razón del por qué los fabricantes lo han hecho así es un
misterio. Esta cuestión se contempla en la página oficial del Chime. Para
profundizar sobre distintos aspectos técnicos de Chime (Navegadores,
Plataformas, Instalación, Resolución de problemas…) se puede acceder a los
siguientes sitios de la Web:
Sitio oficial de soporte técnico de MDL Chime (inglés)
http://www.mdli.com/support/chime
Información de las compatibilidades entre versiones del plug-in y de los
navegadores, posibles problemas en la instalación y visualización, etc…
Martz Chime Resources (inglés)
http://www.umass.edu/molvis/martz/
Sitio diseñado y mantenido por Eric Martz, Universidad de Massachussetts,
Amherst, MA, EE.UU. Es el sitio más completo relacionado con este plug-in.
Aspectos técnicos de Chime (castellano)
¿Cómo puedo configurar mi ordenador para visualizar estas páginas?
http://www2.uah.es/biomodel/model1/info-cfg.htm
Chime: Navegadores, Plataformas, Instalación, Resolución de problemas
http://www2.uah.es/biomodel/comun/compatib/neccsoft.htm
Requisitos Informáticos. Compatibilidad
http://www2.uah.es/biomodel/comun/compatib/compatib.htm
Estas páginas están diseñadas y mantenidas por Ángel Herráez Sánchez ,
Profesor Titular de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de
Alcalá de Henares (algunas de estas páginas son traducciones de páginas de
Martz Chime Resources). Ángel Herráez también ha diseñado el sitio
BIOMODEL (http://www2.uah.es/biomodel/inicio.htm), un conjunto de
tutoriales sobre biomoléculas de distintos niveles educativos basados en Chime.
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•
Los navegadores Netscape Communicator en castellano se pueden conseguir en
los distintos sitios de descarga de Netscape. Uno de ellos en castellano es:
http://wp.netscape.com/es/download/download_comm.html
Una vez allí seleccionar una de las dos versiones y bajárselas.
Communicator 4.5 Base Install (“cb32d45.exe” 12,907 KB)
Communicator 4.78 Complete Install ( )
•
Las distintas versiones de Chemscape Chime, se pueden conseguir en la
sección de descargas de la web Chemscape Chime de MDL
(http://www.mdlchime.com/chime/) inscribiéndose previamente. También es
posible conseguirlos en ftp://ftp.mdli.com/pub/:
La versión Chemscape Chime 2.0.3.(“ ch203w32.exe “ 2,046 KB)
ftp://ftp.mdli.com/pub/Chime_Archive/
La versión Chemscape Chime 2.6 SP3 (“Chime26SP3.exe” 2,092 KB)
ftp://ftp.mdli.com/pub/chime26/
3. Instalación de Chemscape Chime
Una vez descargado el archivo ejecutable (*.exe) del plug-in al disco duro del
ordenador, se ejecuta el programa
siguiendo las pantallas del asistente para la
instalación
y
Chime
se
instala
automáticamente en los navegadores
elegidos.
Si Chime está bien instalado se
podrán visualizar en las páginas web de la
aplicación los modelos moleculares en
recuadros negros tal como aparece en la
figura de la izquierda.
4. Procedimiento de ejecución de la aplicación
“PROTEÍNAS EN 3D” puede ser visualizada off line a partir del CD-ROM o
desde el disco duro. En este segundo caso previamente se habrá copiado el contenido
del CD-ROM en una carpeta del disco duro. Se recomienda esta segunda opción ya que
de este modo los archivos de coordenadas moleculares se cargarán con más rapidez.
Para proceder a ejecutar la aplicación basta con abrir la página index.html con el
navegador elegido. Según donde se encuentren instalados los archivos que forman parte
de la aplicación ejecuta el programa siguiendo los pasos siguientes:
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Desde el CD-ROM: Para abrir el programa desde la unidad donde esté el CD-ROM (por
ejemplo, unidad D\) ir a Explorador de Windows, seleccionar en la carpeta
D:\proteinas3d\ el archivo “index.html” y abrirlo.
Desde el disco duro: Mediante el Explorador de Windows acceder a la carpeta del disco
duro donde se haya copiado la aplicación y abrir el archivo “index.html”.
Lógicamente esta aplicación también puede ser visualizada on line a partir de la
dirección URL de la página principal del sitio donde se tengan alojadas las páginas web
de la aplicación.
Cuando se alojan en un servidor de páginas Web aplicaciones que van a ser
visualizadas con Chime hay que tener la precaución de que en el equipo servidor estén
activados al menos estos tres tipos MIME: .pdb chemical/x-pdb, .spt application/x-spt,
.js application/x-javascript . Los servidores de índole educativa tienen activada esta
posibilidad y se visualizan estas aplicaciones sin problemas. Otros servidores, sobre
todo los que ceden de modo gratuito la posibilidad de alojar páginas web (por ejemplo
www.geocities.com ), no tienen activada esta posibilidad.
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