Desde el principio y empezando por el nombre de Dª PERFECTA, que a lo largo de la obra se puede comprobar que está lejos de serlo, el autor de una manera irónica va mostrando como el mundo idílico de la vida en el campo y la zona rural, la paz, la tranquilidad y la vida espiritual encarnada en la más rancia y conservadora religiosidad, en contraste con la bulliciosa y pecaminosa vida en las grandes ciudades. Pepe Rey llega con ese espíritu de encontrar en la vida rural, esa vida sencilla y tranquila del campo, pero nada más bajarse del tren todo lo que encuentra empieza a ser hostil por el frio , el desaliño del apeadero de Villahorrenda , el hosco Tio Licurgo, el paisaje feo y triste pero con nombre bonitos, la partida de ladrones y donde conoce a Caballuco por primera vez y al cual define como una especie de caballero andante. La llegada a Orbajosa es la descripción de una estampa desoladora, de casas pobres y de mala facha, hasta el rio que ciñe la ciudad es de pobre descripción. Pronto después de llegar a la casa, y reencontrarse con su tía, Cayetano y conocer a su Prima de que queda prendado y al Penitenciario, comienzan las hostilidades, los comentarios irónicos y también directos sobre la modernidad “la ciencia, tal como la estudian y la propagan los modernos, es la muerte del sentimiento y de las dulces ilusiones. Con la ciencia destrúyense lo marivilloso en las artes, . Con ella la vida del espiritu se amengua; todo se reduce a reglas fijas, y los mismos encantos sublimes de la Naturaleza desaparecen”, y dotándole a Pepe de una embarozosa erudición y superioridad, incomodandole en esta posición, y finalmente y poco a poco, haciéndole saltar contestando los ataques del mismo y de las mas sibilinas de su tia. Uno de los temas que saca a lucir el Penitenciario es el Darwinismo, teoría que en esa época se empezaba a difundir en España y que socavaba los cimientos de la religión aunque Pepe esquiva el asunto como puede. Esto ocurre cuando conoce al sobrino Jacintillo, al que se presenta como un abnegado joven que a pasado su juventud en un pueblo a pesar de su buena formación como abogado. Aquí vuelven a insistir en lo aburrido que le debía resultar a Pepe todo ese ambiente (cosa que también le había dicho ya Rosario). Esto lo niega e insiste en que la ciudad y la casa le gustan y que le gustaría vivir y morir allí. Pero a continuación la tía le reprende, siempre de una forma sibilina, su actitud ante una visita que Pepe realizó a la Catedrál y en que según ella se comportó de una forma irrevente, sacando el autor una vez más el radical y arraigado sentimiento religioso de estas zonas, en comparación con la laxitud de la misma en las grandes ciudades. Fuera del de su tia, la sociedad de Orbajosa se mostraba igual del hostil con el forastero, representando Pepe al que viene a perturbar y cambiar las costumbres establecidas. El pueblo se considera el mejor, el ombligo del mundo, sus costumbres, sus forma de trabajar, su producción agrícola, etc, no precisan que se realice ningún cambio ni que ningún forastero venga descubrir nada nuevo, están completamente cerrados a los cambios y la modernidad que consideran inútil y pecaminosa. El ambiente llega a ser tan hostil, que Pepe quiere irse pero casándose previamente con su prima, cosa a la doña Perfecta se opone rotundamente. Por diversas razones, entre otras la destitucón de un encargo que tenía del ministerio, y una lluvia de pleitos de colindantes de sus tierras e incluso del Ayuntamiento, ve que alguien le quiere hacer daño y expulsarle del E, leal, bondadoso, idílico y piadoso pueblo. Hay un acto que viene a exponer una vez más la hipocresía de esta sociedad, cuando Pepe visita la casa de las tres hermanas, prácticamente abandonas por esta piadosa sociedad y al mismo tiempo vigiladas y siempre sometidas a sospecha de no llevar una vida muy honrosa. Ya en este momento Pepe está señalado por la genta del pueblo, como ateo y persona de pecaminosas costumbres, además de ser una persona que menosprecia a la gente del pueblo y peligrosa para sus usos y costumbres. Entre tanto doña Perfecta tiene recluida a su hija en su habitación y sin que Pepe pueda verla, incluso Cayetano le llega a relatar que en su familia hay antecedentes de locura, que podría padecer la sobrina. Finalmente Pepe logra comunicarse con su amada a través de la criada y se ven a escondidas, declarándose su amor y su compromiso a no cejar en el empeño de su casamiento. Es durante este encuentro que escuchan llegar al ejercito enviado el gobierno. En España en esta época se desarrollan las Guerras Carlistas y es frecuenta la formación de partidas en las comarcas alejadas de la capital, y que su sublevan contra el gobierno. No habla en la novela que se trate de estas guerras en particular aunque si dice expresamente que participaron el la guerra de los 7 años y la del 48 que son la primera y segunda Guerra Carlista, , aunque aquí las partidas parece que se quieren levantar para conservar sus costumbres y su forma de vivir sin intromisión por parte del gobierno central, en realidad las Guerras Carlistas se desataron entre los partidarios de Carlos de Borbón (absolutistas) y los partidarios de Isabel II y de la Regente Maria Cristina de Borbón. En muchas zonas se levantaban en armas al ver atacados sus fueros, pero realmente se utilizó como un pretexto ya que esos fueros nunca fueron derogados. En este contexto histórico también se había producido la Desamortización de Mendizábal, donde se expropiaron las propiedades de los monasterios y posteriormente se vendieron, ya que el Estado estaban necesitado de dinero. El Penitenciario en la obra se nombra de pasada que es victima de esta operación, ya que en la mayoría de los casos esto supuso la desaparición de muchos Monasterios que no pudieron sobrevivir, y muchos de esos clérigos acabaron adscritos a parroquias u otros establecimientos de la iglesia. La llegada del ejercito a la localidad, aceleró aún más el malestar de la población, y en cuanto a la situación de Pepe tampoco mejoró, aunque él al principio pensó que le podía favorecer, ya que casa de doña Perfecta llegó a alojarse de forma forzosa un oficial de la tropa, que además era amigo suyo. Esto era uno de los temas que la población llevaba mal, ya que eran obligados a alojar y alimentar a los soldados llegados, se supone que para apaciguar la zona y que no hubiese conflictos, aunque al final era peor. La discusión donde la tía le reconoce el complot y se afirma que no quiere que se case con Rosario, vuelve a convertirse en una lucha entre la tradición y la modernidad, la intransigencia y la libertad. Doña perfecta se apoya y otra vez en la religión, poniendo a Dios de su parte, en contra del supuesto ateísmo de Pepe, para ella no hay posición intermedia, o se está con sus ideas religiosas y sociales o se está en contra, llevándolo al extremo más radical. Toda esta pelea viene a ser una parábola sobre lo que está pasando en la sociedad en ese momento, unos tratando de mantener a toda costa lo establecido y sus tradiciones y otros tratando de cambiar y modernizar esta sociedad, aunque sea la fuerza . Una vez se marcha Pepe de la casa, comienza a urdirse la una trama que terminará con Doña Perfecta alentando sin alentar, arengando si arengar, y haciendo que Caballuco y otros hombres de la comarca que en principio no querían iniciar ninguna revuelta ni levantar partida, y de hecho, el mismo pregona que no quiere problemas, acabe revelándose contra la presencia de las tropas y el gobierno central, pasando a la clandestinidad para organizar las partidas y enfrentarse luego con el ejército. Vuelve a apercer aquí el tema del cinismo y la Caballuco y los demás que como él serán los que soporten las peores consecuencias de la guerra. Más adelante Remedios, madre de Jacintí, y sobrina de D. Inocencio, le propone a Doña Perfecta de darle un susto a Pepe y en este dialogo le dice esta “mi sobrino, no es mi sobrino, mues es la blasfemia, el sacrilegio, el ateísmo, la demagogia..” “mi sobrino,….equivale a un ejército, equivale a la autoridad del gobierno, equivale al alcalde, al juez, es la nación oficial”, es decir vuelve a enfreontar los dos mundos cada uno representado por un personaje, Pepe y Doña Perfecta. Entre tanto el ejército enterado de la conspiración está deteniendo a los posible cabecillas y participantes y Caballuco se refugia en casa de D.Inocencio. Remedios le habla a su tio de los planes para asustar a Pepe, pero ya este se ha dado por vencido en su plan de casar a Jacintillo con Rosario y emparentar asi con la rica familia, ya que ellos siendo de origen humilde es la oportunidad de ascender en la sociedad, pero se resiste a entrar ni autorizar lo que propone la sobrina, llegando a decir y escenificar que él se lava las manos . Caballuco también se resiste, no por cobardía si no por no arriesgarse a ser descubierto, pero finalmente María Rosario convence a Caballuco para que la acompañe, y este lo hace aunque sin mucho convencimiento. Siguen a Pepe y ven como este entra en la huerta de Doña Perfecta, mientras Caballuco le sigue, Remedios avisa a la dueña de la casa y esta da la orden de matarlo que Caballuco ejecuta, matando a Pepe.
