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HOSPITAL UNIVERSITARIO “MARQUÉS DE VALDECILLA” Santander - Cantabria LABORATORIO DE MICROBIOLOGÍA. CARTERA DE SERVICIOS: ASPECTOS FUNDAMENTALES DE LA OBTENCIÓN, MANEJO Y PROCESADO DE MUESTRAS D. Jesús Padrino Gandía Supervisor Laboratorio Microbiología. Conocer mejor el Laboratorio de Microbiología ¿Qué se hace ? ¿Cómo se trabaja? ¿Qué aporta al clínico? La actividad que se desarrolla en nuestro laboratorio está orientada específicamente al diagnóstico microbiológico de las enfermedades infecciosas en los humanos mediante: A. Técnicas diagnóstica directas: 1. Examen directo (tinciones) 2. Aislamiento, identificación y sensibilidad a los antimicrobianos 3. Detección de antígeno de microorganismos 4. Detección de ácidos nucleicos. B. Técnicas diagnósticas indirectas 1. Detección de anticuerpos específicos El elemento diferencial de la Microbiología con respecto a otros laboratorios es la diversidad de muestras y de técnicas que pueden realizarse. Principalmente son: 1. La recogida de muestra (procedimiento de obtención y cantidad adecuada). Hay que tener en cuenta que la calidad de los resultados dependen DIRECTAMENTE DE LA CALIDAD de la muestra que nos remiten 2. El transporte rápido y adecuado a la muestra 3. El procesamiento Consideraciones para una muestra de calidad Valorar el riesgo/beneficio de la recogida de la muestra para el paciente 1. Recogida de muestra con la máxima asepsia 2. Enviar en los contenedores adecuados 3. Debe ir bien etiquetada e identificada 4. Recoger en cantidad suficiente para realizar todas las determinaciones que se solicitan Consideraciones para una muestra de calidad 1. No debe de estar en contacto con sustancias desinfectantes o anestésicas 2. Recoger antes de cualquier terapia antimicrobiana siempre que sea posible 3. Evitar, en lo posible, el contacto de la muestra con la flora comensal del paciente 4. Enviar lo más rápido posible al laboratorio con objeto de asegurar la supervivencia de microorganismos de difícil crecimiento y evitar el sobrecrecimiento de la flora comensal Primero hay que diferenciar a los microorganismos en función de sus necesidades de O2 para sobrevivir 1. Aerobios (crecen en presencia de O2 ) Ø Porque lo necesitan (A. estrictos) Ø Porque lo toleran (A. facultativos) 2. Anaerobios (mueren en presencia de O2) 1. Envase estéril de boca ancha 2. Tubo estéril 3. Torunda seca de alginato cálcico o dacrón 4. Torunda con medio de transporte 5. Torunda nasofaríngea 6. Torundas especiales (Chlamydia, virus...) 7. Placa Petri 8. Moqueta estéril 9. Frascos de Hemocultivos 10. Tubos de extracción de sangre ENVASE ESTERIL TUBO ESTERIL HISOPO ESTERIL MOQUETA PLACA PETRI HEMOCULTIVO AEROBIO HEMOCULTIVO PEDIATRICO 1. Viales para muestra de líquidos 2. Frascos para biopsias 3. Frasco hemocultivo La persona encargada de recibir la muestra comprueba si cumple los requisitos mínimos para su procesamiento. Si no los cumple, se rellenará un impreso de incidencias y se devolverá al servicio solicitante Las causas más frecuentes son: 1. Muestras mal identificadas o con datos incompletos 2. Muestra mal recogidas, con derrames o contaminadas 3. Transporte inadecuado por el envase o por la conservación 1. Para cada muestra es necesario un volante (excepto hemocultivos) 2. Incluir código de destino 3. Código de Médico 4. Nombre y apellidos del paciente 5. Firma del Facultativo 6. Fecha de toma 7. Juicio Clínico 8. Tipo de muestra 9. Estudios solicitados 10. Tratamiento antimicrobiano Los dos pasos que se hacen son: 1. Recepción 2. Procesamiento Es el lugar donde recibimos la muestra y comprobamos si cumple o no los requisitos para su posterior procesamiento, comprobando : 1. Si la identificación es correcta (muestra/volante) 2. Si la cantidad es la adecuada para los estudios solicitados 3. Si el envase, transporte y conservación ha sido en las condiciones adecuadas para la preservación de la muestra 1. Identificar tipo de muestra (para saber si requiere tratamiento previo ejemplo centrifugado, homogeneización etc) 2. Información sobre el diagnóstico clínico (necesario para seleccionar los medios y métodos de cultivo adecuado a inocular) El propósito de este procedimiento es establecer unas normas para asegurar que la calidad en la fase pre-analítica en la que afecta a la recogida, transporte y envase sean las adecuadas. Básicamente se hace: 1. Tinciones 2. Inoculación en medios de cultivo apropiados 3. Pruebas de identificación y antibiograma 4. Pruebas rápidas (detección de antígenos, detección de ácidos nucleicos y detección de anticuerpos). GRAM PARASITOS DIRECTIGEN AGLUTINACION Los pasos esenciales en el diagnostico microbiológico son: 1. La obtención de una muestra representativa del proceso infeccioso 2. El continuo contacto microbiólogo/clínico es fundamental 3. La información y elaboración de la cartera de servicios por parte del laboratorio es necesaria Principalmente en: 1. Aislar el agente patógeno 2. Identificar al agente patógeno 3. Determinar la sensibilidad de los antimicrobianos. API PANEL IDENTIFICACION Y ANTIBIOGRAMA Principalmente en: 1. Anticuerpos 2. Antígenos 3. Ácidos nucleicos TRACTO REPIRATORIO MUESTRAS Aspirado bronquial (BAS) TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE Cultivo cuantitativo Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril OBSERVACIONES PCR Mycobacterium Aspirado traquial (AT) Biopsia (B) Diagnostico de virus Hisopo especial Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo cuantitativo Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo legión ella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril recoger en laboratorio solo en Fibrosis Quisticas solo en neumonías recoger en laboratorio TRACTO REPIRATORIO Cepillo protegido (CP) Cultivo cuantitativo Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril recoger en laboratorio PCR Mycobacterium Esputo (ES) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo cuantitativo Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril PCR Mycobacterium xxxxxxxxxxx Pneumocistis carinii Frasco estéril solo Fibrosis Quisticas solo neumonías solo esputos inducidos TRACTO REPIRATORIO Frotis faríngeo (FF) Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo anaerobios Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Cultivo Neisseria gonorr. Hisopo estéril Anfígeno Strepto pyogenes Hisopo estéril sin medio de trasporte Diagnostico de virus Hisopo especial recoger en laboratorio Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Frotis nasofaríngeo (FNF) xxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxx Lavado bronco alveolar (BAL) Cultivo cuantitativo Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril PCR Mycobacterium xxxxxxxxxxx Diagnostico de virus Frasco estéril Frotis nasal (FN) solo abscesos amigdalinos TRACTO RESPIRATORIO MUESTRAS Lavado/aspirado nasofaríngeo (LNF) Liquido pleural (LP) Oído medio (OM) TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Diagnostico de virus Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril Antígeno Legionella Pn. Frasco estéril solo neumonías Antígeno Neumococo Frasco estéril solo neumonías PCR Mycobacterium xxxxxxxxxxxxxx Diagnostico de virus Frasco estéril Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo hongos Hisopo estéril recoger en laboratorio recoger en laboratorio TRACTO RESPIRATORIO Punción pulmonar/trastraqueal (PPT) Punción seno paranasales (PS) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo hongos Frasco estéril recoger en laboratorio recoger en laboratorio TRACTO UROGENITAL MUESTRAS Dispositivo intrauterino (DIU) Exudado Bartholino (EXB) Exudado endocervical (EXEC) TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxxx Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Actinomyces Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxx Cultivo hongos Frasco estéril Diagnóstico micoplasma Frasco estéril Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Cultivo Actinomyces Hisopo estéril PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Detección parásitos Hisopo estéril Diagnóstico virus Hisopo estéril OBSERVACIONES xxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxxx TRACTO UROGENITAL Exudado endometrial/anejos (EXEM) Exudado uretral (EXU) Exudado vaginal (EXV) Frotis ano rectal (FA) Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo anaerobios Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Cultivo Actinomyces Hisopo estéril PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Diagnóstico micoplasma Hisopo estéril Detección parásitos Hisopo estéril Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Diagnóstico micoplasma Hisopo estéril Detección parásitos Hisopo estéril Diagnóstico virus Hisopo especial Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Cultivo St. Agalactiae Hisopo estéril Detección parásitos Hisopo estéril Diagnóstico virus Hisopo especial recoger en laboratorio Cultivo St. Agalactiae Hisopo estéril embarazadas recoger en laboratorio embarazadas TRACTO UROGENITAL Orina (O) Secreción prostática (SP) Semen (SE) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Corynebacterias Frasco estéril Cultivo St. Agalactiae Frasco estéril PCR Chlamydia trachomatis Frasco estéril Diagnóstico micoplasma Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Ag. Legionella pneumophila Frasco estéril neumonías Ag. Neumococo Frasco estéril neumonías Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril PCR Chlamydia trachomatis Hisopo especial Diagnóstico micoplasma Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril P. Suprapúbica y nefrosto. embarazadas TRACTO GASTROINTESTINAL MUESTRAS Aspirado duodenal (AD) TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE OBSERVACIONES Cultivo convencional Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo Clostridium difficile Frasco estéril cultivo + toxina Biopsia gástrica (BG) Cultivo Helicobacter pylori Envase especial cultivo + visión d.+ureasa Frotis ano rectal (FA) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo Neisseria gonorrhoeae Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Diagnóstico virus Hisopo especial Aspirado gástrico (AG) Biopsia colom (BC) recoger en laboratorio TRACTO GASTROINTESTINAL Heces (H) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo Clostridium difficile Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril cultivo + toxina SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS MUESTRA TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE Aspirado duodenal (AD) Detección parásitos Frasco estéril Bilis (BI) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Brucella Frasco estéril PCR Mycobacterium tuberculosis Frasco estéril Líquido amniótico (LA) Líquido articular/sinovial (LAR) OBSERVACIONES recoger en laboratorio recoger en laboratorio SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS Líquido ascítico/peritoneal (LAS) Líquido cefalorraquídeo (LCR) Líquido pericárdico (LPE) Plasma (PL) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Brucella Frasco estéril Diagnóstico Cryptococcus neof. Frasco estéril Detección Ag. Neumococo Frasco estéril PCR Mycobacterium tuberculosis Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Diagnóstico serológico Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Diagnóstico virus xxxxxxxxxxx recoger en laboratorio recoger en laboratorio visión + detección Ag. xxxxxxxxxxxxxxxxxxx xxxxxxxxxxxxxx SANGRE Y FLUIDOS ORGANICOS Sangre (S) Cultivo convencional Cultivo anaerobios Cultivo micobacterias Cultivo hongos Cultivo Brucella Detección parásitos Diagnóstico virus Suero (SU) Diagnóstico Cryptococcus neof. Diagnóstico virus Diagnóstico serológico OTRAS MUESTRAS MUESTRA Biopsias, adenopatías (B) TIPO DE ANÁLISIS RECIPIENTE Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Nocardia Frasco estéril Cultivo Actinomyces Frasco estéril Cultivo Brucella Frasco estéril PCR Mycobacterium tuberculosis Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Catéter (CAT) Cultivo convencional Frasco estéril Control esterilidad (CE) Cultivo convencional Frasco estéril Exudados en general (EX) Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo anaerobios Envase especial Cultivo micobacterias Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril Cultivo Nocardia Hisopo estéril Cultivo Actinomyces Hisopo estéril Detección parásitos xxxxxxxxxxxxx Diagnóstico virus Hisopo especial OBSERVACIONES recoger en laboratorio Toma profunda recoger en laboratorio OTRAS MUESTRAS Frotis conjuntival (FC) Frotis corneal (FCO) Frotis piel o anejos (FP) Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril PCR Mycobacterium tuberculosis xxxxxxxxxxxxx Diagnóstico virus Hisopo especial Cultivo convencional Hisopo estéril Cultivo hongos Hisopo estéril PCR Mycobacterium tuberculosis xxxxxxxxxxx Diagnóstico virus Hisopo especial Cultivo convencional Cultivo hongos Líquido Diálisis (LD) Cultivo convencional Frasco estéril Líquido endoftálmico (LE) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo anaerobios xxxxxxxxxxxxxx Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Líquido quiste (LQ) Detección parásitos recoger en laboratorio recoger en laboratorio OTRAS MUESTRAS Líquido vesícula (LV) Diagnóstico virus Frasco estéril Médula ósea (MO) Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Brucella Frasco estéril Detección parásitos Frasco estéril Diagnóstico virus Frasco estéril Cultivo convencional Frasco estéril Cultivo hongos Frasco estéril Cultivo Legionella Frasco estéril Oído externo (OE) Cultivo hongos Hisopo estéril Prótesis (P) Cultivo hongos Frasco estéril Muestra ambiental (AMB) SEROLOGÍA TIPO DE GERMEN Bacterias DETERMINACIÓN DE ANTICUERPOS EN SUERO Y / O LCR Bartonella sp. Tubo rojo Borrelia burgdorferi Tubo rojo Brucella sp. Tubo rojo Chlamydia pneumoniae Tubo rojo Chlamydia psitacchi Tubo rojo Chlamydia trachomatis Tubo rojo Coxiella burnetti Tubo rojo Helicobacter pylori Tubo rojo Legionella pneumophilia Tubo rojo Mycoplasma pneumoniae Tubo rojo Rickettsia conorii Tubo rojo Salmonella typhi Tubo rojo Treponema pallidum Tubo rojo SEROLOGÍA Virus Parásitos Hongos Citomegalovirus Tubo rojo Enterovirus Tubo rojo Epstein-Barr Tubo rojo Hepatitis Tubo rojo Herpes simplex Tubo rojo Parotiditis Tubo rojo Parvovirus B19 Tubo rojo Rubéola Tubo rojo Sarampión Tubo rojo Sida Tubo rojo Varicella-Zoster Tubo rojo Echinococcus granulosus Tubo rojo hidatidosis Entamoeba histolytica Tubo rojo amebas Fasciola hepática Tubo rojo Toxoplasma gondii Tubo rojo Aspergilus sp. Tubo rojo Cándida sp. Tubo rojo PARASITOLOGÍA MUESTRA MICROORGANISMO Absceso hepático (AH) Entamoeba Aspirado duodenal (AD) Giardia Biopsia (B) Microfilaria Exudado endocervical (EXEC) Trichomonas Exudado endometrial (EXEM) Trichomonas Exudado herida (EX) Leishmania Exudado uretral (EXU) Trichomonas Exudado vaginal (EXV) Trichomonas Frotis ano rectal (FA) Enterobius (oxiuros) RECIPIENTE OBSERVACIONES PARASITOLOGÍA Heces (H) Áscaris Cryptosporidium Entamoeba Giardia Hymenolepsi Isospora Tenia Trichuris (tricocéfalo) Líquido amniótico (LA) PCR Toxoplasma Líquido cefalorraquídeo (LCR) PCR Toxoplasma Líquido quiste (LQ) Echinococcus (hidatidosis) Médula ósea (MO) Leishmania Sangre (S) Microfilaria Plasmodium PCR Toxoplasma PARASITOLOGÍA Secreción prostática (SP) Trichomonas Semen (SE) Trichomonas VIROLOGIA MUESTRA Aspirado bronquial (BAS) MICROORGANISMO Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Virus varicela zoster Biopsia (B) Adenovirus Citomegalovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Virus varicela zoster Exudado endocervical (EXEC) Adenovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Exudado uretral (EXU) Adenovirus Herpes simple (tipos 1, 2) RECIPIENTE OBSERVACIONES VIROLOGIA Exudado vaginal (EXV) Adenovirus Exudado-úlcera (EX) Herpes simple (tipos 1, 2) Frotis ano-rectal (FA) Adenovirus Enterovirus Rotavirus-adenovirus Frotis conjuntival (FC) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Frotis corneal (FCO) Herpes simple (tipos 1, 2) Virus varicela zoster Frotis faringeo (FF) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) VIROLOGIA Frotis nasofaríngeo (FNF) Adenovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Lavado bronco alveolar (LBA) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Herpes simple (tipos 1, 2) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Virus varicela zoster Lavado-aspirado nasofaríngeo (LNF) Enterovirus Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial VIROLOGIA DETERMINACIONES LABORATORIO Líquido amniótico (LA) Citomegalovirus Líquido cefalorraquídeo (LCR) Citomegalovirus Enterovirus Virus varicela zoster PCR virus JC/BK PCR virus herpes Líquido pericárdico (LPE) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Líquido pleural (LP) Influenza (tipos A, b) Parainfluenza (tipos 1, 2, 3) Virus respiratorio sincitial Líquido vesícula (LV) Adenovirus Enterovirus Virus varicela zoster RECIPIENTE OBSERVACIONES VIROLOGIA Médula ósea (MO) Citomegalovirus Orina (O) Adenovirus Citomegalovirus PCR virus JC/BK Plasma (PL) PCR hepatitis -C PCR cuantitativa hepatitis-B y C carga viral Genotipos hepatitis-C carga viral PCR cuantitativa sida Resistencias retrovirales sida Sangre (S) Adenovirus Citomegalovirus Enterovirus Virus varicela zoster PCR virus sida Suero (SU) en neonatos PCR hepatitis -C PCR cuantitativa hepatitis-B y C Genotipos hepatitis-C carga viral