Los efectos locales y sistémicos a largo plazo de budesonida no se conocen. Para el tratamiento de mantenimiento se debe titular la dosis a la menor dosis efectiva una vez que se ha controlado el asma. El médico debe vigilar cuidadosamente el crecimiento de niños y adolescentes bajo tratamiento con corticosteroides por cualquier vía de administración, evaluar los beneficios del tratamiento y del control del asma.La inhalación de dosis elevadas de budesonida produce depresión suprarrenal. Tras la administración nasal, se produce absorción sistémica, en especial después de usar dosis elevadas o de un tratamiento prolongado. Es posible que deba reducirse la dosis de budesonida oral en pacientes con insuficiencia hepática.
Cuando se aplica por vía tópica, sobre todo en áreas extensas, en la que la piel presenta lesiones, o bajo apósitos oclusivos, o cuando se administran por vía intranasal, los corticosteroides se absorben en cantidades suficientes para provocar efectos sistémicos.