bajar versión pdf

Recomendaciones para responder la pregunta 6)
El objetivo de esta pregunta es que usted proponga, de manera autónoma, un nuevo análisis filogenético
para poner a prueba la hipótesis OPV. Se recomienda realizar un nuevo diseño experimental que
contemple la utilización del programa MEGA, para la construcción de los árboles. Usted, por ejemplo,
puede proponer un diseño en el que evalúe la divergencia de los grupos de HIV según alguna(s)
variable(s) de interés, como por ejemplo origen geográfico, año de tipificación, etc. En el trabajo práctico
hemos analizado la divergencia de los diferentes subtipos, pero no de otras variables. Por lo tanto, en su
diseño debe indicar
1) en qué variables concentrará su atención
2) el número de muestras de cada clase que incluiría
3) los resultados, expresados de manera general y breve, que espera obtener si la hipótesis OPV es
verdadera
Independientemente de estas recomendaciones, usted puede proponer un diseño alternativo a la
contrucción de filogenias a través de MEGA, siempre y cuando el enfoque sea evolutivo. Por ejemplo,
utilización de técnicas de electroforesis, de inmunocompatibilidad, de análisis morfológico, etcétera.
Acerca del coeficiente de divergencia
El coeficiente de divergencia que aparece al pie de los árboles en MEGA, junto a la barra, representa la
escala de divergencia del árbol. Por lo tanto, en los árboles construidos en este práctico, la longitud de la
barra representa 1% de divergencia. Si se quiere medir la divergencia entre dos grupos, se recomienda
medir, con una regla, las líneas horizontales desde el último ancestro en común hasta los representantes
actuales de cada grupo, y luego realizar la conversión a porcentajes de divergencia según la escala.
Una vía más rápida es seleccionar la opción Branch Lengths, dentro del menú View de MEGA, tal como
se muestra a continuación. A través de esta opción, el programa muestra de manera automática "el largo
de cada rama", es decir, el coeficiente de divergencia.
EJEMPLO: este árbol incluye los coeficientes de divergencia de MEGA (opción Branch lengths). ¿Cuál
es el valor del coeficiente de divergencia entre los HIV del subtipo O y el resto de las cepas?. Una forma
de calcular este coeficiente es sumando los largos de las ramas desde el ancestro (indicado con un círculo,
hasta los HIV del subtipo O, es decir 0.2353 + 0.0189 + 0.077 = 0.3312
¿Cuál es el coeficiente de divergencia entre los HIV del grupo B y D? La suma del largo de los brazos
desde el último ancestro en común (señalado con una elipse) es 0.0337 + 0.0048 + 0.033 = 0.0715
17g
18g
16g
0.0414
0.0033
1a
0.0636
0.0092
0.0230
2a
0.0636
3a
0.0072
0.0761
19h
0.0991
0.0061
30u
0.0956
0.0106
21j
0.0087
0.0870
0.0042
22j
0.0087
7c
0.0541
8c
0.0582
0.0412
0.0129
9c
0.0412
13f
0.0282
0.0480
0.0047
14f
0.0282
0.0555
15f
0.0329
0.0184
28u
0.0358
0.0527
29u
0.0358
5b
0.0098
0.0374
0.0040
4b
0.0374
0.0300
6b
0.0415
0.0353
12d
0.0378
10d
0.0337
0.0330
0.0048
11d
0.0330
20h
0.1645
23n
0.0542
0.1457
24n
0.0542
25o
0.0960
26o
0.0770
0.0189
27o
0.0770
0.0339
0.0075
0.0339
0.0314
0.0353
0.1314
0.2353
0.05