El programa se encuentra activamente vinculado con la Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas (CDI) y el Instituto Nacional de Lenguas Indígenas (INALI), así como con instituciones académicas mexicanas y extanjeras. En particular resultan cruciales los vínculos de los profesores con los mejores programas de lingüística de Estados Unidos y Europa y la presencia de profesores visitantes que conocen y difunden las investigaciones realizadas por los estudiantes y egresados del programa. Aún más, la vinculación de los estudiantes con instituciones externas se da por medio de profesoresinvestigadores invitados de instituciones nacionales y extranjeras, como la Universidad de California en Santa Cruz, E.U., Universidad de Surrey en Guildford, Reyno Unido y la Universidad de California en Los Angeles entre otros; quienes además de dictar seminarios y cursos especializados, asesoran a estudiantes en su temática, dando una mirada internacional a la formación.