Universidad de Puerto Rico Recinto Universitario de Mayagüez Colegio de Artes y Ciencias Departamento de Biología Programa de Biología, Pre-médica, Microbiología Industrial Prontuario Oficial Micología Superior - BIOL 6642 Horas créditos: 3 Requisitos previos: Horas contacto: 2 horas conferencia y 3 laboratorio semanales Requisitos concurrentes: Descripción del curso en español: Discusión de literatura reciente en micología. Conferencias y discusión de temas relacionados con fisiología de hongos y su metodología. Descripción del curso en inglés: Discussion of current literature in mycology. Lectures and discussion of topics in fungal physiology and its methods. Objetivos: Al terminar el semestre se espera que los estudiantes puedan: 1. Aplicar sus conocimientos sobre micología básica, características y clasificación de los hongos. 2. Examinar diferentes procesos fisiológicos y genéticos en los hongos. 3. Resumir los datos más importantes en artículos científicos del campo de la micología. 4. Preparar un informe de laboratorio completo. Bosquejo de contenido: Temas a cubrir Introducción – Clasificación de los hongos Crecimiento y diferenciación – hifa, micelio, diferenciación, dimorfismo Reproducción – zoosporas, esporas, conidias, latencia Nutrición – fuentes de carbono, nitrógeno, fósforo Tropismos – fototropismo, gravitropismo, ritmos circadianos Hormonas Genética – sistemas de incompatibilidad, parasexualidad, reproducción asexual Técnicas moleculares – PCR, RFLPs, microsatélites, secuenciación de ADN, FISH Relaciones simbióticas – líquenes, micorrizas, otros Biocontrol y bioremediación Total de horas: (deben ser equivalentes a las horas crédito del curso) Horas contacto 3 3 4 3 2 2 4 4 3 2 30 Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 1 Estrategias instruccionales: conferencia discusión cómputos laboratorio seminario con presentación formal seminario sin presentación formal taller de arte práctica viaje tesis problemas especiales investigación otros, especifique: taller tutoría Recursos mínimos disponibles: Revistas científicas primarias en la Biblioteca General del Recinto. Computadoras y proyectores para presentaciones en PowerPoint. Los estudiantes utilizaran los equipos disponibles en el Laboratorio de Micología Tropical. Estrategias de evaluación y su peso relativo: Porcentaje 30 40 exámenes de conferencia (2) trabajos de laboratorio monografías portafolio diario reflexivo 20 examen final otros: Informe de laboratorio 10 TOTAL: 100% 100 Sistema de calificación: cuantificable (de letra) no cuantificable Bibliografía: Artículos en Revistas científicas disponibles en la Biblioteca General o asignados por el profesor. Después de identificarse con el profesor y la institución, los estudiantes con impedimento recibirán acomodo razonable en sus cursos y evaluaciones. Para más información comuníquese con Servicios a Estudiantes con Impedimentos en la Ofician del Decano de Estudiantes (Q-019), 787-265-3862 ó 787832-4040 x 3250 ó 3258. Prontuario preparado por Dr. Matías J. Cafaro, Agosto 2005. Incluye anejos: Si No Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 2 Anejo 1 Información relevante al curso de Micología Superior 6642 Información sobre el profesor: Dr. Matías J. Cafaro Oficina: Biología 203 Teléfono: 787- 832-4040 ext. 3950 Correo electrónico: mjcafaro@uprm.edu Horas de oficina: Martes 4:00 PM – 5:00 PM Jueves 2:30 PM – 5:00 PM Evaluación y calificaciones: Este curso esta basado en los trabajos de laboratorio y en la lectura de artículos científicos relacionados con temas específicos en la micología actual. Se ofrecerán dos exámenes parciales durante la hora de conferencia. Exámenes de reposición se ofrecerán al final del semestre solamente a estudiantes que hayan presentado excusas adecuadas (ver Ausentismo). Al finalizar el semestre se ofrecerá un examen final con valor de 100 puntos. El trabajo de laboratorio será evaluado mediante los informes presentados y la participación en los mismos. Todo estudiante deberá presentar un informe final de laboratorio cuyas instrucciones serán explicadas en la conferencia. La nota final de cada estudiante será basada en el porcentaje de los puntos posibles en el curso que el estudiante recibe: 90 – 100% = A 80 – 89% = B 70 – 79% = C 60 – 69% = D 0 – 59% = F Normas a seguir en el salón de clases y laboratorios: No se permite en el salón de clases: fumar, comer o ingerir bebidas. el uso de “beepers”, celulares y/o “walkman”. si decide salir a hablar por teléfono en medio de la clase, dicha acción será considerada como una tardanza y si el estudiante permanece más de 10 minutos fuera del salón, se adjudicará una ausencia. la presencia de niños y otras personas no matriculadas en el curso. juegos de mano ni el uso de vocabulario indebido. Los estudiantes deben asumir una posición de orden, seriedad y responsabilidad hacia los instructores, profesores y personal no docente. Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 3 Los instructores asignarán los microscopios a ser usados por los estudiantes durante el semestre. Estos les explicarán las reglas para el manejo de los mismos. Se le notificará al instructor cualquier anomalía que observe en cualquiera de los equipos que vaya a utilizar o esté utilizando tan pronto como detecte el fallo. Los estudiantes deberán revisar que los microscopios sean dejados con el objetivo de baja magnificación, que el cable este recogido y que no se queden laminillas colocadas. Las laminillas deberán dejarse en la bandeja correspondiente. Una vez terminada su tarea, remueva todo el material utilizado, devuelva todo el equipo a su lugar, recoja todos los desperdicios y deposítelos en los zafacones o donde se le indique para que las mesas y sus alrededores se mantengan limpios. No se permitirán a los estudiantes salir del laboratorio hasta que el laboratorio este limpio y recogido. Es responsabilidad del estudiante y no del instructor limpiar y recoger todo lo que usaron. Recuerde colocar las banquetas o sillas bajo las mesas. Asistencia: La asistencia a clases es obligatoria. Los estudiantes deben asistir a todas las clases y ser puntuales. Tres tardanzas sin justificación equivalen a una ausencia. Tardanzas mayores de 15 minutos serán consideradas como ausencia. Ausencias sin excusa se tomarán en cuenta al determinar las calificaciones finales para estudiantes cerca del límite entre dos notas. Los exámenes se realizarán en los días y horas indicadas. En caso de ausentarse a los mismos, deberá presentar una excusa justificada en un término máximo de dos días laborables a partir del día de la presentación. En caso contrario se le asignará puntaje 0 por la ausencia. Si la ausencia es por enfermedad, se requiere una excusa médica (preferiblemente del Departamento de Servicios Médicos del RUM) solo así se le dará una reposición. Como evidencia para futuras reclamaciones deberá entregar copia de la excusa. Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 4 Anejo 2 Información relevante al curso de Micología Superior 6642 Date Thu. 11th August Tue.16th August Thu. 18th August Tue.23rd August Thu. 25th August Tue.30th August Thu. 1st Sept. Tue.6th Sept. Thu.8th Sept. Tue.13th Sept. Topics Introduction. Course description. Characteristics of fungi. Classification – Kingdom Fungi and allies Classification: concepts, phylogenies, taxonomy Classification: Fungal Phyla: Chytridiomycota, Zygomycota, Glomeromycota, Ascomycota, Basidiomycota Growth and differentiation: cell wall, organelles, hyphae, mycelium, tissue formation Growth and differentiation: apical tip growth, the Spitzenkorper, turgor pressure, growth kinetics Growth and differentiation: yeast growth, budding, dimorphism, sporulation Papers Bills et al 2005. Phylogeny of the fungal kingdom and fungal-like organisms. Mycol. Ser. 22: 27-48 Lutzoni et al 2004. Assembling the fungal tree of life: progress, classification, and evolution of subcellular traits. American Journal of Botany 91: 1446-1480 LABS Wk 1: General lab techniques. Media, autoclave, plate preparation, inoculation techniques. Isolation. Lew et al 2004. Turgor regulation in hyphal organisms. Fungal genetics and biology 41: 1007-1015 Momany 2002. Polarity in filamentous fungi. Current Op. Microb. 5: 580-585 Hornby et al 2004. Inoculum size effect in dimorphic fungi: extracellular control of yeastmycelium dimorphism in Ceratocystis ulmi. AEM 70: 13561359 Reproduction I: sporulation Beakes et al 1992. Comparative in lower fungi zoospores, ultrastructural ontogeny of sporangiospores, zoosporangia of Zygorhizidium zygospores, affluens and Z. planktonicum, chytrid chlamydospores parasites of the diatom Asterionella formosa. Mycol. Res. 96: 1047-1059 Reproduction II: Ascospore Gamundi & Ranalli 1963. Apothecial and basidiospore development in Ascobolus development stercorarius. Trans. Br. Mycol. Soc. 46: 393-400 Reproduction III: conidia Roncal & Ugalde 2003. Conidiation development induction in Penicillium. Res. Microbiol. 154: 539-546 Reproduction IV: dormancy Dijksterhuis et al 2002. Trehalose degradation and glucose efflux precede cell ejection during Wk2: Isolation of fungi from different sources. Start growth curves Wk3: Growth curves, protein concentration, exoenzymes Wk4: Vitamin Deficiency Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 5 germination of heat-resistant ascospores of Talaromyces macrosporus. Arch. Microbiol. 178 :1–7 Thu.15th Sept. Nutrition: Carbon degradation, exoenzymes, cellulases, xylanases, ligninases Magnelli & Forchiassin 1999. Regulation of the cellulase complex production by Saccobolus saccoboloides: induction and repression by carbohydrates. Mycologia 91: 359-364. Tue. Nutrition: Nitrogen sources, Brearley et al 2005. Nitrogen 20th usage, transport nutrition and isotopic discrimination Sept. in tropical ectomycorrhizal fungi. Res. Microbiol. 156: 184-190 Thu. Nutrition: Phosphorus Ryan & Graham 2002. Is there a role 22nd translocation, for arbuscular mycorrhizal fungi in Sept. microelements production agriculture? Plant and Soil 244: 263-271 Tue. Phototropism, circadian Lakin-Thomas & Brody 2004. 27th rythms Circadian rhythms in Sept. microorganisms: New complexities. Ann. Rev. Microbiol. 58: 489-519 Thu. Gravitropism Moore et al 1996. 29th Gravimorphogenesis in agarics. Sept. Mycol. Res. 100: 257-273 Tue. 4th Hormones in Achlya Raper 1939. Sexual hormones in Oct. Achlya. American J. Botany 26: 639650 th Thu. 6 Genetics: Mating systems, James et al 2004. The genetic Oct. outcrossing structure and diversity of the A and B mating-type genes from the tropical oyster mushroom, Pleurotus djamor. Fungal Genet. Biol. 41:813-825. Tue. Genetics: sexual Varga & Toth 2003. Genetic 11th Oct. differentiation, variability and reproductive mode of heterokaryosis Aspergillus fumigatus. Infection, Genetics & Evolution 3: 3-17. Thu. Genetics: Parasexuality, Pontecorvo letter 13th Oct. vegetative incompatibility Tue. Genetics: Asexuality 18th Oct. Thu. Molecular techniques: PCR, James & Vilgalys 2001. Abundance 20th Oct. RFLPs, microsatellites and diversity of Schizophyllum commune spore clouds in the Caribbean detected by selective sampling. Mol. Ecol. 10: 471-479. Tue. Molecular techniques: Wk5: Induce dimorphism, effects of temperature on growth Wk6: Phototropism in Phycomyces or Pilobolus Wk7 Antibiotic production Wk8: Mating of Ascobolus Wk9: Development of apothecia Wk10: Genetics with Aspergillus nidulans Wk11: Genetics with Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 6 25th Oct. cloning, protoplast transformation Thu. Molecular techniques: 27th Oct. DNA sequencing and analyses Tue. 1st Nov. Molecular techniques: in situ hybridization Thu. 3rd Nov. Symbiotic relationships: Definitions, fungal parasites, commensals, mutualists Symbiotic relationships: Lichens Tue. 8th Nov. Thu. 10th Nov. Tue. 15th Nov. Thu. 17th Nov. Symbiotic relationships: Mycorrhizae Symbiotic relationships: Complex systems Biocontrol and bioremediation Aspergillus nidulans Down 2002. Fungal family trees – finding relationships from molecular data. Mycologist 16: 51-58 Baker et al 2004. Methabollicaly active eukaryoyic communities in extremely acidic mine drainage. Applied and Environmental Microbiology 70: 6264-6271. Herre et al 1999. The evolution of mutualisms: exploring the paths between conflict and cooperation. TREE 14: 49-53. Lutzoni et al 2001. Major fungal lineages are derived from lichen symbiotic ancestors. Nature 411: 937-940 Redecker et al 2001. Glomalean fungi from the Ordovician. Science 289: 1920-1921 Currie et al. 2003. Ancient tripartite coevolution in the attine ant-microbe symbiosis. Science 299: 386-388 Jamal et al 2002. Arbuscular Mycorrhizal Fungi Enhance Zinc and Nickel Uptake from Contaminated Soil by Soybean and Lentil. Int. J. Phytoremediation 4: 205-221 Wk12: PCR amplification Wk13: Restriction fragment analysis Wk14: Basidiobolus ranarum isolation and culture Advanced Mycology Biol 6642 – Prontuario – Pag. 7