MiSeq Reporter: Transcripción de la narración - Support

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MiSeq Reporter: Transcripción de la narración
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01
Bienvenida
Bienvenido a MiSeq Reporter.
El curso dura 25 minutos y contiene audio.
Pulse Siguiente para continuar.
02
Navegación
por el curso
Familiarícese con las opciones de navegación de este curso. Puede acceder a
estas instrucciones en cualquier momento pulsando el icono de ayuda (o signo
de interrogación) en la parte inferior de la página.
03
Objetivos del
curso
Al final de este curso, será capaz de:
Comprender la función de la herramienta de análisis secundario de Illumina
(MiSeq Reporter) en el procesamiento de datos.
Comprender cómo MiSeq Reporter manipula los datos de las muestras agrupadas.
Navegar por las interfaces comunes de MiSeq Reporter.
Describir brevemente los flujos de trabajo de MiSeq Reporter.
04
Software
MiSeq
Hay tres programas de software relacionados con la generación de resultados
de MiSeq:
Software de control de MiSeq (MCS)
Análisis en tiempo real (RTA)
Y MiSeq Reporter (MSR)
En esta sección, describiremos brevemente cada uno de los programas
y presentaremos MiSeq Reporter.
Transcripción de la formación en línea
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05
MiSeq Control
Software
(MCS)
El software de control de MiSeq, o MCS, se utiliza para iniciar el experimento y
realizar operaciones de mantenimiento en el instrumento MiSeq.
El MCS utiliza fórmulas en archivos XML que contienen las opciones que el MCS
utiliza para llevar a cabo el experimento.
Las fórmulas controlan las funciones del experimento como la dispensación de
reactivos, los cambios de temperatura y la adquisición de imágenes.
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08
Análisis en
tiempo real
(RTA)
¿Qué es MiSeq
Reporter?
Elementos
comunes de
los flujos de
trabajo
El análisis en tiempo real, o RTA, se encarga del análisis primario.
Después de haber procesado las imágenes, el RTA identifica las posiciones de los
grupos, realiza las llamadas de las bases y asigna una puntuación de calidad a
cada base de cada ciclo.
MiSeq Reporter, o MSR, es el software de análisis secundario del sistema MiSeq.
MiSeq Reporter realiza un análisis integrado en el instrumento para los diferentes
flujos de trabajo. La mayoría de los análisis se realizan como máximo en dos horas
a excepción del análisis de metagenómica y secuenciaciones de mayor tamaño que
pueden durar hasta 24 horas.
Los flujos de trabajo contienen elementos comunes a más de un flujo de trabajo,
además de elementos específicos de cada flujo de trabajo.
Entre los elementos comunes se incluyen el desmultiplexado y la generación
de archivos FASTQ. Los resultados de los análisis se muestran en la interfaz
de MiSeq Reporter.
En las siguientes secciones de este curso describiremos cada uno de estos
elementos.
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Esquema de
multiplexado
de Illumina
Transcripción de la formación en línea
Para comenzar, revisaremos el primer elemento común: el desmultiplexado.
Haga clic en cada pestaña para obtener más información sobre el multiplexado
de MiSeq.
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¿Cómo se
seleccionan
los índices?
Los índices de Illumina se seleccionan para que sean lo más diferente posible unos
de otros y para que falten secuencias que podrían hibridarse entre sí o entre
genomas comunes.
A pesar de que la identificación incorrecta de los índices es posible, ocurre con una
frecuencia próxima al 0,01 %.
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Alineación con
un genoma
A continuación, exploraremos el segundo elemento de flujo de trabajo común:
la alineación.
Los flujos de trabajo que incluyen alineación (todos, excepto la Secuenciación de
novo, Solo FASTQ y la Metagenómica 16s) utilizan el algoritmo BWA. Es posible
cambiar el algoritmo predeterminado mediante la configuración de la hoja de
muestras del experimento.
Cuando se inicia un análisis que requiere una alineación en MiSeq Reporter,
BWA se inicia de manera automática.
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Interfaz de
MiSeq
Reporter
A continuación, revisaremos el elemento de flujo de trabajo común final: la
interfaz de MiSeq Reporter.
Pestaña
Resumen
La pestaña de resumen contiene cuatro gráficos. Lea sobre cada uno de estos
gráficos.
Pestaña
Detalles
La pestaña de detalles contiene cuatro secciones. Lea sobre cada una de estas
secciones.
Información
del análisis
La pestaña de información del análisis muestra un resumen de la información del
experimento seleccionado, incluidos los detalles sobre el experimento, la duración,
el número de ciclos y la carpeta de análisis.
Pestaña Hoja
de muestras
La pestaña de la hoja de muestras incluye información sobre la hoja de muestras
cargada para el experimento. Las hojas de muestras son archivos que usted crea
que contienen los parámetros específicos del experimento. Se asocian con el
experimento utilizando el MCS antes de comenzar el experimento.
Transcripción de la formación en línea
La interfaz de MiSeq Reporter contiene datos que se muestran en seis pestañas.
Haga clic en el botón Siguiente para ver los detalles de la primera pestaña.
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Para realizar cambios en la hoja de muestras, haga doble clic en un campo e
introduzca los cambios. A continuación, deberá poner en cola el experimento
pulsando el botón Save and Requeue (Guardar y volver a poner en cola).
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Pestaña
Registros
La pestaña de registros muestra la información de sucesos del trabajo seleccionado.
En esta pestaña, puede ver el historial y la duración de cada paso del análisis.
Pestaña
Errores
La pestaña de errores muestra cualquier error asociado con el trabajo seleccionado
junto con la hora en que se produjo dicho error. Esta información puede resultar
muy valiosa a la hora de solucionar problemas en su análisis.
Flujos de
trabajo de
MiSeq
Tras haber revisado los elementos comunes de los flujos de trabajo de MiSeq,
profundizaremos en los detalles de cada uno de los flujos de trabajo.
Haga clic en cada pestaña para obtener más información sobre los flujos de
trabajo de MiSeq.
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Resumen de
resultados
Cada uno de los flujos de trabajo produce diferentes archivos. Cada archivo se
resume en esta sección.
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Solo la
secuencia
Para los usuarios que prefieran un software de otro fabricante, los datos se pueden
exportar a un archivo FASTQ (sin llamada de variantes ni alineaciones).
Para obtener más información, consulte la Guía del usuario del sistema MiSeq y la
Guía de referencia rápida de la hoja de muestras MiSeq.
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Resumen
Ahora debe estar familiarizado con MiSeq Reporter.
Revise los principales puntos que se resumen en esta sección.
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Introducción
al cuestionario
Ha finalizado el curso y está listo para comenzar el cuestionario.
A medida que avanza por las preguntas del cuestionario, seleccione la respuesta
correcta. Asegúrese de que lee bien cada pregunta antes de seleccionar una
respuesta.
Es necesaria una calificación del 90 % o más para aprobar el cuestionario y recibir
el certificado de finalización del curso. Puede volver a realizar el cuestionario si no
lo aprueba la primera vez.
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