Informática aplicada a la Biología
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Informática aplicada a la Biología Grado de Biología Primer Curso 2010-­‐2011 F a c u l t a d d e C i e n c i a s D e p a r t a m e n t o d e C i e n c i a s d e l a C o m p u t a c i ó n e I n t e l i g e n c i a A r t i f i c i a l Coral del Val Muñoz Cor Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología “Tan pronto como exista una Máquina Analítica, ésta necesariamente guiará el curso futuro de la ciencia” Charles Babbage 1791-1871 2 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 1 PRESENTACIÓN 5 2 INFORMACIÓN GENERAL DE LA ASIGNATURA 5 2.1 DATOS GENERALES 2.2 HORARIO Y AULAS 5 6 3 FECHA DE EXÁMENES 8 4 PROFESORES DE LA ASIGNATURA 9 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 CARLOS CRUZ CORONA: TEORÍA GRUPO E. MARTA CUADROS CELORRIO: PRÁCTICAS GRUPOS A2, D1. CORAL DEL VAL: TEORÍA GRUPO B Y D. PRÁCTICAS GRUPOS A3, C2, D3. JUAN MANUEL FERNÁNDEZ LUNA: TEORÍA GRUPO C. PRÁCTICAS GRUPOS A4, C1, C3. JUAN RAMÓN GONZÁLEZ GONZÁLEZ: PRÁCTICAS GRUPOS A1, D4, E2. MIGUEL ÁNGEL RUBIO ESCUDERO: TEORÍA GRUPO B. PRÁCTICAS GRUPOS B1, B2, B3, B4 Y D2. MARÍA DOLORES RUIZ JIMÉNEZ: PRÁCTICAS GRUPOS E1 Y E3. CLARA SÁEZ ÁRCIJA: PRÁCTICAS GRUPOS C4 Y E4. 9 9 11 12 13 14 15 16 5 ¿DÓNDE ENCONTRAR A LOS PROFESORES? 17 5.1 ESCUELA TÉCNICA SUPERIOR DE INGENIERÍA INFORMÁTICA 5.2 EDIFICIO MECENAS 17 17 6 DEPARTAMENTO DE CIENCIAS DE LA COMPUTACIÓN E INTELIGENCIA ARTIFICIAL 18 7 LA PLATAFORMA VIRTUAL DOCENTE 19 7.1 FICHA PERSONAL 20 8 OBJETIVOS Y COMPETENCIAS 21 8.1 OBJETIVOS GENERALES Y ESPECÍFICOS 8.2 COMPETENCIAS GENERALES 8.3 ESPECÍFICAS 21 22 22 9 CONOCIMIENTOS PREVIOS 23 10 ASIGNATURAS QUE FUNDAMENTA 23 11 PROGRAMA DE LA ASIGNATURA 23 11.1 11.2 11.3 12 PROGRAMA DE TEORÍA PROGRAMA DE PRÁCTICAS SEMINARIOS METODOLOGÍA 23 24 24 25 12.1 CLASES TEORÍCAS 12.2. CLASES PRÁCTICAS 12.3. SEMINARIOS 25 26 26 13. COMPROMISO DEL PROFESOR 27 3 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 13 COMPROMISO DEL ALUMNO 28 14 TRABAJO AUTÓNOMO DEL ALUMNO 29 15 EVALUACIÓN 29 15.1 15.2 CRITERIOS GENERALES DE EVALUACIÓN CARACTERÍSTICAS DEL EXAMEN 29 30 16 INSTRUCCIONES PARA LA ENTREGA DE PRÁCTICAS 31 17 ATENCIÓN PERSONAL 31 17.1 17.2 17.3 17.4 17.5 17.6 17.7 17.8 18 18.1 18.2 18.3 19 19.1 20 CARLOS CRUZ CORONA MARTA CUADROS CELORRIO CORAL DEL VAL MUÑOZ JUAN MANUEL FERNÁNDEZ LUNA JUAN RAMÓN GONZÁLEZ GONZÁLEZ MIGUEL ÁNGEL RUBIO MARÍA DOLORES RUIZ JIMÉNEZ CLARA SÁEZ ÁRCIJA BIBLIOGRAFÍA BIBLIOGRAFÍA BÁSICA BIBLIOGRAFÍA COMPLEMENTARIA OTROS RECURSOS WEB EJEMPLO DE GUIÓN DE TRABAJO AUTÓNOMO 4 38 38 38 39 39 TEMA 7: USO DE BASES DE DATOS BIOLÓGICAS DE ADN Y PROTEÍNAS; BÚSQUEDAS DE SIMILARIDAD 39 EVALUACIÓN DEL PROFESORADO Y LA ASIGNATURA 1 NADA 32 33 33 34 35 36 37 37 44 44 User 3/9/11 6:09 PM Comment [1]: ¿Será la profesora? Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 1 Presentación Esta Guía contiene información sobre contenidos, objetivos, actividades, metodología, criterios de evaluación y otros asuntos de interés para los alumnos de 1º del Grado de Biología que cursan la asignatura de Informática aplicada en Biología en la Universidad de Granada. Examínela atentamente pues en ella se basa gran parte del trabajo del curso. Si tiene dificultades para interpretar alguna cuestión o desea información complementaria, no dude en solicitarla a su profesor. Esta guía es un complemento a la Guía Docente de la asignatura que puede ver en la página web del Grado. El autor de la presente Guía quiere agradecer la ayuda recibida en la elaboración de la misma por parte de sus compañeros en la asignatura y de los alumnos que la han recibido en años anteriores y cuyo feedback se ha intentado tomar en cuenta. El autor también quiere reconocer la labor del profesor D. Salvador Camacho, cuyo personalidad y experiencia ha motivado la creación de esta guía. 2 Información general de la asignatura 2.1 DATOS GENERALES Nombre Carácter Créditos totales Curso Cuatrimestre Centro Departamento Informática aplicada a la Biología Básica 6 1º 1º Facultad de Ciencias Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial 5 User 3/9/11 6:10 PM Comment [2]: Yo diría que es autora, o es que estoy ciego. Gracias. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 2.2 HORARIO Y AULAS Se indica si es clase de teoría o prácticas, el grupo en su caso y el aula en cursiva. 2.2.1 Grupo A Profesores: Coral del Val, Marta Cuadros, Juan Manuel Fernández y Juan Ramón González. Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes 10-­‐11 11-­‐12 Teoría Aula A3 Teoría Aula A3 12-­‐13 Prac. A1 Aula del Decanato Prac. A2 Aula O-­‐2 Prac. A3 Aula O-­‐2 13-­‐14 Prac. A1 Aula del Decanato Prac. A2 Aula O-­‐2 Prac. A3 Aula O-­‐2 16-­‐17 Prac. A4 Aula O-­‐8 17-­‐18 Prac. A4 Aula O-­‐8 2.2.2 Grupo B Profesor: Miguel Ángel Rubio. Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes 9-­‐10 Teoría Aula F1 Teoría Aula F1 6 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 11-­‐12 12-­‐13 Prac. B1 Prac. B2 Aula O-­‐9 Aula O-­‐9 Prac. B3 Aula O-­‐6 Prac. B4 Aula del Decanato 13-­‐14 Prac. B1 Aula O-­‐9 Prac. B3 Aula O-­‐6 Prac. B4 Aula del Decanato Prac. B2 Aula O-­‐9 2.2.3 Grupo C Profesores: Juan Manuel Fernández, Coral del Val. Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes 9-­‐10 Prac. C1 Aula O-4 Prac. C2 Aula del Decanato 10-­‐11 Prac. C1 Aula O-4 Prac. C2 Aula del Decanato 11-­‐12 12-­‐13 Teoría Aula A15 13-­‐14 Teoría Aula A15 16-­‐17 19-­‐20 20-­‐21 Prac. C3 Aula O-6 Prac. C4 Aula O-5 Prac. C3 Aula O-6 Prac. C4 Aula O-5 2.2.4 Grupo D Profesores: Coral del Val, Miguel Ángel Rubio, Marta Cuadros y Juan Ramón González. Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes 10-­‐11 Prac. D1 Aula O-5 Prac. D2 Aula O-6 Prac. D3 Aula O-4 Prac. D4 Aula O-6 7 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 11-­‐12 Prac. D1 Aula O-5 Prac. D2 Aula O-6 Prac. D3 Aula O-4 Prac. D4 Aula O-6 12-­‐13 18-­‐19 Teoría Aula A3 Teoría Aula A3 2.2.5 Grupo E Profesores: Carlos Cruz, Juan Ramón González, María Dolores Ruiz y Clara Sáez. Lunes Martes Miércoles Jueves Viernes 9-­‐10 10-­‐11 11-­‐12 Prac. E2 Aula O-4 Prac. E3 Aula O-5 Prac. E2 Aula O-4 Prac. E3 Aula O-5 12-­‐13 13-­‐14 16-­‐17 Teoría Aula F1 Teoría Aula F1 17-­‐18 18-­‐19 Prac. E1 Aula O-6 Prac. E4 Aula O-7 Prac. E1 Aula O-6 Prac. E4 Aula O-7 3 Fecha de exámenes Convocatoria ordinaria junio 8 4 Febrero (mañana) Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Convocatoria extraordinaria septiembre 1 septiembre (tarde) 3. SOBRE LOS PROFESORES 4 Profesores de la asignatura 4.1 Carlos Cruz Corona: Teoría grupo E. D. Carlos Cruz Corona, Profesor Ayudante Doctor en el Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. Es graduado de Ingeniería Electrónica por la Universidad Central de Las Villas, Cuba, Máster en Informática Aplicada por el Centro Regional UNESCO en la Universidad Politécnica de La Habana (CUJAE), Cuba, y Doctor en Informática por la Universidad de Granada. Sus primeros pasos fueron como especialista de Electrónica y Automática en la Empresa Cubana del Níquel Ernesto Che Guevara. Luego fue profesor de Informática en la Universidad de Holguín, Cuba. Actualmente es miembro del grupo de investigación Modelos de Decisión y Optimización (MODO) donde investiga en temas relacionados a la Soft Computing, métodos basados en la Naturaleza para resolver problemas dinámicos de optimización, y herramientas para la Inteligencia Empresarial. 4.2 Marta Cuadros Celorrio: Prácticas grupos A2, D1. Desde que me licencié en farmacia he estado trabajando en el área de la genética humana, y más concretamente en el estudio del cáncer. Durante esos años, indagamos en la biología de los linfomas t y el cáncer de mama a través, fundamentalmente, de los microarrays de expresión. 9 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Asimismo, he colaborado en la formación de estudiantes de verano, técnicos y residentes que rotaban por el Dpto. de genética humana del centro nacional de investigaciones oncológicas (CNIO). En estos momentos disfruto de un contrato Juan de la Cierva del MEC en el Dpto. de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada, dentro del grupo de investigación de bioinformática. La formación necesaria en biología molecular y computación la he adquirido a lo largo de los puestos ocupados: becaria predoctoral y post-­‐doctoral del Dpto. de genética del cáncer humano, dirigido por Javier Benítez, y contratada Juan de la Cierva. Mi actividad la he diversificado en distintas áreas: Estudio de las redes regulación de la expresión génica, usando los datos de expresión de tumores de mama y adenocarcinomas de recto, en colaboración con el hospital universitario virgen de las nieves. Desarrollo y apertura de nuevas líneas en biología computacional, especialmente en el desarrollo de herramientas bioinformáticas que permitan un análisis más sencillo y exhaustivo de los microarrays. Desarrollo de labor docente. Imparto clases en el Dpto. de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial al que estoy ligada debido al análisis complejo que requieren los microarrays, necesidad de creacion y manejo de bases datos y precisión en las búsquedas bibliográficas, que son necesarias para desarrollar una adecuada investigación. Por otro lado, realizo informes de evaluación de la evidencia científica para la agencia de evaluación de tecnologías sanitarias en lo referente a tecnologías emergentes, principalmente en el área de la genética humana. Dichos libros son distribuidos a los centros hospitalarios andaluces principalmente entre los profesionales sanitarios para un mayor conocimiento de las tecnología y poder decidir su implantación o no en el sistema sanitario. 10 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 4.3 Coral del Val: Teoría grupo B y D. Prácticas grupos A3, C2, D3. D. Coral del Val Muñoz, Profesor Contratado Doctor en el Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. Soy licenciada en Ciencias Biológicas, especialidad de fundamental, titulación que elegí por la fascinación que desde muy pronto sentí por la genética y la biología. Mis primeros pasos en la investigación se dirigieron en esta dirección con una etapa predoctoral en el Dpto. de Microbiología del Suelo y Sistemas Simbiontes de la Estación Experimental del Zaidin (CSIC; Granada http://www.eez.csic.es/), donde adquirí una amplia formación en microbiología del suelo, organismos simbiontes y biología vegetal. Durante este periodo compaginé mi tesis doctoral con la realización del Master Internacional de Edafología y Biología Vegetal, patrocinado por la UNESCO, CSIC y la Universidad de Granada. Mi tesis doctoral se centro en la caracterización molecular de hongos formadores de micorriza y su posible uso para la restauración de ecosistemas contaminados con metales pesados. La gran cantidad de información genómica que empezó a estar disponible en esos años así como la explosión de la era de la información me convencieron de la importancia venidera que tendría la Bioinformática y decidí reorientar mi formación en esa dirección. Así en el año 2000 pase a formar parte del Dpto. de Bioinformática y Biofísica Molecular http://genome.dkfz-­‐heidelberg.de del DKFZ (German Cancer Research Center, Heidelberg, Alemania http://www.dkfz.de/de/index.html). Durante ese tiempo primero con una beca post-­‐doctoral y luego como científico contratado desarrolle mis conocimientos en varios lenguajes de programación, en el diseño de herramientas para el análisis de datos a gran escala, en el diseño de algoritmos para la anotación de proteínas, genes, cDNAs, análisis de promotores y de motivos de unión al ADN (Gribskov Profiles, Hidden markov Models), en la anotación funcional de secuencias utilizando el diccionario de términos GO (Gene Ontology) y la anotación automática de genomas, minería de datos biológicos y en el establecimiento de protocolos alternativos para la disminución de errores en la anotación. En el año 2004 pase a formar parte simultáneamente de la División de Análisis Genómicos del DKFZ http://www.dkfz.de/en/mga/index.html. Posteriormente en el 2005, me uní al 11 User 3/9/11 6:11 PM Comment [3]: Espectacular Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología departamento de Ciencias de la Computación de la Universidad de Granada (DECSAI). Desde mi incorporación a DECSAI co-­‐dirijo el laboratorio de Bioinformática M4M (Mining for Modelling http://sci2s.ugr.es/m4m.es/) dentro del grupo de investigación de Soft Computing y Sistemas Inteligentes (SCI2s http://sci2s.ugr.es). En la actualidad imparto docencia en la Facultad de Ciencias en el Grado de Biología y en la Escuela Universitaria de Ingeniería Informática en Ingeniería Informática de Gestión y Sistemas. Entre mis aficiones están aparte de la lectura la práctica de deportes como la natación, Aero-­‐boxing, esquí de fondo, patinaje, bicicleta y senderismo y por supuesto viajar con mi mochila. 4.4 Juan Manuel Fernández Luna: Teoría grupo C. Prácticas grupos A4, C1, C3. Juan Manuel Fernández Luna, profesor titular de universidad del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial dela Universidad de Granada. Soy Licenciado en Informática por la Universidad de Granada. Al graduarme comencé a trabajar como analista-­‐programador en varias empresas ubicadas en Granada. Paralelamente realizaba mis estudios de doctorado en el Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. En octubre de 1999 inicié mi carrera universitaria como profesor en la Universidad de Jaén, donde impartí clases en la E.P.S. de Linares. En 2001 obtuve el grado de Doctor de Informática por la universidad granadina, defendiendo una tesis enmarcada en el campo de la recuperación de información, área de investigación en la cual sigo trabajando actualmente. En febrero de 2003 ingresé en la Universidad de Granada. Desde mis inicios como profesor universitario he impartido docencia en una gran variedad de titulaciones de primer y segundo ciclo, así como en diversos 12 User 3/9/11 6:12 PM Comment [4]: ¿Qué es? Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología doctorados y masteres. Actualmente, imparto docencia en el Grado de Biología. En cuanto a mis aficiones, son tres fundamentalmente: el deporte, la lectura y los viajes. El deporte, en general, se configura como una de las más importantes en mi vida. Disfruto viendo los partidos del CB Granada y más incluso si el que juega soy yo en una pachanga con los amigos, aunque mis cualidades técnicas y físicas dejan bastante que desear. Me encanta salir de marcha senderista por el campo o con la bicicleta, así como nadar unos cuantos largos en la piscina. La lectura también es una de las cosas que más me apasiona, y me considero un lector empedernido, aunque actualmente no dispongo de todo el tiempo que a mí me gustaría para leer muchos buenos libros. Y, por último, pero no por ello menos importante, me encanta viajar y conocer nuevos países, ciudades, culturas y gentes. 4.5 Juan Ramón González González: Prácticas grupos A1, D4, E2. D. Juan Ramón González González, miembro del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial y del Centro de Investigación en Tecnologías de La Información y de las Comunicaciones (CITIC-­‐ UGR), ambos de la Universidad de Granada. Obtuve mi título de Ingeniero Informática en la Universidad de la Laguna, donde comencé también a dar mis primeros pasos en investigación en el terreno de la programación en paralelo. Posteriormente, me trasladé a la Universidad de Granada, donde realicé el doctorado en Soft Computing y Sistemas Inteligentes, y cambié mi línea de investigación hacia las áreas de Bioinformática y Soft Computing. Siguiendo la anterior línea de investigación, obtuve el grado de doctor en informática por la Universidad de Granada mediante la tesis "Herramientas de Soft Computing para la comparación de estructuras de proteínas", enfocada a la resolución mediante técnicas de Soft Computing de este importante problema del terreno de la Biología. Actualmente, mis labores de investigación se concentran en la resolución de problemas dinámicos de optimización mediante Soft Computing. Mis labores como docente en la Universidad de Granada comenzaron en el curso 13 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 2004-­‐2005, impartiendo diferentes asignaturas de la ETS de Ingenierías Informática y de Telecomunicación y de la Facultad de Biblioteconomía y Documentación. En la actualidad, imparto docencia en el Grado de Biología de la Facultad de Ciencias. 4.6 Miguel Ángel Rubio Escudero: Teoría grupo B. Prácticas grupos B1, B2, B3, B4 y D2. D. Miguel Ángel Rubio Escudero, Profesor Contratado Doctor en el Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. Mis primeros pasos en el campo de la investigación fueron en el entorno de la Energía Solar en la Plataforma Solar de Almería. Posteriormente fui profesor de la Universidad de Almería y también he trabajado en la Universidad de California en el Laboratorio de Tecnología Espacial. Mi última experiencia profesional fuera de la Universidad ha sido en la Agencia Espacial Europea, en su centro de desarrollo de software en Frascati. Llevado por un una insaciable curiosidad mi carrera académica ha sido muy diversa, abarcando ámbitos muy distintos. He completado las titulaciones de Física, Matemáticas, Empresariales, Económicas e Ingeniería Informática. En la actualidad imparto docencia en la Facultad de Ciencias en el Grado de Biología y en la Escuela Universitaria de Ciencias de la Salud en el Grado de Enfermería. Mi investigación está relacionada con el análisis y procesamiento de imágenes de 14 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología satélite. Entre mis aficiones están la lectura, viajar y toda actividad que implique estar en contacto con la naturaleza. Las más habituales son el senderismo, el alpinismo, el esquí de travesía y el submarinismo. 4.7 María Dolores Ruiz Jiménez: Prácticas grupos E1 y E3. Dña. María Dolores Ruiz Jiménez, miembro del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial y del Centro de Investigación en Tecnologías de La Información y de las Comunicaciones (CITIC-­‐UGR), ambos de la Universidad de Granada. Obtuve mi título de Licenciada en Matemáticas en la Universidad de Granada donde realicé el doctorado en Soft Computing y Sistemas Inteligentes. Mi principal línea de investigación se ha centrado en el estudio de las herramientas para Minería de Datos utilizando técnicas difusas. También he realizado un extenso estudio en la modelización formal del proceso de obtención de reglas de asociación en diversos escenarios como son las bolsas, las bases de datos difusas y también he estudiado y generalizado diversos modelos para extraer distintos tipos de información que sea de utilidad para el usuario como son las reglas de excepción, reglas anómalas, reglas negativas o las dependencias graduales. Siguiendo esta línea de investigación, obtuve el grado de doctor en informática por la Universidad de Granada mediante la tesis “Modelado Formal para Representación y 15 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Evaluación de Reglas de Asociación”. Actualmente mis labores de investigación siguen en la línea trazada por la tesis anterior. Otras líneas de interés en mi carrera investigadora que he desarrollado de manera transversal se centran en dos importantes áreas: Recuperación de Información y Estudio de Herramientas Estadísticas en el ámbito Difuso. Con respecto a la primera, he estudiado la idoneidad de la dimensión fractal para la obtención de resúmenes de documentos estructurados, en especial aplicado a páginas web. Respecto a la segunda, he realizado un amplio estudio sobre la robustez frente al ruido en los datos de una medida particular de correlación entre rankings. Esta línea fue llevada a cabo durante la estancia en el extranjero en la Philipps Universitäet Marburg (Alemania). Mis tareas docentes en la Universidad de Granada comenzaron en el curso 2006-­‐ 2007, impartiendo diferentes asignaturas de la ETS de Ingenierías Informática y de Telecomunicación y de la Facultad de Ciencias en la Diplomatura en Estadística. También he realizado otros cursos no reglados sobre el editor de textos científicos LaTeX. Sobre la formación docente, estoy en continuo proceso de aprendizaje mediante la asistencia y participación en diversos cursos de formación. En la actualidad, imparto docencia en el Grado de Biología de la Facultad de Ciencias. 4.8 Clara Sáez Árcija: Prácticas grupos C4 y E4. Dña. Clara Sáez Árcija, miembro del grupo de investigación en Bases de Datos y Sistemas de Información Inteligentes (IDBIS), del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial y miembro del Centro de Investigación en Tecnologías de La Información y de las Comunicaciones (CITIC-­‐UGR), ambos de la Universidad de Granada. Obtuve mis títulos de Ingeniera Técnica en Informática de Sistemas e Ingeniera en Informática en la Universidad de Granada. Asímismo, realicé en esta misma institución el máster en Soft Computing y Sistemas Inteligentes. Actualmente, mi principal línea de investigación consiste en la integración de datos provenientes de fuentes heterogéneas. Esto incluye el estudio de la extracción de semántica de fuentes de datos, integración de esquemas y ontologías y modelado conceptual, entre otros. 16 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Mis tareas docentes en la Universidad de Granada comenzaron en el curso 2008-­‐ 2009, impartiendo asignaturas relacionadas con la programación de las Ingenierías en Telecomunicación y en Informática en la ETS de Ingenierías Informática y de Telecomunicación. En la actualidad, imparto docencia en el Grado de Biología de la Facultad de Ciencias. 5 ¿Dónde encontrar a los profesores? 5.1 Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática La Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y de Telecomunicaciones se ubica en la calle Periodista Daniel Saucedo Aranda, cerca del Parque Almunia. Los profesores que imparte la asignatura tienen el despacho en la cuarta planta de la Escuela, ocupada en exclusiva por profesores del departamento de ciencias de la computación. 5.2 Edificio Mecenas El edificio Mecenas se encuentra a espaldas de la Facultad de Ciencias, atravesando la calle del Profesor Adolfo Rancaño. 17 User 3/9/11 6:13 PM Comment [5]: errata Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Los profesores que imparte la asignatura tienen el despacho en el módulo B de este edificio. Este módulo está ocupado en exclusiva por profesores del Departamento de Ciencias de la Computación. User 3/9/11 6:13 PM Comment [6]: errata 6 Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial El departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada fue creado en 1988. Este Departamento está integrado por profesores pertenecientes al área de conocimiento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial. En sus inicios estuvo constituido fundamentalmente por los componentes del Grupo de Trabajo en Razonamiento Aproximado, que comenzó a trabajar en 1978. El grupo evolucionó y creció de una forma natural (incorporando nuevos miembros y modificando y aumentando sus líneas de investigación) hasta Enero de 1988, fecha en la que el grupo pasó a ser Departamento. Actualmente, el Departamento tiene su sede en la E.T.S. de Ingeniería Informática y Telecomunicación, en la que desarrolla la mayor parte de su actividad docente e investigadora, aunque cuenta con locales en la Facultad de Biblioteconomía y Documentación y en el Edificio Mecenas (Facultad de Ciencias) dentro del campus universitario de Granada. El departamento también tiene presencia en el campus universitario de Ceuta. En la siguiente página web podrá encontrar toda la información relativa al Departamento http://decsai.ugr.es 18 User 3/9/11 6:14 PM Comment [7]: Me pregunto si toda esta información relativa al Departamento es necesaria en una Guía de Asignatura. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 7 La plataforma virtual docente Durante el desarrollo de la asignatura se trabajará con la plataforma docente SWAD que se puede encontrar en la siguiente dirección web: https://swad.ugr.es Esta plataforma de enseñanza virtual, contiene los recursos utilizados en la asignatura de Informática aplicada a Biología. También permite facilitar la comunicación entre el profesor y el alumno y la realización de las distintas actividades asociadas a la labor docente: entrega de prácticas, comunicación de calificaciones… Para que el alumno pueda acceder a la plataforma es necesario que el alumno aparezca como matriculado en la misma en el listado oficial de la Universidad de Granada. Al inicio del cuatrimestre, el administrador del sistema procederá a dar de alta a los alumnos en las diferentes asignaturas. Para ello utilizará los datos del alumno que aparecen en la lista de matriculados: nombre, apellidos y DNI. Para registrarse como usuario el alumno deberá entrar en la plataforma usando su DNI y seguir las instrucciones que se le indiquen. 19 User 3/9/11 6:14 PM Comment [8]: Repite alumno Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Para cualquier problema de acceso contacte por correo electrónico con su profesor. El acceso a la plataforma SWAD es imprescindible para el seguimiento de la asignatura. En ella se pondrá a disposición del estudiante todo el material teórico y práctico para el desarrollo de la misma; además a través de ella el alumno procederá a entregar las tareas asignadas. También el estudiante recibirá calificaciones y noticias a través de la plataforma. 7.1 Ficha personal Una vez dado de alta en la asignatura, por parte del administrador, es necesario que el alumno proceda a la actualización de sus datos y a rellenar su ficha personal. No olvide incluir su fotografía y responda a todas las cuestiones que se le plantean en la extensión de la ficha personal. Entre sus datos personales, uno de los más importantes es el correo electrónico, que le permitirá tener conocimiento de cualquier incidencia que suceda a la largo de la asignatura. 20 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 8 Objetivos y competencias 8.1 Objetivos generales y específicos El objetivo general de esta asignatura es la formación en el campo de la Informática aplicada a Biología. • Adquirir conocimiento y manejo de algunas Herramientas de trabajo y comunicación: Sistemas operativos, Ofimática, Diccionarios temáticos, • Adquirir conocimiento y manejo de Tratamiento de imágenes, Plataformas de User 3/9/11 6:15 PM Comment [9]: En realidad, cualquier objetivo podría ir precedido de “adquirir” o “saber” y, por ello, resulta redundante. comunicación docente y Presentaciones. • Saber realizar búsquedas de información, usando Navegadores, Bases User 3/9/11 6:16 PM Comment [10]: Por ejemplo “saber realizar” y “realizar” son una misma cosa”. de datos y Bibliotecas universitarias • Conocer y manejar algunos Programas técnico/científicos: Tratamiento de datos, Matemáticas, Simulación, Cartografiado. 21 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Saber realizar programas de ordenador sencillos y saber aplicarlos a resolver • problemas concretos en biología, 8.2 Competencias Generales • CT 1. Capacidad de organización y planificación: se obtendrá a través de User 3/9/11 6:16 PM Comment [11]: Yo las quitaría en tanto que, si son generales, NO son específicas de esta asignatura. ejercicios y trabajos a lo largo del curso • CT 2. Capacidad de Trabajo en equipo • CT 3. Aplicar los conocimientos a la resolución de problemas , se adquirirá a través prácticas, ejercicios y trabajo • CT 4. Capacidad de análisis y síntesis • CT 5. Conocimiento de una lengua extranjera. (bibliografía, bioinformática, teoria y seminarios) • CT 7. Conocimientos de informática relativos al ámbito de estudio (prácticas de laboratorio, teoría y ejercicios) User 3/9/11 6:17 PM Comment [12]: Sirven para cualquier asignatura y, en todo caso, ya estarán en la Guía Docente. User 3/9/11 6:17 PM Comment [13]: No puede ser objetivo de esta asignatura conocer una lengua extranjera. 8.3 Específicas • • • • CE 25. Diseñar modelos de procesos biológicos (ejercicios e Excel) CE 36. Implantar y desarrollar sistemas de gestión relacionados con la biología ( prácticas de bases de datos?) CE 41. Manejar bases de datos y programas informáticos que pueden emplearse en el ámbito de Ciencias de la Vida : prácticas de laboratorio, teoría y ejercicios CE. 77 Informática aplicada a la Biología : toda la asignatura) Una descripción más detallada de los conocimientos y competencias que deberán adquirir para superar la asignatura vienen dados en la guía docente oficial de la asignatura. 22 User 3/9/11 6:18 PM Comment [14]: Esta NO es competencia; es un contenido, tema o lo que se quiera. User 3/9/11 6:19 PM Comment [15]: No puede ser que la Guía Docente ofrezca información más detallada que la Guía de Asignatura, que es la concreción de la Docente. Creo que es al revés. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 9 Conocimientos previos Para el adecuado seguimiento de la asignatura, se recomienda haber cursado Matemáticas en el Bachillerato. User 3/9/11 6:20 PM Comment [16]: Esto resulta muy vago. Porque, ¿y si no la ha cursado? Yo concretaría qué conocimientos matemáticos son necesarios con objeto de que el alumno los obtenga si no los posee. 10 Asignaturas que fundamenta Esta asignatura introduce al alumno en los fundamentos de la programación de ordenadores y en el uso de las distintas herramientas informáticas en el campo de la Biología. Por lo tanto esta asignatura resultará de utilidad para todas aquellas asignaturas que necesiten el uso ordenadores para su desarrollo. 11 Programa de la asignatura 11.1 Programa de Teoría 11.1.1 Introducción a la Informática Analizaremos cuales son los elementos principales de un ordenador. Veremos los distintos tipos de ordenadores existentes y concluiremos estudiando las redes de ordenadores, centrándonos en Internet. 11.1.2 Representación de la Información Comenzaremos estudiando como se representan en un ordenador los datos numéricos y el texto. Posteriormente daremos una introducción a la representación de imágenes. 11.1.3 Sistemas Operativos Describiremos los principales aspectos de la estructura y funcionamiento de los sistemas operativos. Posteriormente nos centraremos en los detalles de los principales sistemas operativos: Windows, Linux y MacOS 11.1.4 Bases de Datos. Conceptos básicos. Bases de Datos Relacionales. Diseño de bases de datos. Sistemas Gestores de Bases de Datos. SIG. (Coimbra…) 23 User 3/9/11 6:20 PM Comment [17]: Repite esta aisgnatura Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 11.1.5 Fundamentos de programación Se estudiarán los distintos tipos de lenguajes existentes y cuales son sus elementos básicos. Se dará una introducción al proceso de traducción y ejecución de programas. 11.1.6 Fundamentos de Programación en MatLab Aprenderemos a realizar programas sencillos en MatLab y los aplicaremos a resolver pequeños problemas en Biología. Programación modular. 11.1.7 Programas Informáticos con aplicación en Biología Introducción a los Algoritmos Bioinspirados. Introducción a la Bioinformática. Introducción al Software de Simulación. Introducción al software de análisis estadístico: JMP/SAS, Statistica, R. 11.2 Programa de Prácticas En las sesiones de prácticas se aplicarán los conocimientos adquiridos en clase de teoría. Se realizarán prácticas sobre hojas de cálculo (Excel), bases de datos, programación básica en MATLAB y software de con aplicación en Biología 11.2.1 Práctica 1: Hojas de Cálculo. Gráficos 11.2.2 Práctica 2: Diseño e implementación de bases de datos 11.2.3 Práctica 3: Programación básica en MATLAB 11.2.4 Práctica 4: Software de Aplicación Bioinformática 11.3 Seminarios Además habrá un conjunto de seminarios sobre otros temas relacionados con la informática y la biología. 11.3.1 Seminario 1: Plataforma de Gestión Docente Universitaria 24 User 3/9/11 6:22 PM Comment [18]: Me gusta esta manera de describer los contenidos. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 11.3.2 Seminario 2: Habilidades ofimáticas 11.3.3 Seminario 3: Búsqueda de información en Internet y en Bibliotecas Digitales 11.3.4 Seminario 4: Construcción de presentaciones multimedia 12 Metodología La metodología que se va a emplear en el desarrollo de la asignatura se recoge a continuación, aunque dependerá de los contenidos que se expliquen en cada momento, así como del seguimiento, dificultad y asimilación de contenidos que se observe a lo largo de las clases: 12.1 Clases teorícas User 3/9/11 6:23 PM Comment [19]: La metodología hay que preverla porque sabemos qué contenidos vamos a desarrollar. En ellas el profesor desarrollará los conceptos básicos de cada uno de los temas utilizando para ello los recursos que se consideren adecuados. El profesor pondrá a disposición de los alumnos con antelación todo el material que va a ser proyectado en la plataforma SWAD. Se recomienda que el alumno lo lleve impreso a clase y lo complemente con sus propios apuntes. Este sistema pretende evitar que el alumno dedique su esfuerzo a tratar de escribir todo lo que se dice y pueda concentrarse en entender las explicaciones y anotar aquellas aclaraciones que estime necesarias; además permite ofrecer numerosos gráficos y fotografías que facilitan la comprensión. Sin embargo, este sistema también tiene inconvenientes: se corre el riesgo de que el alumno adopte una actitud pasiva, pensando que ya dispone de todo el material necesario y deje de atender en clase o incluso opte por no asistir. El profesor aconseja no caer en este error, que a la larga solo perjudica al alumno. Durante el desarrollo de las clases teóricas, el profesor responderá a cuantas preguntas o dudas le planteen sus alumnos. Asimismo, preguntará a los alumnos para verificar su comprensión, incentivar el interés y mantener la atención. 25 User 3/9/11 6:24 PM Comment [20]: ¿Se entiende que son clases expositivas, tradicionales, tipo conferencia, o son sesiones que siguen al trabajo autónomo de los estudiantes? Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Se tendrá en cuenta en la calificación final la asistencia, actitud y participación del estudiante en las clases de teoría (y en el resto de las actividades formativas) 12.2. Clases Prácticas La finalidad de las clases prácticas es guiar al alumno en la aplicación de los conocimientos adquiridos. El profesor pondrá a disposición de los alumnos los distintos guiones de prácticas que el alumno deberá realizar a lo largo del curso. Estos guiones propondrán el desarrollo de distintas actividades relacionadas con lo explicado en clase de teoría. La realización de estas actividades se deberá realizar tanto en las clases prácticas como en casa. Para ello podrán consultar todo el material que consideren oportuno, así como preguntar dudas al profesor. El desarrollo de las clases de prácticas se realizará en las aulas de informática de la Facultad de Ciencias. Una vez concluida la actividad el alumno deberá entregar al profesor el resultado de su trabajo en el formato especificado en el guión de prácticas. Se recomienda la asistencia a las prácticas ya que al ser su primera experiencia con la tecnología informática les resultará difícil llevarla a cabo sin la guía del profesor. 12.3. Seminarios La finalidad de los seminarios es trabajar con profundidad un aspecto o tema específico que permita al alumno la adquisición específica de habilidades procedimentales. Estas habilidades no vienen recogidas en el temario de teoría pero son necesarias para el desarrollo de su actividad estudiantil o profesional. Antes de la realización del seminario el profesor pondrá a disposición de los alumnos los distintos guiones que el alumno deberá seguir. Estos guiones propondrán el desarrollo de distintas actividades relacionadas con una habilidad específica. 26 User 3/9/11 8:54 PM Comment [21]: Repite realizar Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología La realización de estas actividades se podrá realizar tanto en las clases prácticas como en casa. El desarrollo de los seminarios se realizará en las aulas de informática de la Facultad de Ciencias. Se recomienda asistir a los seminarios ya que las habilidades que se adquirirán resultarán de utilidad al alumno durante sus estudios y posterior vida profesional 13. Compromiso del profesor El profesor de la asignatura espera y desea que los alumnos aprendan y disfruten cursando esta asignatura, así como que se motiven para su futuro como Biólogos. Para ello es necesario que tanto los alumnos como el profesor se impliquen en el desarrollo de la misma, para lo cual éste se compromete a: 1. Aplicar su esfuerzo y conocimiento a la tarea de enseñar y motivar. 2. Entregarles el primer día de clase la presente Guía de la Asignatura. 3. Entregarles con antelación suficiente los materiales de trabajo no accesibles para los alumnos. 4. Informar de los procedimientos que va a emplear para comprobar los resultados del aprendizaje. 5. Orientarles en la realización de los trabajos – prácticas que se desarrollen. 6. Informar sin demora a los alumnos de los resultados de los diferentes trabajos que se vayan realizando a lo largo del curso 27 User 3/9/11 8:54 PM Comment [22]: Repite realizar User 3/9/11 8:56 PM Comment [23]: Te sugiero que concretes todos estos extremos; se parece demasiado a una Guía Docente. Por ejemplo, en una Guía Docente se puede decir que la metodología se ajustará a los contenidos pero en una Guía Didáctica hay que pormenorizar para qué contenidos y qué metodología. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 13 Compromiso del alumno Se espera del alumno que adopte un papel activo durante el desarrollo de la asignatura, lo que puede ser expresado de diferentes formas: 1. Mediante su asistencia a las clases. 2. Durante las clases: planteando dudas, pidiendo aclaración sobre términos o conceptos o tratando de responder a las preguntas planteadas por el profesor. 3. Expresando espontánea y libremente sus opiniones personales en cualquier momento de la clase. 4. Estudiando reflexivamente los temas y realizando las actividades y prácticas que se vayan proponiendo. 5. Cumplir los plazos de entrega de las prácticas propuestas. 6. Solicitando del profesor la orientación y ayuda que estime necesarias. 7. Sugiriendo al profesor nuevos enfoques o vías metodológicas para mejorar la calidad de la actividad docente. Basándose en la experiencia del docente, se recomienda al alumno que para desarrollar adecuadamente la asignatura: 1. Elabore un plan de estudio personal y trabaje de forma regular. 2. Realice las diferentes actividades que se proponen y compruebe que entiende lo que hace. 3. Resuelva los problemas propuestos y los disponibles en la bibliografía recomendada intentando no mirar la solución hasta el final y tratando de plantearse sus propios problemas con variaciones sobre los datos, para aprender de forma razonada y no mecánica. 28 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 4. Exponga todas las dudas al profesor. 14 Trabajo autónomo del alumno Durante el curso académico, y según se vaya produciendo el desarrollo del mismo, el alumno deberá ir trabajando la materia explicada en clase, tanto teórica como práctica. Para facilitar esta labor, y ayudar al alumno a conocer el grado de conocimiento adquirido se proponen las siguientes actividades, que aunque son de carácter voluntario, se recomienda desarrollar de forma autónoma para un mejor aprovechamiento de la asignatura: Lectura del material que se impartirá en clase antes de la misma para facilitar su seguimiento. Realizar las actividades complementarias propuestas por el profesor. User 3/9/11 8:58 PM Comment [24]: No pueden ser de carácter voluntario. No puede optar entre trabajo autónomo y otra modalidad; tiene que hacer lo que le pida el profesor. 15 Evaluación 15.1 Criterios generales de evaluación Los contenidos teóricos y prácticos de la asignatura se evaluarán mediante un conjunto de pruebas diversas que incluirán un examen parcial y un examen final. Además se utilizará en la evaluación la calificación de las prácticas que se desarrollaran a lo largo de la asignatura También se tendrá en cuenta la asistencia, actitud y participación del estudiante. En los casos en que se realicen trabajos tutelados, éstos también se tendrán en cuenta en la evaluación final. Los distintos elementos de la evaluación tendrán pesos distintos en la calificación final. A continuación se indica cual es el peso de cada uno de ellos: 29 User 3/9/11 8:58 PM Comment [25]: Ya se ha dicho antes Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 1. Exámenes teóricos de conocimientos y resolución de problemas informáticos (50%). 2. Resultados obtenidos durante la realización y evaluación de las actividades prácticas (35%). 3. Realización de trabajos tutelados y su defensa (10%) 4. Asistencia, actitud y participación pertinente del estudiante en todas las actividades formativas (5%) La calificación final se obtendrá como la suma ponderada de las calificaciones obtenidas en cada uno de los apartados. 15.2 Características del examen El examen se puntúa de 0 a 10 y estará compuesto de una combinación de los siguientes elementos: • Preguntas largas sobre cualquier tema del programa de teoría. Se responderán en una extensión máxima de una cara de un folio. Se valorará especialmente la capacidad del alumno para estructurar el tema y cubrir todos los aspectos relevantes. • Preguntas cortas sobre cualquier tema del programa, incluidas las prácticas. Se responden en un tiempo reducido (máximo 2 minutos), que se indicará en cada caso, y generalmente con una extensión máxima de 5 líneas. Se valora especialmente la precisión y concisión de la respuesta. 30 User 3/9/11 8:59 PM Comment [26]: Quizás “de”, major que “como” Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología • • Preguntas objetivas de respuestas múltiples, tanto de teoría como de problemas breves. Entre cuatro opciones, sólo se podrá elegir una respuesta correcta. Cada dos respuestas incorrectas se eliminará una correcta. Problemas, sobre los ejercicios realizados. No hay límite de extensión en la respuesta. Se valorará especialmente el correcto planteamiento del problema, la corrección del código escrito, y la correcta aplicación de los principios de la programación estructurada. En la realización del examen está prohibida la utilización de cualquier material del tipo apuntes, libros, calculadoras programables, etc. En todos los casos se puntúa negativamente el contestar fuera de lugar, así como el cometer errores graves de concepto. Se valorará positivamente la claridad en la expresión, así como la limpieza y buena organización del examen. 16 Instrucciones para la entrega de prácticas Las prácticas de la asignatura se entregarán a través de la plataforma SWAD. La fecha límite y el método de la entrega vendrán fijados en la plataforma docente. No se corregirán prácticas entregadas después de la fecha señalada 17 Atención personal La atención del profesor a los alumnos fuera del horario de clase de la asignatura se podrá realizar a través de alguna de las siguientes vías: tutorías, teléfono, correo electrónico, twitter y plataforma SWAD. 31 User 3/9/11 9:11 PM Comment [27]: Esto es válido en las de Verdadero-­‐Falso; en el resto habrá que aplicar la fórmula correctora del azar y, por eso, depende. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Es recomendable que confirme el horario de tutorías en la plataforma SWAD o en la página web del departamento http://decsai.ugr.es. 17.1 Carlos Cruz Corona 17.1.1 Tutorìas Las tutorías se desarrollarán en el despacho del profesor de la asignatura. Este es el despacho 2 del módulo B del edificio Mecenas. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Miércoles: 11:00-­‐19:00 17.1.2 Correo electónico 32 Podrá contactar a través del correo electrónico del profesor carloscruz@decsai.ugr.es. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.2 Marta Cuadros Celorrio 17.2.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho de la profesora de la asignatura que se encuentra en la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y Telecomunicaciones. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Lunes: 9:00-­‐11:00 17.2.2 CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico de la profesora marta@decsai.ugr.es. 17.3 Coral del Val Muñoz 17.3.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho de la profesora de la asignatura. Este es el despacho 1 del módulo B del edificio Mecenas. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Martes: Martes: Jueves: 12:00-­‐14:00 16:00-­‐18:00 16:00-­‐18:00 17.3.2 CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico de la profesora delval@decsai.ugr.es. 33 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.4Juan Manuel Fernández Luna 17.4.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho del profesor de la asignatura. Este es el despacho 26 de la cuarta plata de la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y Telecomunicaciones. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Miércoles: 9:00-­‐12:00 Viernes: 9:00-­‐12:00 17.4.2 17.4.2. CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico del profesor jmfluna@decsai.ugr.es. 34 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.5Juan Ramón González González 17.5.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho del profesor de la asignatura que se encuentra en la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y Telecomunicaciones. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Miércoles: 10:30-13:00 17.5.2 CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico del profesor jrgonzalez@decsai.ugr.es. 35 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.6Miguel Ángel Rubio 17.6.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho del profesor de la asignatura. Este es el despacho 3 del módulo B del edificio Mecenas. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Lunes: Miércoles: Jueves: 10:00-­‐12:00 18:00-­‐20:00 10:00-­‐12:00 Cuando el alumno desee asistir a una tutoría pero el horario oficial no le resulte conveniente deberá ponerse en contacto con el profesor que fijará de común acuerdo con el alumno una hora para la tutoría. 17.6.2. CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico del profesor marubio@ugr.es. 17.6.3. TWITTER 36 Cuando sea necesario realizar un comunicado urgente a los alumnos dicho comunicado se realizará a través del sistema twitter. La cuenta de la asignatura es http://www.twitter.com/marubio. Se recomienda a los alumnos que la consulten antes de asistir a clase o a tutorías. Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.7María Dolores Ruiz Jiménez 17.7.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho de la profesora de la asignatura que se encuentra en la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y Telecomunicaciones. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Martes: Miércoles: 11:00-­‐13:00 11:00-­‐13:00 17.7.2. CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico de la profesora mdruiz@decsai.ugr.es. 17.7.3 TELÉFONO Podrá contactar a través del teléfono de la profesora 958 241771. 17.8Clara Sáez Árcija 17.8.1 TUTORÍAS Las tutorías se desarrollarán en el despacho de la profesora de la asignatura que se encuentra en la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática y Telecomunicaciones. Las tutorías se realizarán de acuerdo con el siguiente horario: Lunes: 10:00-­‐13:00 Miércoles: 10:00-­‐13:00 Cuando el alumno desee asistir a una tutoría pero el horario oficial no le resulte conveniente deberá ponerse en contacto con el profesor que fijará de común acuerdo con el alumno una hora para la tutoría. 37 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 17.8.2 CORREO ELECTRÓNICO Podrá contactar a través del correo electrónico de la profesora clarasa@decsai.ugr.es. 18 Bibliografía 18.1 Bibliografía básica • • • Delgado, José María ; Paz, Francisco. Openoffice.Org 3.0 (Guia Practica). Anaya Multimedia 2009 Pons- Marín-Medina. Introducción a las Bases de Datos. El Modelo Relacional.. Thomson (2005) Gilat, Amos . Matlab: Una Introducción Con Ejemplos Prácticos. Reverte, 2006 18.2 Bibliografía complementaria • • • • • • • • • 38 Romeo- Segovia. Cuaderno Práctico de Openoffice: Nivel Basico y Nivel Elevado. Edit-LIN, S.L., 2002 Bott, Ed - Leonhard, Woody. La Biblia de Office 2007 (Incluye Cd-Rom). Anaya Multimedia 2007 Manual de la Plataforma SWAD. swad.ugr.es Manual de MatLab Varios Autores. Como Buscar en Internet. AGUILAR, 2001 Peña, Rosalía; Baeza-Yates, Ricardo. Gestión Digital de la Información: De Bits a Bibliotecas Digitales. RA-MA, 2002 Gómez, J., Padilla, N., Gil, J. A. Administración de Sistemas Operativos Windows y Linux: Un Enfoque Práctico. RA-MA, 2006 Arriaza Gómez, A. J. Estadística Básica con R Y R-Commander. Univ. Cádiz 2008 Lahoz-Beltra, Rafael. Bio-informática: Simulación, Vida Artificial e Inteligencia Artificial. Díaz de Santos, 2004 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 18.3 Otros recursos Web • • Introducción a Matlab. http://www.mat.ucm.es/~jair/matlab/notas.htm Aprenda Matlab como si estuviese en primero. http://mat21.etsii.upm.es/ayudainf/aprendainf/Matlab70/matlab70primero.pdf 19 Ejemplo de Guión de trabajo autónomo 19.1 Tema 7: Uso de bases de datos biológicas de ADN y proteínas; Búsquedas de similaridad 19.1.1 Contenidos • Formatos de bases de datos biológicas secuencias de ADN y proteínas • Bases de datos de secuencias de ADN y proteinas disponibles en internet • Algoritmo de búsquedas de similaridad BLAST y sus variantes 19.1.2 Objetivos • Distinguir secuencias de ADN de secuencias de proteínas • Reconocer el formato de secuencias mas extendido: FASTA • Aprender a utilizar las bases de datos existentes y el algoritmo BLAST para: User 3/9/11 9:13 PM Comment [28]: Sobra “aprender” o averiguar si una secuencia ya existe en una Base de datos? o averiguar si hay una secuencia similar a la mia en otro genoma o averiguar cual es la funcion de mi secuencia desconocida 19.1.3 Dónde obtener la información 39 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología Lee las diapositivas del tema que ha proporcionado el professor. Piensa en estas cuestiones para discutirlas en clase 1) ¿Como distinguirías una secuencia de ADN de una de proteìna? 2) ¿Porque se caracteriza una secuencia escrita en format FASTA? 3) ¿Que es necesario tener para poder realizer una búsqueda de similaridad de secuencias? 4) ¿Como se clasifican los distintos tipos de algoritmos BLAST? Ten claros estos Conceptos antes de seguir con el siguiente ejercicio. 19.1.4 Aplicación de los conceptos adquiridos Fragmento extraído del libro “ Parque jurásico”, Jurassic Park en su idioma original, es una novela de ciencia ficción y aventuras, escrita por Michael Crichton en 1990, que trata sobre el campo de la ingeniería genética aplicada al comercio y la explotación de animales. La novela narra cómo se intenta recrear la época de los dinosaurios a través de un parque temático en Costa Rica. La obra se adaptó al cine en 1993 de la mano de Steven Spielberg. Lee el fragmento del prólogo del libro que viene a continuación. “Regís presentó a Henry Wu, un hombre tranquilo, esbelto, de unos treinta años. El doctor Wu es nuestro genetista jefe. Dejaré que les explique lo que hacemos aquí. Por lo menos lo intentaré, sonrió Wu. La genética es un poco complicada. Pero es probable que ustedes se estén preguntando de donde viene nuestro ADN de dinosaurio. Es algo que me pasó por la cabeza, dijo Grant. A decir verdad, empezó Wu, existen, dos fuentes posibles. Mediante la técnica de anticuerpos de Loy, a veces podemos obtener ADN directamente de huesos de dinosaurio. ¿Con qué rendimiento?, preguntó Grant. Bueno, la mayoría de las proteínas solubles se lixivia durante la fosilización, pero el veinte por ciento de las proteínas es aún recuperable a través de la pulverización de los huesos y del posterior uso del procedimiento de Loy. El mismo doctor Loy lo empleó para obtener proteína de marsupiales australianos extinguidos, así como 40 User 3/9/11 9:13 PM Comment [29]: errata User 3/9/11 9:14 PM Comment [30]: errata User 3/9/11 9:14 PM Comment [31]: errata User 3/9/11 9:14 PM Comment [32]: dos erratas Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología células sanguíneas de antiguos de restos humanos. La técnica de Loy es tan refinada que puede funcionar con una cantidad tan ínfima como cincuenta nanogramos de material, es decir, cincuenta mil millonésimas de gramo. ¿Y ustedes adaptaron esta técnica aquí? , preguntó Grant. Sólo como respaldo. Como podrán imaginar, un rendimiento del veinte por ciento es insuficiente para nuestro trabajo. Necesitamos toda la cadena de ADN de dinosaurio para poder hacer clones. Y lo obtenemos aquí. Sostuvo en alto una de las piedras amarillas de ámbar, la resina fosilizada de savia de árboles prehistóricos. Grant miró a Ellie y, después, a Malcolm. Eso es muy inteligente en verdad , dijo Malcolm, asintiendo con la cabeza. Sigo sin entenderlo , admitió Grant. La savia de árbol , explicó Wu, a menudo fluye sobre los insectos y los atrapa. Entonces, los insectos quedan perfectamente conservados dentro del fósil. Se encuentra toda clase de insectos dentro del ámbar... ..incluyendo insectos picadores que succionaron sangre de animales más grandes. Succionaron la sangre —repitió Grant. Quedó con la boca abierta—: Usted quiere decir «succionaron la sangre de los dinosaurios». Con suerte, sí. Y entonces los insectos se conservan en ámbar... ,Grant sacudió la cabeza, ¡Quién lo hubiera pensado! Podría funcionar. Se lo aseguro, sí que funciona , dijo Wu. Fue hacia uno de los microscopios estereoscópicos, en el cual uno de los técnicos ponía en posición un trozo de ámbar que contenía una mosca bajo los objetivos dobles. Sobre la pantalla del monitor observaron cómo el técnico insertaba una aguja larga a través del ámbar, hasta penetrar en el tórax de la mosca prehistórica. Si este insecto tiene células sanguíneas no pertenecientes a él, puede que consigamos extraerlas y obtener ADN, el ADN de un ser extinguido. No lo sabremos con seguridad, claro está, hasta que extraigamos lo que sea que haya ahí dentro, hagamos réplicas y lo sometamos a ensayos. Eso es lo que llevamos haciendo desde hace cinco años. Ha sido un proceso largo y lento, pero que rindió buenos resultados. Tim vio que el doctor Grant mantenía su aire de escepticismo, y Dennis Nedry, el gordo desaliñado, parecía carecer por completo de interés, como si ya supiera todo eso. Pero lo que sí hacía era seguir mirando con impaciencia la sala siguiente. Veo que el señor Nedry descubrió la fase siguiente de nuestro trabajo , dijo Wu, cómo identificamos el ADN que extraemos. Para eso, utilizamos ordenadores potentes. Por unas puertas corredizas pasaron a una sala muy refrigerada. Se oía un fuerte zumbido. Dos torres redondas de un metro ochenta de alto se erguían en el centro de 41 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología la sala y, a lo largo de las paredes, había hileras de cajas de acero cuya altura llegaba a la cintura de un hombre: Ésta es nuestra lavandería automática de alta tecnología , explicó el doctor Wu. Todas las cajas que hay a lo largo de las paredes son secuenciadores automáticos de genes Himachi-­‐Hood. Los superordenadores «Cray XMP» trabajan a una velocidad muy alta , que son las torres que hay en el centro de la sala. En esencia, ustedes se encuentran en el centro de una fábrica increíblemente poderosa de productos genéticos…..” La secuencia que el Dr. Wu encontró en el mosquito también aparece en el prólogo del libro original, aquí la tienes: >LostWorld DNA gaattccggaagcgagcaagagataagtcctggcatcagatacagttggagataaggacggacgtgtggcagctcccgcagaggattc actggaagtgcattacctatcccatgggagccatggagttcgtggcgctgggggggccggatgcgggctcccccactccgttccctgat gaagccggagccttcctggggctgggggggggcgagaggacggaggcgggggggctgctggcctcctaccccccctcaggccgc gtgtccctggtgccgtgggcagacacgggtactttggggaccccccagtgggtgccgcccgccacccaaatggagcccccccactac ctggagctgctgcaacccccccggggcagccccccccatccctcctccgggcccctactgccactcagcagcgggcccccaccctgc gaggcccgtgagtgcgtcatggccaggaagaactgcggagcgacggcaacgccgctgtggcgccgggacggcaccgggcattacc tgtgcaactgggcctcagcctgcgggctctaccaccgcctcaacggccagaaccgcccgctcatccgccccaaaaagcgcctgcggg tgagtaagcgcgcaggcacagtgtgcagccacgagcgtgaaaactgccagacatccaccaccactctgtggcgtcgcagccccatgg gggaccccgtctgcaacaacattcacgcctgcggcctctactacaaactgcaccaagtgaaccgccccctcacgatgcgcaaagacgg aatccaaacccgaaaccgcaaagtttcctccaagggtaaaaagcggcgccccccgggggggggaaacccctccgccaccgcggga gggggcgctcctatggggggagggggggacccctctatgccccccccgccgccccccccggccgccgccccccctcaaagcgacg ctctgtacgctctcggccccgtggtcctttcgggccattttctgccctttggaaactccggagggttttttggggggggggcggggggtta cacggcccccccggggctgagcccgcagatttaaataataactctgacgtgggcaagtgggccttgctgagaagacagtgtaacataat aatttgcacctcggcaattgcagagggtcgatctccactttggacacaacagggctactcggtaggaccagataagcactttgctccctgg actgaaaaagaaaggatttatctgtttgcttcttgctgacaaatccctgtgaaaggtaaaagtcggacacagcaatcgattatttctcgcctgt gtgaaattactgtgaatattgtaaatatatatatatatatatatatatctgtatagaacagcctcggaggcggcatggacccagcgtagatcat gctggatttgtactgccggaattc La secuencia la generó Mark Boguski, uno de los bioinformáticas trabajando en el NCBI, actualmente su director. Mark Bogussi fue el experto en biología molecular con el que trabajo Mr. Crichton para escribir la clonación de los dinosaurios. Mark gastó una broma cuando hizo esta secuencia. • • Describe que estrategia bioinformática seguirías para identificar a quien pertenece esta secuencia. Una vez la hayas planteado procede a ejecutar los siguientes pasos y compara tu estrategia con la siguiente. Haz un blastx con esta secuencia: User 3/9/11 9:15 PM Comment [33]: errata -­‐¿que base de datos seleccionarías?¿por qué? -­‐¿que significan las columnas de la table de resultados? 42 User 3/9/11 9:15 PM Comment [34]: Varias erratas Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología -­‐¿cual es la major solución obtenida?. Selecciona su alineamiento. Existen GAPS en el alineamiento?. ¿Que significan esos GAPS? ¿encuentras el mensaje Escondido¿cual es el mensaje?¿Qué has hecho usando blastx?, ¿que información te aporta? Ahora zhaz un blastn. Estudia el resultado como aprendimos en clase ¿ en que se baso Boguski para generar la secuencia?. ¿Encuentras nueva información?. ¿En que se diferencian los resultados con blastx de los resultados con blastn? • User 3/9/11 9:16 PM Comment [36]: errata User 3/9/11 9:16 PM Comment [37]: errata ¿Cúal es tu conclusion sobre el origen de la secuencia? • User 3/9/11 9:16 PM Comment [35]: errata User 3/9/11 9:16 PM Comment [38]: errata User 3/9/11 9:16 PM Comment [39]: errata User 3/9/11 9:16 PM Comment [40]: errata User 3/9/11 9:17 PM Comment [41]: El Guión me parece muy bien planteado. ¿Serán suficientes actividades? 43 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 20 Evaluación del profesorado y la asignatura Los profesores de esta asignatura desean conocer su opinión sobre su contenido, así como sobre la metodología utilizada para impartirla, con objeto de mejorarla para próximos curso. Por ello se ruega que rellene el cuestionario que se incluirá a final de curso en la plataforma SWAD. Se trata de una encuesta totalmente anónima compuesta por varias preguntas relativas al contenido de la asignatura, objetivos, profesores El profesor que ha impartido la asignatura desea mejorar sus sistemas de trabajo y, para ello, le serán de gran utilidad las opiniones que usted exprese en este Cuestionario de forma anónima. Se le piden respuestas personales, reflexivas y veraces. 1. 2. 3. Sexo: 1. Hombre 2. Mujer ¿Repite curso? 1. Sí 2. No Instrucciones: Rodee con un círculo el número que corresponda de acuerdo con la siguiente clave: 4 En gran medida 3 Bastante 2 Poco 1 Nada 4. He llegado a dominar los principios básicos de la asignatura………………………………. 4 3 2 1 5. He aumentado significativamente mi vocabulario técnico…………………………………… 4 3 2 1 6. He mejorado mi capacidad para interpretar información……………………………………. 4 3 2 1 7. Ha aumentado mi interés por los estudios de Biología …………………………………… 4 3 2 1 8. Ha aumentado mi curiosidad por investigar y descubrir……………………………………. 4 3 2 1 9. Ha aumentado mi capacidad para resolver problemas…………………………………….. 4 3 2 1 10. Ha mejorado mi capacidad para extraer conclusiones…………………………………….. 4 3 2 1 11. He aprendido cosas que no sabía……………………………………………………………….…. 4 3 2 1 12. Me he encontrado a gusto en clase…………………………………………………………..….. 4 3 2 1 13. He logrado mayor confianza en mí mismo/a……………………………………..…………… 4 3 2 1 14. Me he familiarizado con una bibliografía útil para mi formación……………………….. 4 3 2 1 15. He recibido ayudas oportunas del profesor………………………………………………….. 4 3 2 1 16. He adquirido un buen nivel de eficiencia en las prácticas realizadas………………….. 4 3 2 1 17. He avanzado sin dificultad a lo largo de los temas desarrollados……………………….. 4 3 2 1 18. He logrado motivarme para profundizar en temas de Nuevas Tecnologías……….. 4 3 2 1 19. Me ha parecido adecuada la metodología aplicada por el profesor…………………. 4 3 2 1 44 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 20. Me he sentido tratado/a con respeto por el profesor……………………………………… 21. He sentido en todo momento que el profesor se mostraba accesible……………… 22. Pienso que los contenidos tratados fueron bien seleccionados……………………….. 23. Me he sentido libre para intervenir en clase…………………………………………………… 24. He percibido que el profesor trataba a todos los alumnos por igual………………… 25. ¿Ha asistido con regularidad a las clases prácticas? 1. 2. 1. SI 2. NO 4 3 2 1 4 3 2 1 4 3 2 1 4 3 2 1 4 3 2 1 ¿Ha asistido con regularidad a las clases teóricas? 3. 4. 1. SI 2. NO En caso de que la respuesta sea SI: ¿Las respuestas del profesor a las preguntas planteadas por los alumnos/as han sido clarificadoras? 1. Siempre o casi siempre 2. A veces 3. Nunca o casi nunca ¿Las explicaciones complementarias o de ampliación del profesor han sido interesantes? 1. Siempre o casi siempre 2. A veces 3. Nunca o casi nunca Las demostraciones efectuadas por el profesor han sido oportunas e interesantes? 1. Siempre o casi siempre 2. A veces 3. Nunca o casi nunca En caso de que la respuesta sea NO, ¿Por qué no ha asistido con regularidad? 1. No lo he considerado necesario para superar la asignatura 2. No tenía dudas que consultar al profesor 3. Otra razón ¿cuál?___________________________________ 14. En general, de 0 a 10 ¿qué calificación le merece?: 1. 2. 3. La Guía Didáctica de la asignatura ____ La metodología de trabajo empleada ____ El papel desempeñado por el profesor ____ 45 Guia de la asignatura: Informatica aplicada a la biología 46 User 3/9/11 9:18 PM Comment [42]: Excelentes mimbres que auguran un buen cesto cuando se termine de perfilar. Enhorabuena y gracias.
