1. BLAST: A. Es un algoritmo para comparar información de secuencias de aminoácidos o nucleótidos. B. Es un algoritmo que permite comparar una secuencia de consulta con una base de datos de secuencias similares e identificar secuencias en un genoma, en función de su similitud, pudiendo establecer grado de familiaridad. C. Es el algoritmo más empleado por el NCBI. D. La principal característica de BLAST es su velocidad en la búsqueda en la totalidad de base de datos. 2. SON CARACTERÍSTICAS DE UN FORMATO FASTA, excepto: a. Comienza con una descripción en una sola línea (línea de cabecera) seguida de los datos de la secuencia de consulta. b. La línea de descripción se distingue de la secuencia por un símbolo mayor que. c. Las secuencias de nucleótidos o de aminoácidos se representan usando códigos de tres letras. d. Las líneas de texto (línea de secuencia) deben ser menores de 80 caracteres. 3. ¿Qué es el max score? a. es la secuencia que tiene la puntuación mayor en alineamientos 4. ¿Qué es el valor E? Es el número de alineamientos que esperamos para una puntuación X (o superior) en la búsqueda que estamos realizando. El valor e depende de la base de datos empleada y de la longitud de la secuencia. 5. RESPEECTO A LA PCR CUANTITATIVA a. La qPCR determina cantidades relativas o absolutas de ADN en muestras. b. Detecta no solo la cantidad sino al agente causante de una infección c. Proporciona una ventaja extra: su extremada sensibilidad. Al ser una técnica que detecta infecciones iniciales, donde la carga viral es muy baja, la PCR cuantitativa permite detectar cantidades mínimas de virus en sangre (cargas virales muy bajas). La PCR clásica detecta por encima de 200 copias de virus por mililitro de suero sanguíneo, mientras la PCR cuantitativa alcanza a detectar tan solo 20 copias virus por mililitro, es decir, es 10 veces más sensible. 6. Para la cuantificación se establece un valor de corte (valor umbral) de fluorescencia emitida por las muestras. a. ¿Una muestra con mayor concentración inicial de ADN blanco necesitará mas o menos ciclos para alcanzar dicho umbral? Rpta. Necesitará menos ciclos para alcanzar dicho umbral. 7. A sí pues, en la PCR a tiempo real: cuanto mayor es la cantidad de molde inicial, el ciclo umbral se alcanza más temprano y el valor Ct es más bajo. Esto constituye la base de la cuantificación de ADN. Para u n a PCR a tiempo real con una eficiencia del 100%, la cantidad de producto se dobla en cada ciclo. Una molécula se convierte en dos, dos en cuatro, cuatro en ocho, ocho en dieciséis, etc. Del mismo modo, un cambio de un valor CT (de un valor más alto a uno más bajo) representa una duplicación de la molécula diana. 8. Aplicaciones: Estudios de expresión génica: cuantificación absoluta con curva patrón y cuantificación relativa con gen control endógeno. Detección de SNPs. Detección de patógenos alimentarios. Determinación de la carga viral. Determinación de la enfermedad mínima residual. Estudios de discriminación alélica 9. EN UNA INFECCIÓN VIRAL, ES IMPORTANTE CUANTIFICAR…… a. En una infección inicial la carga viral es…BAJA…….. b. En casos de una infección avanzada la viremia en plasma…ES ALTA…… c. En caso de tratamiento proporciona un dato importante sobre la efectividad de la terapia, la carga viral baja o no aumenta SI EL FÁRMACO ES BUENO. 10. ¿CUÁL SERÍA EL FLUJO QUE SEGUIRÍA EN UN PROYECTO DE INVESTIGACIÓN UTILIZANDO HERRMIENTAS BIOINFORMÁTICAS? 11. BASE DE DATOS DE PROTEÍNAS EXPLORANDO UNIPROT a. Base de datos que contiene registradas secuencias de proteínas que se han estudiado de diversos organismos. b. De fácil acceso c. Nace de la unión de tres bases de datos: Swiss-prot, TrEMBL y PIR- PSD. d. Swiss-prot yTrEMBL continúan siendo dos secciones de UniProt e.
