Biomarcadores para Uso Clínico Informe de Vigilancia Tecnológica Biomarcadores para Uso Clínico Informe de Vigilancia Tecnológica Biomarcadores para Uso Clínico El presente informe de Vigilancia Tecnológica ha sido realizado en el marco del convenio de colaboración conjunta entre Genoma España y la Fundación de la Universidad Autónoma de Madrid (FUAM). Genoma España y la Fundación de la Universidad Autónoma de Madrid (FUAM) agradecen la colaboración ofrecida a: – Dr. Ángel Carracedo (IML - Universidad de Santiago & Fundación Pública Medicina Xenómica) – Dr. Ignacio Casal (Centro de Investigaciones Biológicas - CSIC) – Dr. Jaime Sancho (Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra” - CSIC) La reproducción parcial de este informe está autorizada bajo la premisa de incluir referencia al mismo, indicando: Biomarcadores para Uso Clínico. GENOMA ESPAÑA/FUAM. Genoma España no se hace responsable del uso que se realice de la información contenida en esta publicación. Las opiniones que aparecen en este informe corresponden a los expertos consultados y a los autores del mismo. Autores: Gema Ruiz Romero (FUAM) Miguel Vega García (Genoma España) © Copyright: Fundación para el Desarrollo de la Investigación en Genómica y Proteómica/Fundación de la Universidad Autónoma de Madrid. Edición: Cintia Refojo (Genoma España) Referencia: GEN-ES10001 Fecha: abril 2010 Diseño y realización: Creaciones Hazanas, S.L. Índice • RESUMEN EJECUTIVO 1. OBJETIVOS DEL INFORME 2. INTRODUCCIÓN A LOS BIOMARCADORES 3. IDENTIFICACIÓN Y VALIDACIÓN DE NUEVOS BIOMARCADORES 3.1. Etapas del proceso de identificación y validación de nuevos biomarcadores 3.2. Técnicas implicadas en el proceso de identificación y validación de nuevos biomarcadores 3.2.1. 3.2.2. 3.2.3. 3.2.4. 3.2.5. Genómica Proteómica Metabolómica Biología de Sistemas Nanotecnología 4. APLICACIONES DE LOS BIOMARCADORES EN LA PRÁCTICA CLÍNICA 7 8 9 17 18 22 22 32 42 46 48 55 4.1. Farmacogenómica 59 4.2. Cáncer 69 4.3. Enfermedades infecciosas 78 4.4. Enfermedades cardiovasculares 82 4.5. Enfermedades relacionadas con el sistema nervioso 85 5. SITUACIÓN ACTUAL 91 5.1. Papel de la industria farmacéutica y biotecnológica en la investigación en biomarcadores 91 5.2. Mercado de biomarcadores de uso clínico 94 5.3. Aspectos relacionados con la regulación de biomarcadores de uso clínico 98 5.4. Barreras en la implantación de los nuevos biomarcadores en la práctica clínica 103 5.5. Oportunidades de desarrollo 107 6 6. CONCLUSIONES ANEXOS Anexo I . 114 116 Proyectos de investigación españoles relacionados con biomarcadores de uso clínico 116 Anexo II. Test comerciales y en desarrollo para el diagnóstico, estratificación de pacientes y análisis de respuesta a fármacos 161 Anexo III. Biomarcadores genómicos considerados como válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados 163 Anexo IV. Fichas de empresas españolas relacionadas con biomarcadores de uso clínico 166 Anexo V. Fichas técnicas correspondientes a grupos de investigación cuya actividad científica se enmcarca dentro de los biomarcadores de uso clínico GLOSARIO REFERENCIAS 176 192 193 Biomarcadores para Uso Clínico Resumen ejecutivo Un marcador biológico o biomarcador es una característica biológica que puede ser medida de forma objetiva y que proporciona información sobre el desarrollo de procesos patológicos, sobre procesos biológicos normales o sobre la respuesta frente a un tratamiento farmacológico. Los biomarcadores forman parte de la práctica médica habitual. Indicadores biológicos tales como la medida de la temperatura corporal o de la presión arterial son utilizados de forma rutinaria en la clínica desde finales de los siglos XVII y XIX respectivamente. En los últimos años, la eclosión de las tecnologías “ómicas” (genómica, proteómica, metabolómica) ha supuesto la aparición de una nueva oleada de biomarcadores. Estos nuevos biomarcadores se corresponden con variaciones en la estructura, en la secuencia o en los niveles de expresión de genes, de proteínas o de metabolitos y proporcionan una visión molecular de las patologías, permitiendo en algunos casos la integración de información procedente tanto del genotipo como del fenotipo. El rápido despegue de las tecnologías “ómicas” comenzó tras el desciframiento del genoma humano. Este hito proporcionó a la comunidad científica una gran cantidad de información que en los próximos años se espera que ejerza un impacto directo sobre la práctica médica. Aparece ante nosotros la posibilidad de realizar una Medicina Personalizada en la que el papel de los nuevos biomarcadores será actuar como señales tempranas de la presencia de una patología o incluso del riesgo de desarrollarla en un futuro, así como poder anticiparse al desarrollo de reacciones de toxicidad o de falta de eficacia de los tratamientos farmacológicos. Pero para conseguir alcanzar todos estos objetivos se han de superar previamente una serie de barreras de diversa índole. No solo se plantean retos científicos y tecnológicos, también han de superarse retos sociales y éticos para finalmente poder poner en práctica una medicina más preventiva y centrada en la intervención temprana. 7 8 Genoma España 1. Objetivos del Informe El presente Informe tiene por objeto realizar un análisis de la situación actual de los nuevos biomarcadores haciendo especial hincapié en su uso en la práctica clínica, en comparación con los biomarcadores clásicos. En la primera parte del Informe se mostrarán las principales técnicas surgidas en la era del desciframiento del genoma humano, las denominadas tecnologías “ómicas” y su utilidad en los procesos de identificación y validación de nuevos biomarcadores. Se incluirá también una revisión de las principales aplicaciones terapéuticas de los biomarcadores. En la última parte del Informe se realizará un análisis de los principales retos a los que se enfrenta la investigación en este campo de conocimiento científico así como de sus principales oportunidades de desarrollo. Finalmente, se presentan una serie de anexos en los que se reflejan los proyectos de investigación que se están desarrollando en España, así como otros datos de interés para obtener una visión global de esta área de la ciencia actual. Biomarcadores para Uso Clínico 2. Introducción a los biomarcadores Los biomarcadores son una serie de características biológicas que pueden ser evaluadas y medidas de manera objetiva y que proporcionan información sobre procesos biológicos normales o patológicos, permitiendo discernir entre ambos procesos o bien definir el punto de la enfermedad en el que se encuentra un individuo, la progresión de la enfermedad o cuantificar su respuesta frente a una posible terapia. Los primeros biomarcadores utilizados en la práctica clínica para el diagnóstico de enfermedades eran indicadores fisiológicos tales como la temperatura corporal, la frecuencia cardíaca o la presión sanguínea. Estos biomarcadores son fácilmente accesibles por lo que podían ser medidos de manera sencilla y, por otra parte, se encuentran directamente relacionados con la fisiopatología de la enfermedad. En el siglo XX, los grandes avances que tuvieron lugar en campos como la bioquímica supusieron la aparición de una nueva oleada de biomarcadores que se evaluaban a través del análisis de fluidos corporales como la sangre, el plasma y diferentes tejidos. Pertenecen a este tipo de biomarcadores los niveles en sangre de glucosa, colesterol o enzimas hepáticas, por citar algunos ejemplos. Por último, la gran cantidad de información surgida a raíz de la eclosión de las “tecnologías ómicas” (genómica, proteómica y metabolómica) ha supuesto la aparición de una nueva generación de biomarcadores moleculares que se sirven de dichas tecnologías para realizar un diagnóstico molecular de las enfermedades. Definición de biomarcador1 Un marcador biológico o biomarcador es una característica biológica que puede medirse de manera objetiva y que puede ser utilizada como indicador de un proceso biológico normal, de un proceso patológico, así como de la respuesta farmacológica a una intervención terapéutica. El diagnóstico molecular permite identificar los genes involucrados en el desarrollo de una enfermedad, así como los factores de riesgo de desarrollo de la patología. Gracias al análisis molecular es posible realizar una mejor estratificación de los pacientes, lo que puede traducirse en la puesta en marcha de terapias individualizadas mucho más efectivas2. 1 Bethesda, Md. Biomarkers Definitions Working Group (2001). Biomarkers and surrogate endpoints: Preferred definitions and conceptual framework. Clinical Pharmacology and Therapeutics, 69 (3):89-95. 2 Chantell, L. et al. (2007). Cáncer Biomarkers, Where Medicine, Business and Public Policy Intersect. Biotechnology Healthcare, Feb-2007: 33-42. 9 10 Genoma España Pertenecen a este tipo de biomarcadores características biológicas tales como perfiles de expresión de genes, mutaciones en la secuencia de ADN, patrones de metilación del ADN, perfiles de metabolitos y proteínas, todos ellos relacionados con el curso de una patología. El ADN contiene toda la información necesaria para el funcionamiento del organismo. Cada molécula de ADN se encuentra organizada en una serie de unidades funcionales denominadas genes, los cuales llevan consigo las instrucciones para constituir otras moléculas esenciales en el organismo, las proteínas. Las proteínas están implicadas en procesos biológicos fundamentales del organismo, tales como funciones estructurales, transporte de moléculas, metabolismo, etc. Cualquier alteración que se produzca en estas funciones puede suponer o contribuir a la aparición de una patología, de ahí la estrecha relación entre genes-proteínas-enfermedad. Pares de bases Adenina Timina Guanina Citosina Doble hélice El ADN se encuentra empaquetado en el núcleo de las células formando una estructura compuesta por el propio ADN3 y diferentes proteínas histonas, denominándose al conjunto cromatina. Para que el ADN se traduzca a proteínas, ha de producirse un paso previo denominado transcripción, en el que el ADN se copia a un intermediario denominado ARNm4, que sirve de molde para la síntesis de proteínas. El ADN, además, transmite toda su información a las células hijas ya que es capaz de duplicarse mediante un proceso denominado replicación. 3 Cada molécula de ADN está constituida por dos cadenas de nucleótidos enrolladas entre sí formando una hélice. El esqueleto que forma cada una de las dos cadenas está constituido por un tipo de hidratos de carbono denominados pentosas, grupos fosfato y bases nitrogenadas: adenina (A), guanina (G), timina (T) y citosina (C). El orden o secuencia en que aparecen distribuidos los nucleótidos determinan la información que fija el mantenimiento y las funciones del organismo. 4 ARNm: molécula de ARN que proviene de la transcripción de un gen que codifica una proteína, después de experimentar un proceso de corte y empalme. Biomarcadores para Uso Clínico Figura 1. Proceso de transcripción y traducción del ADN a proteínas. Fuente: Instituto Nacional de Salud de EE.UU., dirección web: http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/ illustrations/proteinsyn Alteraciones en cualquier punto del proceso de replicación del ADN, de la traducción del ADN a ARN mensajero o de la transcripción del ARN mensajero, pueden provocar el mal funcionamiento o la pérdida de función de una proteína, o incluso la interrupción de la síntesis proteica, lo cual conduce a la aparición de diversas patologías. ALTERACIONES EN LA SÍNTESIS DE PROTEÍNAS Replicación Pérdida o ganancia de la función de la proteína Aparición de patologías Transcripción Traducción Síntesis de la proteína aumentada o disminuida Figura 2. Esquema de las posibles alteraciones en la síntesis de proteínas. Fuente: elaboración propia 11 12 Genoma España Los biomarcadores moleculares pueden clasificarse basándonos en sus diferentes características para su uso en la práctica clínica. De este modo, pueden diferenciarse cuatro tipos principales de biomarcadores: • Biomarcadores con valor diagnóstico, gracias a los cuales se pueden identificar pacientes con una patología concreta, discerniendo entre individuos sanos y enfermos. Dentro de este grupo de biomarcadores se puede hacer un subgrupo que albergaría a los biomarcadores que permiten la estratificación de pacientes, estos biomarcadores realizan un diagnóstico más específico de la enfermedad, clasificando a los pacientes en subgrupos. • Biomarcadores con capacidad predictiva, que permiten predecir la posibilidad de desarrollar una patología antes de que se produzcan síntomas de la misma, es decir predicen el riesgo de sufrir una patología en el futuro. • Biomarcadores con utilidad pronóstica, es decir, biomarcadores que proporcionan información sobre el posible curso de la patología, anticipando los posibles cambios que pueden producirse en el curso de la enfermedad así como su posible prolongación en el tiempo. • Biomarcadores de respuesta, que permiten predecir cómo responderá un paciente frente a un tratamiento concreto, pudiendo de esta forma evitar tratamientos ineficaces o que produzcan reacciones adversas, con anterioridad a la puesta en marcha del tratamiento en sí. Por ejemplo, para las patologías mieloproliferativas existen biomarcadores con utilidad diagnóstica, tales como la presencia de mutaciones en el gen JAK2 cuya presencia está relacionada con el desarrollo de síndromes mieloproliferativos crónicos (policitemia vera, metaplasia mieloide, y/o trombocitemia esencial)5, marcadores pronósticos como la presencia de mutaciones en el gen ZAP-70 que permiten predecir la posible evolución de la patología en la leucemia linfática crónica6 y marcadores de respuesta como diversas mutaciones en el gen KIT que permiten predecir la posible respuesta de un paciente al tratamiento con el fármaco Glivec7. Los biomarcadores también pueden ser clasificados en base a su naturaleza molecular en biomarcadores de tipo génico, proteico y metabólico. A continuación se profundizará en las características propias de cada uno de estos grupos de biomarcadores. 5 Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas, Servicio de Diagnóstico Molecular http://www.cnio.es/es/programas/prog509d.asp 6 Diario Médico, 12-12-2006, entrevista a Emili Montserrat: “Hemos pasado de los factores pronósticos a los predictores de la respuesta en leucemia linfática crónica”. 7 Calasanz, M. J. (2008). Utilidad diagnóstica de los biomarcadores: Leucemias y Linfomas. Ponencia del curso Biomarcadores y Medicina Traslacional UIMP/ Instituto Roche. www.institutoroche.org Biomarcadores para Uso Clínico Biomarcadores génicos Como se comentó anteriormente, las moléculas de ácido desoxirribonucleico o ADN contienen la información para sintetizar las proteínas que median en todos los procesos biológicos que se producen en los organismos. Existe una estrecha relación entre la existencia de alteraciones en el ADN y el desarrollo de enfermedades, motivo por el cual los ácidos nucleicos constituyen un tipo de biomarcadores. Muchas patologías surgen por la presencia de alteraciones genéticas junto al efecto del entorno sobre el individuo. Estas alteraciones pueden afectar a la secuencia de ADN o bien puede tratarse de modificaciones químicas que aparecen en la molécula de ADN pero que no afectan a su secuencia, los denominados cambios epigenéticos. Mediante el estudio de las diferencias entre las secuencias de ADN en genes concretos o de los cambios epigenéticos entre individuos sanos y enfermos se puede llegar a inferir aquellas alteraciones que están relacionadas con la patología y llegar a obtener, tras un proceso de validación, nuevos biomarcadores. A continuación se habla con más detalle de las diferentes alteraciones y de las modificaciones químicas que pueden aparecer en la secuencia de ADN: a) Las alteraciones que pueden aparecer en la secuencia de ADN provocan en muchas ocasiones la aparición de diferentes patologías. Esto ocurre porque las alteraciones en el ADN provocan la pérdida o mal funcionamiento de una proteína que esté implicada en procesos biológicos esenciales. Estos cambios en la secuencia génica pueden constituir una herramienta de gran utilidad en el diagnóstico de las patologías y existen diferentes tecnologías que permiten monitorizar estos cambios de cara a su uso en la práctica clínica. En el apartado 3.2.1 del presente Informe se habla detalladamente de este tipo de tecnologías. Tipos de alteraciones que pueden aparecer en la secuencia del ADN o mutaciones: • Mutaciones génicas o mutaciones que afectan a la secuencia de nucleótidos que constituyen la molécula de ADN. Pertenecen a este grupo de mutaciones: (i) mutaciones puntuales o alteraciones que solo afectan a un único par de bases y en las que se produce la sustitución de una base por otra (ii) inserciones que consisten en la ganancia de una o más bases dentro de la cadena de ADN (iii) deleciones o pérdida de una o más bases dentro de la cadena de ADN • Mutaciones estructurales o mutaciones que afectan a fragmentos de cromosomas. Pertenecen a este tipo de mutaciones alteraciones como: (i) deleciones o pérdida de un segmento del cromosoma (ii) duplicaciones o repetición de un segmento del cromosoma (iii) transposiciones, cambio de lugar de un segmento cromosómico (iv) inversiones, cambio de orden del segmento de un cromosoma • Alteraciones en el número de cromosomas o aneuploidías. 13 14 Genoma España b) En los últimos años los investigadores han prestado una atención creciente a otro tipo de modificaciones que puede sufrir el ADN, los cambios epigenéticos, ya que este tipo de modificaciones parece jugar un papel clave en patologías como el cáncer. Los cambios epigenéticos son una serie de modificaciones químicas que se producen sobre el ADN, no afectando a su secuencia pero que son heredables. Las principales modificaciones epigenéticas son la metilación del ADN8 y las modificaciones que sufren las histonas9. En muchos estados patológicos los patrones de metilación del ADN aparecen alterados10. En cáncer, a pesar de observarse una disminución global de la metilación del ADN (entre un 20 y 60% menor), existen determinadas regiones del genoma que se encuentran hipermetiladas. Estas regiones hipermetiladas se localizan en regiones promotoras de genes supresores de tumores. Al encontrarse hipermetiladas, impiden que el gen supresor pueda cumplir su función de control sobre la división celular, produciéndose un aumento en la proliferación celular. En enfermedades autoinmunes tales como artritis reumatoide o lupus eritematoso también aparecen regiones hipometiladas y en patologías cardiovasculares se observan hipermetilaciones en lesiones ateroescleróticas. Los cambios epigenéticos se traducen en cambios en la estructura de la cromatina y pueden detectarse mediante diferentes tecnologías como inmunoprecipitación de la cromatina seguida de análisis por microarrays del ADN precipitado, técnicas de las que se habla en el apartado 3.2.1 del Informe. Biomarcadores proteicos Las proteínas son macromoléculas biológicas complejas que desempeñan un elevado número de funciones en el organismo, entre las que se encuentran funciones estructurales (colágeno), funciones de transporte (transporte de oxígeno por la hemoglobina), funciones de defensa (anticuerpos) o pueden actuar como mensajeros en rutas de señalización de procesos biológicos, por citar algún ejemplo. Como se comentó anteriormente, las alteraciones que se producen en la secuencia de ADN o en sus patrones de metilación pueden llevar a la síntesis de proteínas con modificaciones estructurales o a una síntesis aumentada o disminuida de la misma. 8 Metilación del ADN: Adición de un grupo metilo a una de las cuatro bases que forman parte del ADN, concretamente a la citosina. En humanos es frecuente que esta metilación se produzca en citosinas que preceden a guaninas, en regiones ricas de guaninas y citosinas de genoma denominadas islas CpG. Estas islas CpG suelen aparecer en regiones reguladoras de muchos genes. Fuente: Esteller, M. (2008). Epigenetics in cancer. N. Engl. J. Med., 358(11):1148-59. 9 Las principales modificaciones que pueden sufrir las histonas son acetilación, fosforilación, metilación, deaminación, ubicuitinización, ADP-ribosilación e isomerización de prolinas histónicas. Fuente: Kaminker, P. (2007). Epigenética, ciencia de la adaptación biológica heredable. Arch. Argent. Pediatr., 105(6):529-531. 10 Esteller, M. (2006). The necessity of a human epigenome project. Carcinogenesis, 27(6):11211125. Biomarcadores para Uso Clínico Debido a las importantes funciones que desempeñan las proteínas en el organismo, su mal funcionamiento, ausencia o sobreexpresión se puede traducir en el desarrollo de diferentes patologías. Por este motivo las proteínas se presentan como posibles biomarcadores de enfermedad, ya que mediante la comparación de perfiles proteicos de individuos sanos y enfermos se puede llegar a determinar las proteínas que están relacionadas con el curso de una patología, bien sea por su presencia, ausencia o mal funcionamiento. Un ejemplo de biomarcadores de tipo proteico es el antígeno específico de próstata (PSA), utilizado para el diagnóstico y screening de cáncer de próstata. El PSA es una proteína que se sintetiza en la próstata y participa en la disolución del coágulo seminal. Su concentración en sangre está relacionada con el tamaño de la próstata, siendo estos niveles muy bajos en individuos sanos. En pacientes con cáncer de próstata, estos niveles en sangre se encuentran aumentados de forma proporcional al tamaño del tumor. Sin embargo, es necesario señalar que existe un porcentaje de pacientes con cáncer de próstata que presentan niveles de PSA normales, así como portadores de otras patologías que muestran valores alterados. Por tanto, se trata de un marcador que aunque ha supuesto una mejora en el diagnóstico del cáncer de próstata no es infalible, ya que no es una prueba específica de adenocarcinoma de próstata11. Las tecnologías englobadas dentro del campo de la proteómica, de las que se habla en profundidad en el apartado 3.2.2 del presente Informe, permiten analizar de forma simultánea la presencia de un elevado número de proteínas en una muestra biológica procedente de individuos enfermos y sanos, lo que podrá proporcionar a la práctica clínica nuevos biomarcadores. Biomarcadores metabólicos Un tercer tipo de biomarcadores moleculares son los biomarcadores metabólicos. Pertenecen a este tipo de biomarcadores los metabolitos, es decir, los compuestos que se forman en el organismo como resultado de las reacciones químicas que en él se producen. Se estima que alrededor de 3.000 metabolitos forman parte de procesos biológicos esenciales. Tienen especial interés los denominados metabolitos de bajo peso molecular entre los que se encuentran aminoácidos, azúcares o lípidos. Mediante el estudio de la concentración de los diferentes metabolitos presentes en el cuerpo humano se pueden generar patrones o perfiles metabólicos. Estos perfiles de metabolitos pueden verse alterados durante procesos patológicos, respuesta a fármacos u otros tipos de estrés. Comparando estos perfiles con perfiles de organismos sanos se pueden identificar aquellos metabolitos que pueden actuar como indicadores del proceso biológico que está experimentando el organismo o del riesgo de padecer determinadas enfermedades. Por ejemplo, niveles elevados de colesterol en sangre indican un riesgo elevado de sufrir una patología cardíaca o niveles altos de glucosa en orina pueden ser un indicador de riesgo de diabetes. 11 PSA y Cáncer de próstata. Clínica Universitaria Universidad de Navarra. Área de salud. http://www.cun.es/areadesalud/pruebas-diagnosticas/psa-y-cancer-de-prostata/ 15 16 Genoma España Una característica de los biomarcadores metabólicos que los hace especialmente interesantes es su capacidad para aportar información sobre la influencia del entorno en el organismo. Por ejemplo, una dieta poco equilibrada puede verse reflejada en la alteración de un metabolito o de un conjunto de metabolitos. En el apartado 3.2.3 del presente Informe, se habla en profundidad de la disciplina que se encarga del estudio global del los metabolitos (metabolómica) y de su papel en la búsqueda de nuevos biomarcadores. Biomarcadores para Uso Clínico 3. Identificación y validación de nuevos biomarcadores El descubrimiento de un biomarcador puede resumirse en un proceso compuesto por dos etapas fundamentales: una primera etapa de identificación en la que se reconocen las posibles moléculas o genes candidatos a convertirse en biomarcadores, y una fase de validación clínica del biomarcador obtenido en la fase previa. Entre ambas etapas pueden existir una serie de pasos intermedios cuyo objetivo es incrementar al máximo la utilidad del ensayo. En el presente apartado se realizará una breve introducción a las tecnologías de alto rendimiento que han permitido y revolucionado el proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores, así como sobre las distintas etapas que forman parte del proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores para su posterior traslación a la práctica clínica, punto del que se habla en profundidad en el apartado 4 del presente Informe. ARN Proteínas Metabolitos Microarrays Espectroscopia RMN Identificación de los genes, proteínas o metabolitos candidatos a biomarcador expresados de forma diferencial Validación de los candidatos a biomarcador empleando un número mayor de muestras Desarrollo de métodos de análisis sencillos, reproducibles y de bajo coste para analizar los biomarcadores identificados y poder trasladar su uso a la práctica clínica Figura 3. Esquema del proceso de identificación y validación de un biomarcador. Fuente: Kurian, S. et al. (2007). Applying genomics to organ transplantation medicine in both discovery and validation of biomarkers. International Immunopharmacology, 7:1948-1960. 17 18 Genoma España 3.1. Etapas del proceso de identificación y validación de nuevos biomarcadores Como se comentó anteriormente, el proceso de descubrimiento de un nuevo biomarcador debe estar constituido por dos etapas primordiales: una etapa de identificación de posibles candidatos a biomarcador y una etapa final de validación clínica, entre las que existen pasos intermedios cuyo objetivo es aumentar las posibilidades de éxito de la investigación12. Investigación científica Investigación clínica Etapa de identificación de los posibles biomarcadores Información procedente de las diferentes tecnologías “ómicas”. Etapa de validación clínica de los biomarcadores Información procedente de la literatura científica. Candidatos a biomarcador $ $$$ $$$$ Etapa de priorización Etapa de verificación Validación clínica – Realización de análisis bioinformáticos. – Realización de análisis estadísticos. – Realización de ensayos clínicos prospectivos. – Realización de simulaciones de datos genómicos, proteómicos y/o metabolómicos. – Realización de ensayos clínicos piloto. – Realización de ensayos clínicos retrospectivos. – Medida de parámetros como especificidad y sensibilidad de los biomarcadores. – Desarrollo de un test de diagnóstico asociado al biomarcadore o a los biomarcadores. – Realización de estudios en organismos modelo. – Realización de estudios en líneas celulares. – Establecimiento de los valores de especificidad, sensibilidad y utilidad clínica real del test. Figura 4. Etapas en el proceso de descubrimiento de un biomarcador. Fuente: elaboración propia. 12 Paulovic, A. G. et al. (2008). The interface between biomarker discovery and clinical validtion: The tar pit of the protein biomarker pipeline. Proteomics Clin. Appl., 2:1386-1402. Biomarcadores para Uso Clínico Etapa de identificación de posibles candidatos a biomarcador Durante la fase de identificación de biomarcadores, los candidatos a biomarcador pueden ser obtenidos a partir de la literatura científica existente o puede tratarse de biomarcadores “de novo” obtenidos mediante diferentes tecnologías. El objetivo es conseguir relacionar una característica con un hecho biológico que tenga relevancia clínica o que esté relacionado con el estado de salud/enfermedad. Para ello se buscan diferencias genéticas, proteicas o en niveles de metabolitos entre individuos sanos y enfermos. Se identifican diferentes biomarcadores y se busca la posible causa para descartar aquellos que no tengan relación con la enfermedad. En esta etapa del proceso existe un número elevado de candidatos a biomarcador, número que irá descendiendo progresivamente a medida que avance el estudio. Se parte de muestras biológicas en las que primero habrá que separar los distintos componentes que aparecen en ellas. Posteriormente y mediante el empleo de diferentes tecnologías se identificarán las diferentes proteínas, metabolitos o alteraciones en genes y se comparará siempre con muestras control para buscar aquellas diferencias que se convertirán en candidatos a biomarcador. Los principales cuellos de botella que pueden surgir en esta etapa del proceso son fundamentalmente problemas relacionados con cuestiones técnicas. Algunos de los principales retos técnicos característicos de esta fase del proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores serían hechos tales como: (i) el bajo nivel de correlación que existe para algunos genes y sus traducciones a proteína o, lo que es lo mismo, entre el número de copias de ADN o ARN existentes y el nivel real de proteínas que se traducen a partir de este material genético; (ii) rango dispar de concentraciones de proteínas en sangre; (iii) dificultades de acceso y procesado de muestras en tejidos distintos del sanguíneo; (iv) dificultad para estudiar proteomas completos que puedan dar una idea global de un proceso biológico. Debido al elevado número de candidatos a biomarcador que surgen en la etapa de identificación, es interesante realizar un paso intermedio de “priorización” de candidatos antes de continuar con el proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores. En esta etapa se trataría de dar prioridad a la investigación con aquellos candidatos que muestren más posibilidades de tener una utilidad clínica real. La fiabilidad de los datos, su potencial valor clínico y el análisis bioinformático son algunos de los criterios que se deben contemplar en la etapa de priorización13. Continuando con el proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores, y antes de comenzar con la validación clínica de los candidatos, es interesante realizar un paso previo de verificación, que tendría por objeto determinar si existe una evidencia científica lo suficientemente importante sobre la utilidad clínica del biomarcador como para continuar con el proceso. Para ello se deben realizar análisis estadísticos que evalúen el significado estadístico de las diferencias entre los valores obtenidos previamente en el estudio para individuos sanos y enfermos. Del mismo modo debe realizarse un estudio piloto (con un número de individuos más reducido que en un ensayo 13 Vivanco, F. (2008). Proteómica y Medicina. Curso de biotecnología aplicada a la salud humana. CIEMAT - Amgen. 19 20 Genoma España clínico) en el que deben analizarse los mismos criterios que se emplean para la validación clínica de un test de diagnóstico, sensibilidad y especifidad (criterios de los que se habla en profundidad en el apartado 4 del presente Informe). A partir de este punto, el coste de la investigación se encarece de forma muy notable debido a la puesta en marcha de los estudios de validación clínica, por ello es interesante incluir una fase de verificación que permita examinar mediante estudios piloto el mayor número posible de candidatos a biomarcador. Etapa de validación clínica de los biomarcadores Los grandes avances que han experimentado en los últimos años las tecnologías “ómicas” han supuesto la aparición de un número muy elevado de biomarcadores susceptibles de ser aplicados en la práctica clínica como herramientas de diagnóstico, pronóstico o bien como elementos de predicción de la aparición de diferentes patologías. Pero este “boom” en la producción científica y en la investigación sobre nuevos biomarcadores no ha venido acompañado por una disponibilidad de dichos avances científicos en la realidad clínica. Este pronunciado desequilibrio entre producción científica y realidad clínica está motivado, entre otros factores, por la falta o las deficiencias en el proceso de validación clínica de los nuevos biomarcadores. Se trata de un punto crítico de la investigación en biomarcadores de cara a su traslación a la práctica clínica. Este es uno de los cuellos de botella más importantes a los que se enfrenta la investigación con biomarcadores, ya que definir el momento exacto en el que se puede considerar que un biomarcador está completamente validado es una tarea compleja. Definición de biomarcador validado: Un biomarcador puede considerarse como biomarcador validado cuando puede ser medido fácilmente mediante un test que tenga unas características bien establecidas y para el que existe un marco científico o un conjunto de evidencias que pongan de manifiesto la fisiología, toxicología, farmacología o significado clínico de los posibles resultados del test 14. No existe un baremo objetivo que mida el nivel de validación del biomarcador en la práctica clínica, pero lo que si se va consiguiendo durante el proceso de validación es un aumento en la certeza de la validez del mismo. Esta certeza irá aumentando a medida que se desarrollen ensayos clínicos que demuestren la utilidad clínica real del biomarcador, su validez clínica y su seguridad. Por este motivo, el proceso de validación de biomarcadores es una tarea larga y costosa. Por otra parte, cada biomarcador debe ser validado para cada uso específico que se le quiera asignar, es decir el criterio de validación de un biomarcador que 14 US Food and Drug Administration. (2005). Guidance for industry-pharmacogenomic data submissions. Disponible en la dirección http://www.fda.gov/cder/guidance/6400fnl.pdf Biomarcadores para Uso Clínico quiere ser utilizado como test de exploración de poblaciones asintomáticas será muy distinto del criterio que se emplearía para validar un biomarcador que pretenda medir la posible respuesta frente a un tratamiento farmacológico, por citar un ejemplo. Por último, para que el biomarcador se considere completamente validado tiene que incorporarse a la rutina clínica. Para ello, ha de desarrollarse un test diagnóstico sencillo que detecte la presencia de biomarcador de manera precisa y robusta. Este proceso es largo y costoso, pudiendo llegar a ser tan complejo como el proceso de desarrollo de un nuevo fármaco15. Antes de introducir en la práctica clínica un nuevo test de diagnóstico es imprescindible cumplir ciertas obligaciones en cuanto a calidad de producción, y realizar una serie de valoraciones sobre la eficacia, efectividad y eficiencia del test de diagnóstico, impacto económico, impacto sobre la organización de los servicios sanitarios y los aspectos éticos y sociales que pueden acompañar a la introducción de la prueba dentro de dichos servicios16. Estos puntos son tratados en mayor profundidad en el apartado 4 del presente Informe. Muestra procedente de un paciente Identificación de posibles biomarcadores mediante el empleo de las diferentes tecnologías “ómicas” Determinación de la posible aplicación del biomarcador: • Diagnóstico • Predictivo • Pronóstico • Respuesta a terapia Validación clínica del biomarcador Aprobación para uso exclusivo en investigación Aprobación por Agencias Reguladoras para uso humano Estudio de coste-beneficio Uso del biomarcador en la práctica clínica Figura 5. Cronología de la investigación con biomarcadores y de su posterior traslado a la clínica. Fuente: adaptado de Molitoris, A. et al. (2008). Technology Insight: biomarker development in acute kidney injury-what can we anticipate? Nature Clinical Practice Nephrology, 4:154-165. 15 Del Barrio, J. (2008). Investigación traslacional y Medicina Genómica. I+D en la Industria Farmacéutica. Foro Integra – Instituto Roche. Publicado on-line http://www.institutoroche.es/ actividades2.php?ap=formacion&taula=formacion&id=100&pc=revisiones 16 Márquez Calderón, S. y Briones Pérez de la Blanca, E. Marco para la evaluación de las pruebas genéticas en el Sistema Sanitario Público de Andalucía. Sevilla: Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitaria, 2005. Informe 2/2005. 21 22 Genoma España 3.2. Técnicas implicadas en el proceso de identificación y validación de nuevos biomarcadores Existe un elevado número de tecnologías que participan en el proceso de descubrimiento de biomarcadores. Desde los métodos tradicionales de análisis de genes, proteínas y metabolitos hasta las tecnologías de alto rendimiento actuales entre las que se incluyen las tecnologías surgidas en el seno de la genómica, la proteómica, la metabolómica, la biología de sistemas o las técnicas de imagen molecular. A continuación, se presentan las principales tecnologías surgidas en la Era del Genoma Humano que permiten la identificación y validación de biomarcadores. 3.2.1. Genómica La genómica se define como la disciplina científica que se encarga del estudio del conjunto total de genes o genoma de los seres vivos. A principios del año 2001 se publicó el primer borrador del genoma humano y dos años después se presentó la versión completa del mismo. A raíz del Proyecto Genoma Humano han surgido una serie de proyectos internacionales, cuyo objetivo es transformar la gran cantidad de información genómica obtenida mediante la secuenciación completa del genoma en conocimiento de utilidad para su aplicación en la práctica clínica. La búsqueda de biomarcadores de tipo génico se basa en el análisis de alteraciones en la expresión o en la secuencia de genes junto con el estudio de las modificaciones epigenéticas, de las que se habla en el apartado 2 del presente Informe, para encontrar aquellas diferencias entre individuos sanos o controles e individuos afectados por la patología. El presente apartado trata de diferentes variantes de la tecnología de microarrays, así como del genotipado en relación al descubrimiento de biomarcadores de tipo génico. Microarrays Los microarrays consisten en una colección de moléculas inmovilizadas sobre un soporte en localizaciones conocidas. Estas moléculas inmovilizadas pueden ser fragmentos de ADN (microarrays de ADN), proteínas (microarrays de proteínas), carbohidratos o azúcares complejos (microarrays de carbohidratos), células (microarrays de células) y muestras de tejidos (microarrays de tejidos)17. En el caso de los arrays de expresión, las sondas utilizadas pueden ser moléculas de oligonucleótidos18 o de ADN complementario19 (ADNc). 17 López, M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Aplicaciones de los microarrays y biochips en salud humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. GENOMA ESPAÑA/CIBT-FGUAM . 18 Oligonucleótido: secuencia corta de nucleótidos de una sola hebra, con entre 11 y 50 nucleótidos. 19 ADN complementario: fragmento de ADN que se sintetiza a partir de un ARN mensajero. Biomarcadores para Uso Clínico La utilidad de esta tecnología en la búsqueda de nuevos biomarcadores radica en su capacidad para medir alteraciones en los niveles de expresión génica. La correlación entre estas alteraciones y las distintas patologías, permite identificar aquellos genes candidatos a convertirse en nuevos biomarcadores. Esta metododología consiste en extraer el ARN mensajero (ARNm) de una muestra problema (por ejemplo, de tejido enfermo) y de una muestra control de un individuo sano. El ARNm se copia a ADNc mediante un proceso de transcripción inversa que aporta mayor estabilidad a la molécula y que permite añadir marcadores para su detección. Este ADNc marcado será entonces incubado en el microarray, que dispondrá de sondas específicas para genes concretos. La señal que emite el ADNc es cuantificada mediante un software, lo que permite determinar si el gen se expresa más o menos en la muestra problema, convirtiéndose así en un candidato a biomarcador. Dichos genes han de ser posteriormente validados en un conjunto mayor de muestras empleando tecnologías diferentes a los microarrays, tales como la PCR cuantitativa a tiempo real, que permite analizar un número menor de genes en un gran volumen de muestras de manera simultánea20, o mediante el empleo de arrays de tejidos (este punto es tratado en profundidad en el presente apartado). Tejido sano Muestra A Tejido sano Muestra B Interpretación A>B B>A A=B Extracción ARNm A B Combinación de ambas señales fluorescentes ADNc marcado con sondas fluorescentes Emisión de fluorescencia Hibridación con ADN inmovilizado Incidencia luz fluorescente Figura 6. Análisis de la expresión génica mediante microarrays de ADN. Fuente: López. M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Aplicaciones de los Biochips y Microarrays en salud humana. GENOMA ESPAÑA/CIBT-FGUAM. 20 Perkel, J. M. (2008). Genomic biomarker discovery: bringing the genome to life. Science. Life Science Technologies, 28 de marzo de 2008: 1853-1855. 23 24 Genoma España La literatura científica recoge un elevado número de estudios que emplean arrays de expresión con el objetivo de identificar biomarcadores. Se trata de un campo de investigación muy activo y cuyos resultados empiezan a trasladarse a la práctica clínica. Prueba de ello es que hasta la fecha el primer test pronóstico aprobado por la FDA, se basa en esta tecnología. El test denominado Mammaprint®, analiza la expresión de 70 genes con el objetivo de establecer un pronóstico de pacientes con cáncer de mama (este punto es revisado en profundidad en el apartado 4.2 del presente Informe). Resumen del papel de los microarrays de expresión en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✕ Principales Ventajas • Posibilidad de realizar un análisis de la expresión de un elevado número de genes en un solo experimento permitiendo de esta forma obtener “firmas moleculares” asociadas a un estado patológico. • Rapidez del análisis. • Tecnología asentada. Principales Inconvenientes • Problemas relacionados con la reproducibilidad de los experimentos (inestabilidad de las muestras biológicas, problemas relacionados con el marcaje de las muestras y en la detección, problemas de estandarización de los experimentos, variabilidad en la calibración de los distintos instrumentos utilizados en los experimentos). • Necesidad de validar los resultados obtenidos con otras técnicas (PCR cuantitativa, arrays de tejidos). • Complejidad del análisis de los datos de expresión obtenidos. • Los cambios en los perfiles de expresión de genes no siempre reflejan los cambios que se producen en la función de las proteínas expresadas por dichos genes. • No permiten detectar polimorfismos germinales. • Los resultados obtenidos en los experimentos son altamente dependientes de la selección de las muestras. Tabla 1. Ficha resumen del papel de los microarrays de expresión en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. Arrays de Hibridación Genómica comparada Los CGH arrays o arrays de hibridación genómica comparada detectan ganancias y pérdidas de regiones del genoma. Estos arrays permiten realizar la búsqueda de anomalías en la secuencia de ADN sobre todo el genoma del individuo, sin disponer de información previa de la anomalía en cuestión21. 21 Galán, E. (2002). Aplicaciones del laboratorio de citogenética a la clínica. Pediatr. Integral, 6(9):820-830. Biomarcadores para Uso Clínico Una de las posibles anomalías que puede presentar la secuencia de ADN son las mutaciones que afectan a fragmentos cromosómicos. Pertenecen a este tipo de mutaciones anomalías como deleciones (pérdidas de fragmentos), inserciones, duplicaciones de fragmentos cromosómicos o traslocaciones, que en conjunto se conocen con el nombre de variaciones en el número de copias22. Este tipo de alteraciones sobre la secuencia del ADN está directamente relacionado con el desarrollo de diferentes patologías, como el Síndrome de Williams en el que los afectados sufren problemas de desarrollo23, por citar un ejemplo. La metodología básica de la técnica consiste en llevar a cabo un proceso de hibridación competitiva entre las muestras de ADN. Por una parte se tiene el ADN-problema marcado con un flurocromo concreto y el ADN-control marcado con otro flurocromo distinto. Ambos ADN se hibridan sobre sondas de fragmentos genómicos depositadas en el array. Mediante un programa informático se cuantifica la cantidad de un fluorocromo y otro, estableciéndose ganancias o pérdidas del material genético en función de la proporción de cada color. Ejemplo de búsqueda de posibles biomarcadores mediante el empleo de CGH arrays • La empresa qGenomics, constituida por investigadores del Centro de Regulación Genómica, ha desarrollado una cartera de servicios de diagnóstico basados en la tecnología CGH array. Cuentan entre otros con kits de diagnóstico preimplantatorio y postnatal para numerosos trastornos genéticos recurrentes asociados con anomalías de ganancias o pérdidas cromosómicas. Algunos ejemplos son los síndromes de Williams, Angelman y Prader-Willi, entre otros. • Por otra parte, también es importante señalar que una de las áreas de estudio con mayor actividad investigadora con esta tecnología es la oncología. La amplificación y deleción de oncogenes y genes supresores de tumores son eventos comunes en la progresión del cáncer. Conseguir identificar las alteraciones de dichos segmentos genómicos proporcionará nuevas herramientas para el correcto diagnóstico del cáncer24. 22 El estudio de este tipo de mutaciones se lleva a cabo mediante el análisis del cariotipo por el que se observan los cambios estructurales o en el número de cromosomas de un individuo. El método tradicional de análisis del cariotipo es la observación del número de cromosomas mediante microscopía óptica. Una de la principales limitaciones que presenta esta técnica es su escasa resolución, no siendo posible la detección de micro-alteraciones, es decir, de pérdida o ganancia de pequeños fragmentos de ADN. La tecnología denominada Hibridación in situ con fluorescencia —FISH en sus siglas en inglés—, permite el estudio de pequeñas anomalías en la secuencia de ADN tales como deleciones, inserciones o traslocaciones. Para ello se emplean sondas de ADN marcadas con fluoróforos en los puntos donde presuntamente podría localizarse la anomalía, que se unen por complementariedad de bases con la muestra de ADN problema. 23 MedlinePlus, Enciclopedia médica de salud http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/ency/ article/001116.htm Davies, J. et al. (2005). Array CGH technology and their applications to cancer genomes. Chromosome research, 13:237-248. 24 25 26 Genoma España Resumen del papel de los CGH arrays en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✕ Principales Ventajas • Permiten detectar ganancias y pérdidas de regiones del genoma. • Capacidad de detectar polimorfismos géneticos en líneas germinales. • Permiten realizar búsquedas de anomalías en la secuencia de ADN sin disponer de información previa de la anomalía en cuestión. Principales Inconvenientes • No permiten detectar inversiones o traslocaciones del material genético. • Las ganancias o pérdidas de regiones del genoma no implican siempre la aparición de una patología. • No permiten detectar modificaciones post-traduccionales de las proteínas. Tabla 2. Ficha resumen del papel de los CGH arrays en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. Genotipado de SNP Las técnicas de genotipado consisten en el estudio de la diversidad genética mediante el análisis de las variaciones existentes en el genoma entre individuos y poblaciones25. Una de las variaciones más comunes que pueden aparecer en el genoma son los denominados SNP (del inglés Single Nucleotide Polymorphism) o polimorfismos de una sola base que consisten en substituciones de una base por otra de la secuencia de ADN. Este tipo de mutaciones es muy frecuente en la población. Los SNP pueden aparecer en cualquier parte del genoma tanto en regiones codificantes26, como en regiones no codificantes27 o en regiones intergénicas en las que aparentemente no deberían tener consecuencias sobre el fenotipo. 25 López, M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Técnicas de genotipado en la salud humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. GENOMA ESPAÑA / CIBT-FGUAM. 26 Las mutaciones en regiones del ADN que se traducen a proteínas pueden repercutir sobre la estructura o función de la proteína que se sintetiza a partir de ese gen. 27 Regiones no codificantes: zonas dentro de un gen que no se traducen en proteínas, tales como intrones, promotores, zonas de splicing, etc. Las mutaciones que aparecen en estas zonas pueden tener consecuencias sobre el nivel de expresión de la proteína que codifica el gen. Biomarcadores para Uso Clínico Gen Cromosoma G • C G • C A • T G • C T • A T • A C • G C • G SNP Figura 7. SNP como marcadores de enfermedad. Fuente: https://www.celera.com/celera/cdx_discover De forma práctica el objetivo de un experimento de genotipado de SNP radica en la detección de polimorfismos de la cadena de ADN mediante distintas metodologías y procesos con distinto grado de idoneidad en función del número de SNP y el número de muestras que se quieran analizar. Generalmente, son necesarias grandes plataformas robotizadas con un adecuado control de calidad y en la mayoría de países avanzados se han generalizado los centros nacionales de genotipado. En la Tabla 3 se presenta una clasificación de las distintas técnicas de genotipado en función de las tecnologías que permiten la amplificación, identificación y detección de los SNP. TÉCNICAS IMPLICADAS EN EL GENOTIPADO DE SNP Amplificación de la muestra • PCR • Amplificación de ADN por círculo rodante • Método Invader® Discriminación alélica • Hibridación • Extensión de cebadores • Ligamiento • Rotura Mecanismos de detección Formatos de reacción • Luminiscencia • Fluorescencia • Fluorescencia time-resolved • Transferencia de energía entre fluorocromos • Fluorescencia por polarización • Electricidad • Espectrometría de masas • Electroforesis capilar • Reacciones homogéneas • Reacciones en un soporte sólido (microarrays de ADN) Tabla 3. Técnicas implicadas en el genotipado de SNP de alto rendimiento clasificadas en función de las tecnologías que permiten la amplificación, identificación y detección de los SNP. Fuente: López, M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Técnicas de genotipado en la salud humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. GENOMA ESPAÑA / CIBT-FGUAM. La mayor parte de los SNP que se encuentran distribuidos por el genoma son mutaciones silenciosas que no tienen consecuencias sobre el fenotipo de los individuos, pero alrededor del 20% de los polimorfismos detectados hasta la fecha se encuen- 27 28 Genoma España tran en regiones génicas que pueden tener información esencial para el funcionamiento de proteínas transportadoras, de receptores celulares o de enzimas que participen en el metabolismo de fármacos. Es decir, el desarrollo de diversas patologías puede estar directamente relacionado con la presencia de SNP en zonas del genoma que afecten a elementos funcionales del mismo. En los últimos años, la asociación de SNP con determinadas patologías ha aumentado notablemente gracias al empleo de técnicas de genotipado masivo y a la información procedente de grandes proyectos internacionales de genotipado como el Proyecto HapMap28, el proyecto Human Variome29 o los grandes estudios de Asociación utilizando genomas completos (GWAs)30. Gracias al proyecto HapMap se ha podido establecer la estructura del genoma humano en términos de bloques de desequilibrio de ligamiento31 y se han podido identificar los “SNP ideales” para poder estudiar todo el genoma, así como que existen áreas del genoma con alta y baja tasa de recombinación32. Estos hechos han permitido identificar, para patologías concretas, SNP que pueden ser utilizados para predecir con elevada probabilidad de éxito la utilidad de otros SNP como marcadores de la misma patología33. Es decir, utilizando un número reducido de SNP es posible identificar otros SNP que se encuentran relacionados con la enfermedad34. Para relacionar SNP con una determinada patología se realizan estudios de asociación, habitualmente con un elevado número de casos y controles, aunque si la característica fenotípica está muy bien definida, como ocurre en los estudios de farmacogenética, el número de casos y controles puede ser inferior. 28 Proyecto HapMap http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/ HapMap es un catálogo de variantes genéticas comunes que aparecen en el ADN de los seres humanos. Se describen cuáles son estas variantes, dónde se encuentran en el ADN y cómo están distribuidas entre grupos de personas pertenecientes a una población y entre distintas poblaciones alrededor del mundo. 29 El proyecto Human Variome http://www.humanvariomeproject.org/ es una iniciativa internacional cuyo objetivo radica en recopilar información sobre variación genética y cómo dichas variaciones están relacionadas con la salud humana. 30 GWAs: estudios en los que se analizan de forma simultánea miles de polimorfismos distribuidos por todo el genoma, sin realizar una selección previa de genes candidatos, por lo que permiten identificar variantes genéticas relacionadas con la enfermedad por vías y mecanismos no conocidos de antemano. Fuente: Prieto-Montana, J. R. y Riancho, J. A. (2009). La artrosis como enfermedad genética. Rev esp cir ortop traumatol. doi:10.1016/j.recot.2009.01.007 31 Desequilibrio de ligamiento: se dice que existe desequilibrio de ligamiento en una región genómica cuando se observan grupos de marcadores genéticos o haplotipos que tienden a transmitirse en conjunto a la siguiente generación. 32 Recombinación: proceso de intercambio de material genético entre secuencias homólogas de ADN de dos orígenes distintos. 33 Beckmann, J.; Estivil, E. & Antonarakis, E. (2007). Copy number variants and genetic traits: closer to the resolution of phenotypic to genotypic variability. Nature Rev. Genetics, 8:6398-646. 34 Cuando se encuentra una asociación de una enfermedad o una característica como la respuesta a un fármaco para un SNP no significa que el SNP en cuestión sea el causal de la enfermedad (algo que ocurrirá en contadas ocasiones) sino que esa región del genoma se encuentra asociada con la enfermedad. Biomarcadores para Uso Clínico Por otra parte, gracias a los estudios de Asociación GWAs, se han encontrado genes implicados en la mayoría de las patologías comunes conocidas, que, aunque todavía no explican gran parte de la varianza genética, están permitiendo abrir nuevas vías de estudio de las bases moleculares de dichas patologías. Un catálogo actualizado de los estudios de asociación GWAs se encuentra disponible en la dirección web http://www.genome.gov/26525384 Ejemplos de patologías para las que se han realizado recientemente estudios de asociación de SNP: En la literatura científica existe un elevado número de publicaciones referentes a estudios de asociación de SNP a diferentes patologías (degeneración macular asociada a la edad35, obesidad36, enfermedad cardiovascular37, cáncer de próstata38, cáncer de mama39, etc.). A modo de ejemplo, en el año 2007 un equipo internacional de investigadores publicó los resultados de una investigación en la que identificaron una serie de SNP que conferían un riesgo de desarrollar diabetes tipo 240. Para ello, analizaron un total de 392.935 SNP, identificando cuatro regiones cromosómicas (loci) concretas que contenían una serie de variaciones con una posible relación con el riesgo de sufrir diabetes tipo 2 (las variaciones consistían en un polimorfismo en el gen SLC30A8, gen que se expresa exclusivamente en las células β-productoras de insulina y en dos bloques de desequilibrio de ligamiento que contienen genes con una posible relación en el desarrollo y/o función de las células β). 35 Hageman, G. S. (2005). A common haplotype in the complement regulatory gene factor H (HF1/CFH) predisposes individuals to age-related macular degeneration. PNAS, 102 (20): 7227-7232. 36 Frayling, T. M. et al. (2007). A Common Variant in the FTO Gene Is Associated with Body Mass Index and Predisposes to Childhood and Adult Obesity. Science, 316 (5826):889-894. 37 Helgadottir, A. et al. (2007). A Common Variant on Chromosome 9p21 Affects the Risk of Myocardial Infarction. Science, 316 (5830):1491-1493. 38 Gudmundsson, J. et al. (2007). Genome-wide association study identifies a second prostate cancer susceptibility variant at 8q24. Nature Genetics, 39:631-637. 39 Easton, D. F. (2007). Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci. Nature, 447:1087-1093. 40 Sladek, R. et al. (2007). A genome-wide association study identifies novel risk loci for type 2 diabetes. Nature, 445:881-885. 29 30 Genoma España Resumen del papel del genotipado de SNP en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✕ Principales Ventajas • Realiza un análisis global del genoma generando paneles de biomarcadores. • Permite conocer simultáneamente la secuencia de un número muy elevado de variantes génicas. • Los SNP se encuentran presentes en el genoma con alta frecuencia: 1 SNP cada 300 pares de bases (aproximadamente 10 millones distribuidos por todo el genoma). • Menos susceptibles de presentar mutaciones en la línea germinal, lo que significa que su herencia es más estable. • Los SNP están presentes dentro de zonas de regulación de los genes, por lo que podrían ser los responsables directos de las características de interés. • La sustitución de una base por otra generalmente solo permite que existan dos posibles combinaciones (A-T,C-G), lo que facilita la estimación estadística de su incidencia en la población. • Análisis independiente de las condiciones del material biológico. • Tecnología asentada. Principales Inconvenientes • Los experimentos de genotipado generan una gran cantidad de información por lo que es necesario el empleo de software específico para la interpretación de los resultados obtenidos. • Muchos polimorfismos por sí mismos no aportan información suficiente para el diagnóstico, siendo necesarias combinaciones con otros biomarcadores. Tabla 4. Ficha resumen del papel del genotipado de SNP en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. Arrays de tejidos Los microarrays de tejidos, también conocidos como TMA de sus siglas en inglés Tissue MicroArrays, consisten en colecciones miniaturizadas de muestras de tejidos inmovilizadas sobre un soporte, que permiten el screening de ADN, ARN y proteínas, mediante el empleo de un amplio rango de técnicas de detección (tinción histoquímica e inmunológica, hibridación in situ)41. Esta tecnología permite el análisis in situ a gran escala de muestras de tejidos. 41 López. M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Aplicaciones de los Biochips y Microarrays en salud humana. GENOMA ESPAÑA/CIBT-FGUAM. Biomarcadores para Uso Clínico Los TMA arrays no pueden considerarse como una tecnología “ómica” pero se incluyen en el presente apartado por la importancia que pueden presentar en el proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores, fundamentalmente en las etapas de validación. Se trata de una novedosa herramienta para la validación de los candidatos a biomarcador identificados mediante otras técnicas. Mientras que con los arrays de expresión se analiza la expresión de miles de genes procedentes de una sola muestra de tejido, los TMA analizan la expresión de un solo gen en muchas muestras de tejido. Basándose en la combinación con microarrays de ADNc para la identificación de biomarcadores, y los TMA para su validación, un grupo de investigadores de la Escuela de Medicina de la Universidad de Yale validaron un set de tres biomarcadores con posible valor pronóstico en cáncer de mama (GATA3, NAT1 y el receptor de estrógenos)42. Resumen del papel de los arrays de tejidos en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✕ ✓ Principales Ventajas • Permite la validación de los resultados obtenidos en los experimentos de análisis de expresión génica. • Permite la estandarización de los ensayos clínicos y moleculares en tejidos. • Amplio rango de técnicas de detección (hibridación in situ, tinción histoquímica e inmunológica). • Reducción en tiempos y costes de los experimentos debido a la capacidad de integrar un elevado número de muestras en un único ensayo. Principales Inconvenientes • La cantidad de tejido empleada puede no ser representativa del tejido del que deriva. • Requiere material de partida fijado en formol e incluido en parafina. • Problemas debidos a la falta de estandarización de metodologías entre distintos laboratorios. Tabla 5. Ficha resumen del papel de los arrays de tejidos en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. 42 Dolled-Filhart, M. et al. (2006). Classification of Breast Cancer Using Genetic Algorithms and Tissue Microarrays. Clinical Cancer Research, 12(21):6459-6468. 31 32 Genoma España 3.2.2. Proteómica La proteómica tiene por objeto el estudio del conjunto de proteínas que se expresan en un momento determinado y bajo unas condiciones concretas en células, tejidos u órganos. En todas las células que constituyen un organismo completo no se expresan los mismos genes continuamente, sino que estos lo hacen de manera diferencial, dando lugar a los distintos tipos de proteínas que forman los diferentes tejidos y órganos, y a las distintas funciones que llevan a cabo las proteínas en cada momento de la vida de un organismo. A este conjunto de proteínas que se expresan en la célula en unas condiciones dadas es a lo que se denomina proteoma. El proteoma es dinámico existiendo un enorme número de proteomas y subproteomas que coexisten en un mismo individuo, fruto de los cambios que se producen en el entorno del genoma. El estudio del proteoma se presenta como un reto con una mayor complejidad que el estudio del genoma. Las principales causas que contribuyen a la complejidad son: a) A partir de un solo gen pueden sintetizarse entre 4 y 6 proteínas43, por este motivo el número de proteínas es mucho más elevado que el de genes. b) Las proteínas muestran un rango de concentraciones en sangre y tejidos muy dispar. Es decir, algunas proteínas aparecen en concentraciones muy elevadas mientras que otras lo hacen en concentraciones muy pequeñas, siendo precisamente estas proteínas menos abundantes las que suelen tener mayor utilidad como biomarcadores. Algunas proteínas como la albúmina y las inmunoglobulinas suponen por sí solas el 99% del contenido total de proteínas en sangre44. Por otra parte, las proteínas, a diferencia de los genes, no se pueden amplificar, lo que reduce aún más el tamaño de las muestras. RANGO DE PROTEÍNAS EN SANGRE 50 mg/ml 1 mg/ml 1 μg/ml 1 mg/ml 1 pg/ml Albúmina Haptoglobulina Concentración de Metabolitos minoritarios en sangre = μg/ml Ig E CEA (10 ng/ml) CK-MB (3 ng/ml) PSA (1 ng/ml) Rango de sensibilidad deseado = ng/ml Troponina T (10 pg/ml) FT3 TSH NT-pro-BNP Figura 8. Rango de concentraciones de algunas de las proteínas presentes en sangre. Fuente: Werner, J. & Langen, H. (2004). How Industry Is Approaching the Search for New Diagnostic Markers and Biomarkers. Molecular & Cellular Proteomics, 3:345-354. 43 Kolch, W. (2005). The molecular make-up of a tumour: proteomics in cancer research. Clinical Science, 108:369–383. 44 Simpson, R. J. et al. (2008). Proteomics-driven cancer biomarker discovery: looking to the future. Current Opinion in Chemical Biology, 12:72-77. Biomarcadores para Uso Clínico c) Las proteínas presentan una gran heterogeneidad estructural. Existen proteínas compuestas por unos pocos aminoácidos y otras, como la proteína nesprina 1, que pueden contener en torno a 10.000 aminoácidos45. Por otra parte, tras ser sintetizadas, las proteínas sufren muchas modificaciones post-traduccionales46 fundamentales para que la proteína realice correctamente su función biológica pero que suponen una diversidad estructural que complica técnicamente su estudio. Estudio de las modificaciones post-traduccionales mediante tecnologías proteómicas. Las modificaciones post-traduccionales de las proteínas pueden suponer una fuente de biomarcadores para diferentes patologías. El patrón específico de glicosilación (adición de azúcares a las proteínas) ha sido señalado como biomarcador de utilidad diagnóstica en cáncer de próstata47. d) En la naturaleza, las proteínas no suelen aparecer de forma aislada sino formando complejos proteicos. Estas interacciones entre proteínas pueden producir modificaciones estructurales, por lo que nuevamente se ve aumentada la diversidad estructural de las proteínas en su contexto biológico48. Para hacer frente a las limitaciones anteriormente mencionadas, se pueden emplear diferentes estrategias49: (i) eliminación de las proteínas más abundantes tales como albúmina o inmunoglobulinas que interfieren en la detección de proteínas menos abundantes, (ii) fraccionamiento de las muestras, mediante técnicas de separación tales como cromatografía u otras, para de esta forma reducir la complejidad de la mezcla de proteínas y (iii) aislamiento de grupos concretos de proteínas o péptidos de interés. Para conseguir identificar nuevos biomarcadores, la proteómica sigue tres estrategias principales: (i) análisis comparativo de la expresión de proteínas en tejidos normales y tejidos enfermos con el objetivo de identificar aquellas proteínas aberrantes que puedan constituir nuevos marcadores de enfermedad, (ii) análisis de proteínas secretadas por líneas celulares y cultivos primarios de tejidos enfermos y (iii) determinación del perfil proteico en suero sanguíneo50. 45 Vivanco, F. (2008). Proteómica y Medicina. Curso de Biotecnología Aplicada a la Salud Humana. CIEMAT -Amgen. 46 Modificaciones post-traduccionales: Conjunto de procesos que modifican las proteínas una vez ha terminado su síntesis, con el objetivo de contribuir a su correcto plegamiento, a su activación o a la regulación de su actividad o situación en el interior de la célula. Ejemplos de estas modificaciones post traduccionales son la adición de grupos químicos, la eliminación de aminoácidos (procesamiento), etc. Biología Celular Universidad de Barcelona. http://www.ub.es/biocel/wbc/ 47 Hanash, S.; Pitteri, S. J. & Faca, V. M. (2008). Mining the plasma proteome for cancer biomarkers. Nature, 452(3):571-579. 48 Boeckmann, B. et al. (2005). Protein variety and functional diversity: Swiss-Prot annotation in its biological context. Comptes Rendus Biologies, 328:882-899. 49 Faca, V.; Krasnoselsky, A. & Hanash, S. (2007). Innovative proteomic approaches for cancer biomarker discovery. BioTechniques, 43(3)279-283. 50 Hanash, S. (2003). Disease proteomics. Nature, 422(13):226-232. 33 34 Genoma España APLICACIONES DE LAS PROTEÍNAS EN DIAGNÓSTICO MOLECULAR Comparación de ambos perfiles Individuo sano Individuo enfermo Figura 9. Aplicaciones de las proteínas en el diagnóstico molecular de las enfermedades. Fuente: elaboración propia. Principales técnicas empleadas en la separación, fraccionamiento o marcaje de proteínas51: • Electroforesis 2D. Permite la separación (en un gel de poliacrilamida) de proteínas en diferentes fracciones en función de dos parámetros, su carga y su masa molecular. • Cromatografía líquida multidimensional. Permite la separación de proteínas de muestras complejas en diferentes fracciones mediante el acoplamiento de varias columnas cromatográficas. • Técnicas de marcaje isotópico. Esta tecnología se basa en la comparación directa de diferentes muestras usando isótopos estables con distintas masas (un isótopo con masa ligera y otro con masa pesada). Una de las variantes más utilizadas de la técnica es la conocida como SILAC (Stable isotope labeling with aminoacids), en la que las células son cultivadas en diferentes condiciones en presencia de aminoácidos marcados con 13C, los cuales serán incorporados a funciones celulares tales como síntesis de proteínas o crecimiento celular. Una vez separadas las distintas proteínas presentes en la muestra, estas son analizadas mediante espectrometría de masas que permite obtener información de la masa molecular del compuesto analizado así como obtener información estructural del mismo. De esta tecnología se habla a continuación. 51 Espejel, F. & Roa, J. C. (2008). Surface enhanced laser desorption/ionization (SELDI): tecnología proteómica y su aplicación en oncología. Med Clin (Barc), 131:312-7. Biomarcadores para Uso Clínico Etapas de un proceso de proteómica diferencial • Muestras humanas • Modelos experimentales de la enfermedad Obtención de las muestras biológicas Extracción de las proteínas • Prefraccionamiento • Electroforesis • Cromatografía • Arrays de proteínas • Espectroscopía • Detección de proteínas diferenciales • Digestión proteolítica • Diagnósticos precisos • Métodos de extracción y almacenaje normalizados Separación de las especies proteicas Análisis comparativos • Solubilización de las proteínas • Métodos compatibles con los procedimientos de separación Identificación de las proteínas diferenciales • Motores de búsqueda en bases de datos • Interpretación biológica Validación de los biomarcadores • Análisis sistemáticos de las proteínas diferenciales en series de pacientes • Eficacia como biomarcadores • Especificidad Aplicación clínica • Desarrollo de dispositivos de detección de los biomarcadores de fácil aplicación en la práctica clínica • Espectroscopía Figura 10. Esquema con las diferentes etapas de un proceso de proteómica diferencial. Fuente: Corrales, F. J. et al. (2006). Proteómica y aplicaciones en biomedicina. Haematológica (edición española) 91:42-47. 35 36 Genoma España Espectrometría de masas Mediante el análisis por espectrometría de masas es posible obtener información de la masa molecular del compuesto analizado, así como obtener información estructural del mismo. Por este motivo, la espectrometría de masas es una de las técnicas mas utilizadas en la identificación de proteínas tanto para análisis cuantitativos como para análisis cualitativos52. El espectrómetro de masas está compuesto por: (i) una fuente de iones que fragmenta la muestra en iones generalmente positivos; (ii) un analizador de masas que dispersa los iones en función de su relación carga/masa y (iii) un detector que convierte el haz de iones en una señal eléctrica que puede entonces ser procesada, almacenada en la memoria de un ordenador y mostrada o registrada de varias maneras. Los iones generados en la fuente de iones son acelerados hasta el analizador y separados en función de su relación masa/carga (m/z) mediante la aplicación de campos eléctricos o magnéticos para finalmente llegar al detector, donde se determina la masa del ion. El espectómetro elabora gráficos en los que se representan las concentraciones de los diferentes componentes de la muestra generando una especie de código de barras donde cada línea representa la abundancia de un ion respecto a su relación m/z. Figura 11: Esquema de un espectrofotómetro de masas. Fuente: Last, R. L. et al. (2007). Towards the plant metabolome and beyond. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 8:167-174. Existen dos estrategias fundamentales en la identificación de biomarcadores proteicos mediante el empleo de espectrometría de masas: (i) identificación de proteínas mediante mapeo peptídico o “huella de masas peptídica” en la que una proteína aislada es convertida en péptidos de tamaño medio por la acción de enzimas específicas. El conjunto de péptidos derivados de la proteína es una característica propia de dicha proteína y puede utilizarse para su identificación por medio de comparaciones con las masas teóricas almacenadas en una base de datos y sugerir aquellas que se ajustan más a los datos experimentales53 y (ii) secuenciación directa de los aminoácidos que constituyen la proteínas. 52 Caballero, J. et al. (2006). Aplicaciones clínicas de las técnicas proteómicas. Agencia de Evaluación de las Tecnologías Sanitarias de Andalucía. Ministerio de Sanidad y Consumo. 53 Abián, J.; Carrascal, M. & Gay, M. (2008). Introducción a la Espectrometría de Masas para la caracterización de péptidos y proteínas en Proteómica. Proteómica. Revista de la Sociedad Española de Proteómica, 2:16-35. Biomarcadores para Uso Clínico Figura 12. Fuente: Espejel, F. & Roa, J. C. (2008). Surface enhanced laser desorption/ionization (SELDI): tecnología proteómica y su aplicación en oncología. Med Clin (Barc), 131:312-7 Ejemplo de la aplicación de la espectrometría de masas en la identificación de biomarcadores en cáncer de mama: Se analizaron muestras procedentes de individuos con cáncer de mama y de individuos sanos, dichas muestras se sometieron a separación, fraccionamiento y marcaje, posteriormente se compararon los perfiles proteicos generados en uno y otro caso por el espectrofotómetro. Cuando se obtuvo el espectro de masas de la muestra se generó la gráfica de masa/carga de la Figura 12. Las proteínas diferenciales se determinaron por la comparación de las intensidades de los picos entre dos o más grupos. En la gráfica B se muestran los picos diferenciales seleccionados para comparar pacientes con cáncer de mama (4, 5 y 6) y pacientes sanos (1, 2 y 3)54. Como resultado se obtuvieron perfiles proteicos compuestos por proteínas candidatas a ser biomarcadores que posteriormente deberán ser validados. Una de las variantes de la espectrometría de masas más utilizadas es la identificación de biomarcadores es la denominada SELDI-TOF-MS (Surface Enhanced Laser Desorption Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry) o Espectrometría de Masas en “Tiempo de Vuelo” mediante Desorción-Ionización por Láser de Superficie. La metodología básica de la técnica consiste en que en primer lugar, la muestra a analizar es depositada sobre un chip. Las proteínas se unirán al chip o bien gracias a la activación química de la propia superficie (hidrofobicidad, carga positiva o negativa) o bien mediante el empleo de moléculas tales como anticuerpos, proteínas o ADN, que se unen de manera específica a las proteínas de interés de la muestra. Posteriormente, el chip se somete a un lavado mediante el que se eliminarán las proteínas que no se hayan unido de forma específica. A conti- 54 Espejel, F. & Roa, J.C. (2008). Surface enhanced laser desorption/ionization (SELDI): tecnología proteómica y su aplicación en oncología. Med Clin (Barc), 131:312-7. 37 38 Genoma España nuación, se introduce el chip en el espectrofotómetro, los péptidos y las proteínas de pequeño tamaño son ionizados y viajan hacia el detector recorriendo una distancia en un “tiempo de vuelo” inversamente proporcional a sus masas. La técnica de SELDI-TOF-MS presenta ciertas ventajas frente a otras metodologías, ya que realiza dos pasos, fraccionamiento y detección de proteínas en el mismo chip, reduciendo el tiempo de análisis y las pérdidas de muestra. Resumen del papel de la espectroscopía en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✓ Principales Ventajas • Permite la búsqueda de patrones de biomarcadores en muestras complejas. • Rapidez del análisis. • Necesita cantidades pequeñas de muestra para realizar los experimentos. • Permite analizar modificaciones post-traduccionales. • Proceso automatizado. Principales Inconvenientes • Amplio rango dinámico de concentración de las diferentes proteinas. • Elevada heterogeneidad estructural de las proteínas. • Problemas relacionados con la sensibilidad para proteínas con pesos moleculares superiores a 70 Kda. • Problemas de reproducibilidad debidos a las condiciones experimentales (falta de procedimientos estándar relacionados con la recogida de muestras o en el almacenamiento de las mismas, empleo de diferentes metodologías, diferencias debidas a condiciones biológicas tales como, edad, sexo, estado fisiológico de los pacientes, presencia de patologías crónicas, etc.). • Necesidad de acoplar el análisis a una fase previa de separación, fraccionamiento o marcaje. • Falta de estandarización de las estrategias estadísticas para el análisis de datos procedentes de los experimentos. Tabla 6. Ficha resumen del papel de la espectrometría de masas en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. Microarrays de proteínas Un microarray de proteínas consiste en un conjunto de proteínas inmovilizadas en puntos concretos de un soporte sólido, de forma análoga a las sondas en los microarrays de ADN55. 55 López, M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2006). Aplicaciones de los microarrays y biochips en salud humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. Genoma España. Biomarcadores para Uso Clínico Estos arrays o biochips de proteínas permiten la detección, caracterización y cuantificación proteica, así como el estudio de las cualidades funcionales de las proteínas y sus interacciones, tanto entre ellas como con moléculas de ADN o lípidos56. Figura 13. Fuente: adaptado de Phizicky, E. et al. (2003). Protein analysis on a proteomic scale. Nature, 422:208-215. Los microarrays de detección de proteínas permiten la identificación y cuantificación de proteínas, por este motivo suponen una herramienta de gran utilidad en el diagnóstico de enfermedades. La metodología básica de la técnica consiste en la presencia de una serie de moléculas ancladas en puntos conocidos de un soporte que serán capaces de capturar y determinar las proteínas de la muestra-problema. Los principales agentes de captura o sondas que se emplean en este tipo de microarrays son anticuerpos57, aptámeros58 y affibodies59, moléculas que poseen la capacidad de reconocer con bastante especificidad proteínas y unirse a ellas. Para identificar biomarcadores mediante esta tecnología se incuba la muestra con la mezcla de proteínas que se unirán de manera específica a las sondas de array. Para detectar las proteínas que se han unido a las sondas se pueden emplear diferentes 56 Caballero, J. et al. (2006). Aplicaciones clínicas de las técnicas proteómicas. Agencia de Evaluación de las Tecnologías Sanitarias de Andalucía. Ministerio de Sanidad y Consumo. 57 Anticuerpos: proteínas producidas por el sistema inmune capaces de reconocer de manera específica sustancias ajenas al organismo como, por ejemplo, agentes infecciosos. 58 Aptámeros: moléculas de ARN o ADN capaces de reconocer y unirse de forma específica a moléculas como proteínas u otros ligandos. 59 Affibodies: pequeñas proteínas de fusión que pueden producirse a gran escala mediante sistemas de producción de bajo coste con especificidad y afinidad para que se dirijan a una diana específica. 39 40 Genoma España estrategias. O bien se marcan previamente las proteínas con agentes químicos o fluorescentes, o bien son detectadas por medio de un segundo anticuerpo marcado. Se repite el experimento con muestras procedentes de individuos sanos y se comparan los resultados. Los candidatos a biomarcador identificados tendrán que ser validados posteriormente con un número elevado de muestras para su posible aplicación en la práctica clínica. Autoanticuerpos Una aproximación prometedora en la identificación de biomarcadores en patologías como el cáncer mediante el empleo de técnicas proteómicas es el análisis de autoanticuerpos en sangre generados contra proteínas propias del tumor. La utilidad de esta aproximación radica en el hecho de que los individuos afectados por estas patologías producen anticuerpos en respuesta a proteínas del tumor, tales como receptores de superficie o proteínas intracelulares de las células tumorales, como se ha podido demostrar en varios estudios60. El principal interés que presenta esta aproximación es la utilidad de los autoanticuerpos como biomarcadores diagnósticos de las fases más tempranas del desarrollo del tumor. Un ejemplo del empleo de esta estrategia para el descubrimiento de biomarcadores ha sido llevado a cabo por investigadores de varios centros de investigación estadounidenses. Mediante la combinación de la tecnología de Phage Display y microarrays de proteínas, consiguieron identificar una serie de 22 autoanticuerpos generados contra proteínas propias de tejido de cáncer de próstata61. Otro tipo de arrays de proteínas utilizado en la identificación de biomarcadores son los arrays denominados de screening inverso. En este tipo de microarrays lo que se inmoviliza sobre el soporte son lisados de células, tejidos y/o fluidos que contienen todas las proteínas que se están expresando en un momento concreto en la célula. La detección se realiza mediante el empleo de anticuerpos específicos o bien por espectrometría de masas. Este tipo de arrays permiten el screening de múltiples muestras utilizando un solo anticuerpo de detección. Esta tecnología presenta otras ventajas como son el hecho de que las proteínas de la muestra no tienen que ser marcadas y mantienen su estructura tridimensional. Presentan su configuración nativa incluyendo modificaciones post-traduccionales como el estado de fosforilación de la proteína, algo que es de gran importancia para estudiar el estado de activación de la proteína. 60 Kulasingam, V. & Diamandis, E. P. (2008). Strategies for Discovering Novel Cancer Biomarkers Through Utilization of Emerging Technologies. Nature Clinical Practice Oncology, 5(10):588-899. 61 Wang, X. et al. (2005). Autoantibody Signatures in Prostate Cancer. N Engl J Med., 353: 1224-1235. Biomarcadores para Uso Clínico Ejemplos del uso de Microarrays de screening inverso en la búsqueda de biomarcadores: • Microarrays de lisados tisulares/celulares. Esta tecnología se ha empleado para estudiar el perfil de expresión de 52 proteínas en 60 líneas celulares tumorales humanas62. En el estudio se correlacionaron estos perfiles con los de expresión génica, lo que permitió identificar biomarcadores y dianas farmacológicas en adenocarcinomas de colon y ovario. • Microarrays de lisados de suero y fluidos biológicos. Un trabajo pionero en el que se empleó esta tecnología para buscar biomarcadores fue llevado a cabo por investigadores del Instituto Karolinska con el objetivo de comparar los niveles de Inmunoglobulina A en más de 2.000 muestras de pacientes con diversas inmunodeficiencias63. Los resultados mostraron el potencial clínico de esta tecnología en comparación a las actuales técnicas de rutina hospitalaria. Resumen del papel de los arrays de proteínas en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✓ Principales Ventajas • Aplicables a un gran número de muestras (tejidos, fluidos...). • Capacidad de analizar en un solo experimento un número elevado de proteínas • Posibilidad de realizar los experimentos con cantidades pequeñas de muestra • Permiten el estudio de modificaciones post-traduccionales tales como estado de fosforilación de la proteína, interacciones proteína-proteína o proteína-ligando. Principales Inconvenientes • Amplio rango dinámico de concentración de las diferentes proteínas • Elevada heterogeneidad estructural de las proteínas • Necesidad de desarrollar anticuerpos de alta afinidad específicos para los antígenos que se quieren cuantificar • Falta de estandarización de las estrategias estadísticas para el análisis de datos procedentes de los experimentos. Tabla 7. Ficha resumen del papel de los arrays de proteínas en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. 62 Nishizuka, S. et al. (2003). Proteomic profiling of the NCI-60 cancer cell lines using new high-density reverse-phase lysate microarrays. PNAS, 100(24):14229-14234. 63 Janzi, M. et al. (2005). Serum Microarrays for Large Scale Screening of Protein Levels. Molecular & Cellular Proteomics, 4:1942-1947. 41 42 Genoma España 3.2.3. Metabolómica La Metabolómica estudia los metabolitos o lo que es lo mismo, los productos y subproductos de las reacciones bioquímicas que continuamente se desarrollan en cada célula del cuerpo humano64, entre los que podemos citar a modo de ejemplo pequeños componentes endógenos como azúcares, aminoácidos o ácidos orgánicos. Así como el genoma representa la colección total de genes de un individuo, y el proteoma el conjunto de proteínas que expresa una célula bajo unas condiciones concretas, el metaboloma representa una fotografía del conjunto de metabolitos presentes en la célula bajo unas condiciones determinadas, aportando una visión más amplia del estatus de salud del organismo porque incorpora el efecto ambiental, de la dieta o del estilo de vida del paciente objeto de estudio. La metabolómica investiga los niveles de estos metabolitos en células, tejidos o fluidos biológicos como sangre y orina, comparando muestras control con muestras de pacientes con una patología, buscando diferencias significativas en los perfiles de metabolitos que puedan suponer la identificación de nuevos biomarcadores. Frente a los 30.000 genes o al millón de proteínas objeto de estudio de la genómica y proteómica respectivamente, se estima que existen en torno a 2.400 metabolitos endógenos lo que supone una ventaja de partida frente al resto de tecnologías “ómicas”. Genoma ADN N 2x104 ˜ Transcriptoma ARN Proteínas N 106 ˜ Proteoma Proteínas con modificaciones N 107 Metaboloma Enzymas Metabolitos N 3x103 ˜ ˜ Medio Ambiente Fenotipo Figura 14. Integración de la metabolómica con otras aproximaciones “ómicas” y su relación con el fenotipo. Fuente: Lewis, G.; Asnani, A. & Gerszten, R. (2008). Application of metabolomics to cardiovascular biomarker and pathway discovery. Journal of the American College of Cardiology, 52(2):117-123. 64 Metabolomics: The global study of all the small molecules produced in the human body. Página web de Wellcome Trust UK: http://genome.wellcome.ac.uk/doc_WTD020768.html Biomarcadores para Uso Clínico El objetivo primario de un experimento de metabolómica en el que se buscan posibles biomarcadores asociados a patologías concretas es comparar los metabolitos característicos de los estados fisiológicos normales y patológicos. Para ello se identifican los posibles candidatos a biomarcador que posteriormente han de ser validados con un elevado número de muestras de pacientes antes de su incorporación en la práctica clínica. Un ejemplo de la búsqueda de biomarcadores desde el prisma de la metabolómica ha sido llevado a cabo recientemente para definir perfiles metabólicos de biomarcadores asociados a la progresión del cáncer de próstata65. En este estudio se caracterizó el metaboloma asociado a la progresión del cáncer de próstata realizando un seguimiento de 1.126 metabolitos de 262 muestras de tejido, sangre y orina de pacientes con cáncer de próstata. Del conjunto total de metabolitos estudiados, se identificaron 87 que permitían diferenciar las muestras de pacientes con cáncer de próstata de muestras de tejido no canceroso, uno de ellos en concreto denominado sarcosina (derivado del aminoácido glicina), fue identificado como un posible biomarcador asociado al proceso de invasión tumoral, con un papel crítico en la agresividad del tumor. Debido a la gran diversidad que presenta el conjunto de metabolitos de un ser vivo, normalmente es necesario recurrir a diferentes tecnologías para realizar un experimento de metabolómica. De todas las técnicas que se utilizan, en los últimos años dos tecnologías de alto rendimiento han destacado por encima del resto de aproximaciones, concretamente, la combinación de cromatografía y espectroscopía de masas, de las que se habla en el apartado 3.2.2 del presente Informe y la Espectroscopía de Resonancia Magnética nuclear o RMN. 65 Sreekumar, A. et al. (2009). Metabolomic profiles delineate potential role for sarcosine in prostate cancer progression. Nature, 457:910-915. 43 44 Genoma España La RMN es una técnica no invasiva, que proporciona información estructural detallada tanto de compuestos puros como de mezclas heterogéneas66. Permite la identificación de los componentes de una muestra por medio del estudio del efecto de un campo magnético sobre los núcleos de los átomos que la componen67. Combinando diferentes parámetros68 se produce un espectro, imagen compuesta por diferentes picos específicos de cada componente presente en la muestra. En la figura del margen izquierdo se muestra un esquema de un experimento típico de metabolómica mediante RMN69. En una primera etapa del experimento se realiza el espectro del fluido biológico en el que aparecen las señales correspondientes a todos los metabolitos presentes en la muestra (a), a continuación se identifican los espectros correspondientes a cada metabolito de forma individual (b), posteriormente se determina la estructura de los metabolitos de interés (c), mediante técnicas de reconocimiento de patrones se comparan los espectros de individuos sanos y de individuos enfermos. Aquellos metabolitos o conjuntos de metabolitos que aparezcan de forma diferencial en las muestras de individuos sanos y enfermos serán los candidatos a biomarcador. 66 Lindon, J.; Holmes, E. & Nicholson, J. (2006). Metabonomics techniques and applications to pharmaceutical research & development. Pharmaceutical Research, 23(6):1075-1088. 67 Dunn, W.; Bailey, J. & Johnson, E. (2005). Measuring the metabolome: current analytical technologies. Analyst, 130:606-625. 68 Los principales parámetros que proporcionan información tanto estructural como cuantitativa son el intercambio iónico (término que proporciona información al entorno químico en el que se encuentra un núcleo concreto), el acoplamiento entre spines (indica el número y la naturaleza de los núcleos próximos) y el coeficiente de difusión o relajación (proporciona información sobre el tamaño de la molécula y también sobre el entorno en el que se encuentra la molécula objeto de estudio). 69 Nicholson, J. & Lindon, J. (2008). Systems biology: metabonomics. Nature, 455: 1054-1056. Biomarcadores para Uso Clínico Principales estrategias metabolómicas en la identificación de biomarcadores metabólicos70. • Huella metabólica (fingerprint). Con esta aproximación lo que se intenta conseguir es una especie de fotografía general en la que aparezcan todos los metabolitos que están presentes en la muestra bajo unas condiciones concretas. Para ello se comparan los espectros de las distintas muestras (generados por RMN y/o espectrometría de masas) con espectros presentes en bases de datos por medio de métodos de reconocimiento de patrones. En base a la comparación se pueden definir grupos de individuos sanos, enfermos, etc. • Perfil metabólico (profiling). Mediante esta estrategia se analizan exclusivamente una serie de metabolitos para los que se conoce a priori su posible relación con el fenómeno que se quiere estudiar. Es decir, se estudia un conjunto de metabolitos elegidos antes de realizar el experimento (por su posible relación con una patología concreta) y se observan las diferencias en la concentración de dichos metabolitos en las muestras. Resumen del papel de la metabolómica en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Principales Ventajas Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✕ • Técnica aplicable a muestras de diversa naturaleza (amplio número de tejidos y fluidos). • Los cambios que se observan en el metaboloma se ven amplificados en relación a los cambios que se producen en el trascriptoma y el proteoma. • Los perfiles metabólicos integran información tanto de origen genético como ambiental. • Método robusto (RMN). • Elevada sensibilidad (espectrometría). • Rapidez de los análisis. • Coste asequible de los experimentos. • • • • Principales Inconvenientes Caracterización del metaboloma humano incompleta. Amplio rango de concentraciones de los metabolitos en el organismo. Elevada heterogeneidad de los metabolitos. Falta de reproducibilidad debida a variables experimentales (extracción de muestras, almacenamiento de las muestras, estado fisiológico de los integrantes del estudio, etc.). • Necesidad de establecer una serie de procedimientos robustos en relación a la extracción de metabolitos de las muestras biológicas. • Requerimientos de software específico para el análisis de datos de los experimentos de metabolómica. • Necesidad de desarrollar bases de datos de espectros (RMN y espectrometría de masas) de todos los metabolitos. Tabla 8. Ficha resumen del papel de la metabolómica en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. 70 Plataforma Metabolómica, Universidad de Rovira i Virgili, CIBER de Diabetes y Enfermedades Metabólicas Asociadas (CIBERDEM), Institut d’Investigació Sanitària Pere Virgili. http://www.metabolomicsplatform.com 45 46 Genoma España 3.2.4. Biología de Sistemas La Biología de Sistemas es una nueva disciplina centrada en el análisis de sistemas biológicos completos71. En lugar de analizar componentes aislados de una célula, la biología de sistemas se ocupa del conjunto de componentes y de redes de interacción entre genes, proteínas, reacciones bioquímicas y procesos fisiológicos. Esta disciplina permite integrar toda esta información de forma que se consiga un mayor entendimiento de las interacciones entre los componentes de los sistemas vivos y, por consiguiente, de sus procesos biológicos. Este enfoque integrador puede proporcionar un conocimiento más completo de los mecanismos de iniciación y progresión de las enfermedades y facilita el descubrimiento de nuevos biomarcadores. Patologías como el cáncer, el Alzheimer o la diabetes son enfermedades complejas que no pueden explicarse por una alteración en un solo gen, en una proteína o en un solo metabolito. Por esta razón es necesario un estudio de las patologías desde un punto de vista más holístico, desde la perspectiva del sistema biológico completo, para conseguir enlazar genotipo y fenotipo en el comienzo y durante la progresión de la patología, así como en la respuesta frente a un posible tratamiento. Como muestra del papel clave que va a jugar la biología de sistemas en la identificación de biomarcadores, la Iniciativa Europea de Medicamentos Innovadores -IMI- de la que se habla con más detalle en el apartado 5.5 del presente Informe72, ha incluido esta disciplina dentro de sus líneas de actuación. La metodología básica de la técnica consiste en el empleo de datos procedentes de diferentes plataformas tecnológicas (genómica, proteómica y metabolómica), que son integrados en un único paquete de datos maestro. Este paquete de datos maestro es analizado con diferentes estrategias estadísticas (realización de modelos, simulaciones, análisis de correlaciones, análisis de clusters o conjuntos...) logrando finalmente transformar toda la información de partida en un conocimiento global del sistema biológico73, más amplio que la suma de las partes que lo constituyen. Por otra parte, los modelos desarrollados integrando esta cantidad de información biológica permiten desarrollar hipótesis y predicciones de cómo responderá el sistema bajo unas condiciones concretas como, por ejemplo, en un proceso patológico74. 71 López, M.; Ruiz, G. y Vega, M. (2007). Biología de Sistemas. Informe de Vigilancia Tecnológica. Genoma España. 72 Iniciativa Europea de Medicamentos Innovadores página web: http://www.imi-europe.org/ 73 van der Greef, J. et al. (2007). The art and practice of systems biology in medicine: Mapping patterns of relationships. Journal of Proteome Research, 6:1540-1559. 74 Watson, A. (2006). Thematic review series: Systems biology approaches to metabolic and cardiovascular disorders. Lipidomics: a global approach to lipid analysis in biological systems. Journal of Lipid Research, 47:2101-2111. Fluidos corporales o muestras de tejidos de diferentes estados Biomarcadores para Uso Clínico Análisis de metabolitos Análisis de proteínas Procesamiento, normalización e integración del conjunto de datos Conjunto de datos maestro Análisis de tráncritos Datos adicionales del fenotipo Fuentes de datos bioinformáticas Análisis de clústers Agrupamiento bioquímico de moléculas Modelos estadísticos Biomarcadores de estado de sistema Análisis de correlaciones Asociaciones entre moléculas Minería de datos Conocimiento global del sistema biológico Figura 15. Flujo de trabajo de un experimento de Biología de Sistemas. Fuente: van der Greef, J. et al. (2007). The art and practice of systems biology in medicine: Mapping patterns of relationships. Journal of Proteome Research, 6:1540-1559 Ejemplo de la aplicación de la Biología de Sistemas en la búsqueda de nuevos biomarcadores. Un ejemplo de la búsqueda de candidatos a biomarcadores desde la perspectiva de la biología de sistemas ha sido llevado a cabo recientemente en un proyecto en el que se investigó la relación entre desórdenes metabólicos y patología cardiovascular en enfermos crónicos de riñón75. En esta investigación se trabajó con datos de expresión génica, datos de anotación funcional de genes, interacciones entre proteínas y elementos reguladores de genes para identificar 46 biomarcadores potenciales relativos a desórdenes del metabolismo óseo y 31 a patologías cardiovasculares. 75 Perco, P. et al. (2008). Biomarker candidates for cardiovascular disease and bone metabolism disorders in chronic kidney disease: a systems biology perspective. J. Cell. Mol. Med., 12: 1177-1187. 47 48 Genoma España Resumen del papel de la Biología de Sistemas en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Principales Ventajas Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores ✓ ✓ • Supone un enfoque integrador de la información de datos genómicos, proteómicos y metabolómicos. • Proporciona un conocimiento global de los sistemas biológicos. • Modelización de rutas metabólicas. • Propone modelos matemáticos que pueden explicar algunos de los fenómenos biológicos estudiados. • Proporciona soluciones matemáticas que permiten obtener predicciones para los procesos biológicos. • Disciplina poco asentada. Principales Inconvenientes • Necesidad de formular modelos matemáticos más robustos. • Falta de estandarización de procedimientos y metodologías. • Necesidad de desarrollar herramientas de software y hardware más potentes. Tabla 9. Ficha resumen del papel de la Biología de Sistemas en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. 3.2.5. Nanotecnología La nanotecnología es una disciplina que se basa en la miniaturización de diversos dispositivos a escala nanométrica76. Se trata de un conjunto de técnicas que se utilizan para el estudio, diseño, creación, síntesis, manipulación y aplicación de materiales, aparatos y sistemas funcionales a través del control y de la explotación de fenómenos y propiedades de la materia a nano-escala77. 76 Nanométrica: longitud que equivale a la milmillonésima parte de un metro. 77 Biotic. Área de Bioinformática y salud pública. Instituto de salud Carlos III, website: http://biotic.isciii.es/Biotic/index.html Nanotubos 10nm 100nm Resolución Litográfica Células 1nm Virus ADN 1A Proteínas Átomo Biomarcadores para Uso Clínico 1μm Transistor (2003) NANO 10μm Transistor (1970) MICRO Figura 16. Escala de dimensiones en nanotecnología. Fuente: Proyecto OCNOSIS http://www.oncnosis.com/proyecto/tecnologias/index.php Los dispositivos nanotecnológicos suponen una nueva herramienta de gran utilidad tanto en la búsqueda de nuevos biomarcadores como en el desarrollo de test que sean capaces de medir la presencia o ausencia de dichos marcadores. De estos puntos se habla a continuación. Identificación y validación de nuevos biomarcadores La nanotecnología aporta algunas ventajas frente a otras tecnologías, principalmente en términos de sensibilidad y de rangos de detección. Como se comentó en apartados anteriores, una de las principales limitaciones a las que se enfrenta la identificación y posterior validación de nuevos marcadores es la disparidad de concentraciones en que aparecen dichos biomarcadores en el organismo. Para superar esta barrera, la nanotecnología ofrece estrategias novedosas, como el uso de Superficies nanoestructuradas para facilitar el análisis de mezclas complejas por espectrometría de masas. Mediante el uso de una matriz con una superficie con nanoporos es posible separar de la mezcla los componentes en función de su tamaño, y evitar de esta forma el solapamiento de picos en el espectro de la muestra78. Variando el tamaño de los poros se pueden separar de forma secuencial los distintos componentes que forman parte de muestras complejas como los fluidos biológicos79. 78 Johnson, J. (2006). Proteomics, nanotechnology and molecular diagnostics. Proteomics, 8(4):715-730. 79 Geho, D. et al. (2006). Fractionation of serum components using nanoporous substrates. Bioconjug. Chem. 17:654-651. 49 50 Genoma España Existen diferentes estrategias basadas en nanotecnología que podrían suponer una importante mejora en la detección de biomarcadores en diferentes fluidos biológicos como orina o plasma sanguíneo que emplean nanopartículas capaces de unirse de forma selectiva a los posibles biomarcadores. Algunos ejemplos80 de estas estrategias se encuentran en el empleo de nanopartículas de oro y plata para la detección de ácidos nucleicos y/o proteínas en sangre, nanopartículas magnéticas recubiertas de anticuerpos para la detección específica de proteínas o los denominados “ensayos de códigos de barras biológicos” 81 (Biobarcode) para la detección de proteínas y ácidos nucleicos. Biosensores Una de las aplicaciones más interesantes que ofrece la nanotecnología en el área de biomarcadores de uso clínico está relacionada con la posibilidad que brinda esta disciplina de mejorar los test de diagnóstico in vitro. En este sentido, existen distintos tipos de nanodispositivos empleados como biosensores. Un biosensor es un dispositivo analítico compuesto por un elemento biológico capaz de detectar la presencia, concentración o actividad de un analito en solución, y un transductor físico-químico que interpreta la reacción de detección y la traduce en una señal cuantificable. Figura 17. Composición básica de un biosensor. Fuente: “Nanosistemes per diagnòstic, una porta cap al futur” aplicacions en la detecció de marcadors moleculars. Jornada sobre aplicaciones industriales de la nanotecnología Nodus Barberà, Barcelona, 27 de noviembre de 2007. 80 Johnson, C.J. et al. (2008). Proteomics, nanotechnology and molecular diagnostics. Proteomics, 8:715-730. 81 BioBarcode: ensayo compuesto por una partícula magnética cubierta de elementos de reconocimiento tales como anticuerpos y una segunda nanopartícula con un segundo agente de reconocimiento. Al detectar el posible biomarcador forman una estructura de sandwich alrededor del posible biomarcador y posteriormente este conjunto es detectado por medio del empleo de campos magnéticos. Biomarcadores para Uso Clínico Principales aplicaciones de los biosensores en diagnóstico82: • Medida de compuestos de interés clínico en sangre y orina (glucosa, urea, colesterol, insulina, ácido úrico, cetonas, aminoácidos, hormonas, lípidos, etc.). • Detección de enfermedades infecciosas (SIDA, hepatitis, etc.). • Detección de tumores en fases temprana y metástasis. • Análisis de ADN. • Diagnóstico de cuidados intensivos. • Detección de niveles hormonales para control de sistema endocrino. • Interacciones de proteínas con biomateriales. • Auto-análisis por los pacientes y medida en los ambulatorios. • Detección de agentes patógenos en alimentos (Salmonella, E. coli, etc.). En la siguiente tabla se muestran algunos ejemplos de este tipo de biosensores miniaturizados. Algunos tipos de nanobiosensores Nanocantilevers Nanopalancas Los nanocantilevers son un tipo de dispositivo nanoelectromecánico. Su estructura básica consiste en una especie de viga flexible que puede ser recubierta con moléculas capaces de unirse de manera específica a diferentes biomarcadores. Cuando el analito se une al cantilever se produce una desviación en la viga que puede ser medida por un láser. Nanowire Nanohilos Estos dispositivos están constituidos por una serie de hilos o alambres de materiales como silicio con un diámetro de nanómetros, que se pueden recubrir con moléculas de detección como anticuerpos. Dichos anticuerpos podrán unirse de forma específica a los biomarcadores de interés. El funcionamiento básico de estos dispositivos se basa en que la unión del analito (proteínas, hebras de ADN, etc.) al nanoalambre produce un cambio en el campo eléctrico que se traduce en un cambio en la conductancia o corriente que pasa por el alambre, que puede ser transmitido a un electrodo y finalmente procesarse la señal eléctrica en un ordenador. Lab-on-a-chip Esta tecnología utiliza la red de canales y huecos que están grabados en chips de vidrio o polímero que configuran un minilaboratorio. La presión o fuerzas electrocinéticas mueven volúmenes de pico litros que controlan finalmente el paso a través de los canales. Permite el manejo, mezclado, dilución, electroforesis y separación cromatográfica de la muestra, la tinción y detección en un solo sistema integrado. Tabla 10. Ejemplos de Nanobiosensores. Fuente: Johnson, J. (2006). Proteomics, nanotechnology and molecular diagnostics. Proteomics, 8(4):715-730, Bioassay of prostate-specific antigen (PSA) using microcantilevers. Nature Biotechnology, 19:856 – 860, Ferrari, M. (2005). Cancer nanotechnology: opportunities and challenges. Nature Reviews Cancer, 5:161-171. 82 Biotecnología en la Medicina del Futuro. (2006). Fundación COTEC. 51 52 Genoma España Ejemplos del empleo de nanosensores como posibles dispositivos de diagnóstico: • Nanocantilevers/Nanopalancas. Este tipo de nanodispositivos han sido utilizados recientemente en la detección de biomarcadores cardíacos o de proteínas de la cubierta del virus de inmunodeficiencia humana – HIV, por citar algún ejemplo83. En un experimento cuyo objetivo era medir la concentración del antígeno PSA en sangre, este nanosistema mostró una sensibilidad y un rango de detección mayores que la que muestran las técnicas bioquímicas convencionales84. • Nanowire/Nanohilos. Un ejemplo del empleo de esta tecnología fue llevado a cabo por investigadores de la Universidad de Harvard, en cuya investigación describieron la detección simultánea en muestras de sangre, de antígeno PSA, antígeno carcioembrionario y la proteína mucina 1 de forma altamente selectiva y con una elevada sensibilidad (detectando hasta 0,9 picogramos de las proteínas por mililitro de muestra de sangre)85. • Lab-on-a-chip. Esta tecnología ha sido empleada para medir los niveles de una serie de proteínas (IL-1B, CRP y MMP-8) en muestras de saliva, el dispositivo mostró una elevada sensibilidad para la detección de dichas proteínas, siendo útil para el diagnóstico de diversas patologías periodontales86. Resumen del papel de la Nanotecnología en la búsqueda de biomarcadores Papel en el proceso de descubrimiento de biomarcadores Identificación de biomarcadores Validación de biomarcadores Desarrollo de test de diagnóstico ✓ ✕ ✓ Principales Ventajas • Proporciona nuevas herramientas para la separación y fraccionamiento de componentes de las muestras. • Posibilita el desarrollo de nuevos test de diagnóstico. • Elevada sensibilidad. • Capacidad de integrar diferentes análisis en un único experimento. • Posibilidad de introducirse en el propio paciente. • “Label Free”. No necesita marcar las muestras. • Amplio rango de detección. Principales Inconvenientes • Tecnología muy novedosa, poco asentada. • Coste elevado de la tecnología. Tabla 11. Ficha resumen del papel de la Nanotecnología en la búsqueda de biomarcadores. Fuente: elaboración propia. 83 Johnson, J. (2006). Proteomics, nanotechnology and molecular diagnostics. Proteomics, 8(4):715-730. 84 Wu, G. et al. (2001). Bioassay of prostate-specific antigen (PSA) using microcantilevers. Nature Biotechnology, 19:856-860. 85 Zheng, G. et al. (2005). Multiplexed electrical detection of cancer markers with nanowire sensor arrays. Nature Biotechnology, 23:1294 - 1301 86 Christodoulides, N. et al. (2007). Lab-on-a-Chip Methods for Point-of-Care Measurements of Salivary Biomarkers of Periodontitis. Annals of the New York Academy of Sciences, 1098:411-428. Biomarcadores para Uso Clínico Como último punto del presente apartado, es importante mencionar un área emergente de la investigación con biomarcadores como son las Técnicas de Diagnóstico por Imagen. Como se ha comentado en anteriores puntos del Informe, los biomarcadores son indicadores de procesos biológicos que permiten definir estados patológicos. Los nuevos métodos de imagen pueden mostrar la actividad de los biomarcadores in vivo, de forma no invasiva, mostrando por ejemplo, como su localización, o su concentración cambia en el tiempo. Las técnicas de imagen se pueden clasificar a partir de la fuente de energía utilizada (rayos X, rayos gamma, positrones, fotones, ultrasonidos), la resolución espacial de la técnica (macroscópica, mesoscópica o microscópica) o por el tipo de información obtenida (anatómica, fisiológica, celular o molecular). La imagen molecular posee como característica propia que la diferencia de los métodos tradicionales de diagnóstico por imagen, el empleo de sondas capaces de emitir una señal que puede ser detectada, visualizada y cuantificada. El empleo de estas sondas permite la visualización de procesos biológicos a nivel molecular, lo que ha abierto un amplio abanico de nuevas posibilidades, sobre todo en el campo del diagnóstico precoz de las enfermedades (antes de que ocurran los cambios estructurales macroscópicos), la predicción de la respuesta a los tratamientos, así como en el desarrollo farmacéutico de nuevas moléculas terapéuticas87. Una de las tecnologías de imagen molecular que presenta un gran potencial en la búsqueda de biomarcadores es la MALDI-MSI (Análisis de imagen mediante espectrometría de masas asistida por matriz). La metodología básica de la técnica consiste en la combinación de imágenes de tejidos obtenidas por microscopía óptica, con imágenes de la distribución espacial del espectro de masas obtenidos por MALDI de la misma muestra de tejido. Esta técnica permite analizar in situ tejido sano y tejido enfermo, permite, por ejemplo, realizar un análisis de secciones de tejido de pacientes con cáncer de mama y visualizar las proteínas que aparecen en mayor abundancia en cada estadio de la enfermedad88. 87 CIMES : Centro de Investigaciones Médico Sanitarias, http://www.fgum.es/cimes/uim.html 88 Erin H. Seeley, E. H. & Caprioli, R. M. (2008). Molecular imaging of proteins in tissues by mass spectrometry. PNAS, 105(47):18126-18131. 53 54 Genoma España Práctica clínica PET RMN Ultrasonidos Rayos 1900 1920 1940 1960 1970 1980 1985 1990 1995 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 Investigación Reflectancia Tomografía Microscopia Figura 18. Tecnologías de la imagen utilizadas en oncología. Fuente: Weissleder, R. & Pittet, M. J. (2008) Imaging in the era of molecular oncology. Nature, 452:580-589. Biomarcadores para Uso Clínico 4. Aplicaciones de los biomarcadores en la práctica clínica En el año 2001, un grupo de expertos del Instituto Nacional de Salud – NIH89 de Estados Unidos sentó las bases de las definiciones y conceptos básicos relacionados con los biomarcadores90. Entre estos conceptos se encuentran recogidas las principales aplicaciones de los biomarcadores para la práctica clínica, las cuales se detallan a continuación: • diagnóstico de pacientes con una patología concreta o una condición de salud anormal. Dentro de este punto se pueden incluir los biomarcadores que permiten realizar un diagnóstico más “fino” de la patología mediante la estratificación de pacientes o clasificación de la magnitud de la enfermedad. • predicción del riesgo de sufrir una determinada patología en el futuro. • pronóstico de la enfermedad o predicción del curso que puede llevar la patología. • predicción y monitorización de la respuesta clínica del paciente a una intervención o a un tratamiento farmacológico. Paciente Susceptibildad Diagnóstico Tratamiento Genómica Proteómica Metabolómica Predisposición ••• • • Factores ambientales • ••• ••• Riesgo •• •• •• Prevención • •• •• Diagnóstico precoz • ••• ••• Estratificación •• ••• ••• Elección • ••• ••• Respuesta • ••• ••• Alternativas terapéuticas • •• •• Toxicidad • •• •• Monitorización • ••• ••• Prevención • •• •• Tabla 12. Posibles beneficios de la Genómica, la Proteómica y la Metabolómica en la atención clínica. Fuente: Kolch, W. et al. (2005). The molecular make-up of a tumour: proteomics in cancer research. Clinical Science, 108:369-383 89 Instituto Nacional de Salud (NIH) de Estados Unidos http://www.nih.gov/ 90 Bethesda, Md. Biomarkers Definitions Working Group. (2001) Biomarkers and surrogate endpoints: Preferred definitions and conceptual framework. Clinical Pharmacology and Therapeutics, 69(3):89-95. 55 56 Genoma España Las características fundamentales que debe presentar un test de diagnóstico basado en el uso de biomarcadores para poder ser considerado válido son; validez analítica, validez clínica, utilidad clínica y seguridad. Otras características importantes que añadirán valor al test serían que la prueba sea sencilla de realizar e interpretar por el facultativo, que se puedan obtener los resultados de forma rápida, que sea lo menos invasiva posible y que la relación coste-beneficio sea lo más ajustada posible. Características de un test de diagnóstico ideal: • Validez analítica —robusteza, exactitud, precisión, fiabilidad—. • Seguridad. • Rapidez del ensayo. • Sencillez de la prueba. • No invasiva. • Bajo coste. Validez analítica del test Son muchas las propiedades analíticas que definen que un test sea válido desde un punto de vista analítico. Entre ellas podemos destacar la exactitud, la precisión, y la robusteza. Se dice que un método es exacto cuando existe concordancia entre el resultado del mismo, o la media de resultados, y el verdadero valor en la muestra en cuestión. La precisión es el grado de correlación entre un grupo de resultados obtenidos al aplicar repetitiva e independientemente el mismo método analítico a una misma muestra. Es decir, la precisión tiene en cuenta la dispersión de los resultados entre sí respecto a su media. Además, podemos distinguir la dispersión debida a la realización del método analítico en distintos laboratorios, a este parámetro se le denomina reproducibilidad. La robusteza es la propiedad del método que se caracteriza por obtener el mismo resultado con independencia de las condiciones experimentales. Con todas estas propiedades se persigue finalmente que el test sea fiable, es decir, que tenga capacidad para mantener su exactitud y precisión a lo largo del tiempo. Validez clínica del Test Consideramos validez clínica a la capacidad del test para clasificar correctamente a individuos sanos y enfermos en relación a la presencia de un biomarcador. La validez clínica viene determinada por parámetros tales como la sensibilidad, especificidad y el valor predictivo. La sensibilidad es la probabilidad de clasificar correctamente a un individuo enfermo, es decir, la probabilidad de que para un sujeto enfermo se obtenga en la prue- Biomarcadores para Uso Clínico ba un resultado positivo. Por el contrario, la especificidad es la probabilidad de clasificar correctamente a un individuo sano, es decir, la probabilidad de que para un sujeto sano se obtenga un resultado negativo91. Los conceptos de sensibilidad y especificidad permiten, por lo tanto, valorar la validez de una prueba diagnóstica, sin embargo, carecen de utilidad en la práctica clínica. Estos conceptos no aportan información a priori acerca del verdadero valor diagnóstico, ya que al médico le interesa saber, ante un resultado positivo en la prueba, cuál es la probabilidad de que el paciente esté realmente enfermo. En este sentido, el valor predictivo positivo considera la probabilidad de padecer la enfermedad si se obtiene un resultado positivo en el test. El valor predictivo positivo puede estimarse, por tanto, a partir de la proporción de pacientes con un resultado positivo en la prueba, que finalmente resultaron padecer la enfermedad. Por el contrario, el valor predictivo negativo, es la probabilidad de que un sujeto con un resultado negativo en la prueba esté realmente sano. Figura 19. Representación gráfica de la sensibilidad y especificidad de un biomarcador como prueba de diagnóstico. Fuente: adaptado de Instituto Nacional del Cáncer – Instituto Nacional de Salud de Estados Unidos website: http://proteomics.cancer.gov/library/primer.asp 91 Pita Fernández, S. y Pértegas Díaz, S. Pruebas diagnósticas: Sensibilidad y especificidad. Cad Aten Primaria 2003; 10:120-124. 57 Genoma España Utilidad clínica del Test La utilidad clínica determina si el test desarrollado tiene una aplicación real en la práctica clínica, es decir, si el biomarcador aporta nueva información útil para el médico, bien sea para el diagnóstico, pronóstico o tratamiento del paciente, o si su uso introduce alguna mejora respecto a otros métodos tradicionales. Esta mejora se puede entender en términos económicos tanto directos como indirectos. Por último, es importante señalar que una vez que se ha pasado por todo el proceso de descubrimiento de un nuevo biomarcador descrito en el apartado 3.1 del presente Informe, para introducir en la práctica clínica un nuevo test de diagnóstico, como ya se ha comentado, es imprescindible realizar una serie de valoraciones sobre la eficacia, efectividad y eficiencia del test respecto a otros métodos en uso. También debe valorarse el impacto económico, el impacto sobre la organización de los servicios sanitarios y los aspectos éticos y sociales que pueden acompañar a la introducción de la prueba dentro de los servicios sanitarios92. Los biomarcadores son indicadores de procesos biológicos y por ello permiten el diagnóstico de enfermedades. El área terapéutica en el que existe una mayor actividad investigadora y en la que ha sido aprobado por una autoridad reguladora (FDA) el primer test genético de medida simultánea de los niveles de expresión de múltiples genes es la oncología93. En el presente apartado se realizará una revisión de las principales aplicaciones de los biomarcadores en la práctica clínica. 16 14 Número de test 58 12 1 13 6 10 8 3 6 5 4 5 4 2 3 1 2 1 2 5 6 7 1 0 1 2 3 4 Figura 20. Distribución de test comerciales basados en farmacogenómica por enfermedades (1 Metabolismo de fármacos/toxicidad, 2 Estratificación en cáncer, 3 Resistencia de virus frente a fármacos, 4 Patologías cardiovasculares, 5 Patologías sistema nervioso, 6 Enfermedades respiratorias, 7 Otras patologías; en amarillo test en desarrollo en verde test en uso). Fuente: Zika E. Gurwitz D. y Ibarreta, D. (2006). Pharmacogenetics and pharmacogenomics: state-of-the-art and potential socio-economic impact in the EU, Institute for Prospective Technological Studies and European Commission Joint Research Council. 92 Márquez Calderón, S. y Briones Pérez de la Blanca E. Marco para la evaluación de las pruebas genéticas en el Sistema Sanitario Público de Andalucía. Sevilla: Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias, 2005. Informe 2/2005. 93 El test Mammaprint® es el primer test pronóstico para pacientes con cáncer de mama que aprueba la FDA basado en la tecnología de microarrays, del que se habla en el apartado 4.2 del Informe. Biomarcadores para Uso Clínico 4.1. Farmacogenómica Una de las aplicaciones de la investigación en biomarcadores que más resultados ha tenido en la práctica clínica se encuentra en la Farmacogenética y Farmacogenómica. Tras varios años sin consenso, a finales del año 2007, la Agencia Europea del medicamento EMEA94 y sus homólogas la americana FDA95 y japonesa MHLW96, adoptaron unas definiciones de consenso de los términos farmacogenómica y farmacogenética a propuesta de la Conferencia internacional en harmonización de requerimientos técnicos para el registro de fármacos de uso humano – ICH97. La diferencia fundamental entre ambas disciplinas es que la farmacogenética se encarga del estudio de la influencia que ejercen las variaciones en la secuencia de ADN en relación a la repuesta a un fármaco, mientras que la farmacogenómica, por su parte, estudia tanto las variaciones en el ADN como en el ARN, es decir, estudia tanto la influencia de los cambios en el ADN como de los cambios en la expresión génica en la respuesta a un tratamiento farmacológico. En el presente Informe se utilizará el término Farmacogenómica para referirnos a la disciplina que estudia cómo afectan a la respuesta frente a un determinado tratamiento o al metabolismo del mismo, los cambios en la secuencia de ADN, en la expresión génica o en el número de copias de un determinado gen. Definiciones de consenso de Farmacogenética y Farmacogenómica adoptadas por la EMEA, la FDA y la MHLW98: • Farmacogenética: Disciplina encargada del estudio de la relación que existe entre las variaciones en la secuencia de ADN y la respuesta frente a un determinado fármaco. • Farmacogenómica: Disciplina encargada del estudio de la relación que existe entre las variaciones tanto a nivel del ADN como del ARN y la respuesta a un determinado fármaco. 94 Agencia Europea del Medicamento - EMEA, página web: http://www.emea.europa.eu/ 95 U.S Food and Drug Administration - FDA, página web: http://www.fda.gov/ 96 Ministerio Japonés de Salud, Trabajo y Bienestar, página web: http://www.mhlw.go.jp/english/index.html 97 Conferencia Internacional en Harmonización de Requerimientos Técnicos para el Registro de Fármacos de Uso Humano – ICH, página web: http://www.ich.org/cache/compo/276-254-1.html 98 E15: Definitions for Genomic Biomarkers, Pharmacogenomics, Pharmacogenetics, Genomic Data and Sample Coding Categories. Noviembre de 2007. http://www.ich.org/cache/compo/475-272-1.html#E15. 59 60 Genoma España El principal objetivo científico de la Farmacogenómica es conseguir establecer asociaciones entre variaciones que puedan aparecer sobre el ADN y variaciones en el fenotipo de respuesta a un fármaco para, de esta forma, llegar a administrar el medicamento adecuado a cada paciente, en la dosis y momento correctos. Es importante señalar que las diferencias individuales en la respuesta a un fármaco vienen determinadas no solo por factores genéticos, sino que influyen un buen número de factores tales como factores ambientales como la dieta, el hábito de fumar, etc., factores fisiológicos como la edad, el estado de salud del enfermo, o la acción conjunta con otros fármacos. Factores ambientales tabaco, alcohol, dieta, etc. Factores endógenos Factores fisiológicos edad, altura, peso, etc. Variaciones en la respuesta a fármacos Factores genéticos Xenobióticos interacciones con otros fármacos Factores patológicos enfermedades, estatus hepático, renal, cardiovascular Figura 21. Ejemplos de factores que influyen en la respuesta individual al tratamiento farmacológico. Fuente: elaboración propia. Cuando un individuo toma un fármaco, este debe ser absorbido, debe llegar a su sitio de acción, debe ser capaz de interactuar con su diana, ser metabolizado y finalmente excretado99. La farmacodinámica se encarga del estudio de respuesta de la diana farmacológica al fármaco y la farmacocinética se encarga de estudiar factores relativos a la absorción, distribución, metabolismo100 y excreción del fármaco. Las diferencias individuales de cada paciente juegan un papel fundamental en el desarrollo de estos procesos, motivo por el cual son objeto de estudio de la farmacogenómica. 99 Realizing the Potential of Pharmacogenomics: Opportunities and Challenges. (2008). Report of the Secretary’s Advisory Committe on Genetics, Health and Society. Department of Health & Human Servicies – USA. 100 Metabolismo de un fármaco: conjunto de reacciones químicas (oxidación, reducción, hidrólisis, reacciones de conjugación...) que convierten los medicamentos en compuestos más solubles en agua haciendo que sean excretados más fácilmente y que en algunos casos es necesario incluso para que los fármacos sean terapéuticamente activos. Biomarcadores para Uso Clínico Muchas de las dianas sobre las que actúan los fármacos son proteínas como enzimas o receptores de membrana. Como se comentó anteriormente, la farmacogenómica se encarga del estudio de las variaciones que hacen que unos pacientes respondan frente a un tratamiento y que otros no. En los últimos años, han aparecido un elevado número de estudios que demuestran que muchas de estas variaciones son polimorfismos de una sola base que influyen en la respuesta al fármaco, es decir, en la efectividad del mismo. Algunas de estas variaciones han llegado a ser consideradas como biomarcadores válidos para las principales agencias reguladoras como se puede observar en la Tabla 13 del presente Informe. BIOMARCADORES FARMACOGENÓMICOS APROBADOS POR LA FDA Y LA EMEA Biomarcador Medicamento asociado Utilidad clínica TPMT Azatioprina Seguridad del tratamiento UGT1A1 Irinotecan Seguridad del tratamiento CYP2D9 / VKORC1 Warfarina Seguridad del tratamiento CYP2D6 Estratera Seguridad del tratamiento HLAB*5701 Abacavir Seguridad del tratamiento EGFR Erbitux, Tarceva Eficacia del tratamiento Her2/neu Herceptin Eficacia del tratamiento Cromosoma de Filadelfia Gleevec Eficacia del tratamiento C-Kit Gleevec Eficacia del tratamiento K-ras Cetuximab Eficacia del tratamiento Tabla 13. Biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA. Fuente: Carracedo, A. (2008). Técnicas genómicas y biomarcadores: firmas genéticas y estudios de asociación. Ponencia del curso “Biomarcadores y Medicina Traslacional” UIMP/ Instituto Roche, www.institutoroche.org En cuanto al metabolismo del fármaco, en este proceso también participan proteínas tales como proteínas transportadoras o las denominadas enzimas metabolizadoras de fármacos, cuya secuencia génica puede presentar variaciones como polimorfismos que afectan directamente a la capacidad de metabolizar el fármaco en el organismo, estando este punto estrechamente relacionado con la posible aparición de efectos secundarios en el paciente. 61 62 Genoma España Variabilidad genética de enzimas metabolizadoras de fármacos o de proteínas transportadoras (C) (C) t (C) t Variabilidad genética de dianas farmacológicas o rutas Respondedores No respondedores t Exposición excesiva Exposición apropiada Exposición insuficiente Eficacia del tratamiento y efectos secundarios de toxicidad Eficacia del tratamiento y sin efectos secundarios Tratamiento sin eficacia terapéutica y sin efectos secundarios Con respuesta y sin efectos adversos Con respuesta y con efectos adversos Sin respuesta y sin efectos adversos Sin respuesta y con efectos adversos Figura 22. Esquema de la influencia de la variabilidad genética en la respuesta y la disposición de fármacos. Fuente: Bhathena, A. & Spear, B. (2008). Pharmacogenetics: improving drug and dose selection. Current Opinion in Pharmacology, 8:639-646. Anteriormente se mencionaron las dos principales aplicaciones de la farmacogenómica en la práctica clínica: conseguir mejorar la efectividad o eficacia del tratamiento farmacológico y disminuir la toxicidad del mismo, de estas aplicaciones se hablara en profundidad a continuación. Biomarcadores para Uso Clínico Mejora de la Efectividad del tratamiento farmacológico Antes de ser comercializado, un fármaco debe demostrar que es eficaz. Estas pruebas de eficacia se realizan en los ensayos clínicos a los que se somete el fármaco como paso previo a su aprobación y comercialización. El problema de la eficacia se pone de manifiesto al ser utilizado el fármaco en la práctica clínica, por el público general y por un número de pacientes mucho mayor que los que formaron parte de los diversos ensayos clínicos. En la Tabla 14 se pueden observar los porcentajes de eficacia de diferentes medicamentos. Como se puede ver en dicha tabla, un porcentaje elevado de pacientes no se benefician del tratamiento farmacológico. EJEMPLOS DE TASAS DE EFICACIA DEL TRATAMIENTO FARMACOLÓGICO EN DIVERSAS PATOLOGÍAS Patología Tasa de eficacia (%) Alzheimer 30 Analgésicos (COX-2) 80 Asma 60 Antiarrítmicos 60 ISRS- Inhibidores de la Recaptación de Serotonina (Depresión) 62 Antidiabéticos 57 Hepatitis C 47 Incontinencia 40 Migraña 52 Oncología 25 Osteoporosis 48 Artritis Reumatoide 50 Esquizofrenia 60 Tabla 14. Ejemplos de tasas de Eficacia del tratamiento farmacológico en diversas patologías. Fuente: Abad, F. & Novalbos, J. (2008). Impacto estratégico de la medicina individualizada. Implicaciones en la clínica de la farmacogenética. Rev Adm Sanit, 6:601-612. Como se comentó anteriormente, una de las fuentes de variabilidad en la respuesta a un tratamiento farmacológico es la presencia de alteraciones en la secuencia de ADN codificadora de proteínas como enzimas transportadoras, enzimas metabolizadoras de fármacos y receptores. 63 64 Genoma España Las enzimas transportadoras juegan un papel fundamental en aspectos relacionados con la absorción, distribución y excreción de fármacos. A este tipo de proteínas pertenecen familias de enzimas como las ATP-asas del tipo ABC (ATP Binding Cassette), para las que se han estudiado las consecuencias funcionales de polimorfismos en los genes que las codifican. La presencia de ciertos SNP en estos genes se ha relacionado con alteraciones en la disposición del fármaco101. Biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA que proporcionan información sobre Eficacia Terapéutica. • EGFR: el Receptor del Factor de Crecimiento Epidérmico es una proteína de membrana codificada por el gen Erb-1. El receptor normal es una proteína que se activa al unirse a su ligando, el Factor de Crecimiento Epidérmico. Al activarse el receptor se ponen en marcha una serie de reacciones que inducen la división celular y por tanto la progresión del tumor102. Cuando el gen que codifica el EGFR se encuentra mutado se produce una proteína no funcional que permanece activa sin necesidad de que se una su ligando y frente a la que no es efectivo el tratamiento con Erbitux® (Cetuximab103) y Erlotinib104. • HER2/neu: proteína codificada por el gen Erb-2, que actúa como Receptor del factor de crecimiento epidérmico 2. La presencia de más de dos copias del gen se traduce en la sobreexpresión del receptor y como resultado se observa un incremento en los niveles de proliferación celular y angiogénesis e inhibición de la apoptosis105. Las pacientes con HER2/neu sobreexpresado responden al tratamiento con Herceptin® (trastuzumab106). • Cromosoma de Filadelfia: cromosoma que se produce fruto de la traslocación entre los cromosomas 9 y 22 t (9;22) (q34;q11). El 25% de los adultos que padecen leucemia linfoblástica aguda presenta cromosoma Filadelfia positivo. Como consecuencia de esta traslocación tiene lugar la fusión de dos genes (BCR-ABL) que implica la síntesis de una proteína tirosín quinasa107 anómala. Esta proteína mutada es la diana del fármaco Gleevec® (Imatinib)108, por lo que la presencia de esta mutación génica convierte al paciente en candidato a la terapia con Gleevec®. 101 Evans, W. et al. (2003). Pharmacogenomics – Drug disposition, drug targets, and side effects. N. Engl. J. Med., 348(6):538549. 102 Lara, C.; Navarro, D. & Sáez, M. (2004). Genética del Cáncer. Biocáncer, 1:1-12. 103 Cetuximab: Anticuerpo monoclonal terapéutico cuya diana es EGFR. 104 Erlotinib: fármaco antineoplásico que se une a EGFR inhibiendo su actividad. 105 Oldenhuis, C. et al. (2008). Prognostic versus predictive value of biomarkers in oncology. European Journal of Cancer, 44(7):946-953. 106 Trastuzumab: anticuerpo monoclonal terapéutico cuya diana es la proteína HER 2 sobreexpresada en células tumorales de mama. 107 Tirosín quinasa: enzima que puede transferir grupos fosfato a residuos de tirosina de algunas proteínas y forma parte de una cascada de reacciones de señalización que permiten transmitir información desde el exterior celular hasta el ADN. 108 Imatinib: fármaco con actividad inhibidora de la enzima tirosín quinasa anormal. Se utiliza para el tratamiento de varios tipos de cáncer, entre los que se incluye la leucemia mielocítica crónica, la leucemia linfoblástica aguda, los tumores del estroma gastrointestinal, la leucemia eosinófila crónica y las enfermedades mielodisplásicas o mieloproliferativas. Biomarcadores para Uso Clínico • C-kit: el gen C-kit codifica una proteína transmembrana que actúa como receptor y tiene actividad tirosín quinasa. Cuando se le une su ligando, la enzima sufre un cambio estructural y se activa poniendo en marcha una serie de reacciones de fosforilación que tiene como resultado final el desencadenamiento de una serie de señales que actúan sobre procesos cruciales en la tumorgénesis como proliferación celular, adhesión, apoptosis y diferenciación109. • K-ras: proto-oncogen de la familia ras que codifica la proteína K-ras. K-ras es una de las proteínas que forman parte de la cascada de señalización del factor de crecimiento epidérmico EGFR. Cuando el gen K-ras aparece mutado la proteína KRAS se encuentra permanentemente activada e independientemente del estado de EGFR, los pacientes no se benefician del tratamiento dirigido contra el EGFR con el anticuerpo Cetuximab ya que la vía de señalización se encuentra activada de forma constante promoviendo la división celular y el progreso del tumor. El estado de K-ras permite por tanto decidir de antemano cuál es la opción terapéutica más conveniente para cada paciente y predecir su respuesta ante el tratamiento110. Cuadro 1. Biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA que proporcionan información sobre Eficacia Terapéutica. Fuente: elaboración propia. Las enzimas metabolizadoras de fármacos también juegan un papel fundamental en la eficacia del medicamento, las mutaciones que aparecen en los genes que codifican dichas enzimas pueden suponer un aumento o una disminución de la actividad de las enzimas que se traduce en variaciones en la respuesta al fármaco. Los polimorfismos en los genes que codifican este tipo de enzimas dan lugar a tres grupos diferentes de pacientes definidos en función de su capacidad para metabolizar los fármacos: metabolizadores lentos (poseen deficiencias en la capacidad para metabolizar el fármaco generalmente provocadas por la pérdida o la presencia de alguna mutación de uno o de los dos alelos de un gen, para estos individuos la dosis estándar de un determinado fármaco puede producir reacciones adversas, toxicidad y pérdida de eficacia), metabolizadores extensivos (capaces de metabolizar el fármaco de manera eficiente) y metabolizadores ultrarápidos (presentan sobreexpresión del gen como consecuencia de una amplificación en el mismo, en estos individuos la dosis estándar de un fármaco puede producir una sobredosis). En cuanto a los receptores farmacológicos, una prueba de la importancia de este tipo de proteínas en la efectividad del tratamiento farmacológico es el hecho de que de los cinco biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA, que proporcionan información sobre eficacia, tres son receptores celulares. Muchos de estos receptores son proteínas con actividad quinasa en los que se producen cambios estructurales cuando se unen a sus ligandos correspondientes, que se traducen en la 109 Fresno, M. (2004). Determinación inmunohistoquímica de CD117/c-kit en el GIST (tumor estromal gastrointestinal). Oncología (Barc.), 27(4):114-117. Disponible on-line: http://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S0378-48352004000400023&script=sci_arttext 110 Román, E. (2008). Oncogén KRAS: 35 años acorralando al cáncer. Diario médico, http://www.diariomedico.com/edicion/diario_medico/mi_dm/oncologia/diagnostico/es/ desarrollo/1136963_05.html 65 66 Genoma España puesta en marcha de una serie de reacciones en cadena que conllevan el desarrollo de reacciones que pueden estar relacionadas con la progresión de una patología. Estos receptores son la diana de algunos fármacos por lo que una variación en su estructura o en el número de copias del receptor puede implicar la no respuesta frente al fármaco si por ejemplo es específico para la proteína nativa111. Disminución de los posibles efectos secundarios del tratamiento farmacológico Una segunda aplicación de gran importancia de la farmacogenómica en la práctica clínica es la posibilidad que plantea en cuanto a la prevención y/o disminución de los efectos secundarios que se pueden producir en respuesta a un tratamiento farmacológico. En España las reacciones de toxicidad producidas por fármacos suponen alrededor del 4% de los ingresos hospitalarios. En Estados Unidos, se producen en torno a 106.000 muertes al año y 2,2 millones de lesiones de algún tipo como consecuencia de reacciones de toxicidad a fármacos112. Estas cifras nos dan una idea de la importancia tanto a nivel sanitario como a nivel económico de los problemas de toxicidad asociados a fármacos. Las principales enzimas implicadas en las reacciones de toxicidad son las enzimas metabolizadoras de fármacos. Como se comentó anteriormente, existen tres subtipos de individuos metabolizadores de fármacos establecidos en base a los polimorfismos que aparecen en los genes que codifican estas enzimas. Los problemas de toxicidad aparecen más marcados en los denominados metabolizadores lentos. Para estos individuos la existencia de polimorfismos en los genes que codifican las enzimas metabolizadoras de fármacos se puede traducir en la ausencia de la enzima o en el mal funcionamiento de la misma. Como consecuencia, se puede producir un aumento de la concentración plasmática del fármaco y por tanto de sus posibles efectos tóxicos. Para estos individuos, un medicamento administrado en su dosis estándar se puede acumular debido a la disminución en la capacidad para metabolizar el fármaco, pudiendo alcanzar niveles potencialmente tóxicos y producir reacciones adversas. Estos pacientes requerirán en este caso dosis menores del fármaco que el conjunto de la población. En el Cuadro 2 del presente Informe se pueden consultar los biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA que proporcionan información sobre toxicidad de fármacos. Esta información farmacogenómica aparece ya en las fichas técnicas de los medicamentos cuyo metabolismo puede verse alterado por la presencia de determinados polimorfismos en el paciente. El problema es que, en la mayoría de los casos, solo se avisa de que en pacientes con determinados polimorfismos la dosis del medicamento debe reducirse pero no se especifica de forma clara la cantidad apropiada de fármaco que deben recibir dichos pacientes. 111 112 López, M.; Mallorquín, P. & Vega, M. (2005). Genotipado en la Salud Humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. GENOMA ESPAÑA/CIBT-FGUAM. Abad, F. & Novalbos, J. (2008). Impacto estratégico de la Medicina individualizada. Implicaciones en la clínica de la farmacogenética. Rev Adm Sanit, 6:601-612. Biomarcadores para Uso Clínico En cuanto a los test farmacogenómicos que se han desarrollado y puesto en el mercado en los últimos años, la mayoría de ellos están relacionados con el análisis de enzimas metabolizadoras de fármacos (principalmente con el Citocromo P450). Estos test se han introducido en el mercado por dos vías: para estudios del metabolismo de fármacos en las fases tanto pre-clínicas como clínicas del proceso de descubrimiento de nuevos fármacos, y de forma directa al paciente como paso previo a la prescripción de un fármaco concreto (Ampli-Chip de Roche)113. En el Anexo II del presente Informe se pueden consultar los principales test farmacogenómicos en desarrollo y disponibles comercialmente. Biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA que proporcionan información sobre toxicidad de fármacos. • TPMT: Gen que codifica la enzima tiopurina S metiltransferasa. Las tiopurinas son un grupo de medicamentos a los que pertenecen fármacos como la mercaptopurina114, la azatioprina115 o la tioguanina116. Este tipo de fármacos son metabolizados por la enzima Tiopurina S metiltransferasa. Polimorfismos en el gen que codifica dicha enzima afectan a la actividad metabolizadora de la enzima. Aproximadamente el 10% de la población posee un alelo no funcional del gen, lo que se traduce en una disminución de la actividad de la TPMT y en torno al 0,3% tiene dos alelos no funcionales y en consecuencia inactividad total de la enzima TPMT117. • UGT1A1: Gen que codifica la enzima Uridina glucoronosiltrasferasa. En torno al 10% de la población norteamericana posee los dos alelos del gen UGT1A1 no funcionales lo que se traduce en una reducción de la actividad enzimática. La pérdida de función de la enzima Uridina glucoronosiltrasferasa implica un aumento de la concentración del metabolito SN-38 que se produce en el proceso de metabolismo del fármaco Camptosar® (irinotecan118). • CYP2C9/VKORC1: El gen CYP2C9 codifica una proteína miembro de la familia de enzimas del Citocromo P450, que son un tipo de monooxigenasas que catalizan muchas reacciones relacionadas con el metabolismo de fármacos, la síntesis de colesterol, de esteroides y otros lípidos. Uno de los fármacos metabolizados por la CYP2C9 es el Coumadin® (Warfarina119). La diana de este fármaco es la enzima Vitamina K epóxido reductasa que es codificada por el gen VKORC1. Los polimorfismos tanto en el gen CYP2C9 como en el VKORC1 están asociados con la pérdida o disminución de la actividad de las enzimas y por tanto con un requerimiento menor del fármaco. Cuadro 2 (continúa en pág. siguiente) 113 Zika, E.; Gurwitz, D. & Ibarreta, D. (2006). Pharmacogenetics and Pharmacogenomics: State-of-the-art and potential socio-economic impacts in the EU. IPTS- Report. 114 Mercaptopurina: medicamento indicado para el tratamiento de leucemia y diversas patologías relacionadas con el sistema inmune tales como lupus eritematoso sistémico o artritis reumatoide, por citar algún ejemplo. 115 Azatioprina: utilizada como inmunosupresor en pacientes transplantados, también es utilizado en el tratamiento de la artritis reumatoide severa, psoriasis artrítica y lupus nefrítico. 116 Tioguanina: medicamento indicado para el tratamiento de la leucemia. 117 Bhathena, A. & Spear, B. (2008). Pharmacogenetics: improving drug and dose selection. Current Opinion in Pharmacolgy, 8:639-646. 118 Irinotecan: fármaco antineoplásico usado para el tratamiento de cáncer de colon, de pulmón, de estómago, de páncreas, de ovario y gliomas principalmente. 119 Warfarina: fármaco anticoagulante prescrito para prevención y tratamiento del infarto de miocardio, tromboembolismo y accidentes cerebrovasculares. 67 68 Genoma España (viene de pág. anterior) • CYP2D6: Este gen codifica una proteína miembro de la familia de las enzimas del Citocromo P450. Su actividad enzimática se encuentra relacionada con el metabolismo de fármacos como Strattera® (Atomoxetina)120 y otros antidepresivos y antipsicóticos. Entre el 5 y el 10% de la población caucásica presenta polimorfismos en el gen CYP2D6 que pueden afectar a una o a las dos copias del gen, lo que se traduce en una reducción o incluso en la desaparición total de la actividad de la enzima121. • HLAB*5701: el gen HLAB forma parte del complejo mayor de histocompatibilidad y codifica una proteína denominada antígeno leucocitario humano. Una variante de este gen es el HLAB*5701. Los individuos infectados por HIV portadores de esta variante del gen presentan un alto riesgo de desarrollar reacciones de hipersensibilidad122 frente al fármaco Abacavir123. Cuadro 2. Biomarcadores farmacogenómicos aprobados por la EMEA y la FDA que proporcionan información sobre toxicidad de fármacos. Fuente: elaboración propia. Otras 15% Autoinmunes 10% Neurología 20% Oncología 30% Enfermedades cardiovasculares 25% Figura 23. Aplicaciones clínicas de la Investigación en biomarcadores. Fuente: Frost & Sullivan (2005). 120 Atomoxetina: fármaco indicado para el tratamiento del transtorno por déficit de atención e hiperactividad en niños a partir de 6 años y adolescentes. 121 De León, J. et al. (2006). Clinical guidelines for psychiatrists for the use of pharmacogenetic testing for CYP450 2D6 and CYP450 2C19. Psychosomatics, 47(1):75-85. 122 Mallal, S. et al. (2008). HLA-B*5701 Screening for Hypersensitivity to Abacavir. N. Engl. J. Med., 358(6): 568-579. 123 Abacavir: fármaco inhibidor de la enzima trascriptasa inversa indicado para el tratamiento (junto a otros fármacos) de la infección por VIH. Biomarcadores para Uso Clínico 4.2. Cáncer Bajo el término cáncer se agrupa a un conjunto de enfermedades bastante heterogéneas. Una característica común a todos los tipos de cáncer es que las células de un tejido comienzan a dividirse sin control, proliferando de manera anormal y adquiriendo la capacidad de invadir otros tejidos. A pesar de los grandes avances que se han producido en el tratamiento de esta enfermedad en los últimos años, las tasas de incidencia y mortalidad por cáncer continúan siendo muy elevadas. En España, el cáncer es la primera causa de mortalidad entre los hombres y la segunda entre las mujeres por detrás de patologías cardiovasculares. Concretamente en el año 2005 en España en torno al 30% de las muertes en hombres y al 19% en mujeres fueron debidas al cáncer124. Estos datos nos dan una idea de la elevada prevalencia de la enfermedad en la sociedad y de la importancia de desarrollar nuevas estrategias para el tratamiento y diagnóstico temprano de la enfermedad. El diagnóstico tradicional del cáncer basado en la realización de análisis morfológicos de biopsias del tumor, presenta importantes limitaciones en cuanto a la predicción de la posible progresión del tumor o frente a la respuesta al tratamiento. Frente a esta aproximación empírica al diagnóstico del tumor, los biomarcadores se presentan como una alternativa prometedora para el diagnóstico, pronóstico, predicción de respuesta al tratamiento o identificación de potenciales dianas de nuevas terapias. Un biomarcador en cáncer se define como “una alteración molecular, celular, de un tejido o de un proceso biológico que proporciona información acerca del comportamiento presente o futuro del proceso canceroso” 125. 124 Cifras de incidencia y mortalidad de cáncer en España. Fuente: Asociación española contra el cáncer website: http://www.todocáncer.com/ESP/Informacion+cáncer/Estadistica/ 125 Hayes, D. F. et al. (1996). Tumor marker utility grading system: A framework to evaluate clinical utility of tumor markers. Journal of the National cáncer Institute, 88(20):1456-1466. 69 70 Genoma España POSIBLES USOS CLÍNICOS DE LOS BIOMARCADORES EN EL TRATAMIENTO DEL CÁNCER Uso clínico Objetivo Estratificación del riesgo Evaluación de la probabilidad de desarrollo de cáncer en pacientes asintomáticos. Quimioprotección Identificación de los mecanismos moleculares de carcinogénesis en tejidos precancerosos. Seguimiento Detección y tratamiento de cánceres en estadios tempranos en población asintomática. Diagnóstico Establecer con certeza la presencia de cáncer. Clasificación Clasificación de pacientes en subgrupos específicos. Pronóstico Predicción del desarrollo de la enfermedad. Predictivo Predicción de la posible respuesta frente a terapias concretas y ayuda en la elección del medicamento más adecuado para cada paciente. Gestión del riesgo Identificación de pacientes con una probabilidad elevada de desarrollar efectos adversos frente al tratamiento. Monitorización de la terapia Determinación de si una terapia está teniendo los resultados esperados o si aparecerán efectos adversos. Supervivencia tras el tratamiento Detección temprana y tratamiento de la enfermedad recurrente. Tabla 15. Posibles usos clínicos de los biomarcadores en la atención médica a enfermos de cáncer. Fuente: Cancer Biomarkers: The Promises and Challenges of Improving Detection and Treatment. (2007). Committee on Developing Biomarker-Based Tools for cancer Screening, Diagnosis, and Treatment, Sharyl J. Nass and Harold L. Moses, Editors. National Academy of Sciences. Como se comentaba anteriormente, bajo el nombre genérico de cáncer se agrupan un buen número de patologías similares, existiendo más de doscientos tipos de cáncer distintos, por lo que un correcto diagnóstico de la enfermedad es muy importante de cara a la respuesta del paciente frente al tratamiento. Los biomarcadores tienen la capacidad de poder realizar un diagnóstico más “fino” del cáncer y han revolucionado la taxonomía de los cánceres ofreciendo clasificaciones moleculares mucho más precisas. En la práctica clínica se realizan análisis rutinarios de distintos biomarcadores, algunos de estos biomarcadores más implantados en la práctica clínica pueden consultarse en la Tabla 16 del presente Informe. Biomarcadores para Uso Clínico EJEMPLOS DE MARCADORES TUMORALES UTILIZADOS EN LA PRÁCTICA CLÍNICA ACTUALMENTE Biomarcador Tipo de tumor Año de descubrimiento Aplicación clínica Alfa-fetoproteína Hepatoma de células germinales 1963 Diagnóstico. Estratificación. Detección de recurrencia. Monitorización de la terapia. Calcitonina Carcinoma medular de tiroides 1970 Diagnóstico. Monitorización de la terapia. CA125 Ovario 1981 Pronóstico. Detección de recurrencia. Monitorización de la terapia. CA15-3 Mama 1984 Monitorización de la terapia. CA19-9 Páncreas 1979 Monitorización de la terapia. Antígeno Carcinoembrionario Colon 1965 Monitorización de la terapia. Pronóstico. Detección de recurrencia. Screening de metástasis hepática. ER y PgR Mama 1970 Selección de pacientes para terapia endocrina. HER2 Mama 1985 Selección de pacientes para terapia con trastuzumab. 1938 Diagnóstico. Estratificación. Detección de recurrencia. Monitorización de la terapia. 1954 Diagnóstico. Pronóstico. Detección de recurrencia. Monitorización de la terapia. 1979 Diagnóstico (acompañado de examen dígito-rectal). Screening (acompañado de examen dígito-rectal). Gonadotropina-β coriónica humana Lactato deshidrogenasa Testículo Células germinales Antígeno específico de Próstata Próstata Tiroglobulina Tiroides 1956 Monitorización de la enfermedad. Tabla 16. Ejemplos de marcadores tumorales utilizados en la actualidad en la práctica clínica. Fuente: Kulasingam, V & Diamandis, E. (2008). Strategies for discovering novel cancer biomarkers through utilization of emerging technologies. Nature Clinical Practice Oncology, 5 (10):588-599. Por otra parte, el diagnóstico de varios tipos de cáncer hematológicos, como la leucemia o el linfoma, ha mejorado notablemente en los últimos años gracias al uso de marcadores que han permitido realizar una clasificación molecular de los mismos. Hace 50 años solo estaban identificados tres tipos de leucemia y dos de linfoma, mientras que en la actualidad están tipificados alrededor de 38 tipos de leucemia y 51 de linfoma. 71 72 Genoma España MEJORA EN EL DIAGNÓSTICO Y EN LA CLASIFICACIÓN DE TIPOS DE LEUCEMIA Y LINFOMA Hace 100 años 0% Enfermedades de la sangre Hace 80 años Leucemia o linfoma Hace 60 años Leucemia crónica Leucemia Aguda Preleucemia Linfoma lento Linfoma agresivo 38 tipos de Leucemia identificados: Leucemia mieloide aguda (12) Leucemia linfoblástica aguda (2) Leucemia promielocítica aguda (2) Leucemia monocítica aguda (2) Leucemia eritroide aguda (2) Leucemia megacarioblástica aguda Leucemia mielomonocítica aguda (2) Leucemia mieloide crónica Desórdenes mieloproliferativos Crónicos (5) Síndromes mielodisplásicos (6) Síndromes mielodisplásicos/ mieloproliferativos (3) 51 tipos de linfoma identificados: Linfomas de células B maduras (14) Linfomas de células T maduras (15) Neoplasia de células plasmáticas (3) Linfoma inmaduro (2) Linfoma de Hodgkin (5) Linfoma asociado a Inmunodeficiencia (5) Otros tipos de neoplasias (7) Actualidad 70% Figura 24. Mejora del diagnóstico y de la clasificación de la enfermedad en leucemia y linfoma. Fuente: Allison, M. (2008). Is personalized medicine finally arriving?. Nature Biotechnolgy, 26 (5):509-517. El desciframiento del genoma humano y el avance de las tecnologías “ómicas” han supuesto en los últimos años la aparición de un gran número de biomarcadores de potencial utilidad en cáncer. De estos posibles biomarcadores, solo unos pocos se van introduciendo lentamente en la práctica clínica, tratándose fundamentalmente de biomarcadores que proporcionan información sobre toxicidad de medicamentos o sobre la posible respuesta del paciente frente al tratamiento. En la Tabla 17 se pueden consultar los biomarcadores considerados hasta la fecha como válidos por la FDA en oncología. Todos proporcionan información farmacogenómica. Esta información farmacogenómica aparece en la ficha técnica del medicamento junto con el criterio sobre el uso del test asociado a cada biomarcador (informativo, recomendado u obligatorio). Biomarcadores para Uso Clínico BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS EN EL ÁREA DE ONCOLOGÍA QUE PROPORCIONAN INFORMACIÓN FARMACOGENÓMICA Biomarcador C-KIT Medicamento Mesilato de Imatinib (Glivec) Tipo de test Indicación Utilidad clínica del test Informativo • Sarcoma del estroma gastrointestinal. • Medida de la respuesta frente a tratamiento con glivec. Deleción del cromosoma 5q Lenalidomida Informativo • Anemia producida por síndromes mielodisplásicos, mieloma múltiple. • La deleción del cromosa 5q se encuentra presente en un 20-30% de pacientes126. Deficiencia del gen DPD Capecitabina Informativo • Tratamiento de cáncer de mama y cáncer colorrectal. • Predice la toxicidad del fármaco Capecitabina. Informativo • Tratamiento de cáncer de pulmón. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento con erlotinib (probable mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Informativo • Tratamiento de cáncer de cabeza y cuello de células escamosas. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento (probable mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Obligatorio • Tratamiento de cáncer colorrectal. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento (mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Recomendado • Agente desintoxicante para el tratamiento antineoplásico. • Predice la toxicidad por Rasburicasa (pacientes con deficiencia en la enzima G6PD pueden presentar reacciones de toxicidad frente al fármaco). Obligatorio • Tratamiento de cáncer de mama. • Predice la posible respuesta frente al tratamiento (mejor respuesta en pacientes que sobreexpresan el gen Her2/neu). Informativo • Fármaco anticancerígeno. • Predice la posible respuesta a terapia con Busulfan (disminución de la eficacia del tratamiento en pacientes sin traslocación entre los cromosomas 9 y 22 - cromosoma de filadelfia). Expresión de EGFR Expresión de EGFR Expresión de EGFR Deficiencia de G6PD Sobreexpresión de Her2/neu Cromosoma de Filadelfia Erlotinib Cetuximab Cetuximab Rasburicasa Trastuzumab Busulfan (continúa en pág. siguiente) 126 La FDA garantiza la aprobación de la solicitud de fármaco nuevo adicional (sNDA) de REVLIMID(R) en combinación con dexametasona para el tratamiento de mieloma múltiple http://www.prnewswire.co.uk/cgi/news/release?id=174489 73 74 Genoma España BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS EN EL ÁREA DE ONCOLOGÍA QUE PROPORCIONAN INFORMACIÓN FARMACOGENÓMICA (cont.) Biomarcador Cromosoma de Filadelfia Expresión del gen alfa PML/RAR Medicamento Dasatinib Tretinoína Tipo de test Indicación Utilidad clínica del test Obligatorio • Tratamiento de leucemia limfoblástica. • Predicción de respuesta (tratamiento efectivo en pacientes con presencia de traslocación entre los cromosomas 9 y 22 - cromosoma de filadelfia). Informativo • Tratamiento de la leucemia promielocítica aguda. • Predicción de respuesta (tratamiento no eficaz en pacientes que no presenten el marcador PML/RAR). Variantes de UGT1A1 Irinotecan Recomendado • Fármaco antineoplásico. • Predicción de toxicidad (pacientes con mutaciones en UGT1A1 pueden desarrollar reacciones de toxicidad como neutropenia con el tratamiento). Variantes de UGT1A1 Nilotinib Informativo • Tratamiento de la leucemia mieloide crónica. • Predicción de seguridad (pacientes con polimorfismos en el gen UGT1A1 pueden desarrollar hiperbilirrubinemia). Tabla 17. Biomarcadores genómicos considerados válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados en el área de oncología. Fuente: Table of valid genomic biomarkers in the context of approved drug labels. http://www.fda.gov/cder/genomics/genomic_biomarkers_table.htm Frente al listado de biomarcadores considerados como válidos por la FDA existen un gran número de biomarcadores “posibles” en la literatura científica cuyo objetivo es predecir la posible respuesta a un tratamiento en cáncer o los posibles efectos adversos del mismo. Pertenecen a este tipo de biomarcadores los que se integran en el test Oncotype. Este test pretende analizar el nivel de expresión de 21 genes y su relación con la posible respuesta del paciente frente al tratamiento antineoplásico en cáncer de mama. El test está siendo sometido en la actualidad a un ensayo clínico denominado TailorX en el que se pretende obtener información sobre alrededor de 10.000 pacientes hasta el año 2016127. Otro tipo de biomarcadores que pueden jugar un papel clave en el manejo del cáncer en los próximos años son los biomarcadores que puedan predecir el riesgo de desarrollar cáncer, incluso en pacientes asintomáticos. 127 Información sobre el ensayo clínico TAILORx Clinical Trials http://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00310180?term=tailorX&rank=1 Biomarcadores para Uso Clínico Dentro de este tipo de biomarcadores se encuentran los biomarcadores que constituyen el test Mammaprint, primer test pronóstico para pacientes con cáncer de mama que aprueba la FDA basado en la tecnología de microarrays128. Mammaprint integra la información sobre los niveles de expresión de 70 genes que están relacionados con el curso de la patología. Su posible utilidad radica en que en pacientes con cáncer de mama localizado, la cirugía puede ser el tratamiento más adecuado sin necesidad de someterles a un tratamiento adicional de quimioterapia para prevenir la recurrencia del cáncer. Mammaprint puede ayudar a discernir entre las pacientes con probabilidad elevada de desarrollar recidiva pudiendo de esta forma administrarles el tratamiento quimioterápico únicamente a estas pacientes y no a las que puedan tratar la enfermedad con cirugía únicamente129 (sin riesgo de recaída). El test fue aprobado por la FDA en base a los datos obtenidos de un ensayo clínico retrospectivo sobre muestras de pacientes con cáncer de mama localizado. En la actualidad el test está siendo evaluado mediante un ensayo clínico prospectivo denominado MINDACT130. Este ensayo se puso en marcha en el año 2006 y su duración se prevé hasta el año 2019, tiempo en el que se analizarán muestras procedentes de unas 6.000 pacientes con cáncer de mama de nodo linfático negativo. A pesar de que el único test que ha obtenido hasta la fecha aprobación por la FDA es el anteriormente mencionado Mammaprint, existen un buen número de test disponibles comercialmente (Anexo II). Estos test se introducen en el mercado siguiendo caminos reguladores distintos al caso de Mammaprint. En el apartado 5.3 del presente Informe se analizan estas vías que puede utilizar la Industria para introducir un nuevo test en el mercado. Un tipo distinto de biomarcadores de utilidad en cáncer de los que se ha hablado anteriormente en el presente apartado son los biomarcadores basados en cambios epigenéticos. Como se comentó en el apartado 2 del presente Informe, los cambios epigenéticos son una serie de modificaciones químicas que se producen sobre el ADN. Estas modificaciones pueden ser útiles para identificar estados patológicos, ya que para algunas patologías como el cáncer se ha demostrado la existencia de cambios en los patrones de metilación del ADN. 128 FDA Clears Breast Cancer Specific Molecular Prognostic Test Noticias FDA 6 de febrero de 2007 http://www.fda.gov/bbs/topics/NEWS/2007/NEW01555.html 129 Del Barrio, J. (2008). Investigación traslacional y Medicina Genómica. I+D en la Industria Farmacéutica. Foro Integra – Instituto Roche. Publicado on-line http://www.institutoroche.es/actividades2.php?ap=formacion&taula=formacion&id=100&pc=revisiones 130 Información sobre el ensayo clínico MINDACT Clinical Trials http://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00433589?term=mindact&rank=1b 75 76 Genoma España Tumor Diagnóstico de la enfermedad: Detección de la hipermetilación de las islas Cpg en fluidos biológicos y sangre Pronóstico: Hipermetilación de genes concretos. Perfil completo de la metilación del ADN. Mapas de modificaciones de histonas. Seguimiento de la enfermedad: Detección de la hipermetilación de las islas CpG en fluídos biológicos y sangre Predicción: Hipermetilación de la islas CpG como marcador de respuesta a quimioterapia, terapia hormonal y terapia dirigida Figura 25. Utilidad de la epigenética en la detección del cáncer. Fuente: Esteller, M. (2008). Epigenetics in cancer. N. Engl. J. Med., 358(11):1148-59. Las posibles aplicaciones de la epigenética en cáncer (al margen de posibles terapias) son el uso de los cambios de metilación del ADN como marcadores de diagnóstico temprano y pronóstico de la enfermedad, de predicción de respuesta frente a tratamiento y de seguimiento de la enfermedad. Uno de los principales cambios epigenéticos que se presenta como posible biomarcador de utilidad clínica en el diagnóstico del cáncer es la hipermetilación de las islas CpG que presentan algunas células en procesos tumorales. Los cambios en los patrones de metilación del ADN parecen ocurrir desde los primeros estadios de desarrollo de la enfermedad131. Este hecho es de gran importancia en una patología como el cáncer en la que el diagnóstico temprano de la enfermedad juega un papel clave en el trascurso de la misma. En la siguiente tabla se enumeran los principales biomarcadores epigenéticos con posible utilidad clínica. 131 Laird, P. W. (2003). Early detection: The power and the promise of DNA methylation markers. Nat. Rev. Cancer, 3:253-266. Biomarcadores para Uso Clínico BIOMARCADORES EPIGENÉTICOS CON POSIBLE UTILIDAD CLÍNICA Gen Hipermetilado Posible uso clínico p16INK4a Cálculo del riesgo de cáncer de colon y cáncer de endometrio. Detección de células neoplásicas en hígado y pulmón. Progresión del carcinoma oral de célula escamosa. p14ARF Detección de células cancerosas en cerebro. Progresión del carcinoma oral de célula escamosa. MGMT Cálculo del riesgo de cáncer de colon. Detección de células neoplásicas pulmón. Respuesta al tratamiento en gliomas. APC Cálculo del riesgo de cáncer de colon y cáncer de mama. BRCA1 Respuesta al tratamiento en cáncer de mama y de ovario. hMLH1 Cálculo del riesgo de cáncer de colon, cáncer de endometrio y gástrico. Respuesta al tratamiento. SFRP1 Pronóstico desfavorable en cáncer de mama. DAPK Recurrencia de cáncer de vejiga. CDH1 Pronóstico desfavorable de diversos tipos de cáncer. CDH13 Pronóstico desfavorable de diversos tipos de cáncer. THBS-1 Pronóstico desfavorable de diversos tipos de cáncer. FAT Pronóstico desfavorable de diversos tipos de cáncer. GSTP1 Detección de células cancerosas en cáncer de próstata. Respuesta al tratamiento. ER Respuesta al tratamiento. AR Respuesta al tratamiento. PR Respuesta al tratamiento. Tabla 18. Biomarcadores epigenéticos con posible utilidad clínica. Fuente: Mulero–Navarro, S. & Esteller, M. (2008). Epigenetic biomarkers for human cancer. Critical reviews in Oncology/Hematology, 68:1-11. 77 78 Genoma España En la actualidad, no existe ningún test de diagnóstico basado en patrones de metilación del ADN aprobado por la FDA132. No obstante, el trabajo en este campo de conocimiento es muy activo tanto en el mundo académico como en el mundo empresarial. Por ese motivo, es probable que en los próximos años aparezcan los primeros test basados en modificaciones epigenéticas. 4.3. Enfermedades infecciosas Una infección es una enfermedad causada por la invasión y multiplicación de gérmenes (bacterias, virus, hongos o parásitos) dentro del organismo y que se han introducido en él bien directamente desde un individuo infectado a través de piel o mucosas o indirectamente por el aire o alimentos contaminados. La infección puede permanecer localizada o por el contrario distribuirse por todo el organismo por vía sanguínea o linfática produciendo una infección sistémica. Pertenecen a este tipo de enfermedades el SIDA, la tuberculosis, la malaria, el tétanos, la meningitis, etc. En la actualidad, las enfermedades infecciosas constituyen una de las principales causas de mortalidad y morbilidad en el mundo. Ocasionan 17 millones de muertos al año, un tercio de la mortalidad total133. La continua aparición de nuevas enfermedades infecciosas y la reaparición de antiguos patógenos van a causar un impacto global a lo largo del siglo XXI. El diagnóstico tradicional de este tipo de enfermedades se realiza, en primer lugar, mediante el historial clínico del paciente, prestando especial atención a los viajes realizados a zonas endémicas, hábitos alimentarios, contacto con animales o picaduras de insectos. A continuación, se efectúa una exploración física completa y, por último, se lleva a cabo un diagnóstico microbiológico (tinciones, examen microscópico de especímenes, crecimiento de cultivos, detección de antígenos). Algunos de estos ensayos requieren un periodo de tiempo largo antes de obtenerse resultados definitivos y, aunque en un primer momento las técnicas de inmunoanálisis habían solucionado en parte este problema, la efectividad de esta técnica se ha visto afectada por la capacidad de los microorganismos de alterar su antigenicidad, es decir, de su manera de comportarse134. Por otra parte, estas técnicas presentan limitaciones en la detección de la enfermedad en los primeros estadios. Esto supone un problema importante en aquellos pacientes cuyo diagnóstico no está clínicamente claro y donde un tratamiento rápido, adecuado y exacto es fundamental para evitar una infección sistémica135. Además, un diagnóstico temprano evita pérdidas económicas de tipo sanitario. 132 Mulero–Navarro, S. & Esteller, M. (2008). Epigenetic biomarkers for human cancer. Critical reviews in Oncology/Hematology, 68:1-11. 133 Organización Mundial de la Salud (OMS). Web http://www.who.int/es/ 134 Doménech-Sánchez A, et al. (2004). Fundamento, tipos y aplicaciones de los arrays de ADN en la microbiología médica. Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica, 22(1): 46-54. 135 Kofoed. K, et al. (2007). Use of plasma c-reactive protein, procalcitonin, neutrophils, macrophage migration inhibitory fastor, soluble triggering receptor expressed on myeloid cells1 in combination to diagnose infections:a prospective study. Critical Care, 11:R38. Biomarcadores para Uso Clínico Los biomarcadores se presentan ante nosotros como herramientas que permiten realizar un diagnóstico precoz de las patologías infecciosas, diferenciando las causas de la infección sistémica de origen bacteriano de las de otro origen, e informando del pronóstico de la enfermedad así como de su curso clínico. Además, posibilitan la detección del mecanismo de patogenicidad del microorganismo así como su acción en el organismo hospedador. La detección temprana de las patologías infecciosas permite reducir el uso excesivo e innecesario de antibióticos que dan lugar a un aumento de las resistencias136. Principales aplicaciones de los biomarcadores en las Enfermedades Infecciosas: • Estudios de patogénesis: identificación de los factores de virulencia del patógeno, estudio de los mecanismos de evasión del sistema inmune. • Estudios de susceptibilidad: susceptibilidad del hospedador a la infección. • Respuesta a fármacos: respuesta del paciente a un tratamiento farmacológico, respuesta del patógeno al tratamiento. • Desarrollo de vacunas: descubrimiento de antígenos. • Identificación de patógenos: diagnóstico de patologías. El futuro en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas pasa por la combinación de técnicas como la PCR con tecnologías emergentes (genómica, proteómica). De las tecnologías “ómicas” se espera que puedan superar algunas limitaciones de las técnicas tradicionales tales como, por ejemplo, el número limitado de genes que permite analizar la PCR. Estas nuevas técnicas mejorarán la comprensión de las interacciones que se producen entre el agente patógeno y el hospedador durante la infección. Además, se ha conseguido secuenciar completamente el genoma de diversos patógenos causantes de estas enfermedades (Escherichia Coli, Helicobacter pylori, etc.) aportando importante información sobre la evolución del proceso infeccioso ya que durante el mismo se producen mutaciones, delecciones y adquisición de genes. Por otra parte, cada agente patógeno posee una secuencia específica que le distingue del resto, lo que permite efectuar un diagnóstico diferencial de la patología en base a la información molecular. En el campo de la genómica tienen un papel destacado los Microarrays de ADN que están siendo de gran utilidad en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas. Como ha sido mencionado en apartados anteriores del presente Informe, un microarray es un conjunto de sondas moleculares fijadas de manera ordenada sobre un soporte sólido. 136 Prat, C. Tesis (2006). Importància diagnòstica i pronòstica dels marcadors d’inflamació en patologia infecciosa. Noves molècules antiinflamatòries bacterianes. Universitat Autònoma de Barcelona. Descargada de la web http://www.tesisenxarxa.net 79 80 Genoma España APLICACIONES DE LOS MICROARRAYS EN LAS ENFERMEDADES INFECCIOSAS Patogénesis Susceptibilidad del huésped Respuesta a fármacos Desarrollo de vacunas Identificación de patógenos Figura 26. Aplicaciones de los microarrays en Enfermedades Infecciosas. Fuente: adaptado de Microarray Applications in Infectious Diseases. Applications notes, Affymetrix Inc. www.affymetrix.com Las principales ventajas del uso de los microarrays de ADN en el diagnóstico y estudio de las enfermedades infecciosas son, fundamentalmente, la rapidez del análisis y la posibilidad que ofrecen de detectar de forma simultánea un amplio número de microorganismos. Frente a estas ventajas, uno de los principales inconvenientes es su baja sensibilidad de detección, siendo necesaria la realización de un paso previo de amplificación génica mediante PCR. Existe un gran número de microarrays disponibles en el mercado. De todos ellos solo unos pocos son apropiados para la práctica clínica. El GeneChip® de Affymetrix es una de las plataformas comerciales que ha mostrado un mayor grado de idoneidad para la práctica clínica. Entre sus aplicaciones se encuentran la identificación y el genotipado de patógenos como Streptococcus pyogenes, Staphylococcus, o de mecanismos de resistencia de diferentes patógenos como de M. tuberculosis al antibiótico rifampicina, por citar algunos ejemplos. Se trata de chips con alta densidad de puntos que permiten obtener una enorme cantidad de información pero que presentan una complejidad y un precio elevados, lo que limita su uso a grandes laboratorios. De los diferentes tipos de arrays que existen en la actualidad la plataforma que más se ha implantado en los laboratorios de diagnóstico clínico son los denominados arrays de baja densidad, principalmente porque tienen un coste más ajustado que otras plataformas comerciales y porque requieren equipamientos más sencillos para la impresión, hibridación y posterior escaneado del chip137. 137 Mikhailovich, V. et al. (2008). DNA microarrays in the clinic: infectious diseases. BioEssays, 30:673-682. Biomarcadores para Uso Clínico Por otra parte, como se ha comentado en el apartado 3.2.2 del presente Informe, la proteómica es una técnica que tiene por objeto el estudio del conjunto de proteínas que se expresan en un momento determinado y bajo unas condiciones concretas en células, tejidos u órganos. Durante el proceso infectivo se producen numerosos cambios de expresión en las proteínas, por este motivo la proteómica puede tener una aplicación muy importante en el diagnóstico de patologías infecciosas. Puede utilizarse como un enfoque complementario a la genética138, ya que puede proporcionar información sobre los cambios de patrones de expresión de las proteínas de acuerdo a diferentes condiciones de crecimiento bacteriano. Existen algunas enfermedades infecciosas que a día de hoy presentan dificultades para su diagnóstico en fases tempranas de la infección, cuando el tratamiento es más efectivo. Este es el caso, por ejemplo, de la tripanosomiasis africana también conocida como la enfermedad del sueño. Esta patología está causada por la picadura de la mosca Tsé-Tsé que es la portadora del parásito causante de la enfermedad. La mayor parte de las personas afectadas por la patología son diagnosticadas cuando la enfermedad está muy avanzada, cuando los síntomas son más evidentes. El problema es que en este punto de desarrollo de la enfermedad, los tratamientos son menos efectivos. Mediante técnicas proteómicas se ha conseguido elaborar una “firma” de proteínas que permite diferenciar entre individuos afectados por la patología e individuos sanos. Esta nueva aproximación al diagnóstico de la enfermedad del sueño permitiría el diagnóstico de la enfermedad en estadios más tempranos de la misma139. En la literatura científica existen muchos estudios sobre el uso de la proteómica como herramienta de diagnóstico de diferentes patologías infecciosas. Pero para su introducción en la práctica clínica es necesario realizar ensayos prospectivos que permitan la validación de estos biomarcadores proteicos como elementos de diagnóstico y el posterior desarrollo de test basados en el uso de dichos biomarcadores. Otra de las posibles aplicaciones de la proteómica en el estudio de las enfermedades infecciosas se encuentra en el estudio de las interacciones que se producen entre el agente patógeno y el individuo afectado por la patología, o el estudio de los mecanismos de resistencia de los microorganismos frente a antibióticos, por ejemplo, la eritromicina posibilitando el estudio de la expresión de la proteína en cepas sensibles y resistentes a este antibiótico140. 138 Huang, S.-H. et al. (2002). Infectomics:genomics and proteomics of microbial infections. Functional & Integrative Genomics, 1:331-344 139 Papadopoulos, M. C. et al. (2004). A novel and accurate diagnostic test for human African trypanosomiasis. The Lancet, 363(9418):1358-1363. 140 Chambers et al. (2000). Proteomics: a new approach to the study of disease. Journal of Pathology, 192:280-288. 81 82 Genoma España 4.4. Enfermedades cardiovasculares Las enfermedades cardiovasculares o ECV son aquellas que afectan al corazón y a los vasos sanguíneos (arterias, capilares, venas). Pertenecen a este tipo de enfermedades la isquemia cardíaca, el infarto agudo de miocardio, la insuficiencia cardíaca o la embolia, por citar algunos ejemplos. Las ECV son la principal causa de muerte en todo el mundo. Se calcula que en 2015 morirán por estas enfermedades cerca de 20 millones de personas141. El diagnóstico tradicional de estas enfermedades se realiza en primer lugar mediante el análisis del historial clínico del paciente con especial atención a los antecedentes familiares y posteriormente se lleva a cabo una exploración física completa. Por otra parte se efectúan pruebas para hacer más preciso el diagnóstico tales como el electrocardiograma, prueba de esfuerzo, resonancia magnética, cateterismo, angiografía coronaria, etc. El diagnóstico precoz tiene un papel central en la prevención de este tipo de patologías. Estas enfermedades son en su mayoría patologías complejas en las que el genotipo confiere una susceptibilidad a sufrir la patología, pero para las que el desarrollo de la enfermedad viene determinado por la interacción de los genes de susceptibilidad con las condiciones ambientales y con otros genes. Muchas personas con cardiopatías coronarias tienen solo uno, o ninguno, de los clásicos factores de riesgo (vida sedentaria, colesterol aumentado en sangre, hipertensión, tabaquismo, diabetes, estrés, etc.). Por lo tanto, los nuevos biomarcadores son necesarios para aumentar la información obtenida de los indicadores tradicionales y para aportar más conocimiento sobre los mecanismos de la enfermedad. Hasta la fecha, los principales biomarcadores que han mostrado una mayor utilidad en el diagnóstico de patologías cardiovasculares son biomarcadores protéicos como las Troponinas I y T para el infarto de miocardio y el Péptido Natriurético Cerebral en la insuficiencia cardíaca. Estos biomarcadores también parecen mostrar un valor pronóstico para las personas que han sufrido infarto o insuficiencia aguda, pero este punto no está tan claro como su valor diagnóstico. Otros posibles biomarcadores de utilidad en la predicción de eventos cardiovasculares son biomarcadores asociados a procesos inflamatorios como la proteína C reactiva, la interleuquina 6 y la fosfolipasa asociada a lipoproteína A2 o el fibrinógeno en trombosis142. El empleo de las nuevas tecnologías “ómicas” en la búsqueda de biomarcadores de utilidad para las patologías cardiovasculares se encuentra aún en sus primeros estadios de desarrollo. La genómica persigue dos objetivos fundamentales: conseguir identificar nuevos biomarcadores que permitan diagnosticar a aquellos pacientes que tienen la patología pero que no muestran síntomas, es decir poder diagnosticar a los 141 Organización Mundial de la Salud (OMS). Descargado de la web http://www.who.int/es/ 142 Gerszten, R. & Wang, 8). The search for new cardiovascular biomarkers. Nature, 451(21):949952. Biomarcadores para Uso Clínico Placa - LDL ox LDL CRP IL-6 Il-10 IL-18 Fbg TNF- Placa inestable - MMp-9 MPO ICAM VCAM Ruptura de la placa - sCD40L PIGF PAPP-A VCAM Trombosis - sPAI-1 SCD40L VwF Dímero D Isquemia - IMA FFA Colina BNP IL-6TF Isquemia - CTNT CTNI CK-MB Myg Remodelado - BNP - NT-ProBNP Figura 27. Biomarcadores que pueden estar elevados en cada una de las fases de una ECV. Las flechas indican la secuencia de los acontecimientos durante el síndrome coronario agudo. Fuente: Ramachandran, S. (2006). Biomarkers of cardiovascular disease: molecular Basis and Paractical Considerations. Circulation, Journal of the American Heart Association, 113:2335-2362. pacientes asintomáticos y biomarcadores de riesgo que permitan predecir la posible aparición de la patología incluso antes de que esta comience a desarrollarse. En las ECV estos puntos son críticos ya que en este tipo de patologías muchas veces la primera manifestación de la enfermedad es la propia muerte del paciente, sobre todo en episodios agudos tales como infartos de miocardio. Dentro de las ECV se incluyen enfermedades como las canalopatías y las miocardiopatías que tienen una base genética confirmada. Se trata de patologías monogenéticas para las que se han identificado, y se continúan identificando, las mutaciones que conllevan al desarrollo de las patologías. Pero la mayoría de las ECV son patologías muy complejas, como se indicó anteriormente, en las que no es posible asignar a un único gen un valor predictivo elevado. Una de las aplicaciones de las tecnologías “ómicas” en la búsqueda de biomarcadores de las ECV, es la realización de estudios de asociación de SNP. La actividad investigadora en este área es muy intensa existiendo un elevado número de estudios que pretenden encontrar asociaciones entre SNP en genes candidatos y patologías coronarias. En estos estudios, lo que se hace es buscar SNP en las regiones del genoma que contienen estos genes candidatos, dejando fuera del estudio los SNP que no se encuentran en dichas regiones, limitando así el alcance del estudio. Por otra parte, un problema muy importante de estos estudios es la falta de reproducibilidad entre laboratorios143. 143 López, M.; Mallorquín, P. y Vega, M. (2005). Técnicas de genotipado en la salud humana. Informe de Vigilancia Tecnológica. GENOMA ESPAÑA / CIBT-FGUAM . 83 84 Genoma España Otra aproximación a la búsqueda de biomarcadores de ECV bajo el paraguas de las tecnologías “ómicas” es la realización de estudios masivos de asociación genómica. Aplicando esta estrategia, recientemente, varios grupos de investigación han identificado un locus del cromosoma 9 que podría estar relacionado con la aparición prematura de infarto de miocardio144. A pesar del estadio inicial en el que se encuentran todas estas investigaciones, en varios países ya se han empezado a comercializar test, normalmente de venta directa al consumidor, que pretenden predecir el riesgo de desarrollar una ECV en función de diferentes paneles de SNP145. La proteómica proporciona un enfoque complementario a la búsqueda de biomarcadores cardiovasculares. Como se comentó anteriormente, la mayoría de biomarcadores de ECV con un mayor grado de implantación en la práctica clínica son de naturaleza proteica. El problema es que al tratarse de marcadores individuales porporcionan información con especificidad y sensibilidad limitadas. Las tecnologías proteómicas permiten el análisis de paneles de proteínas, la elaboración de perfiles proteicos en estados patológicos y en condiciones normales. Mediante el estudio de los cambios que se producen en el proteoma de las células cardíacas sería posible identificar las alteraciones que se producen en las fases tempranas de la enfermedad, incluso antes de que se manifiesten los primeros síntomas, o estudiar las anomalías funcionales que se van produciendo durante la progresión de la patología146. Pero la aplicación de la proteómica en el estudio de las ECV se encuentra aún en una etapa muy temprana de desarrollo y a día de hoy el proteoma de estas células no ha sido debidamente caracterizado. Al igual que ocurre con otras patologías, es en el campo de los biomarcadores que proporcionan información farmacogenómica donde se han conseguido trasladar a la práctica clínica más resultados. En la Tabla 19 se muestran los biomarcadores considerados como válidos por parte de la FDA en este área. 144 Gerszten, R. & Wang, T. (2008). The search for new cardiovascular biomarkers. Nature, 451(21):949-952. 145 Melzer, E. et al. (2008). Genetic tests for common diseases: new insights, old concerns. British Medical Journal, 336:590-593. 146 Arab, S. et al. (2006). Cardiovascular proteomics: Tools to develop novel biomarkers and potential applications. J. Am. Coll. Cardiol., 48:1733-1741. Biomarcadores para Uso Clínico BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS EN EL ÁREA DE ECV QUE PROPORCIONAN INFORMACIÓN FARMACOGENÓMICA Biomarcador CYP2C9 Número de copias del gen del receptor LDL en Hipercolesterolemia Familiar Deficiencias en proteína C Variantes del gen de la enzima Vitamina K reductasa Medicamento Warfarina Atorvastatina Warfarina Warfarina Tipo de test Indicación Utilidad clínica del test Recomendado • Profilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. Recomendado • Este medicamento está indicado para disminuir los niveles de colesterol y triglicéridos en la sangre. • La dosis del medicamento se puede ajustar en base al número de copias del gen del receptor LDL, siendo menor para los heterozigotos que para los homozigotos. Recomendado • Proflilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de toxicidad (pacientes con deficiencias hereditarias o adquiridas de la proteína C o su cofactor, la proteína S tienen riesgo mayor de desarrollar necrosis de tejidos). Recomendado • Profilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de respuesta / toxicidad (pacientes con polimorfismos en el gen VKORC1 parecen requerir dosis menores del medicamento). Tabla 19. Biomarcadores genómicos considerados válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados en el área de Enfermedades Cardiovasculares. Fuente: Table of valid genomic biomarkers in the context of approved drug labels. http://www.fda.gov/cder/genomics/genomic_biomarkers_table.htm 4.5. Enfermedades relacionadas con el sistema nervioso El Sistema Nervioso (SN) está dividido en dos partes: el Sistema Nervioso Central (SNC) formado por el cerebro y la médula espinal y el Sistema Nervioso Periférico (SNP) que es una red nerviosa que sirve de enlace entre el SNC y el resto del organismo. El SN realiza múltiples funciones: sensitiva, motora (contracción de los músculos del cuerpo y de la pared interna de los órganos), secreción de las glándulas exocrinas y endocrinas, función integradora (procesamiento de la información para elaborar respuestas mentales y motoras adecuadas) y almacenamiento de información (memoria)147. En el presente apartado se revisarán las principales aplicaciones de los biomarcadores en dos grupos de patologías que pueden afectar al SN, las enfermedades neurodegenerativas y los trastornos psiquiátricos. 147 Guyton.A, Hall. J. (2006). Tratado de Fisiología Médica. Editorial Elsevier. Págs. 621-622. 85 86 Genoma España Enfermedades neurodegenerativas Las enfermedades neurodegenerativas engloban diversos trastornos del sistema nervioso central caracterizados por la pérdida progresiva de los tejidos neuronales148. A pesar de los avances científicos que se han producido en áreas como la Terapia Celular y la Medicina Regenerativa que han comenzado a plantear posibles tratamientos futuros para este tipo de patologías, en la actualidad estos trastornos no poseen tratamientos efectivos que sean capaces de revertir las patologías debido a la casi inexistente tasa de regeneración de las neuronas del sistema nervioso central y al complicado entramado de conexiones que aparecen entre los diferentes componentes del SN. Pertenecen a este tipo de enfermedades patologías como la enfermedad de Huntington, Alzheimer, Parkinson, epilepsia, esclerosis múltiple, etc. Según la Organización Mundial de la Salud, el número mundial de enfermos de Alzheimer se encuentra en torno a 18 millones de afectados, este número puede multiplicarse por dos para el año 2025149. Otras patologías como el Parkinson o la epilepsia cuentan con alrededor de 6150 y 50 millones de afectados151 respectivamente. El diagnóstico de este tipo de enfermedades resulta complejo dado que las manifestaciones clínicas en los primeros estadios de la enfermedad son numerosas, sutiles, difíciles de identificar y además presentan la dificultad añadida de la similitud de los síntomas entre las diferentes enfermedades. En la actualidad, la historia clínica suele ser la parte que más información aporta en un diagnóstico con especial atención en los antecedentes familiares. Después se realiza un examen físico completo y un examen neurológico y por último se realizan pruebas diagnósticas tales como la punción lumbar, tomografía axial computerizada (TAC), resonancia magnética o angiografía cerebral152. Conseguir diagnosticar este tipo de patologías en los primeros estadios de la enfermedad podría permitir la puesta en marcha de un tratamiento temprano con más posibilidades de contener la progresión de la enfermedad. Los biomarcadores pueden suponer una herramienta novedosa que facilite el diagnóstico temprano de las patologías neurodegerativas. No obstante, la investigación en biomarcadores de utilidad en el tratamiento de patologías relacionadas con el SN es una tarea especialmente complicada, ya que a los problemas propios de la investigación en biomarcadores (problemas que se han mencionado en diversos puntos del informe tales como validación de los candidatos a biomarcador...), se le unen dificultades debidas a la enorme complejidad del sistema nervioso, así como las dificultades de acceso a las muestras. 148 Neurona: célula del sistema nervioso especializada en la recepción y transmisión de impulsos nerviosos. 149 Organización Mundial de la Salud, Alzheimer Disease: The Brain Killer http://www.searo.who.int/en/Section1174/Section1199/Section1567/Section1823_8066.htm 150 Asociación Europea de la Enfermedad de Parkinson http://www.epda.eu.com/worldPDDay/worldwideSymbol.asp 151 Organización Mundial de la Salud, Epilepsia http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs999/en/index.html 152 Merck & Co. (2007). Manual Merck de Diagnóstico y Tratamiento. Editorial Elsevier. Capítulo 165. Biomarcadores para Uso Clínico En los últimos años, se han identificado una serie de genes y proteínas que parecen estar estrechamente relacionados con el desarrollo de algunas enfermedades neurodegenerativas. Por ejemplo, para el Alzheimer se han propuesto alrededor de 200 genes con distinto grado de importancia en el curso de la patología153. En la Tabla 20 se pueden consultar algunos de dichos biomarcadores. POSIBLES BIOMARCADORES DE UTILIDAD EN ENFERMEDADES NEURODEGENERATIVAS Patología Biomarcadores Alzheimer Mutaciones en el gen de la presenilina 1 y 2. Mutaciones en el gen de la proteína precursora del Amiloide (APP). Apolipoproteína E (ApoE). Proteína Tau fosforilada. Péptido β-amiloide. Parkinson Mutaciones del gen de la proteína α-sinucleína. Mutaciones en el gen de la proteína parkina. Disminución del número de Transportadores de Dopamina (DAT). Tabla 20. Ejemplo de posibles biomarcadores de utilidad en Enfermedades Neurodegenerativas. Fuente: Rachakonda, V. et al. (2004). Biomarkers of neurodegenerative disorders: how good are they?. Cell Research, 14(5):349360. Al tratarse de enfermedades tan complejas como las que afectan al Sistema Nervioso, parece más factible la posibilidad de emplear grupos de biomarcadores que biomarcadores individuales. En la literatura científica existen muchos estudios en los que se proponen paneles de biomarcadores con una posible utilidad en el diagnóstico precoz de patologías como el Alzheimer. Pero lo cierto es que a día de hoy no se ha conseguido llevar a la clínica ninguno de estos paneles de biomarcadores ya que, en algunos casos, los biomarcadores propuestos no cuentan con una evidencia científica lo suficientemente importante y, en otros, es necesario realizar ensayos con muestras procedentes de un número mayor de pacientes que permitan validar dichos paneles. También existen diversos estudios que intentan correlacionar SNP con estas enfermedades. Para ello se emplean Microarrays comerciales como los desarrollados por Agilent Technologies154 (Human Genome CGH Microarray Kit) o Affimetrix155 (GenomeWide Human SNP Array 6.0). Por ejemplo, Gene Logic ya ha identificado patrones de expresión génica de la Esclerosis Múltiple156. Aunque existe una importante y activa investigación en este campo, todavía se encuentra en un estadío bastante temprano. 153 Cacabelos, R. (2008). Pharmacogenomics and therapeutic prospects in dementia. Eur Arch Psychiatry Clin Neurosci, 258(1):28–47. 154 Agilent Technologies, http://www.chem.agilent.com 155 Affimetrix, http://www.affymetrix.com 156 Gene Logic Identifies Gene Expression Patterns Associated with Multiple Slerosis in Blood Cells. Publicado por Gen News Highligths. Publicado on-line http://www.genengnews.com/news/bnitem.aspx?name=25279138 87 88 Genoma España Otra de las posibles aplicaciones de los biomarcadores en las enfermedades neurodegenerativas se encuentra en la capacidad de predicción de la posible respuesta frente a un tratamiento farmacológico o la predicción de reacciones de toxicidad de fármacos. Pero en este punto nuevamente la investigación se enfrenta a la elevada complejidad del Sistema Nervioso y de las patologías relacionadas con él. A modo de ejemplo, el tratamiento del Alzheimer incluye la administración al paciente de un mínimo de 6 a 10 fármacos incluyendo fármacos anti-demencia (tacrina, donepezil, etc.), fármacos psicotrópicos (antidepresivos, ansiolíticos, etc.), fármacos anticonvulsivos o antiparkinsonianos157. Muchos de estos fármacos son metabolizados por enzimas polimórficas entre las que se encuentran la familia de enzimas del Citocromo P-450, por lo que la presencia de diferentes polimorfismos en los pacientes con este tipo de patologías podría estar relacionada con las variaciones en la respuesta al tratamiento o con la toxicidad asociada al mismo. En cualquier caso, a día de hoy no aparece en la ficha técnica de ninguno de los tratamientos para enfermedades neurodegenerativas, por lo que serán necesarios más estudios que permitan establecer asociaciones más certeras entre polimorfismos en esta familia de enzimas y sus implicaciones en el tratamiento de los trastornos neurodegenerativos. A modo de ejemplo, un gen polimórfico cuyas variantes pueden ser importantes en la respuesta a un tratamiento o en el desarrollo de reacciones de toxicidad en enfermedades neurodegenerativas, en concreto en el tratamiento del Alzheimer, es el gen de la Apolipoproteína E (APOE). Pero existen datos contradictorios respecto a la influencia de los distintos polimorfismos que pueden aparecer en el gen APOE y la respuesta al tratamiento, por lo que son necesarios más estudios para que finalmente todas estas hipótesis puedan ser llevadas a la práctica clínica. Trastornos psiquiátricos Las enfermedades psiquiátricas engloban patologías como la esquizofrenia, la depresión, el trastorno bipolar, etc. Algunas de estas patologías afectan a un elevado número de personas a nivel mundial, por ejemplo, según datos de la Organización Mundial de la Salud, la depresión es un trastorno común que afecta a alrededor de 121 millones de personas en todo el mundo158. Según la misma fuente, otras patologías, como la esquizofrenia, cuentan con 24 millones de afectados159. El diagnóstico de estas patologías es un proceso complejo. En la actualidad, el diagnóstico de las enfermedades mentales se basa en la historia clínica y en la observación y valoración por parte del facultativo. 157 Cacabelos, R. (2008). Pharmacogenomics and therapeutic prospects in dementia. Eur Arch Psychiatry Clin Neurosci, 258(1):28–47. 158 Organización Mundial de la Salud, datos sobre depresión http://www.who.int/mental_health/management/depression/definition/en/ 159 Organización Mundial de la Salud, datos sobre esquizofrenia www.who.int/topics/schizophrenia/es/ Biomarcadores para Uso Clínico El diagnóstico predictivo de este tipo de patologías mediante el uso de biomarcadores se encuentra lejos aún de poder ser implantado en la práctica clínica. Como se comentó anteriormente, se trata de patologías muy complejas en las que están implicados un elevado número de genes y sobre las que influyen un buen número de factores ambientales. Pero el rápido avance de las tecnologías “ómicas” está permitiendo que se conozcan cada día más detalles de los procesos moleculares que subyacen al desarrollo de estas patologías. Los biomarcadores de respuesta a fármacos para el tratamiento de enfermedades psiquiátricas se encuentran en un punto más avanzado de implantación en la práctica clínica. Un importante grupo de enzimas que participan en el metabolismo de muchos psicofármacos son las enzimas pertenecientes a la familia del citocromo P450. Como se comentó en apartados anteriores, estas enzimas son muy polimórficas y las variantes se traducen en distintos fenotipos de respuesta al tratamiento farmacológico incluyendo numerosos ansiolíticos, hipnóticos, antidepresivos o antipsicóticos160. Algunos de los biomarcadores genómicos considerados como válidos por parte de la FDA, proporcionan información farmacogenómica respecto a fármacos en el tratamiento de enfermedades psiquiátricas. Para todos estos tratamientos, la FDA recomienda la realización del test farmacogenómico asociado o simplemente le asigna un carácter informativo, pero en ningún caso la realización del test es un requerimiento obligatorio como paso previo a la puesta en marcha del tratamiento. En la Tabla 21 se pueden consultar dichos biomarcadores y los fármacos sobre los que proporcionan información. BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS EN EL ÁREA DE ENFERMEDADES MENTALES QUE PROPORCIONAN INFORMACIÓN FARMACOGENÓMICA Biomarcador CYP2D6 CYP2D6 Medicamento Atomoxetina Fluoxetina Tipo de test Indicación Utilidad clínica del test Informativo • Predicción de posibles efectos adversos del fármaco en individuos con fenotipo de metabolizador lento. • El fármaco está indicado en el tratamiento del trastorno por déficit de atención e hiperactividad (TDAH) en niños a partir de los 6 años y adolescentes. Informativo • Predicción de posibles efectos adversos del fármaco en individuos con fenotipo de metabolizador lento. • El fármaco se utiliza en el tratamiento de patologías como la depresión, el trastorno obsesivo-compulsivo, trastornos de la alimentación y ataques de pánico. (continúa en pág. siguiente) 160 Gervasini, G.; Carrillo, J. A. y Benitez, J. (2004). Potential role of cerebral cytochrome P450 in clinical pharmacokinetics: modulation by endogenous compounds. Clin Pharmacokinet., 43(11): 693-706. 89 90 Genoma España BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS EN EL ÁREA DE ENFERMEDADES MENTALES QUE PROPORCIONAN INFORMACIÓN FARMACOGENÓMICA (continuación) Biomarcador Medicamento Tipo de test Indicación Utilidad clínica del test Presencia del alelo HLA-B*1502 Cabamazepina Recomendado • Predicción de la aparición de reacciones de toxicidad frente al fármaco en pacientes que presentan el alelo HLA-B*1502. Este fármaco es utilizado en el tratamiento de la epilepsia. Deficiencias en el ciclo de la urea Ácido valproico Recomendado • Tratamiento de la epilepsia. Tabla 21. Biomarcadores genómicos considerados válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados en el área de enfermedades mentales. Fuente: Table of valid genomic biomarkers in the context of approved drug labels. http://www.fda.gov/cder/genomics/genomic_biomarkers_table.htm Como se comentó anteriormente, las patologías psiquiátricas son enfermedades multifactoriales que resultan de la interacción entre factores genéticos y ambientales. Por este motivo, la aproximación a su estudio desde el prisma de la proteómica o la metabolómica puede proporcionar en un futuro nuevos biomarcadores que puedan reflejar de forma más inmediata la influencia del medio ambiente, de la dieta, de la edad, etc., en el curso de la patología. Existen muchos estudios que proponen tanto biomarcadores proteicos o metabólicos, como paneles de los mismos, pero lo cierto es que, a día de hoy, ninguno de estos biomarcadores ha sido validado y trasladado su uso a la práctica clínica habitual, tanto en enfermedades psiquiátricas como en neurodegenerativas. Un problema específico de la búsqueda de biomarcadores en enfermedades relacionadas con el sistema nervioso se encuentra en el acceso a las muestras. Por razones obvias, el tejido cerebral humano es difícilmente accesible, por lo que se buscan otras fuentes de tejido para llevar a cabo la búsqueda de biomarcadores. Se han realizado estudios tomando como muestras fluidos biológicos como sangre, plasma, saliva o líquido cefalorraquídeo. De todos ellos, el líquido cefalorraquídeo es de particular interés en la búsqueda de biomarcadores en enfermedades relacionadas con el sistema nervioso, ya que refleja directamente las alteraciones patológicas que se producen en el mismo. Por el contrario, como principal inconveniente se encuentra su baja concentración de proteínas, siendo dos o tres órdenes de magnitud menor que en el suero sanguíneo161. 161 Schwarz E. & Bahn S. (2008). Biomarker discovery in psychiatric disorders. Electrophoresis, 29(13):2884-90. Biomarcadores para Uso Clínico 5. Situación actual El objeto del presente Informe es mostrar una visión global de las técnicas más destacadas que participan en el proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores, así como de sus principales aplicaciones en la práctica clínica, intentando de esta forma reflejar la creciente importancia que ha ido adquiriendo en los últimos años este campo de conocimiento. En el presente apartado se realizará un análisis de la situación de la investigación en biomarcadores, tanto a nivel académico como industrial. Se revisarán también los principales aspectos reguladores relacionados con biomarcadores. Finalmente, se expondrán los principales retos a los que se enfrenta la investigación y las oportunidades que brinda esta área de investigación emergente. 5.1. Papel de la industria farmacéutica y biotecnológica en la investigación en biomarcadores La industria se ha aproximado al proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores desde una perspectiva distinta a la que se plantea el mundo académico. Los principales objetivos a alcanzar son la puesta en el mercado de un producto que funcione como elemento de diagnóstico, pronóstico, estratificación de pacientes, etc., o bien introducir en el proceso de descubrimiento de nuevos fármacos los biomarcadores como indicadores tempranos de eficacia y seguridad del fármaco en desarrollo. Es decir, los biomarcadores tienen un impacto directo en dos sectores de la industria farmacéutica fundamentalmente, en el sector de diagnóstico y en la I+D+i de fármacos. Principales cuestiones que se plantea la industria como paso previo a la investigación en biomarcadores162: • ¿El nuevo biomarcador satisface una necesidad médica real y su uso podría cambiar la práctica médica actual? • ¿Será adoptado por la comunidad médica? • ¿Qué grado de complejidad puede llevar consigo su puesta en el mercado? • ¿Se tratará de un “biomarcador autónomo” o formará parte de una línea de productos que ya existen? • ¿A qué competencia se enfrenta el biomarcador?, ¿están presentes en el mercado otros biomarcadores con características similares o proporciona una solución completamente novedosa? • ¿Se puede llevar a cabo el programa de investigación con los conocimientos y las tecnologías de las que se dispone en la actualidad? • ¿Las tasas de incidencia y prevalencia en la población relacionadas con la patología para la que es útil el biomarcador justifican una inversión a largo plazo elevada tanto en lo referente a cuestiones económicas como a inversión en personal? 162 Werner, J. & Langen, H. (2004). How industry is approaching the search for new diagnostic markers and biomarkers. Molecular & Cellular Proteomics, 3:345-354. 91 92 Genoma España Una vez tomada la decisión de iniciar la búsqueda de nuevos biomarcadores de utilidad para una determinada patología, la industria farmacéutica o biotecnológica utiliza cuatro estrategias principalmente para comenzar la investigación: (i) evaluación de los marcadores que ya son de dominio público y que son o bien “biomarcadores autónomos” o biomarcadores que forman parte de un pull de biomarcadores con el objetivo de aumentar su sensibilidad y/o especificidad; (ii) búsqueda de biomacadores que se encuentren protegidos mediante patente y que puedan ser licenciados por la empresa o institución propietaria de la patente; (iii) utilizar recursos de I+D propios de la empresa y ponerlos al servicio de la búsqueda de los nuevos biomarcadores y (iv) buscar alianzas con otras empresas para llevar a cabo la investigación. La industria farmacéutica también puede verse beneficiada del empleo de biomarcadores en el desarrollo de nuevos fármacos en las distintas fases que constituyen los ensayos clínicos. El uso de biomarcadores permite identificar los grupos de pacientes que no se beneficiarán del tratamiento farmacológico o que pueden experimentar reacciones adversas. Esto supone la realización de ensayos clínicos más cortos y más dirigidos con la reducción de costes económicos que implica. También permite rescatar fármacos que no mostraban eficacia para la población general pero que sí la presentan para grupos de población más reducidos. Etapas del proceso de desarrollo de fármacos que se pueden beneficiar en mayor medida del empleo de biomarcadores163: • Desarrollo preclínico. En los estudios toxicológicos preclínicos con animales, el objetivo de utilizar biomarcadores de toxicidad es conseguir facilitar la selección de moléculas candidatas que tengan más probabilidades de ser bien toleradas en terapia de humanos, reduciendo de esta forma los costes y el tiempo requerido para la evaluación de seguridad preclínica. • Desarrollo clínico. Los biomarcadores pueden ser utilizados en el desarrollo clínico en etapas tempranas para realizar una selección óptima de pacientes. También pueden proporcionar información sobre si la eficacia que muestra el fármaco en un grupo de pacientes posee una evidencia suficiente como para pasar a las siguientes fases del desarrollo clínico. • Etapa posterior a la aprobación del fármaco. Es un hecho relativamente frecuente observar únicamente efectos adversos del fármaco tras su aprobación, cuando el fármaco está a disposición de un número de pacientes mucho más elevado que el que participaba en el ensayo clínico. El uso de biomarcadores de forma retrospectiva puede permitir distinguir la población de individuos que sufre dichos efectos adversos de la que no los sufre y por tanto enfocar el tratamiento a una población concreta. En la Figura 28 del presente Informe se muestran de manera esquemática los puntos del proceso de desarrollo y puesta en el mercado de nuevos fármacos que se ven afectados por la investigación en biomarcadores. El efecto de la puesta en marcha y el éxito en el desarrollo de nuevos biomarcadores no está limitado únicamente a la industria 163 Amur, S. et al. (2008). Integration and use of biomarkers in drug development, regulation and clinical practice: a US regulatory perspective. Biomarkers Med., 2(3):305-311. Biomarcadores para Uso Clínico farmacéutica. El desarrollo de medicamentos más eficaces y de herramientas de diagnóstico mejores supone una mejor atención sanitaria y un incremento en la rentabilidad para todos los participantes del sistema sanitario164, desde las compañías farmacéuticas o biotecnológicas, pasando por pacientes y compañías aseguradoras. RESUMEN DE LAS APORTACIONES DEL DESCUBRIMIENTO DE NUEVOS BIOMARCADORES EN LA CADENA DE VALOR DEL DESARROLLO DE FÁRMACOS • Aumento en la seguridad en las decisiones clínicas y en la elección de terapia Reembolso • Mayor bienestar de los pacientes Compañías aseguradoras • Mejora de los datos de pronóstico de enfermedades • Disminución de la responsabilidad debido a una toma de decisiones con más información • Reducción de los costes asociados al tratamiento del paciente debido a un mayor grado de efectividad de las terapias Administración PDC • Reducción en los costes debidos a reclamaciones por efectos secundarios adversos • Aumento en las opciones de cobertura del medicamento Tratamiento Diagnóstico Ventas Sistema Sanitario/ Profesionales médicos Paciente Marketing • Incremento en la seguridad y eficacia de los productos farmacológicos NFG QA/QC • Venta de test genéticos Fase pre-clínica, ensayos clínicos Desarrollo de fármacos • Medicamentos más efectivos con menos efectos secundarios Búsqueda de dianas • Mejora de salud • Reducción del riesgo de hospitalización Compañías farmacéuticas • Aprobación requerida por parte de las agencias reguladoras • Aumento en la rentabilidad de las ventas mediante la mejora de la relación con el personal médico • Mejora del rendimiento de la I+d y el diagnóstico Descubrimiento de fármacos • Mejora en la selección de medicamentos Investigación básica Figura 28. Principales mejoras que pueden aportar los biomarcadores en las distintas fases de desarrollo de fármacos y de su posterior suministro a pacientes. Fuente: adaptado de Fisler, R. (2005). Biomarkers in clinical development: implications for personalized medicine and streamling R&D. Cambridge Healthtech Advisors. Life Science Reports 164 Fisler, R. (2005). Biomarkers in clinical development: Implications for personalized medicine and streamling R&D. Cambridge Healthtech Advisors. Life Science Reports. 93 94 Genoma España Fase I: Identificación de candidatos Fase II: Desarrollo de prototipos Fase III: Desarrollo del producto Recursos de investigación propios Recursos de investigación propios Recursos de investigación propios Adquisición de licencias Adquisición de licencias Adquisición de licencias Marcadores de dominio público Marcadores de dominio público Marcadores de dominio público Colaboración con otras entidades Colaboración con otras entidades Colaboración con otras entidades Biomarcadores candidatos Biomarcadores validados Producto comercial Figura 29. Esquema del proceso de descubrimiento de nuevos biomarcadores desde la perspectiva de la Industria. Fuente: Werner, J. & Langen, H. (2004). How industry is approaching the search for new diagnostic markers and biomarkers. Molecular & Cellular Proteomics, 3:345-354. 5.2. Mercado de biomarcadores de uso clínico Como se comentó anteriormente, una de las principales aplicaciones de los biomarcadores es su uso como herramientas de diagnóstico. Una vez que la industria tiene listo un nuevo biomarcador o conjunto de biomarcadores de utilidad diagnóstica para llevarlo al mercado, el nuevo producto se enfrenta a un mercado con unas características peculiares y que difiere notablemente del mercado de los medicamentos. Estas particularidades del mercado, plantean retos pero también oportunidades para este campo emergente de la ciencia. Entre los principales retos a los que se enfrenta el sector podemos citar los siguientes puntos: • El mercado del diagnóstico clínico es un mercado con un tamaño reducido que ha estado dominado tradicionalmente por una decena de empresas, entre las que se encuentran grandes compañías farmacéuticas tales como Roche, Abbot, Siemens o Johnson & Johnson, que acumulan el 80% del total de ventas del sector165. Este punto empieza a cambiar en cierta medida en la actualidad. • En el año 2005, el volumen total de ventas de productos de diagnóstico fue de 29 billones de dólares aproximadamente, frente a los alrededor de 602 billones de dólares correspondientes a las ventas de productos terapéuticos166. Estas cifras nos dan una idea del reducido tamaño que ocupa el sector del diagnóstico dentro del mercado global de la industria farmacéutica. 165 Editorial. Not for the chicken-hearted. (2006). Nature Biotechnology, 24 (8): 870. 166 Batchelder, K. & Miller, P. (2006). A change in the market-investing in diagnostics. Nature Biotechnology, 24 (8):922-926. Biomarcadores para Uso Clínico BioMerieux 1% Becton 6% Digene 7% Roche 30% Bayer 7% Gen-Probe 12% Chiron 18% Otras 14% Figura 30. Mercado del diagnóstico clínico molecular en Estados Unidos. Fuente: Lawrence, S. (2006). Diagnostics investors think positive. Nature Biotechnology, 24:884. • La nueva ciencia del diagnóstico basado en las tecnologías “ómicas” conlleva la aparición de nuevos participantes en el mercado del diagnóstico. En la mayoría de los casos se trata de pequeñas empresas biotecnológicas que buscan poder licenciar sus tecnologías o sus kits a las grandes empresas farmacéuticas para que de esta forma el producto pueda llegar a un mayor número de profesionales médicos. • El citado aumento en el número de participantes puede suponer un pequeño cuello de botella para el crecimiento del sector en términos de derechos de propiedad industrial, ya que son necesarios acuerdos de licencia entre las diferentes partes que pueden estar implicadas en el proceso de descubrimiento de un nuevo test de diagnóstico167, más aún cuando en un buen número de ocasiones la información básica para el desarrollo del test proviene del sector público168. • Los productos de diagnóstico tienen una tasa de reembolso menor que los productos terapéuticos169 lo que hace que sea necesario ajustar al máximo los gastos de desarrollo del producto. Tradicionalmente, en este sector no han existido “test estrella” comparables a los grandes blockbuster de la empresa farmacéutica en terapia. • Los nuevos test de diagnóstico basados en las tecnologías “ómicas” presentan un coste elevado en comparación con los test de diagnóstico tradicionales. 167 Batchelder, K. & Miller, P. (2006). A change in the market—investing in diagnostics. Nature Biotechnology, 24 (8):922-926. 168 Barton, J.H. (2006). Emerging patent issues in genomic diagnostics. Nature Biotechnology, 24: 939-941. 169 Phillips, K.A. et al. (2006). Diagnostics and the biomarker development: priming the pipeline. Nat. Rev. Drug Discov, 5:463-469. 95 96 Genoma España Evaluación del coste-efectividad de los nuevos test de diagnóstico basados en tecnologías “ómicas”: • El elevado coste de los nuevos test de diagnóstico basados en el uso de las tecnologías “ómicas” podría compensarse con las ventajas que conllevaría un tratamiento más personalizado de cada paciente. Esto se traduce en un mayor beneficio para el paciente ya que obtendrá una terapia más ajustada a su patología y evitará el gasto económico que supondría un tratamiento no efectivo. • En enfermedades como el cáncer, la mayoría de las terapias disponibles en la actualidad benefician solo a un pequeño número de pacientes. Una selección apropiada de los pacientes mediante un diagnóstico certero con test que utilicen biomarcadores que sean capaces de predecir la respuesta frente al tratamiento, podría mejorar notablemente la evolución del paciente y de esta manera aumentar la relación coste-efectividad del tratamiento. • Un test que sea capaz de detectar una enfermedad en estadios tempranos de la misma (en periodos en los que el tratamiento es más sencillo) permitiría una disminución de los costes asociados al tratamiento en estadios más avanzados cuando la patología está ya más desarrollada. • Por último, un punto importante a tener en cuenta cuando se analiza el posible impacto económico de un test de diagnóstico sobre el sistema de salud, sería el hecho de que el test se encuentra en un punto estratégico en el proceso global de atención médica. Así, a pesar de que el diagnóstico supone solo el 1,6% del gasto médico total, sus resultados pueden repercutir en el 60-70%170 de las decisiones posteriores sobre los tratamientos a adoptar. • El elevado coste de los nuevos test de diagnóstico basados en el uso de las tecnologías “ómicas” podría compensarse con las ventajas que supondría un tratamiento más personalizado de cada paciente. Esto se traduce en un mayor beneficio para el paciente ya que obtendrá una terapia más ajustada a su patología y evitará el gasto económico que supondría un tratamiento no efectivo. En contraposición a estos inconvenientes, el sector posee también una serie de ventajas que pueden favorecer su crecimiento en los próximos años: • El tiempo necesario para que un nuevo producto de diagnóstico entre en el mercado es mucho menor que para un producto terapéutico. Esto se debe en parte al menor número de requisitos administrativos y regulatorios que rigen este sector. 170 Cáncer Biomarkers: The Promises and Challenges of Improving Detection and Treatment. (2007). Committee on Developing Biomarker-Based Tools for cáncer Screening, Diagnosis, and Treatment, Sharyl J. Nass and Harold L. Moses, Editors. National Academy of Sciences. 7 5,9 6 5 4 3,4 3 3 2,6 1,7 2 1,6 1,5 1,1 1 D ct on ux ie er oM ic ki n hr Be Be ad e D bi in so n g r te Co ul ck m an os ct ic s Be D Ba ye r so n Jo hn & n Jo hn so ia gn D ia g. D Ab b ot D Ro ch e ia g. 0 ia g. Ingresos (miles de millones de $) Biomarcadores para Uso Clínico Figura 31. Ingresos provenientes de productos de diagnóstico de compañías líder en el sector de diagnóstico en el año 2005. Fuente: Baker, M. (2006). New-wave diagnostics. Nature Biotechnology, 24 (8): 931-938. • A diferencia de lo que ocurre con los medicamentos, un test de diagnóstico que no haya sido completamente validado para uso clínico, puede ser comercializado con fines de investigación. Es decir, existen diferentes vías de comercialización para los productos de diagnóstico. • Los nuevos test desarrollados en el seno de las tecnologías “ómicas”, con biomarcadores que indican la eficacia o seguridad de un determinado fármaco, tienen un valor añadido, ya que permiten predecir mejor la respuesta del paciente al tratamiento y disminuir la posibilidad de desarrollar reacciones adversas frente al fármaco. Modelo de negocio de empresas del sector171: Las compañías que forman parte del sector de los test de diagnóstico presentan tres tipos principales de modelo de negocio: (i) Empresas que desarrollan investigación en busca de marcadores o dianas implicadas en el desarrollo o curso de las enfermedades, para una posterior licencia de estos. (ii) Empresas que establecen alianzas con otras para la licencia, desarrollo y comercialización de productos basados en investigaciones de compañías ajenas. Generalmente suelen ser grandes compañías farmacéuticas que establecen acuerdos de colaboración con pequeñas empresas biotecnológicas encargadas de llevar a cabo la investigación básica sobre marcadores y su posterior comercialización. (iii) Empresas que desarrollan sus propias tecnologías para la identificación y validación de marcadores, que desarrollan ellas mismas sus propios test y finalmente los comercializan. 171 Baker, M. (2006). New-wave diagnostics. Nature Biotechnology, 24(8):931-938. 97 Genoma España Para finalizar este apartado se muestra una figura que resume los resultados de un estudio de mercado del área de biomarcadores. Según este estudio, el mercado global de biomarcadores crecerá en los próximos años con una tasa de crecimiento anual del 18%. El segmento del mercado de biomarcadores que está previsto crezca a una mayor velocidad será la aplicación de biomarcadores en ensayos clínicos en oncología y enfermedades cardiovasculares principalmente172. En la gráfica se muestra el mercado dividido en tres subsectores, descubrimiento de biomarcadores (discovery), diagnóstico molecular (Mol Dx) y ensayos clínicos, con las tasas de crecimiento previstas para cada subsector (A) y el reembolso correspondiente a cada segmento entre 2007 y 2012 (B). Descubrimiento de biomarcadores Diagnóstico molecular Ensayos clínicos B 25 23,5 20 16,9 15 10 5 0 17,5 Ingresos (miles de millones $) A Tasa de crecimiento anual de compuestos (%) 98 5,8 6 5,1 5 4 3 2,67 2,3 1,76 2 1 0,6 0 2007 2012 Figura 32. Crecimiento del mercado de biomarcadores para los años 2007-2012. Fuente: Ehlers, M. R. (2008). Pacific Biomarkers, Inc. Biomarkers in Medicine, 2(3): 221-227. 5.3. Aspectos relacionados con la regulación de biomarcadores de uso clínico Situación actual La normativa aplicable en nuestro ordenamiento jurídico a los productos diagnósticos, es la Ley General para la Defensa de Consumidores y el Real Decreto 1662/2000 de 29 de septiembre que traspone la directiva 98/79/CE, sobre productos sanitarios para diagnóstico in vitro173. En concreto, esta última directiva establece una serie de obligaciones en cuanto a seguridad y calidad de producción cuyo cumplimiento otorga un distintivo ‘CE’ de conformidad, que autoriza a la fabricación, distribución y comercialización de métodos diagnósticos. Así pues, la legislación vigente regula aspectos relacionados con la calidad de los dispositivos de diagnóstico in vitro, sin embargo, no existe normativa que ayude a la hora de validar los marcadores que se utilizan y a su uso en la práctica clínica. 172 Khetan, V. (2007). Biomarkers: the expanding global market. BCC Research. 173 Vega, M. y Ruiz, O. Farmacogenómica y Medicina personalizada en la Sanidad española. OPTI-Genoma España.2009 Biomarcadores para Uso Clínico En este sentido, la legislación actual europea es claramente favorecedora a la comercialización de kits de diagnóstico genético, asegurando la viabilidad de un sector mucho menos rentable que el farmacéutico. Por el contrario, la regulación de la FDA en Estados Unidos es mucho más estricta, y en ella se requiere la realización de ensayos clínicos con carácter prospectivo para la aprobación de nuevos biomarcadores. Análisis genéticos En España, en julio de 2007, fue aprobada la Ley de Investigación Biomédica174. La ley contempla aspectos relacionados con la realización de análisis genéticos175, el acceso y uso de sus resultados, así como la obtención y utilización de muestras biológicas de uso humano. En el Cuadro 3 se resumen los principales puntos de la ley que se encuentran estrechamente relacionados con el tema objeto del presente Informe. Resumen de los principales puntos relacionados con la realización de análisis genéticos cubiertos por la Ley 14/07, de 3 de julio de 2007, de Investigación Biomédica: • Los análisis genéticos han de realizarse cuando exista una indicación médica que justifique la realización del análisis, con el objeto de conseguir la identificación del estado de afectado, de no afectado o de portador de una variante genética que pueda predisponer al desarrollo de una enfermedad específica de un individuo, o condicionar su respuesta a un tratamiento concreto. • Deberá obtenerse previamente el consentimiento escrito del sujeto fuente o en su caso de sus representantes legales para el tratamiento de muestras con fines de investigación o de datos genéticos de carácter personal. • Todo el proceso de donación, cesión, almacenaje y utilización de muestras biológicas tanto para los sujetos fuente como para los depositantes, deberá estar desprovisto de finalidad o ánimo de lucro. Los datos genéticos de carácter personal no podrán ser utilizados con fines comerciales. • Los cribados genéticos estarán dirigidos a detectar una enfermedad o riesgo grave para la salud en el individuo participante o en su descendencia, con la finalidad de tratar precozmente la enfermedad u ofrecer el acceso a medidas preventivas. Las autoridades sanitarias determinarán, basándose en criterios objetivos, la pertinencia del cribado genético en atención a las enfermedades a prevenir o tratar. Velarán, asimismo, porque se garantice el acceso universal y equitativo de la población para la cual está indicado el cribado, por la organización y planificación del programa, así como por la calidad de las pruebas de cribado, de las pruebas diagnósticas de segundo nivel y de las prestaciones preventivas y terapéuticas que se ofrezcan. Cuadro 3 (continúa en pág. siguiente) 174 Ley 14/07, de 3 de julio de 2007, de Investigación Biomédica disponible en la dirección web www.boe.es/boe/dias/2007/07/04/pdfs/A28826-28848.pdf 175 A efectos de la ley 14/07, de 3 de julio de 2007, de Investigación Biomédica, se entiende por análisis genético el procedimiento destinado a detectar la presencia, ausencia o variantes de uno o varios segmentos de material genético, lo cual incluye las pruebas indirectas para detectar un producto génico o un metabolito específico que sea indicativo ante todo de un cambio genético determinado. 99 100 Genoma España (viene de pág. anterior) • Todo el proceso de consejo genético y de práctica de análisis genéticos con fines sanitarios deberá ser realizado por personal cualificado, y deberá llevarse a cabo en centros acreditados que reúnan los requisitos de calidad que reglamentariamente se establezcan al efecto. • La autoridad autonómica o estatal competente acreditará los centros, públicos o privados, que puedan realizar análisis genéticos. Cuadro 3. Resumen de los principales puntos relacionados con la realización de análisis genéticos cubiertos por la Ley de Investigación Biomédica. Fuente: Ley 14/07, de 3 de julio de 2007, de Investigación Biomédica disponible en la dirección web www.boe.es/boe/dias/2007/07/04/pdfs/A28826-28848.pdf Todo ello está encaminado a ofrecer garantías al paciente sobre el correcto uso de las muestras biológicas y el tratamiento confidencial de la información proveniente de dichas muestras. Regulación relacionada con el uso de biomarcadores en la práctica clínica176: • Ley 14/1986, de 25 de abril, General de Sanidad, el Convenio de Derechos Humanos y Biomedicina del Consejo de Europa. • Real Decreto 411/1996, de 1 de marzo, por el que se regulan las actividades relativas a la utilización de tejidos humanos. • Real Decreto 413/1996, de 1 de marzo, por el que se establecen los requisitos técnicos y funcionales precisos para la autorización y la homologación de los centros y servicios sanitarios relacionados con las técnicas de reproducción humana asistida. • Directiva 98/79/EC de Diagnóstico in vitro. • Real Decreto 2070/1999, de 30 de diciembre, que regula la obtención y la utilización clínica de órganos humanos para la donación y el trasplante. • Ley Orgánica 15/1999, de 13 de diciembre, de Protección de Datos, de Carácter Personal y Normativa de Desarrollo. • Real Decreto 1662/2000, de 29 de septiembre, sobre productos sanitarios para diagnóstico in vitro. • Ley 41/2002, de 14 de noviembre, básica reguladora de la autonomía del paciente y de los derechos y obligaciones en materia de información y documentación clínica (así como las normativas autonómicas correspondientes). • Declaración Universal sobre los Datos Genéticos Humanos de la UNESCO, de 16 de octubre de 2003. • Real Decreto 223/2004, de 6 de febrero, por el que se regulan los ensayos clínicos con medicamentos. 176 Regulación relacionada con el uso de biomarcadores en la práctica clinica. Fuente: elaboración propia. Biomarcadores para Uso Clínico • Directiva 2004/23/CE, de 31 de marzo de 2004, relativa al establecimiento de normas de calidad y de seguridad para la donación, la obtención, la evaluación, el procesamiento, la preservación, el almacenamiento y la distribución de células y tejidos humanos, cuya transposición representará la modificación de algunas de las normas anteriores y la introducción de otras nuevas. • Real Decreto 1088/2005, de 16 de septiembre, por el que se establecen los requisitos técnicos y condiciones mínimas de la hemodonación y de los centros y servicios de transfusión. • Real Decreto 65/2006, de 30 de enero, por el que se establecen requisitos para la importación y exportación de muestras biológicas. • Orden SCO/393/2006, de 8 de febrero, por la que se establece la organización y funcionamiento del Banco Nacional de Líneas Celulares. • Recomendación (2006) 4 del Consejo de Europa, sobre investigación con material biológico de origen humano, de 15 de marzo de 2006. • Ley 14/2007, de 3 de julio, de Investigación Biomédica. • Futura regulación de biomarcadores. Existen iniciativas tanto a nivel europeo por parte de la Agencia del medicamento Europea (EMEA)177 como por su homóloga americana, la FDA178, cuyo objetivo es conseguir implantar una serie de procedimientos de calidad en la validación e implantación del uso de biomarcadores. En mayo de 2008, en el seno del segundo encuentro del Consejo Económico Trasatlántico (TEC), las dos agencias reguladoras acordaron la puesta en marcha de una serie de proyectos relacionados con la identificación y validación de biomarcadores179. Hasta la fecha, fruto de esta colaboración, ambas agencias han llevado a término el primer proceso de calificación conjunta de biomarcadores, concretamente del uso de siete biomarcadores de toxicidad renal inducida por medicamentos en el desarrollo pre-clínico de estos180. De forma individual, tanto la EMEA como la FDA desarrollan actividades propias relacionadas con el desarrollo de buenas prácticas de investigación con biomarcadores. En junio de 2008, la EMEA publicó una guía denominada “Calificación de biomarcadores: Guía para solicitantes”181, en la que proponen a los investigadores una serie de pautas a seguir para obtener consejo científico y/o consejo para la calificación de biomarcadores por parte del Comité de productos médicos de uso humano de la propia EMEA. La guía establece una serie de acciones organizadas en un calendario para investigadores que se resumen en la Figura 33 del presente Informe. 177 EMEA página web http://www.emea.europa.eu/ 178 FDA página web http://www.fda.gov/ 179 Primer proceso de calificación conjunta de biomarcadores por parte de la EMEA y la FDA. http://www.emea.europa.eu/htms/human/mes/biomarkers.htm 180 Doc. Ref. EMEA/250885/2008 Rev. 1. Londres, 3 de julio de 2008. 181 Doc. Ref. EMEA/CHMP/SAWP/72894/2008-CONSULTATION. Londres, 24 de abril de 2008. 101 102 Genoma España PROCESO PARA LA CALIFICACIÓN DE BIOMARCADORES DE LA EMEA Día 30 Carta de intenciones Envío del borrador Validación de la EMEA Día 0 Puesta en marcha SAWP 0 Encuentro entre el coordinador y el QT Reunión preparatoria SAWP 1 Día 30 Borrador SAWP 2 Día 60 Listado de preguntas sobre el borrador al candidato Día 70 Día 90 Discusión del borrador SAWP 3 Reunión con el candidato Envío del borrador revisado Día 120 SAWP 4 Discusión sobre la revisión del borrador Día 130 CHMP 1 Envío del borrador del Asesoramiento Día 160 CHMP 2 Discusión sobre el borrador de Asesoramiento Envío del borrador al comité científico Aprobación del borrador por el comité científico Consulta pública Día 220 CHMP 4 Aprobación del Asesoramiento de calificación Figura 33. Procedimiento para la calificación de biomarcadores. Fuente: EMEA Doc. Ref. EMEA/CHMP/SAWP/72894/2008-CONSULTATION. Londres, 24 de abril de 2008. Biomarcadores para Uso Clínico La FDA por su parte, también ha puesto en marcha un proyecto piloto para la calificación de biomarcadores. En la Figura 34 del presente Informe, se muestra un esquema con las principales etapas que forman parte de este proceso. Esta iniciativa pertenece a una de las seis acciones estratégicas identificadas por la FDA englobadas dentro de la iniciativa “Critical Path Opportunities”. PROCESO PILOTO DE CALIDAD DE BIOMARCADORES PROPUESTO POR LA FDA Presentación al IPGR de la solicitud de calificación del biomarcador para un uso concreto Reclutamiento del equipo de revisión de la solicitud de las divisiones de revisión clínica y no clínica de la FDA Evaluación del contexto del biomarcador y de los datos disponibles en los Datos de la Solicitud Voluntaria Evaluación de la estrategia del estudio de calificación. Búsqueda del consenso entre el sponsor y la FDA Revisión de los resultados del estudio de calificación Aceptación o rechazo del biomarcador para el uso propuesto Figura 34. Proceso piloto de calificación de biomarcadores propuesto por la FDA. Fuente: adaptado de Goodsaid F, Frueh F. (2007). Biomarker qualification pilot process at the US Food and Drug Administration. AAPS Journal, 9(1): E105-E108. 5.4. Barreras en la implantación de los nuevos biomarcadores en la práctica clínica Para conseguir que todas las expectativas que están depositadas en el uso de los biomarcadores se conviertan en una realidad clínica de la que puedan beneficiarse el mayor número de pacientes, es necesario superar previamente una serie de barreras o limitaciones que pueden suponer un lastre para el avance de este campo de investigación. Con el objetivo de realizar un análisis de los principales retos a los que se enfrenta la investigación en biomarcadores, se realizó una encuesta que fue enviada a expertos del área. El conjunto de fichas técnicas completadas con la información enviada por los expertos pueden consultarse en el Anexo V del presente Informe. Un 103 104 Genoma España total de 29 expertos colaboraron en la realización de dicha encuesta y las principales conclusiones obtenidas en relación a los retos de la investigación se muestran a continuación. a) Tecnología Las diferentes tecnologías empleadas en el descubrimiento de los nuevos biomarcadores, así como las tecnologías que permiten el análisis o el estudio de dichos biomarcadores en sus correspondientes test, son tecnologías de reciente desarrollo. Por este motivo, algunos de los retos más importantes para conseguir implantar en la práctica clínica los nuevos biomarcadores son retos de carácter tecnológico. En este apartado, los principales retos a superar, que más expertos coinciden en valorar, son el elevado coste de las tecnologías junto a problemas relacionados con la falta de especificidad de los test. A pesar de que las tecnologías “ómicas”, fundamentalmente las tecnologías relacionadas con la secuenciación genómica (como se comentaba en el apartado dedicado al genotipado de SNP del presente Informe), han experimentado un notable descenso en el precio en los últimos años, su coste continúa siendo elevado para muchos centros de investigación y hospitales. El 29% de los expertos encuestados asignaron una puntuación máxima (4 puntos conforme a una escala de 1 a 4, siendo 4 la puntuación máxima) a este punto y un 20,69% le otorgaron una puntuación de 3. Por otra parte, conseguir desarrollar test altamente específicos es fundamental para trasladar a la práctica clínica los resultados obtenidos en el laboratorio y la especificidad y la sensibilidad son los dos parámetros que determinan la utilidad clínica del test. Dentro de este apartado, los expertos también sugirieron puntos como la necesidad de integrar distintos marcadores en un mismo test o mejorar el acceso a muestras clínicas bien caracterizadas. b) Traslación de los resultados a la práctica clínica El mayor reto al que se enfrenta la investigación en biomarcadores es conseguir transformar la gran cantidad de información científica que se ha generado en los últimos años en conocimiento de utilidad para la sociedad, es decir, conseguir trasladar los resultados de la investigación a la práctica clínica. En la literatura científica, el volumen de publicaciones referidas a nuevos marcadores aumenta rápidamente, pero lo cierto es que la inmensa mayoría de estos marcadores no pasan de ser “marcadores probables” y no consiguen la denominación de “marcadores válidos” por parte de las agencias reguladoras. Un posible camino para conseguir que aumente el número de marcadores válidos, disminuyendo así el desfase que existe entre investigación y práctica clínica, sería la realización de ensayos clínicos prospectivos para validar los biomarcadores obtenidos fruto de la investigación. Este aspecto fue valorado con una puntuación máxima por el 79,3% de los investigadores que colaboraron en la elaboración de la encuesta. Biomarcadores para Uso Clínico El principal problema que alberga la realización de ensayos clínicos prospectivos reside en que aumenta notablemente la complejidad y el tiempo del ensayo y en consecuencia el coste económico asociado a la realización del estudio. Por ejemplo, como se comentó en el apartado 4.2 del presente Informe, el test pronostico de cáncer de mama ONCOTYPE está siendo sometido en la actualidad a un ensayo clínico prospectivo cuyo período de duración se prolongará hasta el año 2016, período en el que se analizarán muestras procedentes de unas 10.000 pacientes. Se estima que cinco años de este estudio le supondrán un gasto de alrededor de 27 millones de dólares al Instituto Nacional del Cáncer - NCI de Estados Unidos182. El coste real del estudio es sustancialmente superior a esta cifra, ya que en el estudio también participa la empresa Genomic Health y los 27 millones de dólares se corresponden exclusivamente a la parte aportada por el NCI. d) Formación La formación de profesionales mediante programas de especialización en biomarcadores también constituye un punto de gran importancia para el avance de este campo de conocimiento. La investigación en biomarcadores y el uso de las tecnologías “ómicas” son un campo de conocimiento emergente que en los próximos años tendrá un gran impacto sobre los sistemas sanitarios. Por este motivo, es necesario disponer de personal debidamente formado que posea el conocimiento científico específico pero también será necesaria la presencia de gestores y profesionales sanitarios adecuadamente formados. e) Infraestructuras Dentro del apartado dedicado a las infraestructuras, los expertos consideraron como principales limitaciones la necesidad de aumentar la colaboración entre científicos básicos y clínicos junto con un mayor grado de colaboración entre el sector académico y el sector industrial. Concretamente un 69% de los expertos consultados asignaron puntuaciones máximas a este último punto. Los expertos también valoraron con una importancia media-alta la formación de grupos de investigación multidisciplinares, mientras que a la creación y consolidación de grupos de excelencia le fue asignada una importancia media. d) Políticas Los retos que se incluyen en el área de políticas científicas han sido en conjunto los más valorados por parte de los expertos. A pesar de las iniciativas tanto nacionales como internacionales que pretenden impulsar el área, de las que se habla en el apartado 5.4 del presente Informe, los expertos coinciden en el hecho de que es necesario aumentar la financiación de proyectos en esta área. 182 Nass, S. J. & Moses, H.L.(2007). Cancer biomarkers: the promises and challenges of improving detection and treatment. Institute of Medicine of the National Academies, The National Academies Press, Washington, D.C. 105 106 Genoma España Concretamente, el Incremento de la Financiación de proyectos en biomarcadores junto a la Financiación de proyectos mixtos OPIS-empresa fue valorado por un 75,86 y un 65,51% de los expertos consultados respectivamente, con una importancia de 3 o 4 puntos en una escala de 1 a 4 en orden creciente de importancia. Para finalizar el presente apartado, en la siguiente figura se muestran el total de valoraciones emitidas por los expertos que colaboraron en la realización de la encuesta. En la leyenda se reflejan los valores promedio obtenidos según las puntuaciones enviadas por los expertos, conforme a una escala de 1 a 4, siendo 4 la puntuación máxima. VALORACIÓN DE LOS PRINCIPALES RETOS A LOS QUE SE ENFRENTA LA INVESTIGACIÓN EN BIOMARCADORES 1 Reto 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 Coste elevado de las tecnologías ................................................................. Falta de madurez de las tecnologías ............................................................ Problemas relacionados con la sensibilidad de los test .................................... Problemas relacionados con la especificidad de los test .................................. Problemas relacionados con la reproducibilidad de los test ............................. Validación de los biomarcadores mediante ensayos clínicos prospectivos .......... Impacto económico en los servicios sanitarios .............................................. Creación de redes y consorcios de colaboración ............................................ Programas de especialización en biomarcadores ............................................ Creación y consolidación de grupos de excelencia .......................................... Formación de grupos de investigación multidisciplinares ................................. Mayor grado de colaboración entre científicos básicos y clínicos ...................... Mayor grado de colaboración entre sector académico y el sector industrial ...... Desarrollo de una regulación específica para biomarcadores de uso clínico y sus correspondientes test ................................................................................ 15. Incremento de la financiación de proyectos en biomarcadores ........................ 16. Financiación de proyectos mixtos OPIS-empresa ........................................... 16 Valoración 2,79 2,39 2,30 2,79 2,61 3,32 2,89 3,00 2,96 2,64 2,86 2,82 3,07 2,82 3,14 3,12 Figura 35. Principales retos y barreras a los que se enfrentan los investigadores del área de biomarcadores de uso clínico. Fuente: elaboración propia en base a los datos obtenidos de un cuestionario enviado a expertos del área. Biomarcadores para Uso Clínico 5.5. Oportunidades de desarrollo En el anterior apartado se enumeraban los retos y barreras más importantes a los que se enfrenta la investigación y la traslación a la práctica clínica de los nuevos biomarcadores nacidos en el seno de las tecnologías “ómicas” y de los test basados en dichos biomarcadores. En el presente apartado se hará una revisión de las principales oportunidades que brinda este campo de investigación emergente, de la situación de la investigación en este área, así como de las principales iniciativas, tanto a escala nacional como internacional, cuyo objetivo es impulsar la investigación en esta área de conocimiento para finalmente trasladar los resultados de la investigación a la sociedad y que esta se beneficie de ellos. Por último, se analizarán las perspectivas de desarrollo futuro de este campo de conocimiento. Situación de la Investigación Existen distintos indicadores que nos pueden dar una idea de cuál es la situación actual de la investigación en el área de biomarcadores. Uno de ellos es revisar los proyectos de investigación que están llevando a cabo instituciones y empresas en el área. Esta información se puede consultar en el Anexo I del presente Informe, en el que se muestra una relación de proyectos españoles relacionados con el uso de biomarcadores de uso clínico. Como se puede comprobar en el Anexo I, en España hay un número muy elevado de proyectos de investigación en marcha dentro del área de biomarcadores. Se trata por tanto de un área de actualidad científica en la que participan un número importante de grupos de investigación. Otra posible forma de evaluar la situación de la investigación en el área es realizar búsquedas bibliográficas mediante palabras clave en bases de datos de artículos científicos como Pubmed183. 183 Pubmed, Base de datos de artículos científicos, website: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 107 108 Genoma España 35.000 30.000 25.000 20.000 Número de artículos encontrados empleando la palabra “biomarcador” Número de artículos encontrados empleando las palabras “biomarcador y enfermedad” 15.000 10.000 5.000 0 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 Figura 36. Evolución de la publicaciones relacionadas con biomarcadores entre los años 2000 y 2007. Las líneas verde y naranja corresponden, respectivamente, al número de artículos encontrados por año empleando las palabras clave “biomarcador” o “biomarcador y enfermedad” (biomarker o disease biomarker). Fuente: elaboración propia en base a datos obtenidos de la base de datos de publicaciones científicas Pubmed www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Si se realiza una búsqueda sencilla en la que se introduce como palabra clave “biomarcador”, para los últimos 5 años la base de datos nos devuelve un total de 144.314 artículos científicos, mientras que empleando como estrategia de búsqueda “biomarcadores de enfermedad” la base de datos devuelve 61.289 entradas. Esto nos da una idea del elevado número de grupos de investigación que desarrollan su actividad investigadora en esta área de investigación a nivel mundial. En la Figura 37 se puede observar el aumento de artículos científicos producidos en los últimos años. En este punto es importante volver a señalar el marcado desfase que existe entre la situación de la investigación en los laboratorios y la traslación de estos resultados de investigación a la práctica clínica. Gracias al desarrollo de las tecnologías “omicas”, en los últimos años se ha producido un gran aumento del descubrimiento de nuevos candidatos a biomarcadores con un potencial valor clínico, pero este hecho no se ha visto reflejado en la práctica clínica, es decir, los test disponibles por el paciente no han aumentado al ritmo esperado si se observan los datos de producción científica. Biomarcadores para Uso Clínico 10.000 3 7.000 6.000 Publicaciones sobre biomarcadores relacionados con cáncer 2 4.000 1 2.000 Número de marcadores plasma-proteína aprobados 0 0 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 Figura 37. Comparación entre el número de publicaciones sobre biomarcadores en cáncer y número de biomarcadores aprobados por la FDA. Los triángulos y la línea de tendencia asociada (verde) representan el número de marcadores de proteínas de plasma aprobado por la FDA al año. Los cuadrados y círculos naranjas indican las publicaciones en la base médica Medline bajo la búsqueda en título y texto “biomarcador”. Fuente: Ludwig, J. A & Weinstein, J. N. (2005). Biomarkers in cancer Staging, Prognosis and Treatment Selection. Nature Reviews cancer, 5: 845-856. Iniciativas Internacionales En diciembre de 2007, el Parlamento Europeo junto al Consejo Europeo lanzaron la primera convocatoria de la Iniciativa sobre Medicamentos Innovadores184, iniciativa que se puso en marcha en el año 2004 por la Comisión Europea y la Federación Europea de Asociaciones e Industrias Farmacéuticas – EFPIA185. La Iniciativa cuenta con una financiación de dos mil millones de euros, mil millones aportados por la UE y mil aportados por la EFPIA, y en ella participarán entidades tanto públicas como privadas. La Agenda Estratégica del IMI está organizada en torno a cuatro áreas estratégicas y pretende dotar a Europa de un nuevo concepto en investigación biomédica basada en el uso de biomarcadores y técnicas de genómica y proteómica buscando el acercamiento de la Sociedad Europea a la Medicina Individualizada. En su primera convocatoria se han presentado 18 prioridades científicas186 frente a las que se ha obtenido una respuesta de alrededor de 150 expresiones de interés por parte de investigadores de toda Europa. De las 18 prioridades científicas, la investigación en biomacadores se presenta como eje central de tres de estas propuestas. 184 Iniciativa sobre Medicamentos Innovadores, website: http://imi.europa.eu/index_en.html 185 Federación Europea de Asociaciones e Industrias Farmaceúticas, website: http://www.efpia.org/Content/Default.asp 186 http://www.imi-europe.org/publications/pages/prioritiesagenda.aspx 109 110 Genoma España Prioridades científicas IMI – 2008: 1. Mejora de la capacidad de predicción de la inmunogenicidad. 2. Carcinogénesis no genotóxica. 3. Sistemas expertos de predicción de toxicidad in silico. 4. Mejora de la capacidad de predicción en evaluación de seguridad no clínica. 5. Calificación de biomarcadores seguros. 6. Fortalecimiento del seguimiento del beneficio/riesgo de los medicamentos. 7. Investigación en islotes pancreáticos. 8. Marcadores surrogados para endpoints vasculares. 9. Investigación en dolor. 10. Nuevas herramientas para el desarrollo de nuevas terapias en patologías psiquiátricas. 11. Enfermedades neurodegenerativas. 12. Investigación en asma severo. 13. Respuesta de pacientes con enfermedad pulmonar obstructiva crónica. 14. Red Europea de Investigación en Medicamentos. 15. Ciencias de la seguridad para el programa de educación en medicamentos. 16. Programa de formación en medicina farmacéutica. 17. Programa de formación en integración de medicamentos. 18. Programa de formación en farmacovigilancia. Iniciativas Nacionales En julio de 2005 tuvo lugar la puesta en marcha de la Plataforma Tecnológica Española de Medicamentos Innovadores187, cuyos principales objetivos son agrupar y estructurar esfuerzos españoles para promover la I+D de medicamentos, identificar las barreras de carácter precompetitivo que dificultan el desarrollo de nuevos medicamentos en las que todos los agentes pueden colaborar, y facilitar la transferencia y explotación de conocimientos y tecnologías. La Plataforma plantea como uno de sus principales retos posicionar la investigación clínica en España en primera línea, dotándola de los recursos necesarios (científicos, técnicos, humanos, económicos) para la investigación clínica del futuro (genotipado, gestión del conocimiento, biomarcadores, investigación traslacional). Para conseguirlo, ha puesto en marcha el proyecto “BEST”, proyecto estratégico impulsado por la industria farmacéutica y en el que se integran entidades tanto públicas como privadas para crear una plataforma de excelencia en investigación clínica de medicamentos en España. 187 Plataforma Tecnológica Española de Medicamentos Innovadores, website: http://www.medicamentosinnovadores.org/ Biomarcadores para Uso Clínico La investigación en biomarcadores también aparece reflejada en el Plan Nacional de Investigación Científica, Desarrollo e Innovación Tecnológica 2008-2011188. El Plan Nacional es el mecanismo para establecer los objetivos y prioridades de la política de investigación e innovación a medio plazo en España. Dentro de la Acción estratégica en Biotecnología, la investigación en biomarcadores es una de las sublíneas recogidas dentro de la Línea de investigación “Biotecnología para la Salud”. Perspectivas de desarrollo El descubrimiento de nuevos biomarcadores y su uso en la práctica clínica diaria implica en muchos casos la adopción de una serie de tecnologías de reciente desarrollo, las denominadas tecnologías “ómicas”, por parte de centros sanitarios. Con el objetivo de realizar un ejercicio de prospectiva respecto al tiempo requerido por dichas tecnologías para ser introducidas en la práctica clínica, se envió un cuestionario a expertos cuyo trabajo está estrechamente relacionado con los biomarcadores de uso clínico. Un total de 29 expertos del área contestaron a esta encuesta. A continuación se muestran las principales conclusiones referentes a las perspectivas de introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica. En el Anexo V del presente Informe se pueden consultar las fichas técnicas con los datos aportados por cada grupo de investigación. El punto en el que existe una mayor unanimidad por parte de los expertos es que las tecnologías con unas perspectivas de introducción más cercanas en el tiempo serán dos tecnologías genómicas, concretamente los microarrays de ADN y las tecnologías de genotipado. En la siguiente figura se muestra un resumen de las valoraciones emitidas por los expertos en referencia a la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica. PERSPECTIVAS DE INTRODUCCIÓN DE LAS TECNOLOGÍAS “ÓMICAS” EN LA PRÁCTICA CLÍNICA Corto plazo (5 años) Medio plazo (10 años) Largo plazo (15 años) Arrays de ADN Genotipado Arrays de proteínas Lab-on-a-chip Código de colores: Biosensores Espectrometría de masas Cromatografía Espectrometría de masas Tecnologías genómicas Tecnologías proteómicas Nanotecnología Tecnologías metabolómicas Figura 38. Perspectivas de introducción de las diferentes tecnologías “ómicas” en la práctica clinica habitual. Fuente: elaboración propia en base a los datos obtenidos de un cuestionario enviado a expertos del área. 188 Plan Nacional de I+D+I 2008-2011 http://www.plannacionalidi.es/ 111 112 Genoma España a) Perspectivas a corto plazo Los avances en genómica parecen ser los primeros que se introducirán en la práctica clínica y por consiguiente de los que podrá beneficiarse la sociedad en primer término. Un 58,62 y un 62,07% de los expertos encuestados opinaron que el tiempo requerido para la introducción en la práctica clínica habitual de los microarrays de ADN y el genotipado de SNP, respectivamente, no superará los cinco años. Por otra parte, el uso de los arrays de proteínas en la práctica clínica también se prevé con un desarrollo cercano en el tiempo. En concreto un 34,48% lo enmarcó dentro de las perspectivas de desarrollo a corto plazo. De las tecnologías basadas en nanotecnología los dispositivos Lab-on-a-chip son los que los expertos han valorado en mayor grado con unas perspectivas de introducción en la práctica clínica a corto plazo. Concretamente el 27,59% de los expertos encuestados le asignó a este punto un período de introducción en la práctica médica inferior a cinco años. b) Perspectivas a medio plazo El uso de la espectrometría para la realización de estudios de proteómica fue valorado por un 34,48% de los expertos con unas perspectivas de introducción en la práctica clínica a medio plazo. Este margen de tiempo también ha sido asignado por un 17,24% de los expertos para una tecnología basada en principios de nanotecnología, concretamente a los biosensores. c) Perspectivas a largo plazo La espectrometría para la realización de estudios de metabolómica es la tecnología que, según los expertos, necesita un mayor margen de tiempo para ser introducida en la práctica clínica. Un 20,69% de los expertos coincidieron en que serán necesarios al menos 15 años para que la práctica médica pueda servirse de esta tecnología. De las tecnologías “ómicas” la metabolómica es quizás la que se encuentre en un punto de desarrollo más temprano, por lo que los resultados de la investigación en esta área tardarán más tiempo en verse reflejados en la práctica clínica. Respecto a las patologías que se beneficiarán en mayor medida de los avances que se consigan en la investigación con biomarcadores, un 82,7% de los expertos consultados coinciden en que el cáncer será la enfermedad sobre la que tendrá un mayor impacto el uso de los nuevos biomarcadores descubiertos en el seno de las tecnologías “ómicas”. El segundo conjunto de patologías que han valorado un mayor número de expertos como enfermedad que se presenta con mayores posibilidades de beneficiarse de la investigación en biomarcadores serán las enfermedades cardiovasculares. En tercer lugar los expertos sitúan las patologías degenerativas. Biomarcadores para Uso Clínico El total de patologías propuestas por los expertos como aquellas que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores se puede consultar en el Anexo V del presente Informe, en el que se presentan las fichas técnicas correspondientes a los 29 grupos de investigación de biomarcadores de uso clínico que colaboraron en la realización del cuestionario dirigido a expertos del área. Para valorar las patologías que se beneficiarán en mayor medida de los avances que se consigan en la investigación con biomarcadores se les trasladó la siguiente pregunta a los investigadores: ¿Cuáles son, en su opinión, las patologías que se beneficiarán por los avances que se consigan en la investigación de biomarcadores? 100 80 82,75% 60 51,70% 40 20,68% 20 0 1 2 3 Cáncer Enfermedades cardiovasculares Enfermedades neurodegenerativas En la figura se muestran las tres patologías que más expertos coincidieron en valorar, cáncer (82,75%), enfermedades cardiovasculares (51,70%) y enfermedades neurodegenerativas (20,68%) y los correspondientes porcentajes obtenidos por cada una de dichas patologías. El resto de patologías propuestas por los expertos se puede consultar en el Anexo V del Informe. Figura 39. Patologías que se beneficiarán en mayor medida de los avances que se consigan en la investigación con biomarcadores. Fuente: elaboración propia en base a los datos obtenidos de un cuestionario enviado a expertos del área. 113 114 Genoma España 6. Conclusiones Los biomarcadores de uso clínico suponen una nueva herramienta de gran utilidad para el diagnóstico y pronóstico de enfermedades, así como para la elección del tratamiento adecuado para cada paciente o para prevenir los posibles efectos adversos frente a fármacos. Por todos estos motivos, los biomarcadores constituyen uno de los cimientos sobre los que se construirá la Medicina Personalizada. El uso de estos nuevos marcadores permitirá realizar diagnósticos en estadios más tempranos de la enfermedad, cuando aún puede que no existan síntomas, consiguiendo por tanto realizar una labor de prevención y predicción que no puede realizar la medicina tradicional orientada a los síntomas. El gran avance y las expectativas que se han depositado en el uso clínico de los nuevos biomarcadores ha sido posible gracias al despegue de las tecnologías “ómicas” (genómica, proteómica y metabolómica) que se ha producido en los últimos años, fundamentalmente a raíz de la publicación del genoma humano. Inicialmente, el esfuerzo científico se encaminaba al descubrimiento de marcadores individuales utilizando las diferentes plataformas “ómicas” por separado. Pero cada día parece más evidente el cambio de estrategia hacia un enfoque más integrador en el que las diferentes tecnologías sean utilizadas en su conjunto. De esta forma será posible alcanzar un mayor grado de integración de los diversos factores que están implicados en el desarrollo de las patologías, integrando datos genómicos, perfiles de proteínas y metabolitos, que reflejen la influencia del genotipo en el desarrollo de las patologías, pero también la influencia de los factores ambientales a los que está expuesto el individuo objeto de estudio. Integrando datos procedentes de diferentes tecnologías será más sencillo conseguir identificar grupos o paneles de biomarcadores que sean capaces de abarcar en mayor medida la naturaleza multifactorial de los estados patológicos. De todas las aplicaciones de los biomarcadores en salud, la farmacogenómica es la que se encuentra en un grado de desarrollo más avanzado. Existe ya un pequeño pero importante número de medicamentos en cuya ficha técnica aparece reflejada información farmacogenómica. Esta información se basa en el empleo de biomarcadores de distinta naturaleza que proporcionan información sobre la eficacia y seguridad del tratamiento farmacológico. Este es un punto de gran importancia y que posee un impacto directo sobre la industria farmacéutica. En los últimos años, ha ido disminuyendo de forma progresiva el número de nuevos fármacos que son lanzados al mercado con éxito. En la actualidad, la mayoría de las moléculas que se producen fallan debido a problemas de eficacia o de seguridad. En este sentido, la investigación en biomarcadores es de gran utilidad ya que los biomarcadores nos permitirían predecir precozmente si un fármaco será efectivo y seguro, ahorrando de este modo tiempo y recursos económicos en la búsqueda de nuevas moléculas con naturaleza terapéutica. Por otra parte, la oncología es el área terapéutica en la que se han conseguido trasladar más resultados procedentes de la investigación científica a la práctica clínica. Biomarcadores para Uso Clínico En oncología, la realización de ensayos genéticos está más extendida que en otras patologías. A pesar de la importante actividad científica que se está desarrollando en el área de biomarcadores, a día de hoy, no se puede considerar una realidad clínica, ya que existe un desfase muy importante entre producción científica y la práctica médica. Para conseguir ajustar esta diferencia y que estos avances sean de utilidad para el conjunto de la sociedad es necesario superar una serie de barreras y retos tales como: • caracterizar los mecanismos moleculares que subyacen al proceso patológico. • solventar los problemas técnicos inherentes a las novedosas tecnologías que se emplean. • aumentar el grado de colaboración entre científicos básicos y clínicos y entre el mundo académico y el sector empresarial. • desarrollar programas formativos. • desarrollar un marco legislador específico que sea capaz de cubrir todos los aspectos relacionados con el uso de los biomarcadores incluyendo las cuestiones éticas y de índole social que se plantean. • validar los resultados de la investigación mediante ensayos clínicos prospectivos. La superación de todas estas barreras permitirá disponer de un mayor número de biomarcadores válidos susceptibles de ser aplicados en la práctica clínica, lo que supondrá una importante mejora en la calidad de la asistencia sanitaria. 115 116 Genoma España Anexos Anexo I. Proyectos de investigación españoles relacionados con biomarcadores de uso clínico Centro Universidad de Málaga Duración Financiación Estudios de patología molecular que aplicamos al pronóstico y diagnóstico de cáncer. 2001 PR Andalucía Fotocarcinogénesis; factores pronósticos clínicos-patológicos-biomoleculares en cáncer epitelial cutáneo y en melanoma; ganglio centinela y melanoma y cespinomolecular. 2000 PR Andalucía Registro de tumores para el estudio de la supervivencia y valoración de valores pronósticos; estudio de factores etiológicos; identificación del fenotipo de transformación neoplásica; establecimiento de Índices de malignidad. 2002 PR Andalucía — — Detección de ADN de los virus Epstein-Barr y Papiloma virus humano en el cáncer oral. Detección de la expresión de la oncoproteína LMP-1 del virus Epstein-Barr; detección de marcadores de proliferación; pronóstico del cáncer oral. 2004 PR Andalucía Test predictivos en radioterapia; radiosensibilidad y respuesta tumoral a la radiación; factores de pronóstico de base molecular en cáncer; xeroestrógenos y disruptores hormonales; transformación y desarrollo neoplásicos; desarrollo orgánico. 2002 PR Andalucía La hipermetilación de genes como marcador tumoral y diana terapéutica en oncología. 2001-2003 SAS Perfiles de expresión génica y predicción de respuesta terapéutica en cáncer de mama. 2002-2005 FIS Cáncer de mama: posibilidades de diagnóstico e individualización terapéutica basadas en el conocimiento y en la modulación del estado de metilación del ADN. 2004-2007 CICYT Marcadores tumorales epigenéticos en cáncer de pulmón: posibilidades de aplicación en el diagnóstico precoz, pronóstico e individualización terapéutica. 2006-2007 Fundación S. Francisco Javier y Santa Cándida Descubrimiento de biomarcadores de enfermedades autoinmunes. 2005-2008 MEC — — 2007-2010 Junta de Andalucía Título del proyecto Aplicación de las técnicas de genómica funcional y proteómica para identificar y caracterizar genes y proteínas con una expresión diferencial o alterada en células cancerosas (línea de investigación). Universidad de Granada Biomarcadores de la enfermedad de Parkinson (línea de investigación). Estudio de biomarcadores de inflamación y riesgo cardiovascular en niños obesos en edad prepuberal. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Duración Financiación 2007-2008 Junta de Andalucía — — Enfermedad inflamatoria intestinal: estudio del mecanismo molecular mediante análisis de perfiles de expresión génica. 2007-2009 FIS Identificación de genes implicados en la obesidad infantil: perfil de expresión génica en tejido adiposo intra-abdominal, análisis de polimorfismos génicos y asociación a resistencia insulínica y síndrome metabólico. 2005-2008 FIS Genómica de infecciones invasivas por Aspergillus en pacientes con cáncer. Análisis de polimorfismos genéticos para la identificación de biomarcadores genéticos que permitan predecir la susceptibilidad a la infección y la resistencia a antifúngicos. 2007-2010 SAS Utilización de la tecnología microarrays y proteín-arrays para la identificación de genes y proteínas que regulan la respuesta inmunológica innata y adaptativa y que determinan la susceptibilidad a desarrollar Aspergilosis Pulmonar Invasiva. 2006-2008 Fundación S. Francisco Javier y Santa Cándida Asociación de polimorfismos de un único nucleótido (SNP) de los genes de las vías de señalización intracelular NFKB, MAPK y JAK/STAT con la artritis reumatoide (AR) y con diferentes fenotipos de la enfermedad. 2004-2007 FIS Farmacogenómica en el tratamiento de la Aspergilosis Pulmonar Invasiva en pacientes con cáncer. 2008-2011 SAS Genómica de la Aspergilosis Pulmonar Invasiva en pacientes con cáncer. 2008-2011 FIS — UE Nuevas técnicas de genómica funcional: análisis mediante DNA-arrays de potenciales genes blanco de los inmunosupresores en células linfoides y granulocíticas. 2002 FIS Estudios genéticos en neurología: identificación de genes implicados en el desarrollo de las convulsiones febriles y formas relacionadas de epilepsia. 2008-2011 Junta de Andalucía Expresión, mutaciones y reordenamiento del RET en patología tiroidea humana y experimental; variabilidad fenotípica y biología molecular de los tumores de glándulas suprarrenales; factores pronósticos en el cáncer de mama. 2002 Junta de Andalucía Título del proyecto Identificación de polimorfismos de genes relacionados con el sistema de defensa antioxidante implicados en la obesidad y síndrome metabólico en niños de edad prepuberal. Desarrollo de modelos animales en enfermedad inflamatoria intestinal y búsqueda de biomarcadores. Universidad de Granada (continuación) European Network for the identification and validation of antigens and biomarkers in cancer and their applications in clinical tumor immunology (STREP). Universidad de Sevilla 117 118 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Sevilla (continuación) Duración Financiación 2007-2008 Newbiotechnic S.A — — 2003 Junta de Andalucía — — 2004-2007 PN Estudio de marcadores genéticos en manchas de sangre (línea de investigación). — — Marcadores tumorales en cáncer (línea de investigación). — — 2006-2007 — Análisis genómico y genético del envejecimiento como factor de riesgo de la enfermedad de Alzheimer. 2003 CM La huella mitocondrial del cáncer. Expresión y función de tumores de la h+atp sintasa de la mitocondria. 2004 ISCIII Bases moleculares de la función y expresión del transcriptoma por las proteínas tia-1 y tiar. Implicaciones fisiopatológicas. 2008 PN Marcadores moleculares de la huella bioenergética del cáncer de mama. 2005 CM Detección de delecciones mediante arrays de SNP. 2009 — Análisis genético de cuasiespecies virales mediante microarrays de DNA para la planificación de tratamientos antivirales. 2004 CM Caracterización molecular de mecanismos de patogenicidad de Brucella mediante tecnología microarray. 2005 MEC Cribado virtual de quimiotecas en genómica estructural. Nuevas técnicas bioinformáticas para el diseño de fármacos a nivel genómico. 2004 CM Estudio proteómico de las placas ateromatosas humanas. Identificación de biomarcadores diagnósticos y terapéuticos de riesgo cardiovascular. 2004 MEC Título del proyecto Biomarcadores. Desarrollo y aplicaciones en agroalimentación y sanidad. Búsqueda de nuevos biomarcadores en patologías de origen inmune y enfermedades neurodegenerativas (línea de investigación). Diagnóstico y pronóstico de tumores biológicos. Diagnóstico molecular del cáncer. Diagnóstico de tumores urológicos/diagnóstico de tumores hematolinfoides. Universidad de Córdoba Biomarcadores tumorales: carcinoma de mama y otras neoplasias hormonodependientes / Receptores hormonales y factores de crecimiento (línea de investigación). Patrón de expresión génica y perfil proteico de la infección por circovirus porcino. Universidad de Cádiz Enfermedades autoinmunes humanas: desarrollo de microarrays para el diagnóstico. Universidad Autónoma de Madrid Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Duración Financiación 2005 MEC — — Nanoestructuras poliméricas como vectores sintéticos en terapia génica: aplicación a la liberación intracelular de siRNA. Evaluación de la interferencia de Snail. 2005-2008 MEC Caracterización funcional de los factores Snail y bHLH y su implicación en la progresión tumoral. 2007-2010 MEC Biología del Cáncer. ONCOBIO (CSD00C-2007-26102). 2007-2012 MEC Estudio BACS-BAMI (Biomarkers in Acute Coronary Syndrome & Biomarkers in Acute Myocardial Infarction). — FIS Polimorfismos genéticos de las citocinas y su expresión en sangre periférica en pacientes con recidiva de la hepatitis C después del trasplante hepático. Papel en la progresión y pronóstico de la recidiva viral en el injerto. 2005-2008 FMM Estudio de los marcadores de diferenciación en los carcinomas de próstata (línea de investigación). — — Estudio inmunohistoquímico de marcadores de diferenciación melanocítica (línea de investigación). — — Desarrollo de marcadores diagnósticos en tumores infantiles (línea de investigación). — — Marcadores proliferativos en tumores del sistema nervioso. — CM Marcadores biológicos en la artrosis (línea de investigación). — — 2006-2008 ISCIII Estudio prospectivo de expresión génica en tumores primarios de mama. — ISCIII Estudio de los factores moleculares predictivos de respuesta al tratamiento del cáncer no microcítico de pulmón mediante el análisis del transcriptoma a través de SAGE. — ISCIII Estudio de factores moleculares predictivos de respuesta y mecanismos de resistencia al tratamiento neoadyuvante quimiorradioterápico del cáncer de recto: análisis del transcriptoma. — ISCIII Título del proyecto Análisis de los mecanismos de patogenicidad en el complejo Mycobacterium tuberculosis: utilidad de la tecnología de arrays. Análisis de las interacciones entre genes mayores de predisposición y genes de baja penetrancia en el cáncer colorrectal. Implicaciones pronóstica y diagnóstica. Universidad Autónoma de Madrid (continuación) Perfil pronóstico en cáncer de mama empleando qRT-PCR a partir de muestras parafinadas. 119 120 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Duración Financiación 2008 PN Una nueva estrategia para el análisis de la interacción Candida-Macrófago. Estudio genómico y proteómico. 2002-2005 Fundación Ramón Areces Análisis genómico y proteómico de la respuesta a estrés sobre la pared celular. 2003-2005 CICYT A proteomic approach to Candida albicans biofilms. 2004-2006 NIH Estudio del proteoma de la pared celular de Candida albicans. Aplicaciones al estudio de dianas de antifúngicos y al desarrollo de estrategias de diagnóstico e inmunoprotección. 2003-2006 CICYT Estudio de microarrays de cDNA para la identificación de genes de expresión diferenciada como potenciales marcadores de riesgo de transformación maligna en células bronquiales. 2002 FIS Estudio de metilación en cáncer de pulmón. 2009 — Diabetes tipo Mody. Diagnóstico molecular y búsqueda de nuevos genes implicados. 2003 MEC Optimización de entrenamientos aeróbicos y anaeróbicos. Análisis proteómico, transcripcional y del metabolismo energético en músculo esquelético. 2006-2009 MCyT 2009 — — — 2002 Junta de Castilla y León Creación de una Unidad de Proteómica Clínica. Estudios proteómicos en enfermedades cardiovasculares, neurológicas, oncológicas y metabólicas. 2005-2007 Junta de Castilla y León Desarrollo de métodos de diagnóstico molecular simplificados para enfermedades hereditarias monogénicas. 2001 MEC Valor pronóstico de variables biológicas definidas mediante tissue microarrays (TMA) en cáncer de próstata. Influencia del tratamiento hormonal sobre el perfil de expresión. 2002 FIS Valor pronóstico de la hibridación génomica comparada en el mieloma múltiple. 2001 Junta de Castilla y León Estudio de las alteraciones en la expresión proteica de los tumores de tiroides. Importáncia diagnóstica e implicaciones en el pronóstico. 2001 Junta de Castilla y León Título del proyecto Caracterización mediante técnicas de metalo-proteómica de la interacción de fármacos con base de Pt con proteínas en tratamientos oncológicos. Aplicaciones al estudio de la nefrotoxicidad. Universidad Complutense Universidad de Alacalá de Henares Illumina GoldenGate Panel I Metilación genes de cáncer. Diagnóstico de cáncer hereditario. Análisis del ácido siálico plasmático y de los ácidos grasos eritrocitarios como marcadores del cáncer de pulmón. Universidad de Salamanca Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Salamanca (continuación) Universidad de Valladolid Universidad de Murcia Duración Financiación El valor de la citogenética, de la expresión antigénica y génica y de la EMR, en la definición clínica en dos ensayos Fase III para pacientes con Mieloma Múltiple de “novo” para evaluar la eficacia en 1ª línea y mantenimiento de talidomida y bortezomib. 2007-2009 ISCIII Proyecto EUDRAGENE: influencia de los polimorfismos genéticos en las reacciones adversas graves a los medicamentos. — UE Influencia de los polimorfismos genéticos en las hemorragias GI asociadas a fármacos: un estudio multicéntrico de casos y controles. — FIS Polimorfismos genéticos y respuesta a fármacos (línea de investigación). — — Nuevos métodos de diagnóstico de las infecciones humanas. Técnicas serológicas, técnicas genómicas (línea de investigación). — — Estudio de la correlación entre la evolución clínica y pronóstico y la expresión de la p75 y la TRKA en tumores de origen epitelial en humanos. Evaluación terapeútica del inhibidor de TRKA, K-252A en tumores epiteliales. 2001 Junta de Castilla y León Marcadores biológicos de actividad, evolución y pronóstico en las enfermedades inflamatorias crónicas en el intestino. 2002 MEC Nuevas estrategias terapéuticas en la enfermedad celiaca. Modulación de la respuesta inmune frente al gluten en modelos de cultivos de biopsia y célula. 2008-2010 ISCIII Estudios moleculares y celulares de los mecanismos inmunes en la patogenia de la enfermedad celiaca. 2008 — Investigación genómica, proteómica y terapéutica del sistema hemostático en la enfermedad tromboembólica arterial y venosa. 2006-2009 MEC Variabilidad genética de proteínas que implicadas en la g-caboxilación: consecuencias funcionales, trombóticas y farmacogenética. 2007-2008 Fundación Séneca Cambios adaptativos de la expresión genética en diferentes áreas del cerebro durante la tolerancia/dependencia a morfina. 2002-2004 Fundación Séneca Prevención de la progresión del esófago de Barret a adenocarcinoma esofágico: implicación del tratamiento (médico vs quirúrgico) e identificación de marcadores diagnósticos y pronósticos. 2009-2011 Fundación Séneca Efecto del licopeno y otros ingredientes cardiosaludables sobre biomarcadores de estrés oxidativo, inflamación y enfermedad cardiovascular 2007-2009 Fundación Séneca Título del proyecto 121 122 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de CastillaLa Mancha Universidad de Alicante Título del proyecto Duración Financiación Determinación de biomarcadores y compuestos utilizados en el tratamiento del cáncer. 2006-2008 JCCM Papel del procesamiento proteolítico de miocilina en las interacciones proteína-proteína y en las uniones celulares: implicaciones en la relación genotipo-fenotipo en glaucoma. 2009-2011 MINCINN Análisis de mutaciones del gen CYP1B1 en pacientes españoles afectados por glaucoma primario de ángulo abierto. 2005-2008 FIS Análisis de la asociación de mutaciones de genes MYOC y FIP2 con el glaucoma crónico de ángulo abierto del adulto en una población castellano-manchega. 2002-2004 JCCM Bases moleculares, neuroanatómicas y neurofisiológicas de la encefalopatía hepática clínica y subclínica. Implicaciones terapéuticas y diagnósticas. 2003-2004 ISCIII Papel de la ruta ERK5 en cáncer. Implicaciones en transformación celular y respuesta al tratamiento. 2006-2008 MEC Búsqueda de nuevos marcadores de resistencia a antitumorales basados en platino. 2005-2007 JCCM Bases moleculares de la resistencia a RSTI571 (Gleevec). 2004-2007 FMM Papel del SAPKS y AKT en los fenómenos de resistencia al cisplatino, radiación ionizante y STI571: búsqueda de nuevos marcadores dependientes de dichas rutas y correlación clínico patológica. 2003-2006 FIS Expresión génica diferencial entre célula madre normal y tumoral. Aplicaciones en terapia regenerativa en enfermos diabéticos. 2007 UCLM Búsqueda de la respuesta y expresión génica diferencial entre la célula madre tumoral y las células tumorales tras su exposición a agentes tumorales. 2007-2008 AMGEN, S.A Análisis funcional de una familia de secuencias repetidas del genoma de procariotas aplicaciones en diagnóstico molecular. 2002-2003 — Tipificación genética de microorganismos de importancia clínica para el desarrollo de sondas moleculares de identificación rápida. 2007-2008 — Identificación de biomarcadores en fecundación in vitro. 2009 GV Estudio molecular de las alteraciones del gen RUNX3 en tumores de pacientes con carcinoma gástrico. 2003 — Susceptibilidad genética a cáncer colorrectal: análisis de polimorfismos en el gen TGFBR1. 2007 — Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Alicante (continuación) Universidad Miguel Hernández Universidad de Valencia Universidad de Cantabria Título del proyecto Duración Financiación Estudio de la asociación de variantes genéticas en MLH1, MSH2, MSH6, ARLTS1 y MYH con CCR. 2008 GV Estudio de la infección de papiloma virus humano y su asociación etiológica con cáncer colorrectal. 2008-2009 MAE Estudio del valor pronóstico de factores genéticos en el carcinoma de vejiga infiltrante. 2006-2008 FIS Susceptibilidad genética a carcinoma de vejiga: implicación de polimorfismos en los genes TGFBR1 y P. 2004-2005 GV Susceptibilidad genética a cáncer colorrectal: Análisis de polimorfismos en TGFBR1. 2006 GV Estudio del papel de polimorfismos genéticos no SNP en la susceptibilidad a cáncer de vejiga. 2006 FIS Evaluación integral de las variantes genéticas de significado desconocido en familias con CCHNP. 2007-2008 — Desarrollo de nuevas tecnologías para el diagnóstico inmunológico y molecular de las enfermedades autoinmunes. Su utilidad en la prevención primaria y secundaria. 2007-2009 — Desarrollo de biosensores fluorescentes con aplicaciones en diagnóstico clínico. — FIS Carboxil esterasas sensibles a paraoxon como dianas y biomarcadores en la promoción de neuropatías de origen tóxico. 2003 FIS Modelos animales y análisis bioinformáticos de genes implicados en la enfermedad de Parkinson. 2007-2008 MEC Plataforma bioinformática NEUROGENÓMICA (NEUROGENOMICA bioinformatic database). “Caracterización genómica y proteómica de la enfermedad de Parkinson”. 2003-2006 MCyT Epigenética: Mecanismos y Enfermedad (EPICROM) CONSOLIDER. 2006 MINNCIN Genética de las enfermedades cardiovasculares: análisis funcional de polimorfismos de un solo nucleótido (snps) en promotores de genes asociados a obesidad. 2008 — Caracterización de las hipercolesterolemias autosómicas dominantes (had) no dependientes de los genes del receptor ldl o apob subproyecto 3: búsqueda y análisis funcional de mutaciones en regiones reguladoras de genes candidatos. 2006 — Regulación y efectos de MYC en la respuesta a fármacos inhibidores de tirosina quinasas en leucemia mieloide y cáncer colorrectal. — — 123 124 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Cantabria (continuación) Duración Financiación Identificación de factores de virulencia de Brucella mediante análisis transcriptómico con microarrays. 2007-2010 MEC Genómica comparativa de Brucella. Creación de una anotación unificada e identificación de nuevos genes de virulencia. 2009-2011 ISCIII Uso de secuencias repetidas polimórficas para el tipado molecular de Brucella. 2006 ISCIII Genómica funcional y proteómica de la enfermedad de alzheimer. 2005 — Supervivencia en la insuficiencia cardiaca crónica: ensamblaje de una cohorte clínica e influencia de los marcadores de inflamación y la función endotelial en la supervivencia. 2005 — — — Polimorfismos bialélicos del cromosoma X: aplicaciones médico-legales y en genética poblacional. 2006 — Implicación de las vías mevalonato, WNT y estrogénica en la genética de la osteoporosis y la respuesta a los fármacos anti-resortivos. 2007 — Metaloproteinasa de matriz 9 (MMP9) en el diagnóstico y seguimiento del carcinoma prostático. — — ESTUDIO CAPUA. Variaciones polimórficas en el promotor de las metaloproteasas de matriz extracelular y predisposición al cáncer de pulmón. — — Identificación de marcadores moleculares en el cáncer de pulmón. — — Infancia y Medio Ambiente INMA. Exposiciones Prey postnatales a contaminantes ambientales, dieta, crecimiento fetal y desarrollo neuroinmunoendocrino. — — Susceptibilidad genética individual y factores ambientales, ocupacionales y de estilos de vida en la etiología y pronóstico del cáncer de pulmón en Asturias. — — A paradigm for the establishment of new prognostic markers for common cancers: Protease systems as indicators of invasive potential. 2003 UE Perfiles de expresión génica, mecanismos moleculares de la regulación e interacciones proteicas de las anexinas en modelos de diferenciación celular. 2005 MCyT Mecanismos moleculares que regulan la apoptosis de los neutrófilos en la osteomielitis. Marcadores de susceptibilidad frente a dicha infección. 2003-2005 Principado de Asturias Título del proyecto Polimorfismos en enfermedades óseas. Universidad de Oviedo Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Oviedo (continuación) Universidad de Zaragoza Título del proyecto Duración Financiación Análisis funcional del degradoma humano: aplicaciones al estudio del cáncer y del envejecimiento prematuro. 2006-2011 MEC Análisis genómico y funcional de sistemas proteolíticos asociados al cáncer y a otras enfermedades. 2006-2009 Fundación Marcelino Botín Análisis molecular de la osteomielitis. Implicaciones etiopatogénicas diagnósticas y terapéuticas. 2007-2009 FIS Extracellular proteases and the Cancer Degradome: Innovative diagnostic markers therapeutic targets and tumour imaging agents (CANCERDEGRADOME). 2003-2007 UE PROYECTO CENIT: identificación de marcadores de valor diagnóstico pronóstico y terapéutico en la enfermedad neoplásica ("Proyecto ONCNOSIS"). 2006-2009 ONCNOSIS PHARMA Variaciones polimórficas en el promotor de las metaloproteasas de matriz extracelular y predisposición al cáncer de pulmón. 2004-2007 FIS Identificación de genes candidatos como marcadores de riesgo para el aumento de peso en pacientes en tratamiento con antipsicóticos de segunda generación. 2008-2010 MSyC Influencia de los polimorfismos en el promotor del gen de metaloproteasas en el riesgo a desarrollar cáncer de pulmón y tiempo de supervivencia. 2007-2009 FIS Euroas European Genomic Bank and Clinical Genetic and Immunogenetic Databases of Ankylosing Spondylitys and the other Spondylarthropathes. EUROAS GENOMIC BANK. 2002-2007 UE Marcadores moleculares de respuesta a la quimioterapia en los carcinomas epidermoides de cabeza y cuello. 2008-2010 FIS Utilización de proteínas implicadas en la apoptosis (Fas/ligando de Fas, Bcl-2, caspasas) como marcadores moleculares de pronóstico o evolución. Aplicación a dos patologías de incidencia significativa en Aragón: la artritis reumatoide y la leucemia linfática crónica. 2001-2003 Gobierno de Aragón Papel de Apo2L/TRAIL en la regulación del sistema inmune por células T en la artritis reumatoide. Proteómica de exosomas. 2007-2009 ISCIII 2008 — Estudio del genoma, transcriptoma y proteoma de los genes de la HMG-CoA liasa y HMG-CoA sintasa mitocondrial humanos (línea de investigación). — — Farmacogenómica mitocondrial (línea de investigación). — — Empleo de exosomas urinarios para la identificación de nuevos biomarcadores de enfermedad renal y cardiovascular. 125 126 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Zaragoza (continuación) Universidad del País Vasco Duración Financiación Caracterización de variantes geneticas poblacionales que provocan susceptibilidad a las enfermedades mitocondriales (línea de investigación). — — Descubrimiento de nuevos biomarcadores urinarios de enfermedad renal y cardiovascular (línea de investigación). — — Identificación, caracterización y evaluación de biomarcadores genéticos y proteicos en neoplasias hematológicas (línea de investigación). — — Estudio del lupus eritematoso sistémico mediante aproximaciones genómicas, proteómicas. 2007-2008 Gobierno Vasco Aplicación de la genómica y proteómica en el análisis molecular y celular de las enfermedades auto inmunes sistémicas humanas. 2006-2007 Gobierno Vasco Neuroquímica, farmacología y genética de la depresión. Identificación y caracterización de marcadores moleculares sanguíneos para la depresión mayor basada en la tecnología DNA-CHIP. 2004-2007 Ministerio de Sanidad 2003 Gobierno Vasco Determinación de polimorfismos de fumadores para personalizar el tratamiento. 2007-2008 — Farmacogenética (biomarcadores a nivel de ADN en relación con la respuesta al tratamiento) en enfermedades neuropsiquiátricas y CCR. — — Genes involucrados en cáncer de mama y colorrectal. — — Genes involucrados en enfermedades psiquiátricas (esquizofrenia y depresión postparto). — — Biomarcadores en enfermedades neurológicas (migraña y ataxias). — — Biomarcadores en enfermedades cardiovasculares (arritmias responsables de muerte súbita). — — Mitgenomics: un proyecto para el análisis poblacional de genomas completos mitocondriales. Aplicaciones forenses, médicas y antropológicas. 2009-2011 PN Análise xenómica global (gwas) nunha mostra control da poboación galega para a procura de xenes implicados en enfermidades complexas. 2008-2011 Proxectos Xunta Identificación e caracterización de novas mutacións na enfermidade de Charcot-Marie-Tooth e desenvolvemento dun chip de diagnóstico para a poboación Galega. 2007-2011 Proxectos Xunta Título del proyecto Biomarcadores genéticos y bioquímicos de estrés oxidativo in vivo. Universidad de Santiago de Compostela Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Santiago de Compostela (continuación) Duración Financiación Análise da interacción xen ambiente en cáncro de mama e cáncro colorrectal en Latinoamérica. 2007 Proxectos Xunta Eurocardiopgx: farmacoxenética e farmacoxenómica dos antiagregantes plaquetarios. 2007 Proxectos Xunta European genomics populations study. 2007 Proxectos Xunta Correlación fenotipo-genotipo en enfermedades genéticas relacionadas co morte súbita de orixen cardiaco. 2006-2008 Proxectos Xunta Estudo multicéntrico da predisposición xenómica mitocondrial á enfermidade por infección meningocócig. 2006-2008 Proxectos Xunta Análise dos padróns de diversidade xenética e epidemioloxía das especies de Cryptosporidium que causan infeccións en humanos. 2006-2009 Proxectos Xunta Análise xenómico de SNP implicados na pigmentación humana con fins forenses e de investigación criminal. 2006-2009 Proxectos Xunta Estudio de SPN en regiones nucleosómicas en muestras de ADN degradado con fines forenses. 2006-2009 PN Plataforma de xenotipación para a identificación de factores xenéticos implicados na susceptibilidade e na resposta farmacolóxica das enfermedades mentais. Red de Xenotipación e Psiquiatría Xenética. 2004-2007 Xunta Estudio de la inestabilidad mitocondrial en tumores del sistema nervioso central (CNS) y su detección precoz en líquido cefalorraquídeo. 2003-2006 FIS 2005 PN Plataforma de genotipación para la identificación de factores genéticos implicados en la susceptibilidad y en la respuesta farmacológica de las enfermedades mentales. Red de Genotipación y Psiquiatría Genética. 2003-2006 FIS Análisis por proteómica de los mecanismos moleculares que gobiernan la activación de las plaquetas en pacientes con síndrome coronario agudo. 2007-2010 PN Estudio piloto de farmacogenética y farmacogenómica de esquizofrenia en Galicia. 2005-2006 FIS Detección de biomarcadores de artritis reumatoide mediante técnicas proteómicas. 2004-2007 Proxectos Xunta Influencia de los polimorfismos genéticos en las hemorragias gastrointestinales asociadas a fármacos: Un estudio multicéntrico de casos y controles. 2002-2005 FIS Genómica del cáncer. 2005-2006 FIS Título del proyecto Análisis de bajo número de copias ADN en problemas forenses usando polimorfismos nucleótidos simples y miocroarrays de ADN. 127 128 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Vigo Universidad de Extremadura Universidad de la Laguna Universidad de Las Palmas de Gran Canaria Universidad Pública de Navarra Título del proyecto Duración Financiación Nuevos marcadores moleculares genéticos y proteicos en el tratamiento de distintos tipos de cáncer (línea de investigación). — — Determinación de marcadores diagnósticos y pronósticos genéticos y proteicos en la patología pleural y pulmonar neoplásica (línea de investigación). — — Detección de genotipos que confieran sensibilidad a los diferentes tratamientos (línea de investigación). — — Aspectos genéticos de la hepatotoxicidad secundaria fármacos antituberculosos (farmacogenómica) (línea de investigación). — — Estudio del poliformismo genético de relevancia para estrategias de medicina personalizada en Esclerosis Múltiple. 2008 Junta de Extremadura Estudio de la esquizofrenia en la provincia de Badajoz en el contexto extemeño e internacional. 2008 Junta de Extremadura — — Inestabilidad genética en Candida albicans: búsqueda de genes implicados en la generación/pérdida de heterozigosidad y longitud de los telómeros, y efecto de su deleción la biología y virulencia. 2008 MEC Efecto de la heterozigosidad en la virulencia de Candida albicans: genes implicados en su generación y mantenimiento. 2008 Junta de Extremadura Expresión bialélica del gen IGF-2 y cáncer colorrectal: Predicción del riesgo de neoplasia y evaluación como test de cribado poblacional. 2006-2008 Gobierno de Canarias Búsqueda de biomarcadores de respuesta (terapéutica o toxicológica) al tratamiento farmacológico (línea de investigación). — — Farmacogenómica y Toxicogenómica en Endocrinología (línea de investigación). — — Genomica Funcional en Endocrinología (línea de investigación). — — Farmacogenética de fármacos antitumorales (línea de investigación). — — Contribución de la tecnología genética al diagnóstico y la clasificación molecular del neuroblastoma. 2003-2006 — Caracterización molecular de Neuroblastomas mediante GGH, FISH y PCR: hacia una subclasificación genética de los neuroblastomas. 2003-2006 — Farmacogenética y Farmacogenómica clínica (línea de investigación). Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Navarra Título del proyecto Duración Financiación Modelos animales sobre inflamación y cáncer de pulmón. — — Identificación de nuevos biomarcadores en fluidos biológicos (plasma, esputo y lavado bronquioalveolar) de pacientes con cáncer de pulmón no microcítico. — — Validación de marcadores diagnósticos, pronósticos y predictivos en cáncer de pulmón. — — Bases moleculares de las hepatopatías e identificación de biomarcadores. Prohibitina y metiltioadenosina fosforilasa. 2008 PN Análisis del osteosarcoma pediátrico mediante arrays de expresión, determinación de dianas con valor diagnóstico. Pronóstico y desarrollo de metástasis o respuesta al tratamiento tumoral. 2005-2007 ISCIII Estudio mediante GeneChip Mapping de análisis genómico en niños con enfermedades bipolar versus TDAH. 2006-2007 Fundación Alicia Klopowitz Aproximación proteómica para la determinación de dianas asociadas con el diagnóstico. La respuesta al tratamiento y el desarrollo de metástasis en el osteosarcoma infantil. 2006-2009 Gobierno de Navarra Estudios de marcadores de vulnerabilidad genéticos, cognitivos y cerebrales para esquizofrenia mediante Resonancia Magnética Funcional y polimorfismos del gen de la COMT. 2005 — Prevalencia y factor pronóstico del polimorfismo Val158Met del gen de la Catecol-O-Metiltransferasa (COMT) en pacientes con esquizofrenia. 2005 Gobierno de Navarra Identificación de nuevos marcadores en sangre y orina para la detección de cáncer de próstata en sus estadios iniciales. 2004-2006 Gobierno de Navarra Caracterización molecular de neuroblastomas mediante CGH, FISH y PCR: hacia una nueva clasificación genética de los neuroblastomas. 2003-2005 Gobierno de Navarra Identificación de marcadores moleculares de utilidad en el diagnóstico, pronóstico y seguimiento clínico de los astrocitomas: estudio anatómico del genoma y perfiles de expresión. 2003-2005 Gobierno de Navarra Inactivación epigenética de RASSF1A, NORE1A y BLU y su correlación con alteraciones genéticas típicas en neuroblastoma: los efectores de Ras como posible nueva vía de tratamiento de neuroblastoma. 2004-2006 Gobierno de Navarra Aplicación de los nuevos marcadores circulantes para el diagnóstico y seguimiento de la cardiopatía hipertensiva y la miocardiopatía diabética. 2006-2008 MEC Estudio sobre la asociación entre los polimorfismos en el gen del receptor de la vitamina D y la retinopatía diabética. 2005-2006 ISCIII 129 130 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Navarra (continuación) Duración Financiación Genómica del Cáncer: genotipado de tumores. 2003-2005 Ministerio de Sanidad New molecules in mood disorders: a genomic, neurobiological and systems approach in animal models and human disorders. 2004-2009 UE Identificación de marcadores moleculares de la depresión y de la eficacia de los antidepresivos. 2006-2007 Gobierno de Navarra Mieloma múltiple y otras gammapatías: de la génesis a la terapéutica. Caracterización genética en mieloma múltiple y enfermedades afines mediante m-FISH, arrays genómicos y de expresión. 2006 ISCIII Standardization and validation of molecular technologies in the context of early detection of lung cancer. 2004-2006 — Three-dimensional genomical analysis of cancer progression. 2006-2008 UE The use of molecular biomarkers in early lung cancer detection. 2002-2006 UE Perfil molecular y celular de tumores diagnosticados en protocolos de detección precoz de cáncer de pulmón mediante TAC helicoidal. 2005-2007 ISCIII Regulación de la expresión génica por corte y empalme alternativo en cáncer de pulmón. Puesta a punto de herramientas genómicas para identificar marcadores diagnósticos basados en el corte y empalme alternativo. 2006-2007 — Análisis genómico y proteómico de muestras de sangre y orina para la identificación de nuevos marcadores de de detección precoz de cáncer de próstata. 2006-2007 Gobierno de Navarra Identificación de nuevos biomarcadores en sangre y orina para la detección de cáncer de próstata en sus etapas iniciales. 2005-2008 Gobierno de Navarra Identificación, análisis y validación de marcadores clínicos, biológicos y moleculares de relevancia en la mejora del pronóstico en los tumores cerebrales. 2003-2006 ISCIII Caracterización de la expresión génica del carcinoma renal mediante análisis proteómico. Identificación de nuevas proteínas potencialmente útiles en el diagnóstico, pronóstico y tratamiento. 2002-2006 Gobierno de Navarra Biología de sistemas: desarrollo de software para la integración de datos derivados de análisis de expresión de genes y proteínas a escala genómica. 2005-2006 — Caracterización funcional de la prohibitina. Implicación en el desarrollo de enfermedades hepáticas y hepatocarcinoma mediante técnicas de proteómica. 2004-2007 MEC Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Navarra (continuación) Duración Financiación Instituto Nacional de proteómica. Proteored. 2005-2010 — Análisis genético de la región 17q21 en la enfermedad de Alzheimer y otras tauopatías. 2006-2007 Gobierno de Navarra Estudio de los factores de riesgo genéticos asociados a las enfermedad de Alzheimer y otras enfermedades neurodegenerativas. 2006-2007 Gobierno de Navarra Marcadores genéticos y patrones de metabolismo y actividad dopaminérgica cerebral en enfermedad de Parkinson Familiar. 2006-2009 MEC Estudio del polimorfismo H402Y del Factor del Complemento H (CFH) en individuos con degeneración macular asociada a la edad. 2004-2006 — Identificación de perfiles de expresión génica y miRNA asociados a Quimioresistencia y pronóstico en Cáncer Colorrectal. 2006-2009 — Papel de mkp-1 y nf-fb en la reversión de quimioresistencia: análisis in vitro, ex vivo y de expresión en tumores humanos. 2006-2008 — Estudio piloto de quimioterapia adyuvante secuencial de cáncer de mama con sobreexpresión de HER-2. — — Expression and function of complement factor H in lung cancer. Evaluation of its potencial use as a biomarker for early diagnosis of lung cancer. 2004-2006 — Proyecto ONCNOSIS: Abordaje integral de cuatro tipos de cáncer de alta prevalencia y/o malignidad. 2006-2009 — Análisis de proteómica en una línea transgénica de ratón modelo de la enfermedad de Alzheimer: identificación de marcadores diagnósticos. 2005-2007 Gobierno de Navarra Nuevos miembros de la familia de hnRNP: evaluación de su potencial como marcadores de detección precoz en el carcinoma pulmonar. 2002-2005 Ministerio de Sanidad Análisis de la proteína de unión al RNA alphaCP-4 como potencial marcador de detección precoz del cáncer de pulmón. 2003-2005 Gobierno de Navarra Mieloma múltiple y otras gammapatías: de la génesis a la terapéutica: Caracterización genética en mieloma múltiple y enfermedades afines mediante m-FISH, arrays genómicos y de expresión. 2006 ISCIII Caracterización genética de pacientes con leucemia mieloide aguda y cariotipo normal. Mecanismos de transformación incidencia y significado clínico de la sobreexpresión del gen GATA-2. 2005 MEC Título del proyecto 131 132 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad de Navarra (continuación) Duración Financiación Mieloma múltiple y Gammapatía monoclonal de Significado Incierto: del análisis genético a la aplicabilidad clínica. 2005-2007 Gobierno de Navarra Análisis, desarrollo y validación de ensayos FISH para la determinación de ERBB2 en pacientes con cáncer de mama. 2002-2007 — Membrana externa de Brucella: estudio genético y biológico de componenetes implicados en las relaciones huésped-parásito. 2004-2007 MEC Caracterización molecular de mecanismos de patogenicidad de Brucella mediante tecnología microarray. 2005-2007 MEC Desarrollo de métodos moleculares para la detección y tipificación de especies del género Brucella. 2006-2007 Ministerio de Defensa 2004 MEC Molecular signatures to improve diagnosis and outcome prediction in lymphomas. 2005-2010 NIH Molecular mechanisms associated with clinical progression and drug resistance in mantle cell lymphoma. 2005-2007 Lymphoma Research Foundation Alteraciones genómicas en el desarrollo y progresión de neoplasias linfoides. identificación de posibles genes implicados y evaluación de su relevancia clínica. 2005-2008 MEC 2008 PN Polimorfismos TaqIA TaqIB y 141CDel/Ins en el gen D2 del receptor de la Dopamina y susceptibilidad a sufrir efectos extrapiramidales inducidos por antipsicóticos en pacientes con esquizofrenia. 2002-2004 FMTV Implicaciones del polimorfismo 5HTT en el tratamiento con antagonistas 5HT4. 2004 — — — Estudio de la relacion de perfiles genéticos y la respuesta al tratamiento con Fluvastatina de pacientes en prevención primaria de la enfermedad cardiovascular. 2005 Novartis Estudio de factores predictores de la respuesta al tratamiento farmacológico en depresión y su correlato con el patrón de expresión génica linfocitaria para genes candidatos (SNC y eje HHA). — — Estudio de los marcadores de riesgo de pre-eclampsia y muerte fetal intra-útero en gestantes infectadas por el VIH. 2004-2007 FIS Título del proyecto Red temática de genómica de microorganismos patógenos del hombre. Análisis de mecanismos epigenéticos y polimorfismos de DNA en genes candidatos para esquizofrenia y trastornos afectivos: una aproximación basada en muestras de gemelos mz europeos y un diseño caso. Universidad de Barcelona Marcadores periféricos predictivos de la respuesta al tratamiento con antineoplásicos en cáncer colorrectal metastásico. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Duración Financiación 2009 — Optimización de entrenamientos aeróbicos y anaeróbicos. Análisis proteómico, transcripcional y del metabolismo energético en músculo esquelético. 2006-2009 MCyT NewGENERIS.Development and application of biomarkers of dietary exposure to genotoxic and immunotoxic chemicals and of biomarkers of early effects, using mother-child birth cohorts and biobanks. — UE 2004 NATIONAL CANCER INSTITUTE 2003-2005 NATIONAL CANCER INSTITUTE Variación en el número de copias (CNV): un nuevo mecanismo genético en la susceptibilidad al desarrollo y progresión de tumores. 2007-2010 Fundación Científica de la Asociación Española contra el Cáncer Factors genètics i ambientals en l'etilogia i el pronòstic del càncer de bufeta. 2006-2008 FMTV Biotecnología aplicada al desarrollo de nuevas herramientas diagnósticas y pronósticas de enfermedades complejas. 2006-2007 MEC 2006 FIS Etiología, genética y pronóstico del cáncer de vejiga urinaria: implicaciones clínicas y en Salud Pública. 2005-2006 FIS Bases moleculares y fisiológicas de las enfermedades respiratorias. Implicaciones diagnósticas y terapéuticas (red centros). 2003-2006 FIS EPICUR Red: Una red multidisplinar para el estudio de la etiología, clínica y genética molecular del cáncer de vejiga urinaria (XARXA DE GRUPS). 2003-2006 FIS Genomics, mechanisms and treatment of addiction (GENADDICT). 2005-2009 UE Biología molecular y factores pronóstico en el síndrome de predisposición al cáncer anemia de Fanconi. 2002-2005 FIS 2005 UE Título del proyecto Genotipat malalties neurològiques. Universidad de Barcelona (continuación) Epigenetic studies of bladder cancer in the spanish bladder cander study. Methylation analysis. Bladder cancer tissue microarrays to support prognostic assay development. Universidad Pompeu Fabra Desarrollo y evaluación de herramientas bioinformáticas para estudios de epidemiología genética y farmacogenética. Universidad Autónoma de Barcelona Development and application of biomarkers of dietary exposure to genotoxic and immunotoxic chemicals and of biomarkers of early effects using mother-child birth controls and biobanks (NewGeneris). 133 134 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad Autónoma de Barcelona (continuación) Universidad de las Islas Baleares Universidad de Gerona Universidad de Lérida Duración Financiación Susceptibilidad genética a las patologías del tiroides. Identificación de nuevos factores de susceptibilidad y análisis de factores de respuesta al daño genético. 2007 MEC Optimización del ensayo del cometa como método alternativo para la evaluación de los efectos genotóxicos de los compuestos químicos. 2007 MMA Micronúcleos en células uroteliales como biomarcadores de progresion en cáncer de vejiga urinaria. — ISCIII Estudi sobre el risc genètic en poblacions humanes exposades a l'arsènic. — — 2003-2009 Universidad de Lausane Insuficiencia cardíaca: nuevos marcadores diagnósticos y pronósticos (línea de investigación). — — Aplicación de la farmacogenómica al cáncer de pulmón (línea de investigación). — — Estudios sobre la farmacogenética en el tratamiento de los trastornos afectivos y de las esquizofrenias (línea de investigación). — — Polimorfismos de genes candidatos de riesgo cardiovascular en la respuesta a la dieta mediterránea. Estudio en modelos animales de las bases moleculares que relacionan el estrés oxidativo con el proceso aterogénico. 2005-2007 FIS Identificación y caracterización nutrigenómica de marcadores de alteraciones articulares en el sobrepeso y la obesidad y su potencial control por mucopolisacáridos. — CENIT Identificación de factores pronósticos biológicos a través de arrays de tejido en Linfomas T periféricos. 2007-2009 FIS Glicosilación aberrante en proteínas séricas como marcadores neoplásicos. 2004-2007 MCyT Utilidad de la realización de secuencias de difusión y la determinación de biomarcadores en el pronóstico de los pacientes con un ataque isquémico transitorio. 2008-2011 FIS La actividad de la telomerasa y la longitud del telómero como nuevos marcadores pronósticos del cáncer colo-rectal. ¿Pueden facilitar el seguimiento de los pacientes? 2008-2011 FIS Evaluación inmunohistoquímica de carciomas bien diferenciados de tiroides. Detección de marcadores pronósticos. 2008-2011 FIS Título del proyecto Tratamiento de mantenimiento con metadona: Estudio Farmacogenético. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Universidad CEU San Pablo Instituto de Oftalmobiología Aplicada UVA Centro de Investigación del Cáncer CSIC-USAL Duración Financiación Investigación de las bases biológicas de las conductas adictivas mediante estudios de expresión diferencial de genes y proteínas. — FIS Aplicación de nuevas tecnologías proteómicas en la búsqueda de marcadores diagnósticos y terapéuticos de enfermedades cardiovasculares. 2007-2011 CM Estudio de mecanismos de patogenicidad de la leucemia mieloide crónica mediante genómica y proteómica. 2003-2004 — — ISCIII Molecular Pathology of Bone Tumors (EUROBONET). 2006-2010 UE Patología molecular de los sarcomas con énfasis en el tumor de Ewing: diseño y validación de nuevas herramientas diagnósticas y de individualización terapéutica. 2006-2008 FIS Sarcomas: estudios transcriptómicos y proteómicos encaminados a mejorar la detección precoz, el diagnóstico molecular y la terapia individualizada. 2004-2008 Fundación Ramón Areces Patología e investigación traslacional en cáncer. 2006-2009 Genoma España — — 2007-2009 Pharmamar Diagnóstico de cáncer hereditario. — — Firma molecular de autoanticuerpos en cáncer colorrectal. — MEC Análisis proteómico y transcriptómico de los procesos de proliferación, diferenciación y regeneración en epitelio de colon humano. — CM Obtención de firmas moleculares de autoanticuerpos en cáncer colorrectal. — — Identificación de proteínas implicadas en metástasis de cáncer colorrectal utilizando técnicas de proteómica cuantitativa (SILAC). — FMMA Marcadores de metástasis en cáncer colorrectal (línea de investigación). — — Biomarcadores del estrés oxidativo en el síndrome de Down (línea de investigación). — — Título del proyecto Polimorfismos de genes de citoquinas proinflamatorias como marcadores de riesgo de aparición de una vitreoretinopatía proliferante en pacientes con desprendimientos de retina. Proyecto de prueba a disposición de muestras de ADN de pacientes diagnosticados de varios tipos de tumores sólidos y hematológicos en la población residente en España (línea de investigación). Markers of Sensitivity to Yondelis treatment in translocation-bearing solid tumours a functional study. Centro de Investigaciones Biológicas-CSIC 135 136 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Título del proyecto Duración Financiación Investigación traslacional en tumores de la familia Ewing: identificación de marcadores moleculares de pronóstico y nuevos abordajes terapéuticos. 2008 AECC Genética molecular del retinoblastoma: nuevas metodologias para el diagnóstico de portadores, relaciones fenotipo/genotipo en pacientes de baja penetrancia y clasificación molecular de los tumores con técnicas de expresión en matrices de ADN. 2006-2008 MSC Caracterización funcional de los factores Snail y bHLH y su implicación en la progresión tumoral. 2007-2010 MEC Nanoestructuras poliméricas como vectores sintéticos en terapia génica: Aplicación a la liberación intracelular designa: Evaluación de la interferencia de Snail. 2005-2008 MEC Molecular mechanisms of epithelial plasticity and its involvement in carcinoma progression. 2005-2009 UE 2006 MEC Mecanismo de acción transcripcional de los factores Snail, Slug y E47. Determinación de su papel específico en la progresión tumoral. 2004-2007 MEC Clasificación molecular de tumores de Wilms y sarcomas infantiles mediante técnicas de alto rendimiento: Identificación de marcadores moleculares de progresión y respuesta al tratamiento. Individualizar el tratamiento para mejorar el pronóstico. 2004-2006 Fundación Inocente Inocente Estudio proteómico de obesidad. 2006-2009 MEC Comparación del tejido adiposo omental y subcutáneo. 2006-2009 MEC Comparación del proteoma del tejido adiposo omental de pacientes obesos frente a controles delgados. 2006-2009 MEC Puesta a punto de la extracción de proteínas del plasma/suero, depleción de proteínas mayoritarias y estudio proteómico comparativo de plasma en pacientes obesos frente a controles. 2006-2009 MEC Estudio genómico y proteómico del Síndrome de Ovario Poliquístico. 2006-2009 MEC Expresión génica alterada en obesidad mórbida: estudios usando microarrays y PCR Taqman. Papel de las Desiodasas D1 y D2 en el tejido adiposo. 2006-2009 MEC 2006 ISCIII 2004-2006 MEC Papel del receptor nuclear huérfano DAX1 en la patogénesis de los tumores de Ewing. Instituto de Investigaciones Biológicas Alberto Sols CSIC-UAM Proyecto cooperativo de Red de Centros de Cáncer. Estudio de los mecanismos oncogénicos del factor de transcripción quimérico EWS/FLI-1 característico de los tumores de la familia Ewing: Genes regulados, marcadores pronóstico e implicaciones terapéuticas. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Instituto de Investigaciones Biológicas Alberto Sols CSIC-UAM (continuación) Instituto de Genética y Biología Molecular CSIC-UVA Duración Financiación CIBER Fisiopatología de la Obesidad y la Nutrición. 2007-2010 ISCIII Genes cuya expresión esta alterada en obesidad mórbida: estudios por microarrays y Taqman. 2006-2009 FMMA Biología del Cáncer. ONCOBIO. 2007-2012 MEC. Adiponutrina: un nuevo gen involucrado en la patología de la obesidad. 2005-2008 FMMA Estudio de los mecanismos de linfomagénesis en linfoma de Burkitt y evaluación de posibles nuevos criterios de diagnóstico o pronóstico de los linfomas. 2005-2006 ISCIII Perfiles de expresión en neoplasias endometriales de alto grado de diferenciación en relación con la supervivencia. Identificación de genes implicados en invasión y metástasis. 2007-2008 FMMA Molecular alterations involved in development and progression of endometrial carcinomas. Clinical relevance of gene expression profile analysis by DNA arrays. 2006-2008 TV3 Papel de Gasdermin like (GSDML) en cáncer de mama en relación con la amplificación de Her2neu y con tratamiento específicos (SAF2007-63075). 2007-2010 MEC Estudio de la función de nuevos reguladores de la expresión de C-MYB y C-MYC. 2007-2010 MEC Automatización del análisis de leucemias por citometría de flujo e identificación de factores pronósticos. 2007-2008 FMMA Identificación de mutaciones en genes de predisposición al síndrome hereditario de cáncer de mama y ovario. 2008 Junta de Castilla y León Influencia de las variantes de efecto fisiológico desconocido de los genes BRCA1 y BRCA2 en las alteraciones del procesamiento de ARNm. Correlación entre eliminación de elementos clave, reguladores del splicing y susceptibilidad genética a cáncer de mama. 2007-2009 FIS Polimorfismos genéticos y respuesta a inhibidores del receptor de leucotrienos en niños asmáticos. Estudio de correlación clínica y funcional. 2006-2008 FIS Incidencia de reorganizaciones genómicas de los genes MMR en la población de Castilla y León. Comparativa con población española. 2006-2007 MEC Farmacogénetica de la respuesta a beta-adrenérgicos y a inhibidores de los leucotrienos en pacientes asmáticos. 2004-2005 Junta de Castilla y León Bases moleculares y fisiológicas de las enfermedades respiratorias. Implicaciones diagnósticas y terapéuticas. 2003-2004 ISCIII Valor diagnóstico y pronóstico de los polimorfismos de los genes de citocinas en la esclerosis múltiple. 2003-2004 Junta de Castilla y León Título del proyecto 137 138 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Instituto de Microbiología Bioquímica CSIC-USAL IDIBAPS (CSIC-UB) Duración Financiación Análisis de los mecanismos moleculares de infecciones fúngicas mediante aproximaciones genómicas y proteómicas. Establecimiento de modelos animales. 2005-2008 — Interaction of fungal pathogens with host cells: a post genomic approach. 2003-2007 UE Identification of tumor suppressor genes, epigenetic portrait and genotyping of mantle cell lymphoma. 2007-2010 — Molecular signatures to improve diagnosis and outcome in lymphomas. 2005-2010 — Asociación de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) de los genes de las vías de señalización intracelular NFkB, MAPK y JAK/STAT con la artritis reumatoide y con diferentes fenotipos de la enfermedad. 2005-2007 MSyC Determinación de marcadores sinoviales pronósticos de respuesta terapéutica a antagonistas del TNFalfa en pacientes con artritis reumatoide. 2005-2007 MSyC Estudio exploratorio de los factores genéticos asociados a la lipoatrofia y a la enfermedad cardiovascular en pacientes infectados por el VIH en tratamiento antirretroviral. 2006-2008 MSyC Lymphocite activation and phosphoproteoma: a database of protein phosphosrylation. 2007 MEC — MSyC Aplicación de nuevos marcadores circulantes para el diagnóstico y el seguimiento de la cardiopatía isquémica. 2005-2008 MEC Determinantes genéticos y ambientales de la disfunción vascular en la hipertensión y cardiopatía isquémica. 2007-2010 MSyC Análisis proteómico de la orina en la afección renal asociada a diabetes tipo II. Efecto del bloqueo del sistema renina angiotensina. 2006-2008 MSyC Determinación de la diseminación linfática del carcinoma urotelial de vejiga mediante marcadores moleculares y utilización de estos para pronosticar la evolución clínica de la enfermedad. 2007-2010 MSyC Estudio genético, metabólico, clínico, terapéutico y epidemiológico de las hiperlipidemias hereditarias en España. 2006-2007 FIS STREP - Integrative Genomics and Chronic Disease Phenotypes: modelling and simulation tools for clinicians. 2006-2009 UE Estudio de la expresión génica en la Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC) mediante microarrays de oligonucleótidos. 2005-2007 MSyC Título del proyecto Análisis proteómico de marcadores de enfermedad en suero humano. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IDIBAPS (CSIC-UB) (continuación) Título del proyecto Duración Financiación Estudio de los marcadores de riesgo de preeclampsia y muerte fetal intra-útero en gestantes infectadas por el VIH. 2005-2007 FIPSE Perfil de expresión génica en lesiones preneoplásicas y en el carcinoma hepatocelular inicial, en la cirrosis por el virus de la hepatitis C. Aplicación en la detección precoz y en el diagnóstico. 2006-2008 MSyC Integrative genomic analysis in hepatocellular carcinoma. 2007-2012 NIH STREP - Development of a new DNA array based diagnostic system (IBDchip) to predict clinical course, development of complications, and response to therapy in patients with inflammatory bowel disease (IBD). 2006-2009 UE Análisis de expresión génica en la enfermedad inflamatoria intestinal: relación con el fenotipo, progresión de la enfermedad y respuesta al tratamiento. 2006-2009 MEC Desarrollo de un Kit diagnóstico para las enfermedades inflamatorias mediadas por mecanismos inmunes (IMID-kit). 2006-2010 MCyT Búsqueda de marcadores inmunológicos de tolerancia en el transplante hepático. 2006-2008 MSyC Cribado del cáncer colorrectal en población de riesgo intermedio: estudio multicéntrico, aleatorizado y controlado en el que se compara la prueba de detección de sangre oculta en heces mediante método inmunológico y la colonoscopia. 2007-2010 AECC Polimorfismos en genes candidatos involucrados en cáncer colorrectal familiar: caracterización de componentes genéticos comunes y de baja penetrancia de susceptibilidad para el desarrollo y predicción de la respuesta al tratamiento del cáncer colorrectal. 2006-2008 MSC Caracterización de componentes genéticos comunes y de baja penetrancia involucrados en cáncer colorrectal familiar mediante estudios de asociación de genes candidatos. 2004-2006 MSC Hipermetilación de la región promotora de los genes MLH1, MGMT, CDKN2A, RASSF1A, CDX1 y SFRP1 en mucosa colorrectal no tumoral como factor favorecedor del desarrollo del cáncer colorrectal. 2007-2010 MEC Marcadores neuropsicológicos, neuroquímicos y biológicos pronósticos de evolución rápida a enfermedad de Alzheimer en pacientes afectos de deterioro cognitivo leve. 2005-2007 MEC Combined use of neuropsychological, biochemical and neuroimaging biomarkers for assessment of risk of dementia in Parkinson disease. 2007-2010 Fundació Marató TV3 Marcadores pronósticos del desarrollo de una enfermedad neurodegenerativa en pacientes afectos del trastorno de conducta durante el sueño REM idiopático. 2006-2008 MSC 139 140 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IDIBAPS (CSIC-UB) (continuación) Duración Financiación Identification and validation of alcohol biomarker signatures by proteomics (Subaward no 080-04000-R82301). 2006-2008 NIH UE Marcadores biológicos del fracaso multiorgánico en el shock séptico. 2006-2008 MSC Análisis de los niveles plasmáticos de BDNF y de interleukin 1beta en depresión y estudio de su relación con el funcionamiento del eje HHA como modelo de rasgo predictor de respuesta al tratamiento. 2005-2008 MEC STREP - Multiparametric Quantum Dot Bioassay for Point of Care Diagnosis. 2007-2009 UE Molecular signatures to improve Diagnosis and outcome Proteomics. 2006-2007 NIH UE Molecular mechanisms associated with clinical progression and drug resistance in MCL. 2005-2008 Lymphoma Research Foundation STREP - European Mantle Cell Network: Translational determination of molecular prognostic factors and pharmacogenomics in a European interdisciplinary collaboration. 2004-2007 UE CA - Archive’s Tissues: Improving Molecular Medicine Research and Clinical Practice. 2007-2009 UE Identification of Tumor Supressor Genes, Epigenetic Portrait, and Genotyping of Mantle Cell Lymphomas. 2007-2010 Lymphoma Research Foundation Análisis integrado de perfiles transcriptómicos y proteicos en la progresión de las neoplasias de la próstata. Aplicaciones en el diagnóstico. 2006-2008 MEC Análisis por microarrays de los genes dianas de los micro-RNA alterados en su dosis génica en linfomas de células del manto. 2006-2008 MSyC Análisis de la firma metastática en el carcinoma escamoso de la laringe. 2006-2009 MSyC Análisis de perfiles transcripcionales y alteraciones genómicas estructurales en la progresión de carcinomas de próstata y explantes tumorales. Evaluación de potenciales marcadores. 2005-2008 MEC Alteraciones genómicas en el desarrollo y progresión de neoplasias linfoides. Identificación de posibles genes implicados y evaluación de su relevancia clínica. 2005-2008 MEC Heterogeneidad genética en cáncer: implicaciones para el pronóstico y tratamiento. 2003-2008 MEC Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IDIBAPS (CSIC-UB) (continuación) Título del proyecto Duración Financiación Estudio de las alteraciones genómicas y los perfiles de expresión de neoplasias linfoides. Identificación de genes diana implicados en el desarrollo y progresión de estas neoplasias y definición de su impacto clínico. 2007-2013 MSyC Proteómica del espermatozoide en pacientes infértiles, en modelos knock-out y mecanismo de la transición nucleohistona nucleoprotamina. 2006-2009 MEC Proteómica de ciclo celular en cáncer de mama humano. 2004-2007 MEC Caracterización y estudio de la implicación de las variaciones en número de copia en pacientes con retraso mental ligado a cromosoma X. 2007-2010 Fundación Ramón Areces Detección de desequilibrios cromosómicos submicroscópicos y su correlación con el fenotipo fetal mediante la aplicación de técnicas de citogenética molecular en el diagnóstico prenatal de malformaciones fetales. 2006-2008 MSyC Caracterización de desequilibrios cromosómicos, análisis de los puntos de rotura en reordenamientos aparentes equilibrados e identificación de cromosomas marcadores mediante microdisección cromosómica y posterior análisis con técnicas de array-CGH. 2007-2010 MSyC Premutación en el síndrome del cromosoma X frágil. Correlación del número de repeticiones CGG del gen FMR1 y metilación con la transcripción-traducción. Implicaciones clínicas. Perfil genético. 2004-2007 MEC Polimorfismos en genes candidatos involucrados en melanoma maligno: caracterización de componentes genéticos comunes y de baja penetrancia de susceptibilidad para el desarrollo y predicción de la respuesta al tratamiento. 2006-2008 MSyC Identificación de genes de nevogenicidad y riesgo a melanoma. Implicaciones en la prevención y en el pronóstico del melanoma. 2006-2009 MSyC Estudio farmacogenómico en 326 pacientes afectos de leucemia mieloblástica aguda tratados con quimioterapia y trasplante de médula ósea. Diseño de un tratamiento adaptado a los polimorfismos génicos del paciente. 2005-2008 Fundació La Caixa Efecto de la influencia de la variabilidad genética individual en la respuesta al tratamiento y pronóstico en 700 pacientes afectos de leucemia aguda y linfoma de Hodgkin. 2006-2008 MSyC Detección y cuantificación de marcadores Stem mediante análisis de Micro-RNA (MIRNA) en pacientes con cáncer de pulmón y en tejido embrionario pulmonar humano. 2006-2009 MSyC Valor pronóstico del perfil de expresión génica en el resultado del tratamiento post-remisión en los enfermos con leucemia mieloide aguda. 2005-2008 MSyC 141 142 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IDIBAPS CSIC-UB (continuación) Instituto de Parasitología y Biomedicina López Neyra-CSIC Duración Financiación Estudio de la relación entre la presencia de los polimorfismos genéticos en los genes MDR1, HOCT1 y AGP1 y la respuesta al tratamiento con imatinib en los pacientes con leucemia mieloide crónica en fase crónica de diagnóstico reciente. 2006-2009 MSyC Nuevos estudios inmunogenotípicos en la clasificación y tratamiento de la leucemia mieloide aguda (LMA) y síndromes mielodisplásicos. 2005-2008 FIS Epidemiología y factores pronósticos de los pacientes afectos de linfoma cutáneo de células T (LCCT). 2006-2008 MSyC Proyecto de puesta a disposición de muestras de ADN de pacientes diagnosticados de varios tipos de tumores sólidos y hematológicos en la población residente en España - Nodo de Enfermedades Oncológicas del Banco Nacional de ADN. 2006-2007 Genoma-España Importancia de los polimorfismos genéticos relacionados con la adhesión y función procoagulante de las micropartículas durante la formación del trombo en el síndrome antifosfolipídico: relación con las trombosis. 2006-2008 MSyC Estudio de biomarcadores séricos y tumorales de activación de la vía NF-KB en cáncer de próstata. 2007-2010 MSyC Estudio de las alteraciones en la señalización intracelular y búsqueda de biomarcadores en enfermedades autoinmunes. 2008-2011 MICINN Descubrimiento de biomarcadores de enfermedades autoinmunes. 2005-2008 MEC Compartimentación subcelular y enfermedad. Nuevas estrategias diagnósticas y terapéuticas. 2006-2009 Junta de Andalucía Marcadores proteómicos de riesgo cardiovascular en pacientes con lupus eritematoso sistémico. 2005-2006 Junta de Andalucía Marcadores inmunogenéticos de susceptibilidad y/o progresión en la artritis reumatoide. 2003 MCyT Bases genético-moleculares de la artritis reumatoide: identificación de marcadores genéticos de predisposición y pronóstico. 2003-2006 MCyT Estudio de las bases genéticas de las enfermedades autoinmunes mediante la estrategia de genes candidatos. 2006-2009 MCyT Descubrimiento de biomarcadores de enfermedades autoinmunes. 2005-2008 MEC Genómica de las enfermedades autoinmunes: artritis reumatoide y lupus eritematoso sistémico. 2007-2010 MCyT Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Centro Nacional de BiotecnologíaCSIC Título del proyecto Duración Financiación Evaluación de APRIL como factor pronóstico o diagnóstico en leucemia y tumores sólidos como el carcinoma de colon y de mama, el timoma o el glioblastoma (línea de investigación) — — Torovirus humano: Caracterización genética y funcional. Desarrollo de herramientas para su diagnóstico en clínica. 2005 MEC Estudio de las interacciones entre Poxvirus y células hospedadoras mediante microarrys (línea de investigación). — — Estudio de la interacción entre los virus TGEV y SARSCoV y el hospedador con técnicas de proteómica y genómica funcional (línea de investigación). — — Uso de tecnologías de microarrays para conocer el patrón de expresión global (transcriptoma) en la bacteria intracelular Salmonella entérica localizada en fibroblastos (línea de investigación). — — Caracterización genómica de leucemias, linfomas y mielomas: Búsqueda de biomarcadores diagnósticos y pronósticos. — — Caracterización in silico e in vitro de translocaciones cromosómicas en tumores sólidos: vejiga, colon y páncreas. — — Desarrollo de plataforma pronóstico en cáncer de mama — — Identificación de dianas terapéuticas mediante análisis de expresión génica de tumores. — — Bladder cancer risk and genomic alteration. — NIH Prediction of bladder cancer disease course using scores that combine molecular and clinical risk factors. — UE 2008 UE Integration of DNA, RNA and protein markers in a tool for the prognosis and diagnosis of human disease (DROP-TOP). — UE Integrated Project: Novel molecular diagnostic tools for the prevention and diagnosis of pancreatic cancer. — UE The role of polymorphisms in genes involved in signalling and tumoral progression pathways in bladder cancer susceptibility and prognostic. — FIS Genetic and environmental factors in bladder cancer etiology and prognosis. — FMTV CNIO Novel MS-based strategies to discover and evaluate cancer biomarkers in urine: Application to diagnosis of bladder cancer. 143 144 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Duración Financiación European Network of Excellence in Genetics and Public Health (PHGEN). 2005 UE European best practice guidelines for quality assessment, provision and use of genome-based information and technologies. 2008 UE Red de Biobancos. — — Marcadores pronósticos en carcinoma de mama. — — Marcadores pronósticos y predictivos en linfoma de Hodgkin. — — Marcadores pronósticos en carcinoma de colon, estadio B. — — Marcadores predictivos de respuesta radioterápica en carcinoma prostático. — — Identificación de rutas de señalización y mRNAs específicamente alterados en formas familiares y esporádicas de tumores endocrinos. — — Farmacogenética de taxanos: neurotoxidad y eficacia terapéutica. — — Translational and functional onco-genomics: from canceroriented genomic screenings to new diagnostic tools and improved cancer treatment (TRANSFOG). 2008 UE Developing novel molecular diagnostic tools for the prevention and diagnosis of pancreatic cancer (MolDiag-PACA). 2008 UE Functional analysis of evolutionarily conserved mechanisms of ageing on advanced proteome analysis (PROTEOMAGE). 2008 UE Identification and characterization of novel human telomere related biomarkers that aid cancer management by improving patient diagnosis, treatment selection, response monitoring, and drug development (TELOMAKER). 2008 UE Genomic instability in cancer and precancer (GENICA). 2008 UE European study to establish biomarkers of human ageing (MARK-AGE). 2008 UE Characterization of the DNA methylation patterns of double strand DNA viruses associated with human cancer: Clinical and epidemiological impact. 2008 Swiss Bridge Foundation Biotecnología aplicada al desarrollo de nuevas herramientas diagnósticas y pronósticas de enfermedades complejas (OSAGEN). 2008 MICINN Análisis transcriptómico y proteómico de los procesos de proliferación, diferenciación y regeneración en epitelio de colon humano (COLOMICS). 2008 CM Centro Título del proyecto CNIO Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro CNIO Duración Financiación Identificación de marcadores de valor diagnóstico pronóstico y terapéutico en la enfermedad neoplásica. Proyecto ONCNOSIS. 2008 CDTI Application of modern biology in the development of improved diagnostic tools and more efficient therapies for patients with mutated fanconi anemia/BRCA genes. 2008 Fundación Genoma España Genomic variation in the Spanish population: defining the haplotypes for genomic regions of biomedical interest and development of a high-throughput genotyping resource network (CEGEN). 2008 Fundación Genoma España Genotipado masivo para la caracterización genética de pacientes con melanoma cutáneo esporádico en población española. Estudio de la respuesta in vivo de la piel frente a la radiación UV. 2008 MICINN Farmacogenética de taxanos: neurotoxicidad y eficacia terapéutica. 2008 MICINN Estratificando el pronóstico del cáncer vesical con arrays de anticuerpos. 2008 MICINN Caracterización molecular de pacientes con feocromocitomas y/o paraganglioma: identificación de marcadores pronósticos de evolución clínica. 2008 FIS Determinación de dianas genéticas implicadas en la respuesta y resistencia al cisplatino en el osteosarcoma infantil 2008 FIS Definición de perfiles de expresión génica en tumores de mama hereditarios mediante microarrays de DNA. Identificación de alteraciones somáticas que predigan la presencia de mutación germinal en los genes BRCA1/2. Búsqueda de nuevos genes de susceptibilidad. 2008 FIS Genotipado masivo para la detección de factores genéticos asociados a cáncer de tiroides. Análisis de genes modificadores del fenotipo en formas familiares. 2008 FIS Identificación y caracterización de genes implicados en progresión y resistencia al tratamiento con imatinib en leucemia mieloide crónica. Análisis genómico y proteómico. 2008 FIS Variación en el número de copias (CNV): un nuevo mecanismo genético en la susceptibilidad al desarrollo y progresión de tumores. 2008 FAECC Caracterización de un nuevo modelo de adenocarcinoma pancreático ductal: búsqueda de nuevos marcadores de detección precoz y ensayo de nuevas dianas preventivas y terapéuticas. 2008 FMMA Identificación de genes modificadores del fenotipo tumoral en familias con cáncer de mama asociadas a mutaciones en los genes BRCA. 2008 FMMA Título del proyecto 145 146 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro CNIO CIC-bioGUNE Instituto Catalán de Oncología Duración Financiación Linfomas B de célula pequeña: Identificación de marcadores de mutación somática en genes IgVH. 2008 Fundación La Caixa Epigenética: Mecanismos y Enfermedad (EPICROM) CONSOLIDER. 2006 MINNCIN Farmacogenética de taxanos: Neurotoxicidad y eficacia terapéutica. 2008 Fundación Ramón Areces Validación clínica de test genéticos para la evaluación y selección de terapia en pacientes con cáncer colorrectal (COLOGENETICS). — — Genotipado de alta densidad de la región 6p21 para la identificación de polimorfismos asociados a susceptibilidad a Diabetes mellitus tipo 1. — — Identificación de nuevos genes asociados a Diabetes. — — Genotipado de alta densidad de las regiones MHC (6p21) y LCR (19q3.3) en poblaciones HLA-B27 para localizar variantes genéticas asociadas a Espondilitis Anquilosante. — — Estudio de polimorfismos genéticos asociados a Alzheimer mediante genotipado de SNP de alta densidad. — — Identificación, combinando ensayos de proteómica y ChIP, de proteínas asociadas con Sp1 en la cromatina el proteoma Sp1. — — Determinación de la expresión diferencial de fosfoproteínas en muestras de hígado de ratones MAT1AKO, identificación de vías de señalización y confirmación de los resultados obtenidos en pacientes con NASH. — — HiPerDART: development of high performance diagnostic array replication technology. 2007 UE Identificación de genes candidatos mediante el estudio de redes de regulación génica. — FIS Identificación y validación de marcadores proteicos en plasma para el diagnóstico y el pronóstico del cáncer colorrectal. 2005 FIS ONCNOSIS: Identificación de biomarcadores con valor diagnóstico y terapéutico para enfermedades neoplásicas. 2005 CENIT Susceptibilidad genética para el desarrollo de linfomas. Interacción con agentes infecciosos y exposiciones ambientales. Estudio multicéntrico internacional EPILYMPH. 2004-2006 FIS Estudio de la expresión de apc en poliposis adenomatosa familiar (PAF). Contribución a la tumorgénesis y aplicaciones diagnósticas. 2004-2006 Fundació La Caixa Ampliación del estudio de polimorfismos genéticos potencialmente asociados al riesgo de cáncer gástrico. 2003-2006 MCyT Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Instituto Catalán de Oncología (continuación) Título del proyecto Duración Financiación Factores genéticos, ambientales y de expresión fenotípica asociados a la progresión de lesiones precursoras de cáncer gástrico y de úlcera péptica en una población española de alto riesgo. 2003-2006 FIS Papel de los polimorfismos en genes reparadores del ADN en el cáncer colorrectal esporádico y familiar. 2004-2006 FIS Genotipos y haplotipos asociados al cáncer gástrico en la población europea y su interacción con factores ambientales. 2007-2009 Fundació La Caixa Identificación del gen/es supresor tumoral localizado en el brazo corto del cromosoma 4, en la región 4p14-16 en tumores colorrectales y metástasis hepáticas. — — Biología tumoral y mecanismos de resistencia al tratamiento con cisplatino en tumores germinales testiculares. — — Factores pronósticos en tumores colorrectales y metástasis hepáticas. — — Identificación de genes de resistencia a los tratamientos con 5-FU en el nemátodo C. elegans como organismo modelo. — — Búsqueda de marcadores no invasivos de angiogénesis (“surrogate markers”) en ensayos clínicos con antiangiogénicos (línea de investigación). — — Estudio de la expresión de APC en Poliposis Adenomatosa Familiar (PAF). Contribución a la tumorigénesis y aplicaciones diagnósticas. — — Estudio de la implicación de la metilación de promotores de genes supresores de tumores en la progresión del cáncer colorrectal. Aplicación de las técnicas de arrays de mutación puntual para detectar cambios químicos en las secuencias de ADN. — — Estudio de las alteraciones epigenéticas involucradas en el cáncer colorrectal y el proceso de envejecimiento. — — Estudi polimorfismes en els gens BCRA1 i BCRA2. 2009 — Análisis de metilación global de genoma mediante tecnología illumina. 2009 — Goldengate de metilación. 2009 — 2006-2008 FIS 2006 FUNCIS Aductos aromáticos del ADN, susceptibilidad genética y riesgo de cáncer de pulmón, estómago, mama, colon y recto. Análisis de la influencia que tiene en el cáncer de mama un conjunto de polimorfismos genéticos que codifican enzimas y receptores para las hormonas esteroideas. 147 148 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Instituto Canario de Investigación del Cáncer Duración Financiación Mapeo de factores genéticos de susceptibilidad en enfermedades complejas: aplicación al asma y fenotipos asociados. 2009 — Asociación de variantes en genes marcadores inflamatorios de enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC). 2009 — Determinantes genéticos en cáncer de endometrio: Estudio de casos y controles anidado en la cohorte “CDC DE CANARIAS”. 2005-2007 FUNCIS Extracellular proteases and the cancer degradome: innovative diagnostic markers, therapeutic targets and tumour imaging agents (CANCERDEGRADOME). — UE Identificación de marcadores de valor diagnóstico pronóstico y terapéutico en la enfermedad neoplásica. 2007 MEC — FIS Determinación de biomarcadores de estrés oxidativo (enzimas antioxidantes, aductos del ADN y metabolitos de la peroxidación de los lípidos) mediante técnicas de espectrometría de masas. 2007 — High-throughput in depth molecular characterization of familial and sporadic paragangliomas: identification of new candidate genes involved in paraganglioma tumorigenesis and genetic modifiers of the phenotypical expression in SDH-linked tumors. — — Marcadores moleculares de respuesta a la quimioterapia en los carcinomas epidermoides de cabeza y cuello. 2007 — — — Determinación de perfiles moleculares de expresión de microRNA en tumores de origen glial. 2006 MEC Determinación de la significación pronóstica de las moléculas relacionadas con la angiogénesis y la adhesión celular en los carcinomas de la cavidad oral, la orofaringe y las glándulas salivares. 2007 FIS Genes expresados diferencialmente en los dos hemisferios cerebrales como candidatos al trastorno por déficit de atención con hiperactividad (TDAH). 2009 — Epigenética: Mecanismos y Enfermedad (EPICROM) CONSOLIDER. 2006 MICINN Identificación de nuevas fuentes de variación genómica que afectan la susceptibilidad a enfermedades humanas frecuentes. 2008 PN Título del proyecto Influencia de los polimorfismos en el promotor del gen de metaloproteasas en el riesgo a desarrollar cáncer de pulmón y tiempo de supervivencia. Instituto Universitario de Oncología del Principado de Asturias Identificación de un patrón de expresión de metaloproteasas y sus inhibidores por el estroma prostático implicado en el riesgo de cáncer. Centre de Regulació Genómica Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro CIBERESP Institut de medicina predictiva i personalitzada de càncer Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge IMIM Hospital del Mar Duración Financiación Development and application of biomarkers of dietary exposure to genotoxic and inmunotoxic chemicals and of biomarkers of early effect using mother-child birth controls and biomarks. 2005 UE Susceptibilidad genética a las patologías del tiroides. Identificación de nuevos factores de susceptibilidad y análisis de factores de respuesta al daño genético. 2007 MEC Optimización del ensayo del cometa como método alternativo para la evaluación de los efectos genotóxicos de los compuestos químicos. 2007 FMMA Micronúcleos en células uroteliales como biomarcadores de progresión en cáncer de vejiga urinaria. — ISCIII Estudi sobre el rics genètic en poblacions humanes exposades a l'arsènic. — — Definición y caracterización de dominios epigenéticos en células normales y tumorales. 2008 PN Epigenómica para un mejor diagnóstico, pronóstico y tratamiento de la leucemia linfóblastica aguda en niños. — AECC 2006 MINNCIN Epidemiología clínica y molecular del cáncer de páncreas exocrino, la pancreatitis crónica y el cáncer del sistema biliar extrahepático. — — Análisis de las fases intra- y extra- hospitalarias del “intervalo síntoma-tratamiento” (IST) y de su impacto sobre la supervivencia. Detección precoz del cáncer de mama. — — Papel de los genes K-RAS y P53 en el diagnóstico, el pronóstico y la etiología del cáncer de páncreas exocrino y el cáncer de vías biliares. — — Estudi de les diferències d'expressuó genètica entre el càncer de pròstata clínicament significatiu i les varietats latent i incidenta. — — Integration of DNA, RNA and protein markers in a tool for the prognosis and diagnosis of human disease. — UE Desarrollo y evaluación de herramientas bioinformáticas para estudios de epidemiología genética y farmacogenética. — ISCIII Estudio de las alteraciones genéticas implicada en el cáncer cutáneo no melanoma de evolución agresiva mediante la técnica de microarray de tejidos por hibridación in situ fluorescente. — FIS Título del proyecto Epigenética: Mecanismos y Enfermedad (EPICROM) CONSOLIDER. 149 150 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IMIM Hospital del Mar (continuación) Título del proyecto Duración Financiación Estudio farmacogenómico de los polimorfismos en los genes reparadores del DNA en pacientes afectados de un cáncer de cabeza y cuello. — FIS Estudio inmunohistoquímico mediante microarray tisular (TMA) del patrón de expresión molecular en cáncer de próstata. — — Estudio inmunohistoquímico mediante microarray tisular (TMA) del patrón de expresión molecular en cáncer de urotelio (vesical y pelvis renal). — FIS Desarrollo de melanoma maligno en pacientes portadores de nevus displásico: valor predictivo de la expresión de Ki-67, BCL-2, p-53, ciclinas A, B1, D1 i E y de M-35. — — Caracterización genética de células tumorales circulantes (CTC) y del tumor primario en pacientes con cáncer de mama: identificación de nuevos marcadores con valor pronóstico. — FIS Caracterización genética del carcinoma escamoso cutáneo mediante array-hgc y confirmación con hibridación in situ fluoresecente en arrays titulares. — Asociació Epanyola contra el cáncer de Catalunya Análisis de la expresión genética mediante arrays de baja densidad en trobocitemia esencial. Relación con otros síndromes mieloproliferativos crónicos Ph negativos y con la anemia refractaria sideroblástica con trombocitosis. — FIS Estudio de las diferencias de expresión genética entre el cáncer de prostata clínicamente significativo y las variables latente e incidental. — FIS Genómica del cáncer (Proyecto cooperativo red de centros de cáncer. Subproyecto Nodo Fundación PRBB). — FIS Caracterización genética de la mocosi fungoide tumoral y linfomas primarios cutáneos de células T no micosis fungoide mediante Array-HGC y confirmación con hibridación in situ fluorescente en arrays tisulares. — FIS Estudio piloto de genotipo, epigenética, redes de señalización hormonal y transcriptoma en cáncer de mama. — FIS Taxomanía molecular de los linfomas. Genómica funcional aplicada al diagnóstico y tratamiento de las neoplasias linfoides. — FIS Caracterización genética de lesiones proliferativas, carcinoma intraductal y carcinoma infiltrante de mama mediante microdisección con láser, DOP-PCR e hibridación genómica comparada. — FIS Papel de los genes K-ras y p53 en el diagnóstico, el pronóstico y la etiología del cáncer de páncreas exocrino y el cáncer de las vías biliares extrahepáticas. — FIS Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IMIM Hospital del Mar (continuación) Título del proyecto Duración Financiación Estudio multicéntrico sobre el papel del oncogen K-ras y del gen p53 en el diagnóstico, el pronóstico y la etiología de cáncer de páncreas exocrino (PANK-ras II). — FIS Estudi de les diferències d'expressuó genètica entre el càncer de pròstata clínicament significatiu i les varietats latent i incidental. — — Estudi de marcadors moleculars en neoplàsies hematològiques. — — Evaluación de la respuesta al tratamiento citorreductor mediante cuantificación de poblaciones clonales según estado mutacional JAK2 V617F y polimorfismos asociados al cromosoma X en pacientes con trombocitemia esencial. — FMMA Papel de MKP-1 y NF-KB en la reversión de quimiorresistencia: análisis in vitro, ex vivo y de expresión en tumores humanos. — FIS Estudio de marcadores moleculares para el diagnóstico de la trombocitemia esencial. — FIS Taxomanía molecular de los linfomas. Genómica funcional aplicada al diagnóstico y tratamiento de las neoplasias linfoides. — FIS Polimorfismos de los genes reparadores de DNA en enfermos con cáncer de cabeza y cuello tratados con radioterapia y correlación con otros factores moleculares de radio-resistencia. — MERCK FARMA I QUIMICA, S.A. Proteómica de ciclo celular en cáncer de mama humano. — MEC Alteraciones del perfil lipídico en pacientes con adenocarcinoma de próstata infiltrante comparando tres tratamientos: orquiectomía, estrógenos, tratamiento combinado de análogos LH-RH + flutamida. — FIS Expresión de moléculas "MIC-A" en el epitelio bronquial de fumadores: ¿un marcador de susceptibilidad a la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC)? — FIS Bases moleculares y fisiológicas de las enfermedades respiratorias. Implicaciones diagnósticas y terapéuticas. — FIS Análisis transcriptómico y proteómico de los procesos de proliferación, diferenciación y regeneración en epitelio de colon humano. Convenio de regulación del programa de I+D COLOMIC. — CNIO Validación de biomarcadores neonatales de consumo materno de alcohol durante el embarazo. — Ministerio de Sanidad Multiple new systemic phenotypic biomarkers for the prediction of first major cardiovascular events in a high cardiovascular risk population. Modulation by a Mediterranean-type diet. — Ministerio de Sanidad 151 152 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IMIM Hospital del Mar (continuación) Duración Financiación Estudio coordinado red de genotipación y psiquiatría genética: Estudio genético de las vías funcionales subproyecto Nodo-3: Estudio genético de las vías funcionales implicadas en trastornos de ansiedad, depresión, abuso de substancia y TDA. — FIS Estudio de genes implicados en susceptibilidad y la respuesta farmacológica de trastornos mentales: ansiedad, afectivos, síndrome de déficit de atención e hiperactividad y drogas de abuso. — FIS Estudio y validación de un marcador biológico precoz de la recaída en el consumo de heroína. — FIS Medida de la exposición a carcinógenos del humo ambiental de tabaco (HAT) y desarrollo de nuevos biomarcadores de exposición acumulada en adultos no fumadores expuestos al HAT. — FIS Development and standardization of metodologies to detect biomakers of androgenic steroids and peptide hormones misuse in sports. — — Polimorfismos genéticos y enfermedad cardíaca coronaria: estudio caso-control en pacientes de edad inferior a 60 años y en sujetos sanos de edad superior a 74 años. — FIS Efecto del polimorfismo inserción/delección del gen de la enzima conversora de la angiotensina I sobre las cifras de hemoglobina y la presencia de anemia en pacientes con insuficiencia cardiaca. — Sociedad Española de Cardiología “Fine mapping” para identificar genes y variantes genéticas relacionadas con infarto agudo de miocardio: un estudio caso control. El estudio FIMAGAMI (FIne MApping for Genes related to Acute Myocardial Infarction). — FIS Estudio farmacogenético y de predicción de la depresión inducida por el tratamiento de la hepatitis C crónica con interferón alfa pegilado y ribavirina. Estudio PSIGEN-VHC. Subprojecto coordinado II. — FIS Estudio de factores de patogenicidad y marcadores moleculares en cepas de Cryptococcus neoformans variedad gattii aisladas en España. — FIS Expresión génetica y síntesis proteica del sistema de regulación OPG/RANKL. — FIS Bases genéticas de la osteoporosis: estudios de asociación y estudios funcionales de nuevos polimorfismos en los promotores de genes candidatos. — MCyT Paper del polimorfisme del gen receptor de la vitamina D, gen receptor d'estrógen, gen del colàgen tipus Ialfal, i del alfa2-HS glicoproteina en el diagnòstic de l'osteoporòsi i la seva influència en el tractament hormonal sustitutori. — — Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro IMIM Hospital del Mar (continuación) Complexo Hospitalario Universitario de Vigo Título del proyecto Duración Financiación Lipoproteínas de alta densidad, apo Al, paraoxonasa, polimorfismos genéticos, LDL oxidadas, factores de riesgo cardiovascular. — FIS Polimorfismes del gen de la lipoproteina lipasa associats amb un perill lipoprotèic de risc cardiovascular a una mostra poblacional de Girona. — Sociedad Catalana de Cardiología Avaluació de marcadors genètics en la predicció de risc cardiovascular. — Centre d'innovació i desenvopament empresarial Interacción de las variantes genéticas y marcadores de susceptibilidad individual a las enfermedades cardiovasculares con estilos de vida y medidas antropométricas. — FIS HUELLA: determinación de un patrón de proteínas aplicado al diagnóstico, seguimiento y valoración de la respuesta terapéutica de tumores sólidos de distinta localización. 2007-2009 Proxectos Xunta Valor diagnóstico y pronóstico de la detección de alteraciones epigenéticas en el estudio del derrame pleural maligno. 2007 Proxectos Xunta Enfermedades lisosomales de depósito: diagnóstico, monitorización terapéutica y búsqueda de nuevos marcadores biológicos. 2007 Proxectos Xunta 2006-2008 FIS Evaluación de un biomarcador proteico como ayuda al diagnóstico, pronóstico y seguimiento de las lesiones cerebrales agudas traumáticas y vasculares. — FIS Estudio BACS-BAMI (Biomarkers in Acute Coronary Syndrome & Biomarkers in Acute Myocardial Infarction). — FIS 2007-2010 Fundación Ramón Areces 2008 MEC Estudio de la proteína relacionada con la parathormona como posible marcador tumoral en cáncer de próstata. — AEU Astra-Séneca Búsqueda de nuevas proteínas diagnósticas y pronósticas en la enfermedad cardiovascular mediante análisis proteómico. — FIS Validación de la proteína de shock térmico-27 (sHSP-27) como un posible marcador de la enfermedad cardiovascular. — INDAS Influencia de los factores genéticos en la hepatotoxicidad inducida por fármacos antituberculosos en pacientes de raza caucásica. Búsqueda de marcadores genéticos diferenciales entre dos tipos de respuesta frente a la misma exposición alergénica: tolerancia vs sensibiliación. Proteómica cardiovascular. Fundación Jiménez Díaz 153 154 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Fundación Jiménez Díaz (continuación) Duración Financiación Estenosis aórtica degenerativa. Estudio de aspectos patogénicos mediante análisis proteómico. — Sociedad Española de Cardiología Estudio de nuevas proteínas diagnósticas y terapéuticas en la enfermedad cardiovascular mediante análisis proteómico. — MEC Proteómica cardiovascular: obtención de perfiles proteicos de la placa de ateroma humana por espectrometría de masas de tejidos. — FMMA 2005 MEC Farmacogenética (biomarcadores a nivel de ADN en relación con la respuesta al tratamiento) en enfermedades neuropsiquiátricas y CCR. — — Genes involucrados en cáncer de mama y colorrectal. — — Genes involucrados en enfermedades psiquiátricas (esquizofrenia y depresión postparto). — — Biomarcadores en enfermedades neurológicas (migraña y ataxias). — — Biomarcadores en enfermedades cardiovasculares (arritmias responsables de muerte súbita). — — Farmacogenética (biomarcadores a nivel de ADN en relación con la respuesta al tratamiento) en enfermedades neuropsiquiátricas y CCR. — — Estudio de la modulación de la proliferación y progresión tumoral mediada por ptov1: interacción con las rutas de igf1, notch, y wnt y expresión en tissue-arrays de tumores. 2008 PN Identificación de biomarcadores de isquemia cerebral mediante análisis de expresión génica y proteica de diferentes poblaciones culturales obtenidas por microscopía-catapultaje-láser en core y penumbra tras el ictus en humanos. 2006-2008 FIS Geno-tPA: búsqueda de patrones genéticos predictivos de la evolución del paciente con ictus isquémico después del tratamiento con t-PA. — — GRECOS: genotipaje del riesgo de recurrencia del ictus. — — Identificación y uso de biomarcadores pronósticos en el ictus isquémico. — — Fragmentos carboxyterminales del proto-oncogén HER2 en cáncer de mama. — — Sustratos de metaloproteasas en cáncer de mama. — — Título del proyecto Estudio funcional y genético de la MAO en pacientes con trastorno obsesivo compulsivo. Implicaciones en el tratamiento y en el pronóstico. Fundación Pública de Medicina Xenómica Hospital Universitario Vall D’Hebrón Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Duración Financiación 2002 — Identificación de perfiles de expresión con valor pronóstico (línea de investigación). — — Estudio de las alteraciones epigenéticas de metilación aberrante, anomalías cromosómicas y desarrollo del cáncer colorrectal, identificación de factores moleculares asociados a la generación de aneuploidías tumorales, inestabilidad cromosómica y alteraciones asociadas a condensación y segregación cromosómica en cáncer (línea de investigación). — — Función del complejo PTO/V1/Flotilina-1/rack 1 en la proliferación y en la progresión tumoral. Validación in vivo sobre tissue-arrays de tumores humanos y en el modelo murino tramp de cáncer de próstata. 2005 PBiom Background genético para predecir ICTUS. 2008 — Identificación y caracteritzación del degradoma de metaloproteasas implicadas en la progresión tumoral (línea de investigación). — — Nuevas estrategias de análisis proteómico basadas en la selección específica de péptidos N-terminales (línea de investigación). — — Identificación de marcadores moleculares de diagnóstico y pronóstico en el cáncer de endometrio (línea de investigación). — — Identificación y caracterización de perfiles genéticos, fenotípicos y funcionales de carácter diagnóstico y pronóstico involucrados en la génesis de la hernia incisional en tejido conectivo y muscular. Mecanoseñalización (línea de investigación). — — Diagnóstico molecular de la enfermedad de von Willebrand: estudio de la relación genotipo-fenotipo y aplicación al diagnóstico clínico (línea de investigación). — — Identificación de las mutaciones responsables de hemofilia A en la población española: aplicación en el desarrollo de alternativas terapéuticas (línea de investigación). — — Polimorfismos génicos en familias con uno o más miembros afectados de LES (línea de investigación). — — Clasificación molecular de los sarcomas de partes blandas mediante el análisis de alteraciones genéticas y estudios de expresión génica mediante arrays de cDNA (línea de investigación). — — Caracterización del patrón de expresión de nuevas isoformas de tirosina hidroxilasa descritas por nuestro grupo en el neuroblastoma (línea de investigación). — — Título del proyecto Valor pronóstico de variables biológicas definidas mediante tissue microarrays (TMA) en cáncer de próstata. Influencia del tratamiento hormonal sobre el perfil de expresión. Hospital Universitario Vall D’Hebrón (continuación) 155 156 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Hospital Universitario Vall D’Hebrón (continuación) Hospital Clínico San Carlos Hospital Universitario 12 de octubre Título del proyecto Duración Financiación Caracterización de posibles marcadores tumorales como factores de pronóstico oncológico (línea de investigación). — — Identificación de marcadores tumorales del adenocarcinoma endometrial a partir de un panel de 297 secuencias diferencialmente expresadas aisladas por hibridación de microarrays (línea de investigación). — — Investigación de genes candidatos en regiones de susceptibilidad para la esclerosis múltiple (línea de investigación). — — Estudio de marcadores inmunológicos y hormonales asociados con la fatiga en pacientes con esclerosis múltiple (línea de investigación). — — Búsqueda de biomarcadores diagnósticos y pronósticos en el ictus (línea de investigación). — — Determinación de marcadores de utilidad diagnóstica tumoral, obtención de marcadores específicos de recidiva y metástasis oculta y determinación de nuevas dianas terapéuticas y de perfiles moleculares (transcriptomas) tumorales (línea de investigación). — — Identificación de nuevos marcadores pronósticos de cáncer colorrectal mediante el análisis de la expresión génica global. 2004 FMMA Caracterización molecular mediante Tissue-Array de factores predictivos de respuesta al tratamiento, recidiva y metástasis en cáncer colorrectal. 2004 FMMA Estudio de microarrays de cDNA para la identificación de genes de expresión diferenciada como potenciales marcadores de riesgo de transformación maligna en células bronquiales. 2002-2004 FIS Análisis mediante tissue-array de marcadores moleculares relacionados con el desarrollo de metástasis hepáticas en el cáncer de colon estadio B de Dukes (T2N0). 2002-2004 FIS Caracterización molecular mediante tissue-array de subgrupos biológicos de carcinomas no microcíticos de pulmón estadio I y II con mayor potencial de recidiva y metástasis. 2004-2006 — Análisis mediante tissue-array de marcadores moleculares relacionados con la supervivencia , recurrencia y respuesta al tratamiento en el cáncer de colon. 2004-2006 FMMA Análisis de caracteristicas moleculares, mutaciones de ckit y PDGF, y clinicopatólogicas en tumores del estroma gastrointestinal. Implicaciones en diagnóstico, pronóstico y tratamiento. 2005-2007 FMMA 2009 — Farmacogenómica y screening molecular en linfoma folicular: Evaluación de la tolerancia a fármacos e identificación de nuevas alteraciones genéticas. Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Título del proyecto Duración Financiación Fundación Investigación Biomédica Hospital General Universitario de Elche Análisis farmacogenómico en pacientes con enfermedad de Alzheimer II. 2009 — Estudio de la asociación de variantes genéticas MLH1, MSH2, MSH6, ARLTS1 y MYH con cáncer colorrectal de tipo esporádico y familiar. 2009 — Fundación Progreso y Salud Molecular characterization of human multiple myeloma cell lines by genome-wide profiling. 2009 — Hospital de la Paz Genotipado polimorfismos CYP2c9 y vVKORC. 2009 — Hospital Ramón y Cajal Aplicación de chips de ADN (arrays) a la identificación de nuevos genes y al diagnóstico de algunas enfermedades genéticas. — — Polimorfismos de genes de la vía metabólica del colesterol como factores de riesgo de enfermedad de Alzheimer. — — Estudio de asociación genética de la migraña no hemipléjica con los genes candidatos posicionales localizados en los cromosomas X, 4, 6, 11, 14, 15 y 18 en subpoblaciones cántabras y canarias. — — Análisis de la expresión génica y de la secreción de citocinas en células mononucleares circulantes de pacientes con arteritis de células gigantes y la polimialgia reumática. — — Estudio de la asociación génica de la migraña con los genes que codifican el receptor GABA 1A y el canal de sodio SCN1A en la población Cántabra en general Pasiega y Lebaniega. — — Cannabis y psicosis: estudio de marcadores genéticos y de factores clínicos y cognitivos pronósticos de discapacidad. — — Genetics and neuroimaging markers of shcizophrenia. — — Proyecto de identificación de marcadores de valor de diagnóstico pronóstico y terapéutico en la enfermedad neoplásica (Proyecto ONCNOSIS). — — Polimorfismos de genes relacionados con la producción y agregación de alfasinucleina como factores de riesgo de enfermedad de Parkinson. — — Estudio del papel de los mecanismos epigenéticos en el fenotipo de propensión al cáncer de la anemia de FANCONI. — — Investigación genómica en pacientes con un primer episodio de esquizofrenia: identificación de marcadores genéticos y farmacogenéticos. — — Hospital Marqués de Valdecilla 157 158 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Hospital Marqués de Valdecilla (continuación) Hospital Clínico Universitario Lozano Blesa Hospital Clinic Hospital Universitario Miguel Servet Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica Duración Financiación Identificación de los genes y rutas de señalización implicados en el fenotipo de anemia de Fanconi: modelo de propensión al cáncer. — — Estudio de la asociación de polimorfismos de un único nucleótido de las metaloproteinasas de matriz 9 y 12 con la arteritis de células gigantes. 2008 — Polimialgia reumática y arteritis de células gigantes: estudio del patrón de secreción de citocinas y de la expresión génica en células de sangre periférica. 2006 — Estudio genético de la migraña y las variantes de los receptores de estrógenos esr1 y esr2, de progesterona y de fsh y de la aromatasa cyp19a1. 2006 — Alteraciones epigenéticas como biomarcadores de progresión neoplásica en Esófago de Barrett: análisis de hipermetilación de islas CpG e hipometilación global. 2008 Gobierno de Aragón Molecular signatures to improve diagnosis and outcome prediction in lymphomas. 2005-2010 NIH Molecular mechanisms associated with clinical progression and drug resistance in mantle cell lymphoma. 2005-2007 Lymphoma Research Foundation Alteraciones genómicas en el desarrollo y progresión de neoplasias linfoides. identificación de posibles genes implicados y evaluación de su relevancia clínica. 2005-2008 MEC Investigación de la genética del riesgo de padecer una enfermedad coronaria en voluntarios con hipercolesterolemia familiar. 2008 — Estudio genético y enzimático de pacientes españoles afectos de la enfermedad de Gaucher, así como de la validación de marcadores subrogados de la enfermedad. 2008 — Desarrollo y validación de marcadores relacionados con la afectación ósea en la enfermedad de Gaucher tipo 1 y su utilidad en la predicción de la respuesta. 2003 FIS Epidemiología molecular de la tuberculosis multirresistente en España: estudio de nuevos marcadores y caracterización molecular de cepas epidémicas. 2003 FIS Marcadores inflamatorios y arteriosclerosis en las hipercolesterolemias autosómicas dominantes (línea de investigación). — — Farmacogenética-oncogenética (línea de investigación). — — Farmacogenética (biomarcadores a nivel de ADN en relación con la respuesta al tratamiento) en enfermedades neuropsiquiátricas y CCR. — — Título del proyecto Biomarcadores para Uso Clínico PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica (continuación) Aromics Anaxomics Biotech Genyca Innova Proalt Biokit Duración Financiación Genes involucrados en cáncer de mama y colorrectal. — — Genes involucrados en enfermedades psiquiátricas (esquizofrenia y depresión postparto). — — Biomarcadores en enfermedades neurológicas (migraña y ataxias). — — Biomarcadores en enfermedades cardiovasculares (arritmias responsables de muerte súbita). — — Fundación Barrie de la Maza. — — Biosensores para detección de patógenos (S. Aureus, Legionella, Salmonella, E Coli). — — Biosensor para detección de polimorfismos genéticos. — — Nuevas terapias para enfermedades neurodegenerativas. — — Nuevas terapias y métodos de diagnóstico para esclerosis múltiple. — — Desarrollo de antibióticos en infecciones nosocomiales. — — Identificación de dianas secundarias y diseño de fármacos para enfermedades relacionadas con el envejecimiento mediante análisis estructural y funcional de rutas biológicas. 2007 MEC Identification and validation of novel drug targets in Gramnegative bacteria by global search: a trans-system approach. 2007 UE Development of an in vitro tool for differential diagnosis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease based on protein patterns in sputum samples. — UE Búsqueda de polimorfismos relacionados con la obesidad en humanos. — — Caracterización y genotipado de papilomavirus humano. — — Nuevos biomarcadores para el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal. 2007-2008 — Desarrollo de anticuerpos recombinantes de interés diagnóstico y terapéutico frente a marcadores diferenciales de células troncales tumorales en cáncer colorrectal. 2008-2009 — Generación de proteínas recombinantes y anticuerpos de interés en el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal. 2008-2009 — Aplicación de la tecnología de amplificación por círculo rodante en la detección de marcadores genéticos de riesgo trombótico. 2008 Título del proyecto MEC 159 160 Genoma España PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN ESPAÑOLES RELACIONADOS CON BIOMARCADORES DE USO CLÍNICO (continuación) Centro Título del proyecto Duración Financiación Digna Biotech Desarrollo de biomarcadores para la 5-metiltioadenosina en la prevención y/o tratamiento de la esclerosis múltiple. 2008 MEC Dominion Pharmakine Determinación y validación de nuevas alteraciones citogenómicas en células tumorales de metástasis hepáticas resecadas en pacientes con cáncer de colon. Correlación con su potencial como marcadores de diagnóstico/pronóstico de la enfermedad. 2008 MEC PharmaMar Identificación de marcadores moleculares de respuesta a fármacos antitumorales. 2008 MEC One Way Liver Genomics Proyecto hepatomet, aplicación de la metabolómica en la búsqueda de marcadores de enfermedades hepáticas. 2008 MICINN Proyecto microfluidics, desarrollo de dispositivos microfluídicos para la detección de de biomarcadores. 2008 MICINN Diseño, desarrollo, producción y comercialización de sistemas de diagnóstico, pronóstico y respuesta a tratamiento de enfermedades complejas humanas. — — Caracterizar biomarcadores genéticos (polimorfismos o SNP) en muestras de DNA de saliva o sangre en enfermedades tales como la esclerósis múltiple, la enfermedad inflamatoria intestinal o la espondilitis anquilosante. — — Identificación de biomarcadores noveles mediante diversos programas de discovery utilizando herramientas de proteómica como microarrays de anticuerpos técnicas de electroforesis bidimensional; diseño de anticuerpos exclusivos para la validación cuantitativa de marcadores en muestras biológicas no invasivas. — — Desarrollo especializado orientado al diagnóstico primario y de recurrencia del cáncer de vejiga. — — Diagnóstico edl, desarrollo de un sistema de diagnóstico y monitorización del tratamiento de las enfermedades de depósito lisosomal (edl), empleando herramientas de proteómica y metabolómica. 2008 MICINN PROYECTO NAPPA - Identificación de biomarcadores de cáncer de pulmón mediante la tecnología de microarrays NAPPA (Nucleic Acid Programmable Protein Array). 2008 MICINN Integración de tecnologías genómicas y metabolómicas en el diagnóstico y tratamiento de la endometriosis. 2008 MICINN Progénika Biopharma Proteómika Genetadi Biotech Tabla 22. Proyectos de investigación españoles relacionados con biomarcadores de uso clínico. Fuente: elaboración propia. Acrónimos: MEC, Ministerio de Educación y Ciencia; FIS, Fondo de Investigaciones Sanitarias; UE, Unión Europea; MSC, Ministerio de Sanidad y Consumo; MCyT, Ministerio de Ciencia y Tecnología; CM, Comunidad de Madrid; ISCIII, Instituto de Salud Carlos III; MICINN, Ministerio de Ciencia e Innovación; CSIC, Consejo Superior de Investigaciones Científicas; CIBERESP, Centro de Investigación Biológica en Red en Epidemiología y Salud Pública; CIEMAT, Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas; CNIO, Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas; IDIBAPS, Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer; SAS, Sistema Andaluz de Salud; FMMA, Fundación Mututa Madrileña Automovilista; FMTV, Fundació La Marató de TV3; AEU, Asociación Española de Urología; FIPSE, Fundación para la Investigación y la Prevención del Sida en España: NIH, National Institute of Healt; JCCM, Junta de Comunidades de Castilla-La Mancha. Biomarcadores para Uso Clínico Anexo II. Test comerciales y en desarrollo para el diagnóstico, estratificación de pacientes y análisis de respuesta a fármacos Test Compañía Aplicaciones Oncotype DX® Genomics Health Test de diagnóstico que estudia la expresión de 21 genes con el objetivo de identificar subtipos de cáncer de mama. BRACAnalysis® Myriad Genetics Test que valora el riesgo de desarrollo de cáncer de mama u ovario en base a la presencia de mutaciones en los genes BRAC1/2. COLARIS® Myriad Genetics Test que predice el riesgo de padecer cáncer colorrectal hereditario no polipoideo mediante la detección de mutaciones en los genes MLH1, MSH2, y MSH6, genes relacionados con este tipo de cáncer. COLARIS AP® Myriad Genetics Test que analiza el riesgo de padecer cáncer y pólipos colorrectales hereditarios mediante la detección de mutaciones en la familia de genes APC y MYH. MELARIS® Myriad Genetics Test de predicción que mide la probabilidad de desarrollar cáncer de páncreas y melanoma mediante la detección de mutaciones en el gen p16. HerceptestTM Dako Test de diagnóstico basado en la detección de una proteína concreta producida por la sobreexpresión del gen HER2. Su uso se cinrcunscribe a la selección de pacientes con cáncer de mama para ser tratados con Herceptin. c-Kit pharmDx™ Kits Dako Kit inmunohistoquímico cuyo objetivo es identificar la expresión de proteínas como c-Kit (CD-117) en tejidos normales y en neoplasias. EGFR pharmDx™ Dako Test cuyo objetivo es identificar aquellos pacientes con cáncer de colon que pueden responder al tratamiento con Erbitux. ER/PR pharmDx™ Dako Kit inmunohistoquímico cuyo objetivo es identificar la expresión de proteínas como el receptor de estrógenos y de progesterona en tejidos normales y en neoplasias. FusionQuant® y MLL FusionChip Ipsogen Ensayo estandarizado y chip de diagnóstico molecular para detectar la presencia y guiar el tratamiento de ciertos tipos de cáncer - Leucemia. Familion® Genaissance / Clinical Daa Test genético que detecta mutaciones que pueden causar canalopatías cardíacas (síndrome de Brugada, síndrome de QT largo y taquicardia catecolaminérgica polimórfica ventricular). PgxPredict™: RITUXIMAB Genaissance / Clinical Daa Test cuyo objetivo es predecir cómo responderán los pacientes al tratamiento con Rituximab en el tratamiento de linfoma No-Hodgkin. PgxPredict™: WARFARIN Genaissance / Clinical Daa Test cuyo objetivo es predecir cómo responderán los pacientes al tratamiento con Warfarin, medicamento anticoagulante para el tratamiento de patologías cardiovasculares. OcuGene® InSite Vision Incorporated Test genético que identifica pacientes con riesgo de padecer una forma de glaucoma más agresivo y para guiar la terapia. ViroSeq™ Celera Diagnostics / Abbot Molecular Análisis de genotipado para detectar resistencia a fármacos y mutaciones del gen de la proteasa en enfermos de VIH. Permite la estratificación de los enfermos de cara a una mejor selección del tratamiento. Invader® UGT1A1 Third Wave Technologies, Inc. Test que identifica los pacientes con riesgo de toxicidad severa frente al tratamiento con el fármaco antineoplásico irinotecan. 161 162 Genoma España TEST COMERCIALES Y EN DESARROLLO PARA EL DIAGNÓSTICO, ESTRATIFICACIÓN DE PACIENTES Y ANÁLISIS DE RESPUESTA A FÁRMACOS (continuación) Test Compañía Aplicaciones PhenoSense GT™ ViroLogic Análisis de genotipo combinado con análisis de fenotipo para estudiar la resistencia a fármacos para el HIV. GeneSeq™ ViroLogic Análisis de genotipado que analiza la resistencia a los fármacos para el tratamiento de HIV. MapQuant Dx™ Ipsogen Test de diagnóstico basado en tecnología de microarrays cuyo objeto es mostrar la respuesta del paciente a quimioterapia, riesgo de metástasis y de grado de proliferación del tumor. CupPrint® Ipsogen Test de determinación del perfil de expresión genética en cáncer de origen primario. SmaPhile Vita Genomics Test de diagnóstico de utilidad en la predicción de asma. MetaPro Vita Genomics Test para la identificación de individuos metabolizadores lentos / rápidos e intermedios en relación con el metabolismo de fármacos. FH-Profiler Vita Genomics Análisis de mutaciones en los genes ApoB o LDLR de utilidad en patologías cardiovasculares. APOE test Vita Genomics Genotipado del Gen APO-E para detectar susceptibilidad a hiperlipidemias. OVANOME™ DNAPrint Genomics Test de diagnóstico basado en SNP cuyo objetivo es predecir la respuesta al tratamiento con Taxol y Carboplatino en cáncer de ovario. STATINOME™ DNAPrint Genomics Test cuyo objeto es predecir la respuesta al tratamiento con estatinas (fármacos indicados en el tratamiento de patologías vasculares). VeraTag™ Monogram Biosciences Tecnología encaminada a detectar y cuantificar proteínas individuales y complejos protéicos, incluyendo homodímeros y heterodímeros de la familia de recpetores celulares del factor de crecimiento epidémico. Mammostrat® Molecular profiling Test pronóstico de cáncer de mama basado en tecnología inmunohistoquímica. AlloMap® xDx Analiza la expresión de 20 genes a partir de una muestra de sangre Predicción del rechazo del órgano transplantado – transplante cardiaco. AmpliChip CYP450 Roche Diagnostics Microarrays. Analiza los genes del citocromo P450 para identificar alelos asociados a metabolismos lentos o rápidos de absorción de fármacos. ChemoFx® Precicision Therapeutics Cultivo de células tumorales y exposición de las mismas a los fármacos; evaluación inmunohistoquímica. Test que cuantifica la posible respuesta de un paciente ante un tratamiento en oncología. MammaPrint® Agendia Test que analiza la expresión de 70 genes en una muestra de tejido congelada utilizando microarrays. Predice el riesgo recaída en cáncer de mama de nodo linfático negativo tras cirugía. PreGen-Plus™ Exact Sciences Ensayo de detección de ADN en heces para diagnóstico de cáncer colorrectal. Prostate PX Aureon Laboratories Test que predice el riesgo de recurrencia y progresión del cáncer de próstata tras prostatectomia. Valoración de 8 marcadores, incluyendo factores clínicos y distribución de proteínas clave en la célula. Tabla 23. Principales ejemplos de test disponibles comercialmente. Fuente: Zika, E., Gurwitz, D. e Ibarreta, D. (2006). Pharmacogenetics and Pharmacogenomics: State-of-the-art and Potential Socioeconomic Impact in teh EU. IPTS-European Commission. Biomarcadores para Uso Clínico Anexo III. Biomarcadores genómicos considerados válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados * Patología Utilidad clínica del test Medicamento Tipo de test C-KIT Mesilato de Imatinib (Glivec) Informativo • Sarcoma del estroma gastrointestinal. • Medida de la respuesta frente a tratamiento con glivec. Receptor de quimiocinas CCR5 Maraviroc (Celsentri) Obligatorio • V.I.H. • Pronóstico de la respuesta frente a tratamiento con Maraviroc. CYP2C19 Voriconazol Informativo • Infecciones fúngicas. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. CYP2C9 Celecoxib Informativo • Artrosis o artritis reumatoide. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. CYP2C9 Warfarin Recomendado • Profilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. CYP2D6 Atomoxetina Informativo • Tratamiento del transtorno por déficit de atención e hiperactividad. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. CYP2D6 Fluoxetina HCL Informativo • Tratamiento de depresión, del transtorno obsesivo compulsivo y bulimia nerviosa. • Predicción de la capacidad de metabolización del fármaco. Biomarcador Deleción del cromosoma 5q Lenalidomida Informativo • Anemia producida por síndromes mielodisplásicos, mieloma múltiple. • La deleción del cromosa 5q se encuentra presente en un 2030% de pacientes*. Deficiencia del gen DPD Capecitabina Informativo • Tratamiento de cáncer de mama y cáncer colorrectal. • Predice la toxicidad del fármaco Capecitabina. Expresión de EGFR Erlotinib Informativo • Tratamiento de cáncer de cuello. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento con erlotinib (probable mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Expresión de EGFR Cetuximab Informativo • Tratamiento de cáncer de cabeza y cuello de células escamosas. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento (probable mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Expresión de EGFR Cetuximab Obligatorio • Tratamiento de cáncer colorrectal. • Predice la posible respuesta frente a tratamiento (mejor respuesta en pacientes con tumores EGFR positivo). Deficiencia, y/o mutación de los receptores de la lipoproteína de baja densidad (LDL) Atorvastatina Recomendado • Hipercolesterolemia familiar. • Ajuste de la dosis de medicamento en base al gen del receptor de LDL. La FDA garantiza la aprobación de la solicitud de fármaco nuevo adicional (sNDA) de REVLIMID(R) en combinación con dexametasona para el tratamiento de mieloma múltiple http://www.prnewswire.co.uk/cgi/news/release?id=174489 163 164 Genoma España BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS (continuación) Biomarcador Deficiencia de G6PD Patología Utilidad clínica del test Medicamento Tipo de test Rasburicasa Recomendado • Agente desintoxicante para el tratamiento antineoplásico. • Predice la toxicidad por Rasburicasa (Pacientes con deficiencia en la enzima G6PD pueden presentar reacciones de toxicidad frente al fármaco). Deficiencia de G6PD Primaquina Informativo • Tratamiento de la malaria. • Predice la toxicidad por Primaquina (Pacientes con deficiencia en la enzima G6PD pueden presentar reacciones de toxicidad frente al fármaco). Sobreexpresión de Her2/neu Trastuzumab Obligatorio • Tratamiento de cáncer de mama. • Predice la posible respuesta frente al tratamiento (mejor respuesta en pacientes que sobreexpresan el gen Her2/neu). Presencia del alelo HLA-B*1502 Carbamazepina Recomendado • Tratamiento de la epilepsia, enfermedad maníaco-depresiva, síndrome de deshabituación a alcohol. • Predice la toxicidad por Carbamazepina (Pacientes con deficiencia en este alelo pueden presentar reacciones de toxicidad frente al fármaco). Presencia del alelo HLA-B*1502 Abacavir Recomendado • Tratamiento de V.I.H. • Predice la toxicidad por Abacavir (Pacientes con deficiencia este alelo pueden presentar reacciones de toxicidad frente al fármaco). Variantes del gen de la N-acetil transferasa (NAT) Rifampina, Isozianida, Pirazinamida Informativo • Tratamiento de tuberculosis. • Predice toxicidad y disminución de eficacia del tratamiento (acetiladores lentos: neuritis tóxica y lupus, mayor riesgo de cáncer de vejiga, acetiladores rápidos: disminución de eficacia). Informativo • Fármaco anticancerígeno. • Predice la posible respuesta a terapia con Busulfan (disminución de la eficacia del tratamiento en pacientes sin traslocación entre los cromosomas 9 y 22 - cromosoma de filadelfia). Cromosoma de Filadelfia Busulfan Cromosoma de Filadelfia Dasatinib Obligatorio • Tratamiento de leucemia linfoblásticablástica. • Predicción de respuesta (tratamiento efectivo en pacientes con presencia de traslocación entre los cromosomas 9 y 22 cromosoma de filadelfia). Expresión del gen alfa PML/RAR Tretinoína Informativo • Tratamiento de la leucemia promielocítica aguda. • Predicción de respuesta (tratamiento no eficaz en pacientes que no presenten el marcador PML/RAR). Recomendado • Profilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de toxicidad (pacientes con deficiencias hereditarias o adquiridas de la proteína C o su cofactor, la proteína S tienen riesgo mayor desarrollar necrosis de tejidos). Deficiencias en proteína C Warfarin Biomarcadores para Uso Clínico BIOMARCADORES GENÓMICOS CONSIDERADOS VÁLIDOS POR LA FDA EN EL CONTEXTO DE MEDICAMENTOS APROBADOS (continuación) Biomarcador Variantes de tipurina metil transferasa (TPMT) Patología Utilidad clínica del test Medicamento Tipo de test Azatioprina Recomendado • Fármaco inmunosupresor utilizado para evitar el rechazo de transplantes, o artritis reumatoide severa. • Predicción de toxicidad (pacientes con deficiencia de TPMT pueden desarrollar mielotoxicidad). Variantes de UGT1A1 Irinotecan Recomendado • Fármaco antineoplásico. • Predicción de toxicidad (pacientes con con mutaciones en UGT1A1 pueden desarrollar reacciones de toxicidad como neutropenia con el tratamiento). Variantes de UGT1A1 Nilotinib Informativo • Tratamiento de la leucemia mieloide crónica. • Predicción de seguridad (pacientes con polimorfismos en el gen UGT1A1 pueden desarrollar hiperbilirrubinemia). Recomendado • Medicamento anticonvulsivo para el tratamiento de la epilepsia. • Predicción de toxicidad (puede producir toxicidad en pacientes con alteraciones en el ciclo de la urea). Recomendado • Profilaxis y/o tratamiento de trombosis venosa y embolia pulmonar. • Predicción de respuesta / toxicidad (pacientes con polimorfismos en el gen VKORC1 parecen requerir dosis menores del medicamento). Deficiencia del ciclo de la Urea Variantes de la Vitamina K epóxidoreductasa Ácido Valpróico Warfarin Tabla 24. Biomarcadores genómicos considerados válidos por la FDA en el contexto de medicamentos aprobados. Fuente: Table of Valid Genomic Biomarkers in the Context of Approved Drug Labels. http://www.fda.gov/cder/genomics/genomic_biomarkers_table.htm 165 166 Genoma España Anexo IV. Fichas de empresas españolas relacionadas con biomarcadores de uso clínico Allelyus Contacto http://www.allelyus.com/ Descripción Empresa biotecnológica cuyo objetivo principal es la comercialización de servicios de análisis genéticos innovadores, de máxima calidad y exclusivos, necesarios para solucionar problemas tanto de Genética forense como de diagnóstico clínico. Ofrece también instrumentos analíticos que facilitan el desarrollo farmacéutico y ayudan a la aplicación de la Medicina Personalizada. Servicios Farmacogenómica, HTPS, quimiogenómica, farmacogenética y genética forense. Applera Hispania, S.A. (Applied Biosystems) Contacto Ronda de Poniente, 4 Bajo C-D – Centro Empresarial Euronova TRES CANTOS (Madrid) www.europe.appliedbiosystems.com Descripción Applera Hispania, S.A., es una Compañía constituida en España cuyo objeto social es la venta de los sistemas integrados de instrumentación científica y de Biotecnología de Applied Biosystems. Servicios Biomarkers Discovery; Microarrays de baja densidad; Bibliotecas de RNA; Expresión diferencial de proteínas; Metabolómica; Mantenimiento preventivo; Contratos de mantenimiento; Reparación y calibración de los instrumentos; Soporte técnico de aplicaciones; Consultoría SQL*LIMS. Productos Analizadores genéticos y sus consumibles; PCR Cuantitativa tiempo real y sus consumibles; Equipos de PCR y sus consumibles; Kits de secuenciación; Kits de identificación humana; Kits de patógenos (Samonella, Listeria, Ecoli...); Equipos de espectometría de masas y proteómica Servicios informáticos para gestión de bases de datos. (SQL*LIMS); Equipos de síntesis de péptidos y oligonucleótidos; Microarrays de alta densidad. Anaxomics Biotech Contacto Bertran, 82 08023 BARCELONA http://www.anaxomics.net/anax2.swf Descripción Descubrimiento, ensayo y comercialización de medicamentos y kits de diagnóstico basados en una aproximación desde la biología de sistemas. Servicios Descubrimiento de dianas, predicción de efectos adversos, nuevas indicaciones de medicamentos, modelos moleculares, screening virutal. AxPathBuilder, axPathAnalyzer – construcción de mapas de interacción de proteínas. Biomarcadores para Uso Clínico AROMICS Applied Research using OMIC Sciences, S.L. Contacto Parc Científic de Barcelona Edif. Hèlix - Lab. A05-B05, 2ª planta. c/ Baldiri Reixac, 15-21 08028 BARCELONA http://www.aromics.es/eng/index.htm Descripción Empresa dedicada a la investigación por contrato centrada en la aplicación de las tencologías “ómicas” en terapéutica y diagnóstico. ProteOMIC Test – evaluación del impacto de moléculas concretas en proteomas de células/organismos. GenOMIC Test – evaluación del impacto de moléculas concretas en genomas de células/organismos. Servicios PharmacogenOMIC test – evaluación de la influencia de la variabilidad propia de un individuo en la respuesta a un fármaco. ScreenTest – modelos celulares in vitro para análisis toxicológicos. XenoTest – modelos animales para medir eficacia y toxicidad. Bio-Diagnostic Tool – diseño, desarrollo de herramientas y kits de diagnóstico. Servicios de consultoría. Bioalma, S.L. Contacto Centro Empresarial Euronova, Ronda de Poniente, 4, 2ª planta, Unidad C-D 28760 TRES CANTOS (Madrid) http://www.almabioinfo.com Descripción Tecnologías de la información y biomedicina. Servicios Consultoría, formación y desarrollo de software aplicado a los microarrays de ADN. almaZen System - bioinfomática aplicada a microarrays de ADN. Productos almaZen System - sistema de extracción de información de la literatura científica mediante minería de textos. Biomedal S.L. Contacto Avenida Américo Vespucio nº 5, Bloque E – Planta 1ª, Módulo 12 Isla de la Cartuja, 41092 SEVILLA http://www.biomedal.es/espanol/index.htm Descripción Desarrollo de tecnologías innovadoras para el progreso de la investigación post-genómica y la producción industrial eficiente de nuevas biomoléculas útiles para la sociedad. Lectura y procesamiento de ADN arrays. Servicios Asesoramiento y gestión de proyectos de I+D en biomedicina (estudios de expresión semicuantitativa empleando tecnologías de DNA arrays). Productos ELISA hGSTT1 – detección del rechazo en transplante de órganos. 167 168 Genoma España Biotherapix SLU Contacto Santiago Grisolia, 2 – Parque Tecnológico de Madrid 28760 TRES CANTOS (Madrid) http://www.biotherapix.com Descripción Compañía centrada principalmente en la generación de nuevas moléculas terapéuticas basadas en anticuerpos para el tratamiento de enfermedades infecciosas, degenerativas e inflamatorias. Productos Virochip® microarray con utilidad pronóstica que permite detectar resistencias a HIV. Biotools B&M Labs Contacto Valle de Tobalina, 52, Nave 39 28021 MADRID http://www.biotools.eu Descripción Empresa biotecnológica dedicada principalmente al desarrollo de kits de diagnóstico de enfermedades bacterianas, virales o parasitarias mediante técnicas de biología molecular, junto al desarrollo de microarrays medianos y grandes para el diagnóstico, pronóstico y respuesta a tratamiento farmacológico de enfermedades causadas por microorganismos y patologías metabólicas. Productos Cholest-chip – marcadores que proporcionan información en el diagnóstico, pronóstico y respuesta al tratamiento farmacológico en patologías relacionadas con el metabolismo de lípidos. Fungi-chip – Pronóstico de infecciones por micotoxinas. BRAINco Biopharma S.L. Contacto Edificio 801. Parque Tecnológico de Vizcaya 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.brainco.es Descripción Desarrollo de nuevos tratamientos personalizados para combatir las enfermedades humanas del Sistema Nervioso Central, optimizando la respuesta individual al tratamiento, aumentando la proporción de remisiones y disminuyendo la proporción de recaídas. Emchip – chip de genotipado para el pronóstico y evolución de la esclerosis múltiple. Productos BRAINchip – chip de genotipado para la optimización del tratamiento en enfermedades psiquiátricas. CHIPSIA – chip de genotipado para la optimización del tratamiento de la epilepsia. Biomarcadores para Uso Clínico Cibasa, S.L. Contacto Edificio España – Plaza de España, 5-6 37004 SALAMANCA http://www.brainco.es Diseño, desarrollo y comercialización de nuevas herramientas y productos diagnósticos, profilácticos y terapéuticos contra el cáncer. Descripción Investigación en la identificación y validación de biomarcadores de células madre cancerosas que sirvan para predecir la respuesta a terapia y la recaída de la enfermedad tras el tratamiento. Productos Biomarcadores con utilidad diagnóstica y terapéutica. Digna Biotech, S.L. Contacto C/ Boix y Morer 6, 8º 28003 MADRID http://www.dignabiotech.com Descripción Empresa biotecnológica basada en el desarrollo y explotación de los productos de investigación generados en el Centro de Investigación Médica Aplicada (CIMA) de Pamplona. Marcador Hepatocarcinoma – diagnóstico precoz del Hepatoma. URIFIB – detección de biomarcadores de fibrosis humana. APO A1 - detección de formas oxidadas de apolipoproteína a1 como marcador precoz de hepatocarcinoma celular (hcc). Productos Kit Anti Cardiotrofina (CT-1). Anti-EPCR / ns-EPCR - kit elisa para la determinación de anticuerpos anti-epcr para la evaluación del riesgo de trombosis. Test para el pronóstico de metástasis en osteosarcoma. Marcadores MTA – esclerosis múltiple, pronóstico. Dominion Pharmakine S.L. Contacto Parque Tecnológico de Bizkaia, Edificio 801, 1ª planta 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.pharmakine.com Descripción Compañía biofarmacéutica enfocada al desarrollo de productos y servicios que permitan avanzar en la investigación, el diagnóstico y tratamiento del cáncer. Servicios Genómica funcional: Análisis de la expresión génica; Diseño de microarrays de ADN personalizados; Construcción de librerías de ADNc; Análisis de sistemas de expresión modificados. Arrays de tejidos: Human Hepatic Colon-Carcinoma Metastasis Tissue Array; Organ-Specific Metastasis Melanoma Tissue Array; Multi-Organ Animal Tissue-Arrays; Arrays de tejidos personalizados. Productos Arrays de células: Array específico de células hepáticas (humano, rata, ratón); Array de líneas celulares de melanoma humano; Arrays de células personalizados. DPK-C1 – marcadores pronósticos en cáncer colorrectal. DPK-C2 – FISH para pronóstico en cáncer colorrectal. DPK-C3 – marcadores de recidiva en cáncer de vejiga. 169 170 Genoma España Ferrer in Code Contacto Av. Diagonal, 549, 5ª planta 08029 BARCELONA http://www.ferrerincode.com Descripción Compañía nacida de la alianza entre las empresas Gendiag y Grupo Ferrer Internacional con el objetivo de trasladar a la práctica clínica servicios de orientación diagnóstica, pronóstica y predictiva basados principalmente en tecnologías genómica, proteómica, metabolómica y bioinformática. Productos Distribución en España de MammaPrint® y Cuppprint®. Fina Biotech Contacto Descripción Gobelas, 21 - 1ª planta – La Florida 28023 MADRID http://www.finabiotech.es/ Búsqueda de kits de diagnóstico, pronóstico y/o respuesta a tratamiento en cáncer, enfermedades cardiovasculares, neurodegenerativas y otras. Terapia con células madre adultas. FB 2007-BEC – marcadores pronósticos para cáncer de mama, colon y pulmón. FB 2006 – marcadores de resistencia a quimioterapia en cáncer de pulmón. FB 2003 – diagnóstico y pronóstico de cáncer de próstata. Productos FB 3001 – marcadores predictivos en síndrome coronario agudo. FB 3002 – marcadores de restenosis. FB 2002 – diagnóstico y pronóstico de cáncer de vejiga. FB 2005 - marcadores de resistencia a quimioterapia en cáncer de mama. Genetadi Biotech Contacto Parque Tecnológico de Bizkaia – Edificio 800, piso 2 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.genetadi.com Descripción Desarrollo de nuevas herramientas de diagnóstico genético en los sectores de ginecología y oncología. Servicios Servicios de diagnóstico genético: ADN, Expresión Génica, qPCR y arrays CGH. Productos Test de diagnóstico de infertilidad, endometriosis, cáncer de endometrio, prenatal y DGP. Biomarcadores para Uso Clínico Gendiag, S.L. Contacto Juan de Sada, 32 08028 BARCELONA http://www.gendiag.com Descripción Investigación y desarrollo de sistemas de diagnóstico y nuevas dianas terapéuticas. Hemato inCode – chip de ADN para la predicción de la evolución de la leucemia linfocítica crónica en progresiva-no progresiva y predecir la respuesta al tratamiento farmacológico. Cardio inCode - chip de ADN para la predicción del riesgo cardiovascular en personas con riesgo bajo-intermedio. Productos Sudd inCode – chip de ADN para la detección del riesgo de sufrir muerte súbita. Trombo inCode – chip de ADN para la detección de factores de riesgo trombótico. Drug inCode – chip de ADN farmacogenómica. Test para el diagnóstico de la deficiencia del enzima de la lactasa intestinal. Genómica, S.A.U. Contacto Alcarria, 7 – Pol. Industrial de Coslada 28823 COSLADA (Madrid) http://www.genomica.es/ Descripción Compañía de Diagnóstico molecular. CLART® Papillomavirus 2 - microarray para el genotipado y diagnóstico de HPV en cáncer de cervix. Productos CLART® PneumoVir Kit - microarray para la detección multiple y diagnóstico de virus respiratorios. CLART®-MetaBone kit - microarray para el genotipado de polimorfismos relacionados con el metabolismo óseo. CLART Herpes/Enterovirus – diagnóstico de herpes y enterovirus. GENYCA INNOVA Análisis y Diagnóstico Genético, S.L. Contacto Alegría, 18 28220 MAJADAHONDA (Madrid) http://www.genyca.es/ Descripción Laboratorio especializado en genética molecular. Diagnóstico de enfermedades hereditarias e infecciosas, pruebas de identificación genética y paternidad, el análisis de riesgo genético en ciertas enfermedades multifactoriales. Productos Servicios: enfermedades hereditarias, enfermedades neoplásicas, obesidad y genética, enfermedad celíaca, enfermedad periodontal, agentes infecciosos, identificación genética, consejo genético. 171 172 Genoma España Health in code Contacto Edificio El Fortín, Hospital Marítimo de Oza. As Xubias, s/n 15006 A CORUÑA http://www.healthincode.com Descripción Diagnóstico genético molecular de cardiopatías e interpretación de los resultados genéticos. Productos Diagnóstico molecular para el pronóstico y el tratamiento terapéutico en el ámbito de las miocardiopatías hereditarias: miocardiopatía hipertrófica, miocardiopatia dilatada, miocardiopatía no compacta, displasia arritmogénica del ventrículo derecho, síndrome de brugada, síndrome QT-largo Mygen Contacto Santiago Grisolía, 2 - Parque Científico de Madrid 28760 TRES CANTOS (Madrid) http://www.mygen.es/ Descripción Empresa con servicios especializados de genética molecular y microbiología, para la identificación del ADN. Estudio de polimorfismos asociados a obesidad. Productos DIETCHIP estudio genético nutricional. Pruebas de ADN. Microbiología. Integromics, S.L. Contacto Parque Científico de Madrid, Ciudad Universitaria Cantoblanco C/ Einstein, 13, Pabellón C, 1ª planta 28049 MADRID http://www.integromics.com Descripción Proporcionar soluciones tecnológicas que faciliten la adquisición, manejo, procesamiento y análisis de grandes volúmenes de datos en la era post-genómica. Integromics Biomarker DiscoveryTM – software para el análisis de expresión génica. ArrayHub© – gestión de datos de análisis de la expresión génica. Productos ArrayUnlockT – herramienta para el análsis de datos. AB1700Guide – software para el análisis de datos de la expresión génica. LIMMA Guide – control de calidad y análisis estadístico de datos experimentales de micorarrays. Real-Time StatMinerTM – software para el análisis de datos para PCR en tiempo real. Biomarcadores para Uso Clínico Neocodex S.L. Contacto Avda. Averroes, 8, Ed. Acrópolis, Mod. 110-111 SEVILLA http://www.neocodex.es Descripción Empresa dedicada a la investigación y desarrollo en biomedicina y al diagnóstico molecular de enfermedades humanas. Servicios Trazado de marcadores de susceptibilidad genética en la población española; Genotipado de SNP; Expresión génica mediante microarrays de ADN. Noray Bioinformatics, S.L. Contacto Parque Tecnológico, 801 A 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.noraybio.com Descripción Empresa bioinformática que ofrece soporte al sector de las biociencias (biotecnología, biomedicina, biofarmacia), mediante el desarrollo de nuevas soluciones informáticas. Consultoría bioinformática. Diseño y desarrollo de software para gestión e integración de información biológica. Servicios Proyectos de outsourcing en bioinformática. Software para kits de diagnóstico y biosensores. Plataformas bioinformáticas para integración de diferentes datos biológicos. NorayLiver - plataforma bioinformática adecuada para ayudar en la búsqueda de biomarcadores genómicos, proteómicos y metabolómicos para enfermedades de hígado. Productos Histomas - analiza los resultados de experimentos de espectrometría de masas realizados sobre tejidos. NorayBanks. Software a medida para la gestión de datos de bancos biológicos. Oryzon Genomics, S. A. Contacto Josep Samitier, 1-5 08028 BARCELONA http://www.oryzon.com Descripción Descubrimiento de biomarcadores con un pipeline enfocado a oncología y desórdenes neurológicos. Servicios Servicios de genómica, proteómica y bioinformática. Desarrollo de micromatrices con oligos específicos para la detección de bases metiladas. Productos Biomarcadores con utilidad diagnóstica y pronóstica en cáncer de endometrio, colorrectal, pulmón, melanoma, gástrico y ovario, y Parkinson. Biomarcadores con utilidad diagnóstica en cáncer de próstata y Alzheimer. 173 174 Genoma España Owl Genomics, S.L. Contacto Parque Tecnológico de Bizkaia, Edificio 801, planta 2ª 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.owlgenomics.com Descripción Identificación de marcadores moleculares y agentes terapéuticos para el diagnóstico temprano y tratamiento de enfermedades hepáticas. Servicios Metabolómica. Espectrometría de masas. Productos Hepatochip: chip de ADN que permite conocer la presencia de esteatohepatitis no alcohólica (NASH) a partir de la coexpresión de 85 genes. Progenika Biopharma S.A. Contacto Parque Tecnológico de Bizkaia, Edificio 801 B 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.progenika.com Descripción Compañía dedicada al desarrollo y comercialización de chips de ADN empleados en el diagnóstico y pronóstico de enfermedades humanas. A través de la búsqueda de biomarcadores para el diagnóstico, pronóstico y respuesta a tratamiento en muestras fisiológicas no invasivas su fin es desarrollar un kit para diagnosticar, pronosticar, predecir o supervisar la respuesta a fármacos en enfermedades humanas complejas. Proveedor oficial de Servicios Affymetrix Genechip® en España. Servicios Desarrollo de DNA-chips de oligonucleótidos para analizar la expresión génica tanto de organismos eucariotas como procariotas. LIPOchip® – hipercolesterolemia familiar. BLOODchip® – compatibilidad donante-receptor en transplante. Productos IBDchip® – enfermedad de Crohn y colitis ulcerosa. PHARMA chip® – reacciones adversas de fármacos en respuesta a un tratamiento. FIBROCHIP – diagnóstico, pronóstico y respuesta al tratamiento en fibromialgia. Protein Alternatives S.L. Contacto Santiago Grisolía, 2. Piso 1. PTM - Parque Científico de Madrid 28760 TRES CANTOS (Madrid) http://www.proteinalternatives.com Descripción Empresa biotecnológica cuyo objetivo es el uso de proteínas recombinantes y anticuerpos para el desarrollo de nuevos marcadores diagnósticos para el cáncer y otras patologías. Producción de nuevos kits de diagnóstico ELISA y/o arrays de proteínas y de anticuerpos que puedan ser utilizados con fines diagnósticos y pronósticos. Servicios Servicios especializados en tecnología de anticuerpos (Phage Display). Servicios personalizados de expresión y/o purificación de proteínas recombinantes y generación de anticuerpos. Productos Proteínas recombinantes. Anticuerpos policlonales: primarios (IgY), primarios (IgG), secundarios. Biomarcadores para Uso Clínico Proteomika Contacto Parque Tecnológico de Bizkaia, 504 48160 DERIO (Vizcaya) http://www.proteomika.com/ Descripción Búsqueda de biomarcadores para el diagnóstico no invasivo de enfermedades complejas. Servicios Servicio de análisis clínicos. Productos PNEUMOarray – Supervivencia epidemiológica de neumococos. INFLAMONITOR – Personalización del tratamiento en enfermedades inflamatorias. Sistemas Genómicos S.L. Contacto Parque Tecnológico de Valencia, Avda. Benjamín Franklin, 12 46980 PATERNA (Valencia) http://www.sistemasgenomicos.com Descripción Investigación, desarrollo y comercialización de aplicaciones analíticas basadas en las técnicas de ADN y ARN. Servicios Diagnóstico genético molecular, diagnóstico prenatal y diagnóstico genético preimplantacional (DGP), farmacogenética y farmacogenómica. Productos Aplicaciones en el desarrollo de chips de ADN. A.I.E. ONCNOSIS Pharma Contacto info@oncnosis.com http://www.oncnosis.com/ Descripción Agrupación de empresas españolas enfocada al diagnóstico y pronóstico molecular y al tratamiento de cáncer. Integrantes Grupo Ferrer Internacional; Oryzon; Ingenasa; Solutex; Siemens Medical; Cima; Integromics; Laboratorios Leti; Advancell. Colaboradores académicos Hospital 12 de Octubre de Madrid; Hospital Duran i Reynals de Barcelona; Hospital Universitario de Navarra; Hospital Valle de Hebrón de Barcelona; Hospital Valdecilla de Santander; IDIBELL-Hospital de Bellvitge de Barcelona; Universidad de Barcelona; Universidad Autónoma de Barcelona; Universidad Politécnica de Barcelona; Universidad de Navarra; Universidad de Oviedo; Universidad de Zaragoza; Centro Nacional de Biotecnología (CNB-CSIC); Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CNIO; Centro Nacional de Proteómica-Fundación Genoma; Grup de Recerca de Nanobioenginyeria GREBEC; Institut Català d'Oncologia (ICO); Instituto de Ciencia de Materiales de Aragón ICMA-CSIC; Instituto de Investigaciones Biomédicas "Alberto Sols" CSIC/UAM (IIB); Instituto de Investigación en Inteligencia Artificial (IIIA-CSIC); Instituto de Aplicaciones de las Tecnologías de la Información y de las Comunicaciones Avanzadas (ITACA); Fundación Rioja Salud. Tecnologías Genómica, proteómica, nanotecnología. Fichas de empresas españolas con líneas de negocio relacionadas con biomarcadores de uso clínico. Fuente: elaboración propia. 175 176 Genoma España Anexo V. Fichas técnicas correspondientes a grupos de investigación cuya actividad científica se enmarca dentro de los biomarcadores de uso clínico A continuación les presentamos un conjunto de fichas de varios grupos de investigación españoles que trabajan actualmente en temas relacionados con biomarcadores de uso clínico. Áreas de interés Formación: • Biología. • Medicina. • Farmacia. • Bioquímica. • Otros: matemáticas, física, biotecnología. Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: arrays, genotipado, MALDITOF para análisis de mutaciones. Largo plazo (15 años): • Genómica: arrays, genotipado, secuenciación a gran escala. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Genética humana. • Caracterización genómica de leucemias, linfomas y mielomas: búsqueda de biomarcadores diagnósticos y pronósticos. • Caracterización in silico e in vitro de translocaciones cromosómicas en tumores sólidos: vejiga, colon y páncreas. • Genómica: arrays, genotipado. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. Medio plazo (10 años): • Genómica: ultrasecuenciación. Largo plazo (15 años). Cáncer, enfermedad cardiovascular, enfermedades genéticas hereditarias o congénitas. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Auge de los biomarcadores de predicción de enfermedades comunes (no en una patología especial). Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays, genotipado, secuenciación a gran escala. • Genómica • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores • Farmacogenética (biomarcadores a nivel de ADN en relación con la respuesta al tratamiento) en enfermedades neuropsiquiátricas y CCR. • Genes involucrados en cáncer de mama y colorrectal. • Genes involucrados en enfermedades psiquiátricas (esquizofrenia y depresión postparto). • Biomarcadores en enfermedades neurológicas (migraña y ataxias). • Biomarcadores en enfermedades cardiovasculares (arritmias responsables de muerte súbita). • Biomarcadores en enfermdades oftamológicas. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. Formación: • Medicina. • Biología. • Farmacia. Áreas de interés Personal: • 4 Doctores. • 4 Becarios. • 3 Técnicos. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Nueve patentes, tres en explotación, seis relacionadas con biomarcadores diagnósticos y tres con posibles dianas terapéuticas. • Promoción de dos spin-off, una para el diagnóstico de miocardiopatía hipertrófica (Health-in-code) y otra (Allelyus) para farmacogenómica, HTPS, quimiogenómica, farmacogenética y genética forense. Datos referentes a las patentes de su grupo entre 2000-2007 Áreas de experiencia: • Genómica. • Bioinformática. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Patologías relacionadas con el Sistema Nervioso: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 23 Doctores. • 32 Becarios. • 15 FP II. • 5 Técnicos gestión. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 2 Nombre de la Institución: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Investigador: Dr. Juan Cruz Cigudosa Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 1 Nombre de la Institución: Grupo de Medicina Xenómica (IML-Universidad de Santiago & Fundación Pública Medicina Xenómica) Investigador: Dr. Ángel Carracedo Biomarcadores para Uso Clínico 177 Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: Arrays, genotipado. • Proteómica: Espectrometría de masas. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays. • Genómica. • Proteómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermedades autoinmunes: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. • Nuevas estrategias terapéuticas en la enfermedad celíaca. Modulación en la respuesta inmune frente al gluten en modelos de cultivos de biopsia y células. Instituto de Salud Carlos III (2008-10). • Estudios moleculares y celulares de los mecanismos inmunes en la patogenia de la enfermedad celíaca. Programación de Cooperación Interuniversitaria entre España e Iberoamérica 2008. Largo plazo (15 años): • Nanotecnología: biosensores. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays. • Proteómica: cromatografía, arrays. • Nanotecnología: biosensores, gold nanoparticles. Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays. • Proteómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: lab-on-achip. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Largo plazo (15 años). Enfermedades inflamatorias crónicas y autoinmunes, cáncer, enfermedades cardiovasculares. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Medio plazo (10 años): • Genómica: genotipado. • Proteómica: espectrometría de masas. • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays, zimografía. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Diagnóstico molecular y caracterización de pacientes (especialmente en la enfermedad celíaca pero también en otras patologías inflamatorias crónicas del organismo). • Identificación de posibles dianas terapéuticas y diseño de nuevas estrategias. • Utilidad de métodos ex vivo para su evaluación. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • HiPerDART: Development of High Permormance Diagnostic Array Replication Technology. FP7-HEALTH-2007-B/223378 • Identificación de genes candidatos mediante el estudio de redes de regulación génica. FIS PI081635. • Identificación y validación de marcadores proteicos en plasma para el diagnóstico y el pronóstico del cáncer colorrectal. FIS 05/1006. • ONCNOSIS: Identificación de biomarcadores con valor diagnóstico y terapéutico para enfermedades neoplásicas. CDTI-CENIT-2005. Cáncer. Formación: • Medicina. • Biología. • Farmacia. • Odontología. Áreas de interés Personal: • 3 Doctores. • 3 Becarios. • 3 Otros. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • WO 02/09937 Genetic analysis of biological samples in arrayed expanded representations of their nucleics acids. • US 11/493,387 Methods for identifying, diagnosing and predicting survival of lymphomas. • ES 20703071 Método kit para predecir la supervivencia de pacientes con linfomas de células del manto. • PCT/US2008/082359 Identification of subjects likely to benefit from statin therapy. Datos referentes a las patentes de su grupo entre 2000-2007 Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Bioinformática. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 4 Nombre de la Institución: Universidad de Valladolid Investigador: Dr. Eduardo Arranz Perfil del grupo de investigación • Desarrollo y validación de kits de diagnóstico, pronóstico y respuesta terapéutica. Genómica. Proteómica. Nanotecnología. Metodología de investigación y evaluación de marcadores. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. • • • • Formación: • Medicina. • Biología. • Bioinformática. • Estadística. Áreas de interés Personal: • 3 Doctores. • 3 Becarios. • 4 Técnicos. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 3 Nombre de la Institución: Instituto Catalán de Oncología Investigador: Dr. Víctor Moreno 178 Genoma España Áreas de interés Formación: • Bioquímica. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría de masas. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: biosensores, lab-on-a-chip. Largo plazo (15 años): • Nanotecnología: quantum dots, gold nanoparticles, nanoporos. Corto plazo (5 años): • Genómica: genotipado. Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Cáncer, enfermedades cardiovasculares. Largo plazo (15 años). • Análisis de las interacciones entre genes mayores de predisposición y genes de baja penetrancia en el cáncer colorrectal. Implicaciones pronósticas y diagnósticas. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Cáncer, enfermedades cardiovasculares, enfermedades infecciosas. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Genómica: genotipado. • Diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Firma molecular de autoanticuerpos en cáncer colorrectal. Plan Nacional de Biotecnología. Ministerio de Educación y Ciencia. • Análisis proteómico y trancriptómico de los procesos de proliferación, diferenciación y regeneración en epitelio de colon humano. Programa de Biociencias 2+2. Comunidad de Madrid. • Identificación de proteínas implicadas en metástasis de cáncer colorrectal utilizando técnicas de proteómica cuantitiva (SILAC). Fundación Médica Mutua Madrileña. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays. Áreas de interés Formación: • Biología. • Bioquímica. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico. Personal: • 3 Doctores. • 3 Becarios. • 3 Otros. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía, arrays, electroforesis bidimensional – DIGE, técnicas de biología molecular. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Proteómica • Biología Molecular. Nuevos métodos diagnósticos para la detección temprana del cáncer y pronósticos para la clasificación y evolución de los tumores y/o resistencia a drogas. • Proteómica. • Aplicaciones clínicas: cáncer. Personal: • 2 Doctores. • 2 Becarios. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 6 Nombre de la Institución: Universidad Autónoma de Madrid Investigador: Dr. Juan J. González Aguilera Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 5 Nombre de la Institución: Centro de Investigaciones Biológicas Investigador: Dr. Ignacio Casal Biomarcadores para Uso Clínico 179 Áreas de interés Largo plazo (15 años): • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía. • Melabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: gold nanoparticles. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. Medio plazo (10 años): • Nanotecnología: lab-on-a-chip, biosensores. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Cáncer, enfermedades neurodegenerativas. Largo plazo (15 años). • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Validación de marcadores diagnósticos, pronósticos y predictivos en cáncer de pulmón • Identificación de nuevos biomarcadores en fluidos biológicos (plasma, esputo y lavado bronquioalveolar). Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays. • Nanotecnología: biosensores. • Genómica: arrays, genotipado, inmunohistoquímica, ELISA, qPCR. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. Estudios a nivel molecular de la carcinogénesis pulmonar con el objetivo de identificar nuevos potenciales biomarcadores en cáncer de pulmón. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico Red de biobancos. Marcadores pronósticos en carcinoma de mama. Marcadores pronósticos y predictivos en linfoma de Hodgkin. Marcadores pronósticos en carcinoma de colon, estadio B. Marcadores predictivos de respuesta radioterápica en carcinoma prostático. Corto plazo (5 años): • Nanotecnología: lab-on-a-chip. Formación: • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Proteómica. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico y respuesta a fármacos. Áreas de interés Personal: • 6 Doctores. • 5 Técnicos. • 6 Becarios. • 1 Enfermera. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Genómica: arrays. • Proteómica: inmunohistoquímica. Cáncer, patología cardiovascular, enfermedades raras y huérfanas. • • • • • • Mejor diagnóstico. • Personalización de terapias. • Personalización de procesos. Áreas de experiencia: • Biobancos. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Formación: • Biología. • Medicina. • Documentación Sanitaria. • Proteómica. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico. Personal: • 2 Doctores. • 1 FP II. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 8 Nombre de la Institución: CIMA – Universidad de Navarra Investigador: Dr. Rubén Pío Osés Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 7 Nombre de la Institución: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Investigador: Dr. Manuel M. Morente 180 Genoma España Proteómica. Genómica. Nanotecnología. Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: arrays, genotipado, qRT-PCR. • Proteómica: arrays • Nanotecnología: LOAC. • Genómica. • Nanotecnología. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico y respuesta a fármacos. • Diagnóstico diferencial de procesos tiroideos. • Resistencia a fármacos antitumorales. Cáncer. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría, cromatografía. • Metabolómica: espectrometría. • Nanotecnología: biosensores, quantum dots, nanoporos. Largo plazo (15 años): Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Nanotecnología: biosensores, lab-on-a-chip, gold nanoparticles. Largo plazo (15 años). • Genómica: arrays, genotipado. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Citogenética. Medio plazo (10 años): Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Cáncer, enfermedades cardiovasculares, enfermedades de origen genético. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Fundación Barrie de la Maza. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Nanoestructuras poliméricas como vectores sintéticos en terapia génica: Aplicación a la liberación intracelular de siRNA. Evaluación de la interferencia de Snail" NAN2004-09230-C04-02 (Subproyecto 02 de proyecto coordinado). • Caracterización funcional de los factores Snail y bHLH y su implicación en la progresión tumoral. SAF2007-63051. • Biología del cáncer. ONCOBIO. CSD00C-2007-26102. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays. • Nanotecnología: lab-on-a-chip, gold nanoparticles. Formación: • Biología. • Medicina. • Farmacia. Áreas de interés Personal: • 3 Doctores. • 1 Becarios. • 3 FP II. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Snail, nuevo marcador de progresión tumoral y proteína diana de nuevos compuestos antitumorales - 009901466/1. • Procedimiento para determinar la capacidad invasiva y metastásica de un tumor epitelial mediante el uso de Snail - 200002074/7. • Snail, new tumoral progresión marker and target protein of new antitumoral compounds - 09/806,445. • Materials and Methods for the derespression of the E-cadherin promoter – 11/071,025. • Método de diagnóstico y/o pronóstico de cáncer de mama P200702342 (PCT/ES2008/000563). Datos referentes a las patentes de su grupo entre 2000-2007 Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Bioinformática. • Identificación de marcadores moleculares con capacidad pronóstico-predictiva. • • • • Formación: • Biología. • Bioquímica. Áreas de interés Personal: • 5 Doctores. • 3 Becarios. • 3 Técnicos. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 10 Nombre de la Institución: Fundación Pública de Medicina Genómica Facultad de Medicina Santiago de Compostela Investigador: Fernando Domínguez Puente Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 9 Nombre de la Institución: Universidad Autónoma de Madrid – IIB Alberto Sols Investigadora: Dra. Amparo Cano Biomarcadores para Uso Clínico 181 Áreas de interés Formación: • Medicina. • Biología. • Farmacia. Datos referentes a las patentes de su grupo entre 2000-2007 Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Proteómica: espectrometría de masas, arrays, determinación de proteínas y codificaciones postraduccionales por sistemas multiplex basado en la citometría de flujo (luminex, bioplex, etc.). • Genómica • Proteómica. Cáncer, enfermedades cardiovasculares. Medio plazo (10 años): • Genómica: genotipado. • Proteómica: espectrometría de masas, arrays. Largo plazo (15 años): • Proteómica: espectrometría de masas. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Nanotecnología: biosensores. Medio plazo (10 años): • Nanotecnología: lab-on-a-chip. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Todas las patologías, aunque el esfuerzo investigador es mucho más intenso en cáncer, enfermedades cardiovasculares y procesos inflamatorios, autoinmunes o degenerativos. En proceso de solicitud de una patente. Largo plazo (15 años): • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía, arrays. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Validación de marcadores diagnósticos, pronósticos y predictivos en cáncer de pulmón. • Identificación de nuevos biomarcadores en fluidos biológicos (plasma, esputo y lavado bronquioalveolar). • Modelos animales sobre inflamación y cáncer de pulmón. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores • Descubrimiento de biomarcadores de enfermedades autoinmunes (Ref:SAF2005-06056-02-01). • Compartimentación subcelular y enfermedad. Nuevas estrategias diagnósticas y terapéuticas (Ref:P05-CVI-00908). • Estudio de las alteraciones en la señalización intracelular y búsqueda de biomarcadores en enfermedades autoinmunes (Ref:SAF2008-03685). Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: arrays, genotipado, inmunohistoquímica, ELISA, qPCR. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. Estudios a nivel molecular de la carcinogénesis pulmonar con el objetivo de identificar nuevos potenciales biomarcadores y dianas terapéuticas en cáncer de pulmón. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Señalización celular en enfermedades de origen autoinmune o inflamatorio mediante proteómica funcional, inmunoensayos multiplex y microscopía confocal. • Diagnóstico más temprano o un pronóstico más certero así como identificar nuevas dianas terapéuticas. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays. • Proteómica: arrays. Formación: • Medicina. • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Gestión. Áreas de interés Personal: • 6 Doctores. • 5 Técnicos. • 6 Becarios. • 1 Enfermera. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 12 Nombre de la Institución: CIMA – Universidad de Navarra Investigador: Dr. Luís Montuenga Badía Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo En proceso de solicitud de una patente. Áreas de experiencia: • Proteómica. • Proteómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermdedades autoinmunes: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 4 Doctores. • 1 Técnico. • 2 Becarios. Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 11 Nombre de la Institución: Instituto de Parasitología y Biomedicina “López-Neyra” Investigador: Dr. Jaime Sancho López 182 Genoma España Áreas de interés Formación: • Biología. • Medicina. • Bioquímica. • Química. • Matemáticas. Medio plazo (10 años): Largo plazo (15 años): Corto plazo (5 años): • Genómica: genotipado • Nanotecnología: lab-ona-chip. Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays, next generation sequencing. • Proteómica: cromatografía, arrays. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Largo plazo (15 años). • Proteómica: espectrometría de masas. • Metabolómica: espectrometría de masas. Cualquier patología con base genética (e.g. cáncer, enfermedades cardiovasculares y neurológicas). Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Detección precoz de cáncer, tratamiento del cáncer en grupos susceptibles. • Genómica: arrays, qRT-PCR y nextgen sequencing. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Desarrollo de plataforma pronóstico en cáncer de mama. • Identificación de dianas terapéuticas mediante análisis de expresión génica de tumores. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Susceptibilidad genética individual y factores ambientales, ocupacionales y de estilos de vida en la etiología y pronóstico del cáncer de pulmón en Asturias. • Identificación de marcadores moleculares en el cáncer de pulmón. • Infancia y medio ambiente INMA. Exposiciones pre y postnatales a contaminantes ambientales, dieta, crecimiento fetal y desarrollo neuroinmunoendocrino. • Variaciones polimórficas en el promotor de las metaloproteasas de matriz extracelular y predisposición al cáncer de pulmón. • Metaloproteinasa de matriz 9 (MMP9) en el diagnóstico y seguimiento del carcinoma prostático. Corto plazo (5 años): Áreas de interés • Genómica • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedad residual. Personal: • 1 Doctor. • 2 Técnicos. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Genómica: otros. • Otras: metodología diseño y análisis epidemiológico. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica • Bioinformática • Epidemiología molecular y genética. Formación: • Biología. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 14 Nombre de la Institución: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Investigador: Dr. Luís Lombardía Perfil del grupo de investigación • Infancia y medio ambiente (INMA). • Estudio CAPUA (cáncer de pulmón en Asturias). • Metaloproteasa de la Matriz 9 (MMP 9) en el diagnóstico y seguimiento del carcinoma prostático. • Genómica. • Otras: medio ambiente y desarrollo cognitivo en niños. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico. Otras patologías: diagnóstico. Personal: • 2 Doctores. • 5 Becarios. • 6 Técnicos. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 13 Nombre de la Institución: Universidad de Oviedo Investigadora: Dra. Adonina Tardón García Biomarcadores para Uso Clínico 183 Áreas de interés Formación: • Biología. • Medicina. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía. • Metabolómica: espectrometría de masas. Largo plazo (15 años): • Genómica: arrays, genotipado. Corto plazo (5 años): Medio plazo (10 años): Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica La aterotrombosis, que engloba tanto a la enfermedad coronaria, como cerebro-vascular y arterial periférica, la afectación miocárdica por hipertensión arterial, diabetes. Corto plazo (5 años): • Proteómica: arrays. Largo plazo (15 años). • Epidemiología clínica y molecular del cáncer de páncreas exocrino, la pancreatitis crónica y el cáncer del sistema biliar extrahepático. • Análisis de las fases intra- y extra- hospitalarias del “intervalo síntoma-tratamiento” (IST) y de su impacto sobre la supervivencia. Detección precoz del cáncer de mama. • Papel de los genes K-RAS y P53 en el diagnóstico, el pronóstico y la etiología del cáncer de páncreas exocrino y el cáncer de vías biliares. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Estudio BACS-BAMI (Biomarkers in Acute Coronary Syndrome & Biomarkers in Acute Myocardial Infarction). Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico Prevención primaria del cáncer. Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Epidemiología molecular, epidemiología genética, biomarcadores de exposición ambiental. Áreas de interés Formación: • Medicina. • Biología. • Química. • Ciencias ambientales. • Bioestadística, informática. • Genómica. • Metabolómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, etiología. Personal: • 4 Doctores. • 4 Técnicos. • 9 Becarios. • 1 FP II. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía, arrays. Otros: lector de ELISAS, cubetas de electroforesis bidimensional. • Metabolómica: espectrometría de masa. Otros: GC-MS. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Proteómica. Pronóstico de la posibilidad de desarrollar un evento vascular agudo o muerte cardiovascular en pacientes que han tenido un síndrome coronario agudo previo. • Proteómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 1 Doctor. • 1 Becario. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 16 Nombre de la Institución: Instituto Municipal de Investigación Médica (IMIM) de Barcelona – Hospital del Mar Investigador: Dr. Miquel Porta Serra Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 15 Nombre de la Institución: Fundación Jiménez Díaz y Universidad Autónoma de Madrid Investigador: Dr. José Tuñón Fernández 184 Genoma España Formación: • Medicina. • Biología. • Bioquímica. Áreas de interés Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Bioinformática. Formación: • Medicina. • Biología. • Development and application of biomarkers of dietary exposure to genotoxic and inmunotoxic chemicals and of biomarkers of early effect using mother-child birth controls and biomarks EU Project Foof-CT-2005016320 NewGenerics. • Susceptibilidad genética a las patologías del tiroides. Identificación de nuevos factores de susceptibilidad y análisis de factores de respuesta al daño genético. MEC,SAF2007-6338. • Optimización del ensayo del cometa como método alternativo para la evaluación de los efectos genotóxicos de los compuestos químicos. MMA,Project A036/2007/3-14.4. • Micronúcleos en células uroteliales como biomarcadores de progresión en cáncer de vejiga urinaria. M.S.C. (ISCIII) PI051127. • Estudi sobre el rics genètic en poblacions humanes exposades a l'arsènic (Acción Integrada).CIRIT Proyecto nº ACI 2001-36. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado; Biomarcadores de efecto genotóxico. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Cáncer de tiroides, Insuficiencia renal crónica. Patologías por exposición ambiental y/o laboral que gracias a los resultados a través de la investigación de biomarcadores se regulen a nivel legislativo (niveles máximos). Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores • Aquellas en las que su diagnóstico precoz sea importante. • Las que el diagnóstico diferencial con otras patologías sea complejo. • Las que los factores pronósticos actuales no permitan clasificar adecuadamente a los pacientes según su evolución. • Las que el tratamiento sea farmacológico y presenten un rango de respuesta importante no dependiente de la dosis. • Las que tengan una etiología compleja con participación de variantes genéticas. Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica. • Otros: marcadores de efecto (SCGE,MN). • Relacionar marcadores genéticos con el grado / tipo de cáncer de tiroides, con el grado de desarrollo de la patología renal, y con la susceptibilidad mayor o menor al efecto de la exposición al arsénico. • En la cohorte madre-hijo establecer si existe algún factor externo (dieta, exposición,etc) que influya sobre los efectos a nivel genotóxico e inmunotóxico. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • NIH(USA)-RO1 Bladder Cancer Risk and Genomic Alteration. • EU-7FP UROMOL:Prediction of bladder cancer disease course using scores that combine molecular and clinical risk factors. • EU-7FP DECanBio: Novel MS-based strategies to discover and evaluate cancer biomarkers in urine: Aplication to diagnosis of bladder cancer. • EU-6FP Integration of DNA, RNA and protein markers in a tool for the prognosis and diagnosis of human disease (DROP-TOP). • EU-6FP Integrated Project: novel molecular diagnostic tools for the prevention and diagnosis of pancreatic cancer. • FIS grant PI061614 The role of polymorphisms in genes involved in signalling and tumoral progression pathways in bladder cancer susceptibility and pronostic. • Marató TV3 Genetic and environmental factors in bladder cancer etiology and prognosis. • EU SANCO 2005 European Netwok of Excellence in Genetics and Public Health (PHGEN). • EU SANCO 2008 European best practice quidelines for quality assessment, provision and use of genome based information and technologies. Áreas de interés Áreas de experiencia: • Genómica. Genómica • Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. • Otras patologías: pronóstico. • Efecto de la exposición a arsénico en poblaciones humanas. • Efecto de la dieta y daño genotóxico e inmunotóxico en grupos madre-hijo. • Biomarcadores de efecto y sensibilidad en cáncer de tiroides. • Biomarcadores de efecto y sensibilidad en patologías renales. Personal: • 2 Doctores. • 3 Técnicos. • 9 Becarios. • 1 FP II. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Análisis estadístico. • Cáncer de vejiga urinarias: diagnóstico de recidivas tumorales, pronóstico, predicción de respuesta terapéutica, susceptibilidad genética. • Cáncer de páncreas: pronóstico, predicción de respuesta terapéutica, susceptibilidad genética. • Cáncer de mama: diagnóstico de recidivas tumorales, pronóstico, predicción de respuesta terapéutica, susceptibilidad genética. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 3 Doctores. • 3 Técnicos. • 3 Becarios. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 18 Nombre de la Institución: Centro de Investigación Biológica en Red en Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP) Investigadora: Dra. Susana Pastor Benito Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 17 Nombre de la Institución: Centro Nacional de Investigaciones Oncológica Investigadora: Dra. Nuria Malats Riera Biomarcadores para Uso Clínico 185 Áreas de interés Áreas de experiencia: • Genómica. • Matemáticas. Corto plazo (5 años): • Genómica: genotipado. Diagnóstico de cáncer hereditario. Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays, cromatografía. • Nanotecnología: gold nanoparticles. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: biosensores. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Largo plazo (15 años): • Metabolómica: arrays, espectrometría de masas. Cáncer, enfermedades cardiovasculares, enfermedades neurodegenerativas. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores • Identificación de rutas de señalización y mRNAs específicamente alterados en formas familiares y esporádicas de tumores endocrinos. • Caracterización molecular de pacientes con feocromocitoma y/o paraganglioma: identificación de marcadores pronóstico de evolución clínica. • Farmacogenética de taxanos: neurotoxicidad y eficacia terapéutica. Genómica: arrays, genotipado. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. Caracterización de mutaciones de significado desconocido con fines diagnósticos. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Diagnóstico precoz del cáncer, identificación de marcadores pronósticos, identificación de marcadores predictores de respuesta a fármacos o relacionados con toxicidad de tratamientos. Las enfermedades complejas: cáncer, etc. Áreas de interés Formación: • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Química. • Proteómica. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico. Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico. Patologías relacionadas con el sistema nervioso. Personal: • 1 Doctor. • 2 Técnicos. • 3 Becarios. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo Genómica: arrays, genotipado. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Formación: • Biología. • Química. • Matemáticas y Estadística. • Genómica. • Otros: identificación de genes relacionados con cáncer familiar. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 2 Doctores. • 1 Técnico. • 6 Becarios. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 20 Nombre de la Institución: Centro de Investigación del Cáncer Investigador: Dr. Rogelio González Sarmiento Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 19 Nombre de la Institución: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Investigadora: Dra. Mercedes Robledo 186 Genoma España Formación: • Medicina. • Biologia. Técnicas disponibles por el grupo: • Genómica: arrays, genotipado. Cáncer de mama. Largo plazo (15 años): Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays, genotipado. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Medio plazo (10 años): • Genómica: genotipado. P200801652: Método de diagnóstico de cánceres que expresan el receptor HER-2 o sus variantes truncadas. Largo plazo (15 años): • Genómica: espectrometría de masas. • Fragmentos carboxyterminales del proto-oncogén HER2 en cáncer de mama. • Sustratos de metaloproteases en cáncer de mama. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Cáncer, cardiovascular, enfermedades metabólicas. Técnicas disponibles por el grupo: • Genómica: arrays. • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía. Patentes de su grupo en biomarcadores años 2000-2007 Áreas de experiencia: • Proteómica. • Genómica. Desarrollar herramientas diagnósticas / pronósticas / terapéuticas en cánceres de mama positivos para HER2. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Alteraciones genómicas en el desarrollo y progresión de neoplasias linfoides. Identificación de posibles genes implicados y evaluación de su relevancia clínica. Ministerio de Educación y Ciencia (2005-2008). • Molecular mechanisms associated with clinical progression and drug resistance in mantle cell lymphoma. Lymphoma Research Foundation,USA (2005-2007). • Molecular signatures to improve diagnosis and outcome prediction in lymphomas. National Cancer Institute, NIH,USA (2005-2010). Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, otros. • Proteómica: inmunofenotipado, dianas terapéuticas, factores predictivos. Áreas de interés Formación: • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Proteómica. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 5 Doctores. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • WO2008013910-A2:”Predicting survival in a diffuse large B cell lymphoma (DLBCL) subject by obtainig a biopsy sample from a DLBCL subject, and assaying the sample for a gain or amplification in the 3p11p12 region of chromosome 3”. • ES20070371:”Method and kit to predict survival in Mantel Cell Lymphoma”. Patentes de su grupo en biomarcadores años 2000-2007 Áreas de experiencia: • Genómica. • Búsqueda de marcadores diagnósticos, pronósticos y predictores en neoplasias linfoides. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de los biomarcadores: Cáncer en diagnóstico, pronóstico y respuesta a fármacos. Áreas de interés Personal: • 5 Doctores. • 2 Técnicos. • 2 FP II. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 22 Nombre de la Institución: Vall d'Hebrón Institute of Oncology (VHIO) Investigador: Dr. Joaquín Arribas López Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 21 Nombre de la Institución: Hospital Clinic, Universidad de Barcelona Investigador: Dr. Elias Campo Biomarcadores para Uso Clínico 187 Áreas de interés Formación: • Biología. Genómica. Proteómica. Principal patología de interés: el ICTUS Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Patologías del sistema nervioso: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. • • • • • Identificación de biomarcadores de isquemia cerebral mediante análisis de expresión génica y proteica de diferentes poblaciones culturales obtenidas por microscopía-catapultaje-láser en core y penumbra tras el ictus en humanos. • Geno-tPA: búsqueda de patrones genéticos predictivos de la evolución del paciente con ictus isquémico después del tratamiento con t-PA. • GRECOS: genotipaje del riesgo de recurrencia del ictus. • Identificación y uso de biomarcadores pronósticos en el ictus isquémico. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía, arrays. • Nanotecnología: biosensores, gold nanoparticles, nanoporos. Largo plazo (15 años) Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays. • Nanotecnología: biosensores, lab-on-a-chip. Medio plazo (10 años): • Proteómica: espectrometría de masas, cromatografía. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: quantum dots, gold nanoparticles. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Largo plazo (15 años): • Nanotecnología: nanoporos. Patologías en que se deba realizar un diagnóstico urgente (i.e. Eventos vasculares agudos) Patologías no agudas en que se pueda predecir la aparición futura de la enfermedad (i.e. demencias). Personalizar tratamientos (farmacogenética) en diversas patologías. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Las patologías oncológicas serán las que primero se beneficiarán del análisis masivo de biomarcadores. Dos solicitudes de patentes europeas. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. Identificación de un test diagnóstico de ictus. Identificación de biomarcadores pronósticos en el ictus. Identificación de un panel de genes que predispongan a padecer un ictus. Identificación de biomarcadores que predicen la respuesta al tratamiento agudo (trombólisis) y de prevención secundaria (antiagregantes del ictus). Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Alteraciones genómicas en el desarrollo y progresión de neoplasias linfoides. Identificación de posibles genes implicados y evaluación de su relevancia clínica. (2005-2008). • Identification of tumor suppressor genes, epigenetic portrait, and genotyping of mantle cell lymphoma (2007-2010). • Molecular signatures to improve diagnosis and outcome in lymphomas (2005-2010). Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: lab-on-a-chip. • • • • Áreas de interés • 4 Becarios. • 9 Otros. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Genómica: arrays, genotipado, Real-Time PCR. • Nanotecnología: lab-on-a-chip. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Personal: • 6 Doctores. • 3 Técnicos. Formación: • Biología. • Bioquímica. • Medicina. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 24 Nombre de la Institución: Fundació Institut de Recerca Vall d’Hebron, Laboratorio de Investigación Neurovascular Investigador: Dr. Joan Montaner Villalonga Perfil del grupo de investigación Áreas de experiencia: • Genómica. • Identificación de marcadores con valor diagnóstico y pronóstico en linfomas. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 1 Doctor. • 2 Técnicos. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 23 Nombre de la Institución: IDIBAPS Investigador: Dr. Pedro Jares 188 Genoma España Proteómica. Metabolómica. Nanotecnología. Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Patologías del Sistema Nervioso: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades infecciosas: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Otras patologías: pronóstico. Áreas de interés Formación: • Biología. • Bioquímica. • Medicina. • Química Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays. • Proteómica: arrays de proteínas. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: biosensores, quantum dots, gold nanoparticles. • • • • Áreas de interés • Identificación de dianas secundarias y diseño de fármacos para enfermedades relacionadas con el envejecimiento mediante análisis estructural y funcional de rutas biológicas. Proyecto cofinanciado por el Ministerio de Educación y Ciencia. • Identification and validation of novel drug targets in Gram-negative bacteria by global search: a transsystem approach.Proyecto cofinanciado a través del 7º Programa Marco. • Development of an in vitro tool for diferencial diagnosis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease based on protein patterns in sputum samples. Propuesta en preparación para la convocatoria del 7º programa Marco. Largo plazo (15 años): • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: nanoporos. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: espectrometría masas, cromatografía, arrays. • Metabolómica: espectrometría de masas. • Nanotecnología: biosensores,lab-on-a- chip, gold nanoparticles. Medio plazo (10 años): • Nanotecnología: quantum dots, nanoporos. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Largo plazo (15 años): Todas aquellas cuyo diagnóstico diferencial no está bien definido y se dan casos de diagnóstico erróneo como la enfermedad obstructiva crónica o la enfermedad de Alzheimer. Aquellas cuya detección precoz es muy importante como el cáncer. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Medio plazo (10 años): • Genómica: espectrometría de masas, arrays. • Proteómica: arrays. • Nanotecnología: lab-on-a-chip. • Proteómica: técnicas computacionales diversas. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Proteómica. • Bioinformática. Detección precoz de efectos adversos provocados por nuevos fármacos. Búsqueda de nuevas indicaciones para fármacos ya comercializados. Búsqueda de moléculas que puedan actuar como nuevas dianas terapéuticas. Identificación de biomarcadores para el diagnóstico de enfermedades. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • • • • Formación: • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Biotecnología. Proteómica. Metabolómica. Nanotecnología. Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Patologías del Sistema Nervioso: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades infecciosas:respuesta a fármacos. Enfermedades respiratorias: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 2 Doctores. • 2 Técnicos. • 9 Becarios. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 26 Nombre de la Empresa: Anaxomics Biotech, S.L. Investigador: Dr. José Manuel Mas Benavent Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Genómica: arrays, biosensores, PCR real time. • Proteómica: espectrometría de masas, arrays proteínas, bioquímica clásica. • Cultivo celular, estudios in vivo, microscopía de fluorescencia, biosensores. • Nanotecnología: partículas magnéticas, quantum dots. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Proteómica. • Genómica. Biosensores para la detección de patógenos (S. Aureus, Legionella, Salmonella, E. Coli). Biosensor para detección de polimorfismos genéticos. Nuevas terapias para enfermedades neurodegenerativas. Nuevas terapias y métodos de diagnóstico para Esclerosis Múltiple. Desarrollo de antibióticos en infecciones nocosomiales. Oncología, neurodegenerativas, autoinmunes. • • • • • Desarrollo de herramientas para: • Pronóstico de enfermedades infecciosas. • Respuesta a terapia. • Medicina personalizada. Diseño de nuevos fármacos. • • • • Personal: • 5 Doctores. • 2 Técnicos. Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 25 Nombre de la Empresa: Applied Research using Omic Sciences, S.L. Investigadora: Dra. Carmen Plasencia Biomarcadores para Uso Clínico 189 Genómica. Proteómica. Nanotecnología. Aplicaciones clínicas de biomarcadores. Cáncer: pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico. Patologías relacionadas con el SN: pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades autoinmunes: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: espectrometría de masas, arrays. • Nanotecnología: lab-on-a-chip. Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. • Proteómica: arrays. Búsqueda de polimorfismos relacionados con la obesidad en humanos. • Caracterización y genotipado de papilomavirus humano. • Nanotecnología: LOAC. Medio plazo (10 años): Largo plazo (15 años): Corto plazo (5 años): • Genómica: arrays, genotipado. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica • Patologías cardiovasculares; cáncer. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores Aquellas que en la actualidad carecen de biomarcadores útiles en la práctica clínica diaria con valor y/o valor pronóstico, como, por ejemplo, la oncología y las enfermedades inflamatorias. Técnicas disponibles por el grupo de investigación: • Genómica: genotipado. Medio plazo (10 años): • Desarrollo de herramientas para: pronóstico de enfermedades infecciosas, respuesta a terapia. Medicina personalizada. • Diseño de nuevos fármacos. Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Diseño, desarrollo, producción y comercialización de sistemas de diagnóstico, pronóstico y respuesta a tratamiento de enfermedades complejas humanas. • Caracterizar biomarcadores genéticos (polimorfismos o SNP) en muestras de DNA de saliva o sangre en enfermedades tales como la esclerósis múltiple, la enfermedad inflamatoria intestinal o la espondilitis anquilosante. • Identificación de biomarcadores noveles mediante diversos programas de discovery utilizando herramientas de proteómica como microarrays de anticuerpos técnicas de electroforesis bidimensional; diseño de anticuerpos exclusivos para la validación cuantitativa de marcadores en muestras biológicas no invasivas. • Desarrollo especializado orientado al diagnóstico primario y de recurrencia del cáncer de vejiga. Áreas de interés Formación: • Biología. • Farmacia. • Genómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Enfermedades cardiovasculares: diagnóstico, pronóstico, respuesta a fármacos. Enfermedades infecciosas: diagnóstico. Otras patologías: obesidad, diagnóstico. Personal: • 1 Doctor. • 2 Técnicos. • 2 FP II. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo Método y kit para diagnosticar el riesgo de desarrollar una enfermedad trombótica venosa; In vitro methods for detecting renal cancer; Methods for the in vitro diagnosis and in vitro prognosis of cancer of the pancreas and for the development of drugs againts cancer of the pancreas and/or pancreatitis; XAG protein in the in vitro diagnosis of pancreatic ductal adenocarcinoma; Methods and products for in vitro genotyping; method and kit for diagnosis the risk of developing a venous thrombotic illness; pronostic method; diagnostic method; In vitro method to detect bladder transitional cell carcinoma; Methods for the in vitro diagnosis and in vitro prognosis of demyelinating diseases, and for the development of drugs against demyelinating diseases. Patentes de su grupo en biomarcadores años 2000-2007 Áreas de experiencia: • Genómica. • Proteómica. • Bioinformática. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 28 Nombre de la Empresa: GENYCA INNOVA, Análisis y Diagnóstico Genético, S.L. Investigador: Dra. Teresa Perucho Perfil del grupo de investigación Traslación de los biomarcadores identificados a la práctica clínica para el diagnóstico, pronóstico y respuesta al tratamiento, a partir de muestras fisiológicas no invasivas, en enfermedades complejas. • • • • Formación: • Medicina. • Biología. • Bioquímica. • Farmacia. • Química Áreas de interés Personal: • 40 Doctores. • 3 Becarios. • 26 Técnicos. GRUPO DE INVESTIGACIÓN 27 Nombre de la Empresa: Progenika Biopharma, S.A. Investigador: Dr. Antonio Martínez 190 Genoma España Áreas de interés Formación: • Biología. • Bioquímica. • Proteómica: cromatografía, arrays, plataformas de expresión de proteínas en sistemas de bacterias, células de mamífero y basados en baculovirus. Técnicas disponibles por el grupo de investigación Áreas de experiencia: • Proteómica. Corto plazo (5 años): • Proteómica: arrays, inmunoensayos ELISA. Medio plazo (10 años): • Genómica: arrays. Perspectivas de la introducción de las tecnologías “ómicas” en la práctica clínica Cáncer, enfermedades cardiovasculares, enfermedades del sistema nervioso. Tres patologías que más se beneficiarán de la investigación en biomarcadores • Nuevos biomarcadores para el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal (2007-2008). • Desarrollo de anticuerpos recombinantes de interés diagnóstico y terapéutico frente a marcadores diferenciales de células troncales tumorales en cáncer colorrectal (2008-2009). • Generación de proteínas recombinantes y anticuerpos de interés en el diagnóstico temprano del cáncer colorrectal (2008-2009). Proyectos en curso relacionados con biomarcadores de uso clínico • Producción y validación de nuevos biomarcadores en cáncer colorrectal. • Validación clínica de un grupo de marcadores (antígenos asociados a tumores) para el diagnóstico y pronóstico de cáncer colorrectal. • Implantación de una plataforma de ensayos multiplex (arrays) destinada al estudio, aplicación y futura comercialización de estos marcadores. Aplicaciones futuras de la actividad investigadora del grupo • Proteómica. • Aplicaciones clínicas de biomarcadores: Cáncer: pronóstico, respuesta a fármacos. Personal: • 6 Doctores. • 2 Técnicos. • 1 Otros. Perfil del grupo de investigación GRUPO DE INVESTIGACIÓN 29 Nombre de la Institución: Protein Alternatives, S.L. Investigador: Dr. Juan Ignacio Imbaud Martínez Biomarcadores para Uso Clínico 191 192 Genoma España Glosario • Biomarcador: Un marcador biológico o biomarcador es una característica biológica que puede medirse de manera objetiva y que puede ser utilizada como indicador de un proceso biológico normal, de un proceso patológico, así como de la respuesta farmacológica a una intervención terapéutica. • Especificidad: aplicado a un test de diagnóstico, nos habla de la capacidad del test para proporcionar un resultado negativo cuando el test se realiza a un individuo sano. • Farmacogenética: Disciplina encargada del estudio de la relación que existe entre las variaciones en la secuencia de ADN y la respuesta frente a un determinado fármaco. • Farmacogenómica: Disciplina encargada del estudio de la relación que existe entre las variaciones tanto a nivel del ADN como del ARN y la respuesta a un determinado fármaco. • Gen: Segmento corto de ADN heredable que lleva consigo las instrucciones para constituir moléculas de proteína. • Genoma: conjunto total de genes de una célula o un organismo. • Genómica: disciplina científica que se encarga del estudio del conjunto total de genes o genoma de un organismo. • Metabolito: compuesto que se forma en el organismo como resultado de las reacciones químicas que en él se producen. • Metaboloma: conjunto total de los metabolitos que aparecen en una célula en un momento determinado y bajo unas condiciones concretas. • Metabolómica: disciplina encargada del estudio de los metabolitos que aparecen en células, tejidos o fluidos biológicos. • Proteína: molécula de gran tamaño compuesta por unidades estructurales de aminoácidos unidas en una cadena y plegada de forma concreta. • Proteoma: Conjunto total de proteínas que contiene una célula en un momento concreto bajo unas condiciones determinadas. • Proteómica: disciplina que estudia el conjunto de proteínas o proteoma de un organismo. • Reproducibilidad: capacidad de un test de diagnóstico de proporcionar los mismos resultados cuando se repite la prueba en condiciones similares. • Sensibilidad: aplicado a un test de diagnóstico se trata de la probabilidad de que el resultado del test sea positivo cuando se encuentra presente el biomarcador en la muestra analizada. La sensibilidad del test también se define por la concentración más pequeña de analito que puede ser detectada y marca el límite de detección del ensayo. • Validez analítica: La validez analítica de un test es la capacidad que posee el test de identificar la variante que intenta medir. • Validez clínica: aplicada a un test de diagnóstico, es la capacidad para predecir la aparición de una patología concreta. Biomarcadores para Uso Clínico Referencias • Abad, F. & Novalbos, J. (2008). Impacto estratégico de la Medicina individualizada. Implicaciones en la clínica de la farmacogenética. Rev Adm Sanit., 6:601-612. • Abián, J.; Carrascal, M. & Gay, M. (2008). Introducción a la Espectrometría de Masas para la caracterización de péptidos y proteínas en Proteómica. Proteómica. Revista de la Sociedad Española de Proteómica, 2:16-35. • Ahram, M. & Petricoin, E. F. (2008). Proteomics discovery of disease biomarkers. Biomarker Insights, 3:325-333. • Allison, M. (2008). 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