Utilización de herramientas genómicas en vegetales

Curso “Utilización de herramientas genómicas en vegetales: análisis de QTL”
Objetivo general:
Desarrollo de los conceptos referidos a la utilización de información genómica
(marcadores moleculares, mapas de ligamiento) en el estudio de las bases genéticas de
variables de interés con especial referencia a su aplicación en el mejoramiento vegetal.
Desarrollo de capacidades en la aplicación de distintas herramientas de análisis de QTL
y mapeo por asociación.
Pre-requisitos:
Conocimientos generales de Genética y Estadística. Mayores conocimientos en
Estadística, Genética Cuantitativa y de Poblaciones y dominio básico de álgebra
matricial son deseables para el mejor seguimiento del curso. Material de nivelación
estará a disposición.
Sistema:
Doble jornada cada quince días (6 horas de teóricos, 6 horas de práctico-taller, 2 horas
de discusión), El curso de realizará en la Estación Experimental “Dr. Mario A.
Cassinoni” (Paysandú), disponiéndose de alojamiento (previo contacto con el equipo del
curso).
Equipo Docente:
Ariel Castro (vontruch@fagro.edu.uy)
Lucía Gutiérrez
Evaluación:
Ejercicios quincenales
Presentación de trabajos científicos en forma de seminario. Los trabajos serán
asignados por el responsable del curso y se discutirán en plenario (presentación
de 15 minutos, 15 de discusión)
Programa:
Teóricos:
1. Introducción general. Herramientas genómicas y mejoramiento genético. Objetivos
de mejoramiento. Conceptos generales de mejoramiento genético.
2. Marcadores genéticos. Marcadores moleculares. Utilidades, limitaciones. Efectos de
escala y utilización práctica.
3. Análisis de ligamiento, construcción de mapas de ligamiento. Relación mapas de
ligamiento- mapas físicos.
4. Asociación marcadores-genes, análisis de regresión simple. Ejemplos clásicos de
utilización de marcadores en selección asistida.
5. Análisis de poblaciones balanceadas. Generaciones avanzadas, generaciones
tempranas y poblaciones doble haploides. Análisis de regresión simple, análisis de
intervalo.
6. Análisis de intervalo compuesto. Alineamiento de mapas.
7. Limitaciones del análisis de QTL clásico. Precisión, resolución, efecto del tamaño de
población. Calidad de datos. Uso de modelos mixtos. Interacción QTL x ambiente.
8. Estudio de poblaciones no balanceadas. Diversidad genómica, desequilibrio de
ligamiento y estudios de asociación.
9. Genome Wide association análisis 1
10. Genome Wide association análisis 1
Prácticos:
1. Análisis de ligamiento. Ligamientos simples. Mapas de ligamiento.
2. Análisis de asociación marcador/gen. Uso de software estadístico de rutina para
el estudio de este tipo de asociaciones.
3. QTL1. Análisis de intervalo simple y compuesto.
4. QTL2. Modelos avanzados.
5. Asociación 1.
6. Asociación 2.
Talleres
Discusión de los métodos presentados en los prácticos. Discusión de los ejercicios
quincenales.
Bibliografía
Al comienzo del curso se entregara un CD con el material necesario (artículos
científicos, software, etc.) que se actualizará en página web. Se presentará y discutirá
software específico para eQTL y en R.
Cronograma
Lunes 28/2 – Martes 1/3
T1. Introducción
T2. Marcadores genéticos
T3. Análisis de ligamiento
P1 Mapas de ligamiento
Lunes 15/3 – Martes 16/3
T4. Asociación marcadores-genes
T5. Análisis de poblaciones balanceadas
Taller 1. Discusión de mapas de ligamiento
P2. Análisis de asociación marcador/gen
T6. Análisis de intervalo compuesto
Taller 2. Discusión de asociación marcador/gen
P3. QTL1. Análisis de intervalo simple y compuesto.
Lunes 28/3 – Martes 29/3
T7. Modelos mixtos. Interacción QTL x E
T8. Estudio de poblaciones no balanceadas
Taller 2. Discusión de análisis de QTL1
P4. QTL2 Modelos avanzados
T9. GWA 1
Taller 3. Discusión de análisis de QTL2
T10. GWA 2
P5. Mapeo asociativo 1
Lunes 11/4 – Martes 12/4
T10. GWA3
Taller 4. Discusión de mapeo asociativo 1
P6. Mapeo asociativo 2
T11: Ejemplos de uso de mapeo asociativo (con invitados)
Taller 5. Discusión de mapeo asociativo 2