Curso “Utilización de herramientas genómicas en vegetales

PEDECIBA AREA BIOLOGÍA
Curso “Utilización de herramientas genómicas en vegetales: análisis de QTL”
Objetivo general:
Desarrollo de los conceptos referidos a la utilización de información genómica (marcadores moleculares,
mapas de ligamiento) en el estudio de las bases genéticas de variables de interés con especial referencia a su
aplicación en el mejoramiento vegetal. Desarrollo de capacidades en la aplicación de distintas herramientas de
análisis de QTL y mapeo asociativo.
Pre-requisitos:
Conocimientos generales de Genética y Estadística. Mayores conocimientos en Estadística, Genética
Cuantitativa y de Poblaciones y dominio básico de álgebra matricial son deseables para el mejor seguimiento
del curso. Material de nivelación estará a disposición.
Sistema: Clase semanales (2.5 horas de teórico, 2 horas de práctico)
Duración del curso: del 13 de abril al 8 de junio de 2009
Horarios: todos los lunes de 9 a 11.30 y de 12. a 14.30
Equipo Docente: Ariel Castro , Lucía Gutiérrez
Evaluación: Ejercicios semanales. Presentación de trabajos científicos en forma de seminario. Los trabajos
serán asignados por el responsable del curso.
Programa:
Teóricos:
1. Introducción general. Herramientas genómicas y mejoramiento genético. Objetivos de mejoramiento.
Conceptos generales de mejoramiento genético.
2. Marcadores genéticos. Marcadores moleculares. Utilidades, limitaciones. Efectos de escala y utilización
práctica.
3. Análisis de ligamiento, construcción de mapas de ligamiento. Relación mapas de ligamiento- mapas físicos.
4. Asociación marcadores-genes, análisis de regresión simple. Ejemplos clásicos de utilización de marcadores
en selección asistida.
5. Análisis de poblaciones balanceadas. Generaciones avanzadas, generaciones tempranas y poblaciones
doble haploides. Análisis de regresión simple, análisis de intervalo.
6. Análisis de intervalo compuesto. Interacción QTL x ambiente. Alineamiento de mapas.
7. Limitaciones del análisis de QTL clásico. Precisión, resolución, efecto del tamaño de población. Calidad de
datos.
8. Otras técnicas de análisis de poblaciones balanceadas. Uso de modelos mixtos.
9. Estudio de poblaciones no balanceadas. Diversidad genómica, desequilibrio de ligamiento y estudios de
asociación.
10. Estructura de población, incorporación en el análisis. Estudios retrospectivos.
Prácticos:
1.- Análisis de ligamiento. Ligamientos simples. Mapas de ligamiento. Utilización del software GMendel.
2. Análisis de asociación marcador/gen. Uso de software estadístico de rutina para el estudio de este tipo de
asociaciones.
3.QTL1. Análisis de intervalo simple. Uso del software QTL Cartographer.
4.QTL2. Analisis de intervalo compuesto, análisis múltiple. Uso del software QTL Cartographer.
5.QTL3. Interacción QTL/ambiente
6.Asociación 1.
7.Asociación 2.
Ejercicios domiciliarios:
1.Construcción de mapas de ligamiento. 2.Identificación de marcadores asociados a variables.
3.Análisis de intervalo simple. 4.Análisis de intervalo compuesto.5.Interacción. 6.Análisis de asociación.
Bibliografía
Al comienzo del curso se entregara un CD con el material necesario (artículos científicos, software, etc.)
CALENDARIO
Semana Fecha
1
Lunes
Abril 13
Teorico
1 Introduccion y conceptos generales
Teórico
2 Marcadores genéticos
2
Lunes
Abril 20
Teorico
3 Análisis de ligamientos
T-Practico
1 Análisis de ligamientos
3
Lunes
Abril 27
Teorico
4 Asociaciones marcadores-genes
T-Practico
2 Asociacion marcadores-genes
4
Lunes
Mayo 4
Teorico
5 Analisis de poblaciones balanceadas
T-Practico
Análisis de int. Simple
5
Lunes
Mayo 11
Teorico
6 Análisis de intervalo compuesto
T-Practico
3 Analisis de int. Compuesto
6
Lunes
Mayo 25
Teorico
7 Limitaciones del análisis de QTL
T-Practico
1 Interaccion QTL-Ambiente
7
Lunes
Junio 1
Teorico
8 Poblaciones no balanceadas
T-Practico
1 Asociacion 1
8
Lunes
Junio 8
Teorico
9 Estudios retrospectivos
T-Practico
1 Asociacion 2
INSCRIPCIONES: En la Secretaría Académica del PEDECIBA Biología, Facultad de
Ciencias, teléfono 525 86 29, email pedebiol@fcien.edu.uy