SPRIworks – Sistemas I, II y III

SPRIworks – Sistemas I, II y III
Construcción Automática de Librerías para Secuenciación Masiva
La aparición de las nuevas tecnologías de Secuenciación Masiva ha permitido a los
investigadores poder obtener una gran cantidad de datos de sus experimentos de
secuenciación. Sin embargo, este aumento en productividad requiere flujos de trabajo
relativamente complicados y laboriosos, así como bastante manipulación por parte de
personal cualificado para preparar las muestras que alimentan estos equipos.
Basado en la tecnología de partículas paramagnéticas SPRI (Solid Phase Reversible
Immobilization) y el Automatismo de Beckman Coulter, el SPRIworks facilita la
construcción reproducible de librerías de alta calidad. Los Sistemas SPRIworks
permiten a los investigadores poder preparar hasta 20-30 librerías al día, sin apenas
intervención por parte del usuario, y con la facilidad de tan solo pulsar un botón. Esto
supone, en algunos casos, un incremento de hasta cinco veces la productividad que se
consigue de manera manual.
Productividad del SPRIworks Fragment Library System II vs construcción manual de librerías para el
Roche 454 GS FLX
La tecnología de Solid Phase Reversible Immobilization (SPRI) es una tecnología de
purificación de Ácidos Nucleicos basada en partículas paramagnéticas desarrollada en el
Whitehead Institute del MIT (Hawkings, et. al., Nucleic Acids Res. 1995 (23): 47424743). Supone una metodología sencilla y altamente eficaz de purificar ácidos
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nucleicos eliminando la necesidad de limpiezas basadas en gel. Cambiando el tampón
de unión utilizado en cada protocolo, se logran inmovilizar tamaños y tipos de ácidos
nucleicos diferentes, dotando así al sistema de una amplia flexibilidad. Los
contaminantes se eliminan fácilmente sin la necesidad de pasos de centrifugación ni
filtración, consiguiendo así un formato fácilmente robotizable. Algunos ejemplos de
aplicaciones de este tipo de tecnología son los kits CleanSEQ para limpieza de
terminadores marcados (Secuenciación Sanger) y los kits AMPure XP para purificación
de productos de PCR.
Componentes del Sistema
Los Sistemas SPRIworks incluyen:
-
Extractor Automático de Ácidos Nucleicos, SPRI-TE
Tarjeta de método específica
Cartuchos de reactivos pre-empaquetados para la construcción de librerías
Componentes del Sistema SPRIworks Fragment Library System I para el Genome Analyzer II de
Illumina
Características Principales del SPRIworks
-
Manipulador de líquidos automático, sencillo y compacto
Reactivos preparados en cartuchos desechables
Purificación automática de ADN fragmentado
Selección de tamaños optimizada – no más geles ni columnas
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-
Productividad de hasta 10 librerías en paralelo
Construcción de Librerías reproducible y consistente
Disminución del costo de secuenciación por muestra
Mejora en el aprovechamiento de los recursos del laboratorio
Selección de Tamaños Reproducible y Optimizada
Como parte del flujo de trabajo automático que realiza el SPRIworks, se incluye la
selección de tamaños necesaria para las muestras a cargar en los equipos de
Secuenciación Masiva. Esta característica elimina la necesidad de trabajar con geles de
agarosa o columnas, aumentando así la productividad y disminuyendo la manipulación
requerida por parte del usuario.
Óptima reproducibilidad en la selección de tamaños en el SPRIworks Fragment Library System III (para
Sistema SOLiD de Life Technologies), basada en la tecnología de partículas magnéticas SPRI
Construcción de Librerías en Cuatro Pasos
Paso 1: Carga de cartuchos de reactivos
Para cargar el cartucho de reactivos en el equipo, deslizarlo por la hendidura de la
gradilla de cartuchos. Cargar tantos cartuchos como librerías se vayan a procesar (hasta
un máximo de 10, por ciclo).
Paso 2: Carga de Muestras de partida: ADN fragmentado, ADNc o Amplicones
Una vez que los cartuchos se encuentran instalados, cargar la gradilla de reactivos en el
instrumento. Colocar las muestras a procesar en las posiciones vacías.
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Paso 3: Cargar Adaptadores y resto de consumibles
Terminar de llenar la gradilla de reactivos con los tips (y fundas), adaptadores y tubos
de recogida final necesarios para el número de librerías a procesar.
Paso 4: Insertar la tarjeta de método y darle al “start”
Una vez cargados en el equipo las gradillas con los cartuchos, reactivo y tips, cerrar la
puerta del instrumento. Darle a la techa de “start” y elegir la opción de selección de
tamaños a usar en el procesado de las muestras en cuestión.
Dependiendo del método de Construcción de Librerías usado, se obtendrán hasta 10
librerías en los siguientes tiempos:
-
SPRIworks Fragment Library System I – Illumina Genome Analyzer II.
Producción de 10 librerías en 5 horas.
SPRIworks Fragment Library System II– Roche GS FLX. Producción de 10
librerías en menos de 4 horas.
SPRIworks Fragment Library System III– Life Technologies SOLiD.
Producción de 10 librerías en 3.5 horas.
Tanto los cartuchos de reactivos como la tarjeta de método van codificados con
diferentes colores para cada uno de los tres sistemas SPRIworks. Así pues, sobre el
mismo instrumento es posible realizar el proceso de construcción de librerías para
cualquiera de las tres plataformas principales de secuenciación masiva, combinando el
SPRI-TE con los cartuchos y tarjeta adecuados.
Resumen
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El Sistema SPRIworks para Construcción Automática de Librerías para Secuenciación
Masiva permite a los investigadores aumentar el número de muestras preparadas, de
manera completamente automática y con una intervención mínima por parte del usuario,
obteniendo unos resultados altamente reproducibles y de calidad. Al incluir también en
su protocolo la selección de tamaños automatizada, elimina uno de los mayores y más
tediosos cuellos de botella de la construcción de librerías, así como su “manualidad” al
no necesitar trabajar ni con geles ni con columnas. Así mismo, es una solución amplia
y flexible al poder trabajar con cualquiera de los protocolos de las tres principales
plataformas masivas presentes en el mercado.
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